Neues Modellrahmenwerk für die Forschung zu Arteninteraktionen
Ein neues Framework hilft dabei, Arteninteraktionen in sich verändernden Umgebungen vorherzusagen.
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Inhaltsverzeichnis
Menschliche Aktivitäten verändern die Umwelt auf bedeutende Weise, was Herausforderungen für Menschen und alle Lebewesen auf der Erde mit sich bringt. Um diese Herausforderungen anzugehen, brauchen Wissenschaftler Modelle, die vorhersagen können, wie diese Umweltveränderungen die Lebensräume verschiedener Arten, deren Anzahl und das Wachstum ihrer Populationen beeinflussen.
Momentan gibt es sogenannte Artenverbreitungsmodelle (SDMs), die helfen vorherzusagen, wo Arten unter den aktuellen Bedingungen gedeihen können. Diese Modelle funktionieren zwar gut für gegenwärtige Bedingungen, haben jedoch Einschränkungen, wenn es darum geht, Veränderungen über die Zeit vorherzusagen. Oft wird angenommen, dass Arten perfekt an ihre Umgebung angepasst sind, was nicht immer der Fall ist. Das kann es schwierig machen, vorherzusagen, wie eine Art auf sich ändernde Bedingungen reagieren wird.
Eine andere Art von Modell ist das mechanistische Modell. Diese Modelle berücksichtigen die spezifischen Gründe dafür, wie und warum Arten mit ihrer Umgebung interagieren. Sie können nicht nur vorhersagen, ob eine Art in einem Gebiet überleben kann, sondern auch, wie viele Individuen vorhanden sein werden und wie sie sich verhalten. Allerdings können diese mechanistischen Modelle kompliziert sein und brauchen eine Menge Daten, die schwer zu bekommen sind. Deshalb verlassen sich viele Studien immer noch auf die einfacheren SDMs, obwohl es einen Push für fortgeschrittenere Methoden gibt.
Der Bedarf an besseren Modellen
Um den Bedarf an verbesserten Ansätzen zu decken, haben Forscher ein neues Framework zur Erstellung mechanistischer Modelle entwickelt, das sich auf Populationen anstatt auf individuelle Organismen konzentriert. Dieser Ansatz ermöglicht eine machbare Anzahl von Variablen, was es einfacher macht, Modelle zu entwickeln, die verschiedene biologische Prozesse wie Fortpflanzung und Bewegung erkunden. Das Framework ist benutzerfreundlich, da es als R-Paket angeboten wird, eine Art Software, die Simulationen effektiv durchführen kann.
Das Paket heisst metaRange. Es ermöglicht den Nutzern, zu untersuchen, wie Populationen von einer oder mehreren Arten in einer bestimmten Umgebung interagieren. Ein besonderes Merkmal von metaRange ist, dass es anpassbar ist. Das Toolkit basiert auf einem ‘Simulations’-Objekt, das den gesamten Modellierungsprozess verwaltet. Dieses Objekt verbindet verschiedene Komponenten wie die Umgebung, Artenmerkmale und wie verschiedene biologische Prozesse funktionieren.
Wie MetaRange funktioniert
Im Kern enthält metaRange zwei Hauptteile: die Umgebung und die untersuchte Art. Die Umgebung wird durch bestimmte Faktoren definiert. Das könnte zum Beispiel Klimadaten, Topographie und andere Elemente umfassen, die beeinflussen, wie eine Art lebt. Jede Art wird durch ihre Merkmale charakterisiert, wie schnell sie wächst oder wie weit sie sich bewegen kann. Diese Merkmale helfen zu bestimmen, wie gut eine Art in ihrer Umgebung gedeihen kann.
Die Prozesse, die diese Arten beeinflussen, werden bei jedem Zeitschritt der Simulation durchgeführt. Nutzer können die Reihenfolge wählen, in der diese Prozesse ablaufen, um widerzuspiegeln, wie Dinge im echten Leben geschehen könnten. Das Paket enthält auch Funktionen zur Modellierung gängiger ökologischer Prozesse, wie beispielsweise, wie sich eine Art fortpflanzt oder wie sie sich in Reaktion auf Umweltveränderungen bewegt.
