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# Biologie# Pathologie

Fortschritte in der histopathologischen Bildanalyse mit BEPH

BEPH verbessert die Krebsdiagnose und Überlebensprognose durch innovative Bildanalyse.

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Die histopathologische Bildanalyse ist super wichtig, um Krankheiten zu diagnostizieren, besonders Krebs. Normalerweise schauen Pathologen Gewebeproben unter dem Mikroskop an und prüfen die Form und Grösse der Zellen. Dieser manuelle Prozess kann ziemlich lange dauern und braucht viel Können. Wenn ein Pathologe nicht viel Erfahrung hat, könnte er Probleme übersehen oder Fehler machen, was die Behandlungsentscheidungen beeinflussen kann.

Der Bedarf an besseren Lösungen

Mit den technologischen Fortschritten im medizinischen Bereich gibt's den Druck, effizientere Methoden zur Analyse dieser Bilder zu finden. Künstliche Intelligenz (KI) und computergestützte Pathologie verändern das Ganze, indem sie objektive Diagnosen ermöglichen. Deep Learning, eine Art von KI, hat vielversprechende Ergebnisse in verschiedenen Bereichen der Pathologie gezeigt, einschliesslich der Klassifizierung von Krankheiten und der Vorhersage von Überlebensraten.

Herausforderungen im Deep Learning für die Pathologie

Trotz des Potenzials von Deep Learning gibt's einige Herausforderungen. Normalerweise nutzen diese Modelle vortrainiertes Wissen aus grossen Bilddatensätzen. Allerdings kann der Unterschied zwischen natürlichen Bildern und histopathologischen Bildern beeinflussen, wie gut diese Modelle funktionieren. Viele Forscher haben versucht, diese Modelle speziell für die Pathologie anzupassen, sehen sich aber oft Problemen gegenüber wie begrenzten Daten oder Schwierigkeiten, Wissen von einer Krebsart auf eine andere zu übertragen.

Ein neuer Ansatz mit Foundations-Modellen

Um diese Probleme anzugehen, wenden sich Forscher Foundations-Modellen zu. Diese Modelle werden auf riesigen Sammlungen von Pathologie-Bildern vortrainiert. Sie lernen die Struktur und die Beziehungen innerhalb verschiedener Gewebearten, was hilft, eine starke Wissensbasis für Aufgaben wie Klassifizierung und Überlebensvorhersage zu schaffen.

Das Design von BEPH

In diesem Zusammenhang stellen wir ein neues selbstüberwachtes Lernmodell namens BEPH vor. Dieses Modell wurde entwickelt, um seine Leistung bei verschiedenen Krebsdetektionsaufgaben zu bewerten. Die Trainingsdaten stammen aus einer Vielzahl von Quellen und decken mehrere Krebsarten ab. Der für das Vortraining verwendete Datensatz ist umfangreich und enthält Millionen von Bildausschnitten aus bekannten Datenbanken.

Vortraining und Anpassungsaufgaben

BEPH beginnt mit dem Vortraining auf sowohl natürlichen als auch histopathologischen Bildern. So kann das Modell eine breite Palette von Merkmalen lernen, bevor es für spezifische Aufgaben feinabgestimmt wird. Es werden mehrere Aufgaben untersucht: Klassifikation auf Patch-Ebene, Klassifikation von Ganzschnittbildern und Überlebensvorhersage.

Klassifikationsaufgaben auf Patch-Ebene

Für die Klassifikation auf Patch-Ebene haben wir einen bekannten Datensatz namens BreakHis verwendet, der Bilder von sowohl benignen als auch malignen Geweben enthält. Selbst wenn die Bilder verkleinert wurden, zeigte BEPH beeindruckende Genauigkeit beim Identifizieren der Gewebetypen. Seine Leistung übertraf andere gängige Methoden und machte es zu einem starken Konkurrenten in diesem Bereich.

Klassifikation von Ganzschnittbildern

Über die einzelnen Patches hinaus schneidet BEPH auch bei der Klassifikation von Ganzschnittbildern gut ab, was einen breiteren Blick auf das Gewebe bietet. Das ist entscheidend, um Krebsarten zu verstehen und Behandlungen zu lenken. Das Modell integriert Daten aus mehreren Instanzen und bietet hohe Genauigkeit bei der Klassifizierung verschiedener Krebsuntertypen, wie sie in Brust- und Lungengeweben zu finden sind.

