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DeepMaxent : Un nouvel espoir pour la cartographie de la faune

Combiner la science citoyenne et l'IA pour de meilleures infos sur la répartition des espèces.

Maxime Ryckewaert, Diego Marcos, Christophe Botella, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly

― 8 min lire


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T’as déjà pensé à comment les scientifiques découvrent où vivent les différentes espèces ? C’est pas juste une histoire de compter les animaux. Y’a plein de trucs à prendre en compte, et les comprendre peut vraiment aider à la conservation. Un des trucs cool que les scientifiques utilisent, c’est un mélange de données de citoyens scientifiques et de techniques informatiques avancées. Détaillons ça !

La montée de la science participative

La science participative, c’est quand des gens lambda aident les scientifiques à récolter des données. Ça peut aller de l’observation des oiseaux à compter les insectes dans ton jardin. Grâce à ça, on a maintenant une vraie mine d’infos sur la biodiversité dans le monde.

Un type de données super utiles, c’est ce qu’on appelle les données de présence seule (PO). Ça veut dire qu’au lieu de savoir combien d’animaux se trouvent à un endroit, on sait juste s’ils ont été vus là. Même si ce genre de données est précieux, ça a aussi ses bizarreries. Comme on n’a pas une vue d’ensemble sur les endroits où les animaux ne sont pas, ça complique la création de modèles précis.

C’est quoi le défi ?

Imagine que tu essaies de découvrir où se cachent tous les chats du quartier. Tu sais juste où les gens ont vu des chats, mais t’as aucune idée s’ils se planquent dans les maisons que t’as pas vérifiées. De la même manière, les données PO ont des biais selon comment et où les observations sont faites. Certaines zones peuvent avoir plus d’observations juste parce qu’elles sont plus faciles d’accès ou qu’il y a plus de gens qui y vivent.

Là, ça devient intéressant. Les scientifiques ont développé des méthodes pour estimer où les espèces pourraient être en fonction des facteurs environnementaux, mais ils ont besoin d’un moyen pour combler les trous dans les infos causés par ces biais.

Voici les héros : Réseaux neuronaux et MaxEnt

Pour relever ces défis, les scientifiques utilisent un mélange de méthodes. Une méthode populaire s’appelle Maxent, qui veut dire Maximum Entropy. Cette méthode aide à créer des modèles de distribution des espèces en analysant comment elles sont impactées par leur environnement.

Maintenant, ajoutons Maxent à quelque chose de plus sophistiqué : les réseaux neuronaux. Les réseaux neuronaux sont un bout d’intelligence artificielle capable d’apprendre des données tout comme notre cerveau. Ils peuvent automatiquement déceler des motifs utiles dans des ensembles d'infos complexes sans qu’on ait besoin de leur dire quoi chercher !

DeepMaxent : Une nouvelle approche

Les scientifiques ont développé une méthode appelée DeepMaxent, qui mélange Maxent avec des réseaux neuronaux. Cette idée géniale permet de mieux gérer les données et d’apprendre de plusieurs espèces en même temps, plutôt que de se concentrer sur des individus.

Avec DeepMaxent, chaque espèce animale est comme un de tes amis qui se retrouve pour une soirée cinéma. Ils ont tous des goûts différents en matière de films (caractéristiques) mais peuvent profiter de l’expérience partagée dans une même pièce (l’environnement).

Le fonctionnement de DeepMaxent

Alors, comment ça marche ce DeepMaxent ? Eh ben, ça commence avec plein de données-à la fois des données de présence seule et des données de présence-absence. Les données de présence-absence disent aux scientifiques où les espèces ne sont définitivement pas trouvées. Cette combinaison aide à peindre un tableau plus clair.

Au lieu de dessiner juste des zones aléatoires à étudier, DeepMaxent utilise une manière plus intelligente de choisir les zones qu’il analyse. En se basant sur l’historique des endroits où les espèces ont été rapportées, il peut améliorer la précision des prédictions et éviter ces fichus biais d’échantillonnage.

Tester le terrain : Comment ça performe

Pour voir à quel point DeepMaxent fonctionne bien, les chercheurs l'ont testé dans six régions différentes avec diverses espèces. Les modèles ont été comparés à des approches plus traditionnelles. Ce qu’ils ont trouvé était prometteur : DeepMaxent a surpassé les autres en prédisant les distributions d’espèces, surtout dans les zones où le biais d’échantillonnage était fort.

En gros, la nouvelle méthode a mieux réussi à déterminer où les animaux se cachaient, même avec des données brouillées.

Détails, détails, détails

Maintenant, jetons un œil plus attentif à la science derrière DeepMaxent. La méthode utilise quelque chose qu’on appelle une fonction de perte, qui l’aide à apprendre efficacement en déterminant à quel point ses prédictions sont éloignées de la réalité.

