Anpassung im Laufe der Zeit: Der überraschende Weg der Hefeevolution
Forschung zeigt, wie Hefe sich durch frühe und spätere Veränderungen in Eigenschaften anpasst.
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Inhaltsverzeichnis
Organismen verändern sich über die Zeit, um besser in ihre Umgebung zu passen. Dieser Prozess wird Anpassung genannt. Wenn diese Veränderungen passieren, müssen sie bestimmte Eigenschaften verbessern, ohne anderen zu schaden. Wissenschaftler glauben, dass kleine Veränderungen in nur ein paar Eigenschaften bessere Ergebnisse liefern als grosse Veränderungen in vielen Eigenschaften. Diese Idee wurde durch Computermodelle unterstützt, die erforschen, wie Organismen sich anpassen.
Überraschenderweise zeigen Studien über winzige Organismen wie Mikroben eine andere Geschichte. In diesen Studien stellt man oft fest, dass frühe Anpassungen von einzelnen Veränderungen kommen, die den Erfolg des Organismus enorm steigern. Tatsächlich helfen viele dieser Veränderungen gleichzeitig mehreren Eigenschaften, was dem widerspricht, was Wissenschaftler dachten, dass passieren sollte.
Um das besser zu verstehen, haben Forscher untersucht, wie frühe Anpassungen funktionieren, besonders bei Hefen. Hefen werden oft in Experimenten verwendet, weil sie schnell wachsen und eine einfache Genetik haben. Das Ziel war herauszufinden, ob Veränderungen mehrere Eigenschaften gleichzeitig verbessern können oder ob spätere Anpassungen sich mehr auf nur eine Eigenschaft konzentrieren würden.
Die Grundlagen der Anpassung
Wenn Organismen sich anpassen, stehen sie vor einem kniffligen Problem. Sie müssen Veränderungen finden, die ihnen helfen zu überleben und sich fortzupflanzen, ohne Schaden anzurichten. Zum Beispiel, wenn eine Veränderung einer Hefe hilft, schneller zu wachsen, sollte sie nicht deren Fortpflanzungsfähigkeit beeinträchtigen. Theoretisch sind kleine Veränderungen, die ein paar wichtige Eigenschaften beeinflussen, besser.
In der echten Welt, besonders in Experimenten zur Mikroben-Evolution, bieten einzelne Veränderungen oft massive Vorteile. Diese Veränderungen können es der Hefe ermöglichen, besser in Umgebungen zu wachsen, in denen sie um Ressourcen kämpfen.
Pleiotropie und Ihre Rolle
Pleiotropie ist der Begriff, der benutzt wird, um zu beschreiben, wenn eine Veränderung viele Eigenschaften beeinflusst. Frühe Anpassungen bei Hefen zeigen oft Pleiotropie, wo eine Mutation die Fähigkeit einer Hefe verbessert, Zucker zu fermentieren und die Nebenprodukte zu atmen. Das führt zu der Frage, ob diese Pleiotropie typisch ist oder nur ein ungewöhnliches Vorkommen in der ersten Phase der Anpassung darstellt.
Wissenschaftler waren neugierig, ob spätere Anpassungen weiterhin mehrere Eigenschaften verbessern würden oder ob sie anfangen würden, sich nur auf eine zu konzentrieren, was als modulare Anpassung bekannt ist. Modulare Anpassung bedeutet, dass eine Veränderung nur eine spezifische Leistung verbessert, ohne andere zu beeinflussen.
Der experimentelle Ansatz
Um diese Fragen zu beantworten, haben Forscher verschiedene Hefestämme untersucht, die sich in kontrollierten Umgebungen angepasst hatten. Sie konzentrierten sich auf Hefen, die zwei Runden der Anpassung durchlaufen hatten. Die erste Runde beinhaltete Mutationen, die es der Hefe ermöglichten, mit begrenztem Zucker besser zu wachsen. Für die zweite Runde wollten sie sehen, ob die Hefe weiterhin sowohl die Zuckerfermentation als auch die Atmung verbessern würde oder sich nur auf eine Eigenschaft konzentrieren würde.