Überlebensvorhersage

Die Fähigkeiten von BEPH erstrecken sich auch auf die Vorhersage von Überlebensraten von Patienten basierend auf histopathologischen Bildern. Es werden verschiedene Berechnungen durchgeführt, um zu bewerten, wie gut das Modell hochrisikobehaftete Patienten von niedrig risikobehafteten trennen kann. Die Ergebnisse zeigen, dass BEPH Muster identifizieren kann, die mit den Ergebnissen der Patienten zusammenhängen, was es zu einem wertvollen Tool für Kliniker macht.

Die Bedeutung der Label-Effizienz

Eine grosse Herausforderung in der medizinischen Bildanalyse ist der Bedarf an gelabelten Daten, die besonders bei seltenen Krankheiten begrenzt sein können. BEPH zeigt Effizienz, indem es hohe Leistung selbst mit reduzierten Mengen an gelabelten Trainingsdaten erreicht. Diese Eigenschaft macht es besonders nützlich in realen Szenarien, wo es schwierig ist, gelabelte Daten zu bekommen.

Verbesserung der Interpretierbarkeit

Zu verstehen, wie Modelle zu ihren Entscheidungen kommen, ist in klinischen Umgebungen entscheidend. BEPH wurde nicht nur auf Genauigkeit, sondern auch darauf evaluiert, wie gut es seine Vorhersagen erklären kann. Durch die Analyse der aus den Daten gelernten Merkmale fanden die Forscher heraus, dass BEPH Bereiche der Bilder hervorhebt, die entscheidend für seine Vorhersagen sind und gut mit den Bewertungen von Experten-Pathologen übereinstimmen.

Zukünftige Richtungen und Entwicklungen

Obwohl BEPH einen signifikanten Fortschritt darstellt, gibt es noch Bereiche, die verbessert werden können. Zukünftige Arbeiten zielen darauf ab, noch grössere Datensätze zu entwickeln, die vielfältigere Krebsarten umfassen. Innovationen in den Trainingsmethoden und Modellen können die Fähigkeiten von BEPH weiter verbessern und es ihm ermöglichen, sich an verschiedene Anwendungen in der computergestützten Pathologie anzupassen.

Fazit

Die histopathologische Bildanalyse ist entscheidend für die Diagnose und Behandlung von Krankheiten. Mit den Fortschritten in computergestützten Methoden wie BEPH bewegt sich das Feld in Richtung genauerer und effizienterer Diagnosen. Während Forscher und Kliniker weiterhin zusammenarbeiten, versprechen diese Technologien, die Patientenversorgung und -ergebnisse in der Krebsbehandlung zu verbessern.

Originalquelle

Titel: A foundation model for generalizable cancer diagnosis and survival prediction from histopathological images

Zusammenfassung: Computational pathology, utilizing whole slide image (WSI) for pathological diagnosis, has advanced the development of intelligent healthcare. However, the scarcity of annotated data and histological differences hinder the general application of existing methods. Extensive histopathological data and the robustness of self-supervised models in small-scale data demonstrate promising prospects for developing foundation pathology models. Due to the need for deployment, lightweight foundation models also need to be developed. In this work, we propose the BEPH (BEiT-based model Pre-training on Histopathological images), a general lightweight foundation model that leverages self-supervised learning to learn meaningful representations from 11 million unlabeled histopathological images. These representations are then efficiently adapted to various tasks, including 2 cancer patch-level recognition tasks, 3 cancer WSI-level classification tasks, and 6 cancer subtypes survival prediction tasks. Experimental results demonstrate that our model consistently outperforms several comparative models with similar parameters, even with limited training data reduced to 50%. Especially when the downstream structure is the same, the model can improve ResNet and DINO by up to a maximum increase of 8.8% and 7.2% (WSI level classification), and 6.44% and 3.28% on average (survival prediction), respectively. Therefore, BEPH offers a universal solution to enhance model performance, reduce the burden of expert annotations, and enable widespread clinical applications of artificial intelligence. The code and models can be obtained at https://github.com/Zhcyoung/BEPH. And currently, online fine-tuning of WSI classification tasks is available for use on http://yulab-sjtu.natapp1.cc/BEPH.

Autoren: Zhangsheng Yu, Z. Yang, T. Wei, Y. Liang, X. Yuan, R. Gao, Y. Xia, J. Zhou, Y. Zhang

Letzte Aktualisierung: 2024-07-19 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594499

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594499.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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