Au lieu d'apprendre en solo, elle apprend ensemble-un peu comme un groupe d’amis qui partage leurs pensées et connaissances pour essayer de résoudre un puzzle. En apprenant collectivement, même les espèces avec peu d’observations peuvent profiter des données des autres.

Là où ça devient vraiment intéressant : DeepMaxent utilise un processus similaire à deviner un film à partir d’une bande-annonce. Il traite une gamme de données et apprend quels motifs sont les plus susceptibles d’être liés à la présence de différentes espèces.

La vue d'ensemble

Le potentiel de cette méthode va au-delà de juste découvrir où vivent les espèces. Ça met aussi en lumière comment on pourrait améliorer nos efforts de conservation en protégeant les zones prometteuses pour différentes espèces.

En s’adaptant à différents types de données d’entrée, DeepMaxent peut traiter des problèmes plus complexes dans la modélisation des espèces. Pense à ça comme un super-héros-chaque nouvelle compétence le rend meilleur pour relever des défis et protéger l’environnement.

Flexibilité et possibilités futures

Un des meilleurs trucs avec DeepMaxent, c’est sa flexibilité. Il peut utiliser différents types de données pour créer des modèles plus précis. Cette capacité d’adaptation pourrait aider les scientifiques à traiter d’autres problèmes qui surgissent lors de l’étude des distributions d’espèces.

Imagine l’utiliser pour analyser les migrations, les motifs saisonniers, ou même l’impact du changement climatique. Les possibilités sont énormes !

Défis et limites

Évidemment, aucun super-héros n’est sans ses faiblesses. Même si DeepMaxent a beaucoup de potentiel, il reste des défis à surmonter. Par exemple, si on n’a pas le bon type de données ou pas assez, les modèles pourraient avoir du mal à donner des insights fiables.

Aussi, le choix des hyperparamètres-pense à ça comme aux réglages détaillés d’un jeu vidéo-peut grandement influencer la performance du modèle. Trouver le bon équilibre peut être compliqué, mais c’est essentiel pour débloquer les meilleurs résultats.

Comment mesurer le succès

Pour voir à quel point la nouvelle méthode est vraiment bonne, on fait des comparaisons en utilisant des métriques comme l’Area Under the ROC Curve (AUC). Un AUC plus élevé signifie une meilleure performance pour distinguer les zones où les espèces sont susceptibles d’être présentes de celles où elles ne le sont pas.

Dans les tests, DeepMaxent a constamment obtenu des scores AUC plus élevés, prouvant qu’il est au-dessus du lot en fournissant des prédictions précises.

Conclusion

Dans un monde où comprendre la faune est de plus en plus important, des méthodes comme DeepMaxent nous montrent la voie à suivre. Avec la puissance de la Science Citoyenne et de l’informatique avancée, on peut mieux naviguer dans la complexe tapisserie de la biodiversité.

L’espoir, c’est qu’en exploitant ces approches innovantes, on puisse non seulement améliorer notre connaissance des distributions d’espèces, mais aussi favoriser un lien plus profond avec la nature. Qui sait ? Peut-être qu’un jour, tu verras un oiseau rare juste parce qu’un scientifique citoyen a pris le temps de partager cette info, menant à des stratégies de conservation plus robustes.

Source originale

Titre: Applying the maximum entropy principle to multi-species neural networks improves species distribution models

Résumé: The rapid expansion of citizen science initiatives has led to a significant growth of biodiversity databases, and particularly presence-only (PO) observations. PO data are invaluable for understanding species distributions and their dynamics, but their use in Species Distribution Models (SDM) is curtailed by sampling biases and the lack of information on absences. Poisson point processes are widely used for SDMs, with Maxent being one of the most popular methods. Maxent maximises the entropy of a probability distribution across sites as a function of predefined transformations of environmental variables, called features. In contrast, neural networks and deep learning have emerged as a promising technique for automatic feature extraction from complex input variables. In this paper, we propose DeepMaxent, which harnesses neural networks to automatically learn shared features among species, using the maximum entropy principle. To do so, it employs a normalised Poisson loss where for each species, presence probabilities across sites are modelled by a neural network. We evaluate DeepMaxent on a benchmark dataset known for its spatial sampling biases, using PO data for calibration and presence-absence (PA) data for validation across six regions with different biological groups and environmental covariates. Our results indicate that DeepMaxent improves model performance over Maxent and other state-of-the-art SDMs across regions and taxonomic groups. The method performs particularly well in regions of uneven sampling, demonstrating substantial potential to improve species distribution modelling. The method opens the possibility to learn more robust environmental features predicting jointly many species and scales to arbitrary large numbers of sites without an increased memory demand.

Auteurs: Maxime Ryckewaert, Diego Marcos, Christophe Botella, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly

Dernière mise à jour: Dec 26, 2024

Langue: English

Source URL: https://arxiv.org/abs/2412.19217

Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2412.19217

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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