Die modulare Natur von metaRange bedeutet, dass Nutzer viele verschiedene Modelle erstellen können, indem sie die bereits bereitgestellten Funktionen kombinieren. Diese Flexibilität ermöglicht es den Forschern, eine Vielzahl von Fragen zu Arteninteraktionen in unterschiedlichen Umgebungen zu beantworten.
Umwelt-Eignung
Eine der Schlüssel-Funktionen in metaRange hilft dabei, zu schätzen, wie geeignet eine Umgebung für eine Art basierend auf verschiedenen Faktoren ist. Das wird als Nische der Art bezeichnet, die die Bedingungen umfasst, unter denen eine Art gedeiht. Durch die Analyse von Daten darüber, wie eine Art in verschiedenen Umgebungen abschneidet, können Forscher wertvolle Einblicke gewinnen, wie Veränderungen in der Umwelt diese Art beeinflussen könnten.
Das Paket ermöglicht es Nutzern, die Eignung basierend auf wichtigen Werten zu schätzen, die die Bedürfnisse der Art definieren, wie die minimalen und maximalen Bedingungen, die eine Art tolerieren kann. Die Flexibilität dieser Funktion erlaubt es, eine Reihe ökologischer Szenarien zu modellieren.
Metabolische Skalierung
Ein weiteres Merkmal von metaRange ist die metabolische Skalierung, die untersucht, wie bestimmte biologische Prozesse von Temperatur und Grösse beeinflusst werden. Dieses Konzept hilft zu erklären, wie verschiedene Arten sich an ihre Umgebung anpassen und wie sich ihre Wachstums- und Fortpflanzungsraten basierend auf Bedingungen ändern können. Durch die Integration dessen in die Modelle können Forscher besser verstehen, wie Arten auf Umweltveränderungen reagieren.
Populationsdynamik
Populationsdynamik ist ein weiteres wichtiges Gebiet, das metaRange ansprechen kann. Es ermöglicht Simulationen, wie sich die Populationszahlen über die Zeit basierend auf verschiedenen Faktoren ändern. Mit einer speziellen Gleichung können Nutzer sehen, wie viele Individuen wahrscheinlich in einer bestimmten Umgebung überleben und sich fortpflanzen werden. Das hilft, ein klareres Bild davon zu bekommen, wie Interaktionen innerhalb von Arten die Populationen über die Zeit formen können.
Verbreitungsmechanismen
Verbreitung bezieht sich darauf, wie Individuen von einem Ort zum anderen ziehen, was entscheidend ist, um die Populationsdynamik zu verstehen. MetaRange umfasst fortschrittliche Möglichkeiten, wie Arten sich bewegen, basierend auf verschiedenen Faktoren, die ihre Richtung steuern können. Zum Beispiel, wenn Individuen Bereiche mit besserem Habitat wahrnehmen können, kann das Modell diese Präferenzen in ihrer Bewegung berücksichtigen.
Diese Flexibilität ermöglicht realistischere Simulationen, die verschiedene Szenarien und Umwelteinflüsse einbeziehen können. Die Möglichkeit, Gewichte im Verbreitungsmodell zu verwenden, hilft, echte Bewegungsmuster besser nachzuahmen.
Beispielanwendung
Um die Funktionen von metaRange zu demonstrieren, führten Forscher eine Simulation mit 100 fiktiven Insektenarten aus Graslandschaften in Deutschland durch. Sie untersuchten, wie diese Arten mit sich ändernden Umweltbedingungen über ein Jahrhundert interagierten. Die Simulation betrachtete drei verschiedene Konkurrenzszenarien: keine Konkurrenz, Konkurrenz ohne Spezialisten-Generalisten-Trade-off und Konkurrenz mit einem Trade-off.
Die Ergebnisse zeigten, dass die Überlebensraten erheblich zwischen den Szenarien variierten, wenn Arten um Ressourcen konkurrierten. In Abwesenheit von Konkurrenz überlebten mehr Arten. Mit Konkurrenz sank jedoch die Zahl der überlebenden Arten, was hervorhob, wie unterschiedliche Überlebensstrategien die Populationsdynamik beeinflussen.