In ihren Studien führten Wissenschaftler mehrere Experimente durch und isolierten viele Hefemutanten aus diesen beiden Anpassungsschritten, um zu analysieren, wie jeder Mutant in Bezug auf Wachstum abschnitt.
Wachstumsphasen der Hefe
Wenn Hefen mit begrenztem Zucker gezüchtet werden, durchlaufen sie mehrere Wachstumsphasen. Die erste Phase wird als Lag-Phase bezeichnet, in der sie sich an die neue Umgebung anpassen. Die zweite Phase ist die Fermentation, in der Hefen Zucker in Ethanol umwandeln. Nachdem der Zucker konsumiert wurde, wechseln sie zur Atmung und nutzen die Nebenprodukte der Fermentation. Schliesslich treten sie in die stationäre Phase ein, in der sie ohne Kohlenstoffquelle überleben.
Zu verstehen, wie diese Wachstumsphasen miteinander interagieren, ist wichtig, um zu sehen, wie Anpassungen die Leistung der Hefe insgesamt beeinflussen.
Vergleich von adaptiven Mutationen
Forscher schauten sich die Leistung von Hefemutanten während dieser Wachstumsphasen an. Sie verglichen die adaptiven Mutanten der ersten Stufe mit denen der zweiten Stufe. Es wurde deutlich, dass während viele Mutanten der ersten Stufe sich sowohl in der Fermentation als auch in der Atmung verbesserten, die Mutanten der zweiten Stufe tendenziell eine Neigung zur Verbesserung der Atmungsleistung zeigten.
Die Zahlen zeigten, dass nur etwa ein Drittel dieser Mutanten der zweiten Stufe sich in beiden Wachstumsphasen verbesserten, im Vergleich zu über 85% der Mutanten der ersten Stufe. Diese Verschiebung deutete auf einen Trend weg von Pleiotropie hin zur modularen Anpassung hin, während die Evolution weitergeht.
Leistungsänderungen
Eines der faszinierenden Ergebnisse des Experiments war, dass viele Mutanten der zweiten Stufe, die die Atmungsleistung verbesserten, dies oft auf Kosten der Fermentationsleistung taten. Das deutet darauf hin, dass mit fortschreitenden Anpassungen die Organismen spezialisierter werden, anstatt verallgemeinert zu sein.
Darüber hinaus war es wahrscheinlich, dass jene Mutanten, die sich nur auf die Atmung konzentrierten, in der stationären Phase mehr Fortschritte machten. Das deutet auf eine effizientere Energienutzung hin, die ihnen hilft, unter den Bedingungen, denen sie ausgesetzt sind, zu gedeihen.
Genetische Veränderungen bei Mutanten der zweiten Stufe
Als die Forscher tiefer in die genetischen Veränderungen schauten, fanden sie heraus, dass die Mutationen der zweiten Stufe andere Wege betrafen als die, die in der ersten Stufe identifiziert wurden. Die Mutationen der ersten Stufe betrafen hauptsächlich Nährstoffsensorwege, die für die Erkennung von Zuckern verantwortlich sind. Die Mutationen der zweiten Stufe konzentrierten sich jedoch mehr auf mitochondriale Funktionen, die direkt mit der Atmung verbunden sind.
Bei Hefen waren Mutationen in Genen, die mit dem Stoffwechsel von Zuckern und der Energieproduktion zusammenhängen, besonders häufig. Diese Verschiebung der genetischen Ziele deutete darauf hin, dass, je weiter sich Organismen anpassen, sie sich auf spezifischere Funktionen konzentrieren, anstatt viele Eigenschaften allgemein zu verbessern.