Durch die Untersuchung, wie Spezialisten- und Generalistenarten interagierten, konnten die Forscher sehen, wie bestimmte Merkmale das Überleben und die Verteilung beeinflussten. Die Simulationen zeigten, dass ein Gleichgewicht zwischen diesen beiden Strategien dazu beiträgt, die Vielfalt in Ökosystemen aufrechtzuerhalten.
Vorteile von MetaRange
Eine der Hauptstärken von metaRange ist seine Fähigkeit, viele Arten gleichzeitig zu simulieren und dabei die Rechenanforderungen überschaubar zu halten. Das bedeutet, dass Forscher ihre Modelle schnell für verschiedene Hypothesen anpassen und verschiedene Szenarien testen können. Indem der Fokus stärker auf der Populationsdynamik anstatt auf individuellen Merkmalen liegt, ist das Tool in vielen Bereichen und für viele Arten anwendbar.
Das Paket ermöglicht die Bewertung verschiedener ökologischer Interaktionen und bietet Forschern ein robustes Werkzeug, um komplexe Beziehungen in der Natur zu verstehen.
Einschränkungen und zukünftige Perspektiven
Trotz seiner Stärken hat metaRange einige Einschränkungen. Alle Arten teilen sich in den Simulationen dieselbe Umgebung, was bedeutet, dass sie ähnliche Platzbedürfnisse haben müssen, damit das Modell realistisch ist. Ausserdem behandelt die aktuelle Version den Genfluss zwischen Populationen nicht, was ein wichtiger Aspekt der realen Ökologie sein kann.
Dennoch bleibt metaRange vielseitig und anpassbar für viele verschiedene ökologische Studien. Die Modularität erlaubt es den Forschern, neue Prozesse nach Bedarf einzuführen, was es zu einer flexiblen Option für die Simulation einer breiten Palette ökologischer Szenarien macht.
Fazit
Das metaRange-Paket stellt einen bedeutenden Fortschritt bei der Modellierung der Komplexität von Populationsdynamik und Arteninteraktionen in sich schnell ändernden Umgebungen dar. Durch die Kombination von Benutzerfreundlichkeit mit leistungsstarken Simulationsfähigkeiten bietet es Forschern ein wichtiges Werkzeug, um die Auswirkungen von Umweltveränderungen auf eine Vielzahl von Arten besser zu verstehen.
Titel: metaRange: A framework to build mechanistic range models
Zusammenfassung: 1O_LIMechanistic or process-based models offer great insights into the range dynamics of species facing non-equilibrium conditions, such as climate and land-use changes or invasive species. Their consideration of underlying mechanisms relaxes the species-environment equilibrium assumed by correlative approaches, while also generating conservation-relevant indicators, such as range-wide abundance time-series and migration rates if demographically explicit. However, the computational complexity of mechanistic models limits their development and applicability to large spatiotemporal extents. C_LIO_LIWe developed the R package metaRange that is a modular framework to build population-based and metabolically constrained range models. It provides a function catalogue for users to calculate niche-based suitability, metabolic scaling, population dynamics, biotic interactions, and kernel-based dispersal, which may include directed movement. The frameworks modularity enables the user to combine, extend, or replace these functions, making it possible to customize the model to the ecology of the study system. The package supports an unlimited number of static or dynamic environmental factors as input, including climate and land use. C_LIO_LIAs an example, we simulated 100 virtual species in Germany on a 1 km2 resolution over 110 years under realistic environmental fluctuations in three scenarios: without competition, with competition, and with competition and a generalist-specialist trade-off. The results are in accordance with theoretical expectations. Due to the population-level, the package can execute such extensive simulation experiments on regular enduser hardware in a short amount of time. We provide detailed technical documentation, both for the individual functions in the package as well as instructions on how to set up different types of model structures and experimental designs. C_LIO_LIThe metaRange framework enables process-based simulations of range dynamic of multiple interacting species on a high resolution and low computational demand. We believe that it allows for theoretical insights and hypotheses testing about future range dynamics of real-world species, which may better support conservation policies targeting biodiversity loss mitigation. C_LI
Autoren: Stefan Fallert, L. Li, J. Sarmento Cabral
Letzte Aktualisierung: 2024-03-10 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.07.583922
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.07.583922.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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