Auswirkungen der Ergebnisse
Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass frühe Anpassungen schnelle Verbesserungen über mehrere Eigenschaften ermöglichen. Diese Veränderungen können grosse Auswirkungen haben, aufgrund der miteinander verbundenen Natur von Stoffwechselwegen. Sobald diese Wege optimiert sind, erreichen nachfolgende Anpassungen einen Punkt, an dem Verbesserungen in einem Bereich den Fortschritt in anderen Bereichen einschränken.
Das kann erklären, warum fortgeschrittenere Organismen anscheinend durch kleine, spezialisierte Veränderungen und nicht durch grosse, sweeping Anpassungen evolvieren. Die frühen Phasen der Anpassung bieten Abkürzungen, die zu signifikanten Vorteilen führen, während spätere Phasen durch den bestehenden genetischen Rahmen eingeschränkt werden.
Fazit
Zusammenfassend beleuchtet diese Forschung die Komplexität der Anpassung bei Organismen. Das Zusammenspiel zwischen verschiedenen Eigenschaften zeigt, wie frühe Mutationen einer Organismen helfen können, besser zu gedeihen. Doch während die Evolution weitergeht, tendiert der Fokus dazu, sich auf gezieltere Verbesserungen zu verlagern.
Diese Muster der Anpassung zu verstehen, vermittelt nicht nur Einblicke in den evolutiven Prozess, sondern offenbart auch die Feinheiten, wie Organismen mit ihrer Umgebung interagieren und die genetischen Werkzeuge, die sie besitzen, nutzen. Die Studie von Hefen als Modellorganismus liefert weiterhin wertvolle Erkenntnisse über die Mechanismen der Evolution und betont, wie wichtig es ist, sowohl die Verbindungen zwischen Eigenschaften als auch die genetischen Einschränkungen zu berücksichtigen, die evolutionäre Ergebnisse formen.
Durch ein besseres Verständnis dieser Prozesse können Wissenschaftler Einblicke in die allgemeinen Regeln der Biologie gewinnen und ein klareres Bild davon bekommen, wie das Leben auf der Erde weiterhin über die Zeit anpasst und sich weiterentwickelt.
Titel: A shift from pleiotropic to modular adaptation revealed by a high-resolution two-step adaptive walk
Zusammenfassung: Evolution by natural selection is expected to be a slow and gradual process. In particular, the mutations that drive evolution are predicted to be small and modular, incrementally improving a small number of traits. However, adaptive mutations identified early in microbial evolution experiments, cancer, and other systems often provide substantial fitness gains and pleiotropically improve multiple traits at once. We asked whether such pleiotropically adaptive mutations are common throughout adaptation or are instead a rare feature of early steps in evolution that tend to target key signaling pathways. To do so, we conducted barcoded second-step evolution experiments initiated from five first-step mutations identified from a prior yeast evolution experiment. We then isolated hundreds of second-step mutations from these evolution experiments, measured their fitness and performance in several growth phases, and conducted whole-genome sequencing of the second-step clones. Here, we found that while the vast majority of mutants isolated from the first-step of evolution in this condition show patterns of pleiotropic adaptation - improving both performance in fermentation and respiration growth phases - second-step mutations show a shift towards modular adaptation, mostly improving respiration performance and only rarely improving fermentation performance. We also identified a shift in the molecular basis of adaptation from genes in cellular signaling pathways towards genes involved in respiration and mitochondrial function. Our results suggest that the genes in cellular signaling pathways are particularly capable of providing large, adaptively pleiotropic benefits to the organism due to their ability to coherently affect many phenotypes at once. As such, these genes may serve as the source of pleiotropic adaptation in the early stages of evolution, and once these become exhausted, organisms then adapt more gradually, acquiring smaller, more modular mutations.
Autoren: Grant Kinsler, Y. Li, G. J. Sherlock, D. Petrov
Letzte Aktualisierung: 2024-04-18 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.17.589938
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.17.589938.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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