Kombination von medizinischen Daten für bessere Patientenprognosen
Ein neues Framework verbessert die Vorhersagen zu Patientenergebnissen mit verschiedenen medizinischen Daten.
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Inhaltsverzeichnis
Im heutigen Medizinbereich sammeln wir eine Menge Informationen über Patienten aus verschiedenen Quellen wie Tests, Bildern und genetischen Daten. Diese Informationen können mega hilfreich sein, um die Gesundheit eines Patienten zu verstehen und deren Ergebnisse vorherzusagen. Allerdings kann es echt knifflig sein, diese Daten effektiv zu kombinieren. Unsere Arbeit konzentriert sich darauf, ein neues System zu entwickeln, das verschiedene Arten von medizinischen Daten kombiniert, um bessere Vorhersagen über die Ergebnisse von Patienten zu treffen, zum Beispiel ob sie sich von einer Krankheit erholen oder nicht.
Die Herausforderung der Datenkombination
Patienten haben oft komplexe Gesundheitsprobleme, die Informationen aus verschiedenen Bereichen erfordern. Zum Beispiel könnte jemand mit Krebs Details aus seiner Krankengeschichte, Testergebnisse, Bildgebungs-Scans und sogar genetische Informationen haben. Es ist nicht einfach, Daten aus diesen verschiedenen Quellen zu kombinieren, und traditionelle Methoden sind oft unzureichend. Forscher haben unterschiedliche Strategien ausprobiert, wie das Kombinieren von Merkmalen aus jeder Datenart oder die Nutzung von Grafiken, aber diese Ansätze haben ihre Grenzen. Manchmal übersehen sie wichtige Beziehungen zwischen verschiedenen Datentypen oder schaffen es nicht, die Komplexität der Patientendaten zu erfassen.
Unser Ansatz
Wir schlagen ein neues Framework vor, um mehrere Datentypen zu kombinieren, das wir MaxCorrMGNN nennen. Dieses System verwendet eine Methode, die multi-graph-neuronale Netzwerke heisst. Das Ziel ist es, ein Modell zu entwickeln, das nicht nur die Daten kombiniert, sondern auch die Beziehungen zwischen verschiedenen Modalitäten versteht, also den unterschiedlichen Datentypen, die wir haben.
Unser Ansatz besteht aus drei Hauptschritten:
Erstellung eines mehrschichtigen Graphen: Wir bauen eine spezielle Art von Graphen, der sowohl Patienten als auch die verschiedenen Arten von Daten über sie darstellt. Dieser Graph zeigt, wie die Informationen jedes Patienten mit verschiedenen Datenquellen verbunden sind, und erfasst sowohl individuelle Patientendaten als auch allgemeine Trends über Patienten hinweg.
Lernen von Beziehungen: Wir führen eine Methode ein, um die Beziehungen zwischen den Datentypen automatisch zu lernen. Das bedeutet, dass unser Modell herausfindet, was die wichtigen Verbindungen sind, anstatt bestimmte Annahmen zu treffen.
Schlussfolgerungen mit Graphen: Schliesslich nutzen wir ein neuronales Netzwerk, das mit unserem Graphen arbeitet, um Vorhersagen zu treffen. Dieses Netzwerk lernt aus der Graphstruktur und den Daten, um genauere Vorhersagen über die Ergebnisse von Patienten zu liefern.
Wie wir unser Modell getestet haben
Um zu sehen, wie gut unser Framework funktioniert, haben wir es an einem grossen Datensatz zu Behandlungsergebnissen bei Tuberkulose (TB) getestet. Dieser Datensatz umfasste Informationen von mehr als 3.000 Patienten, mit Daten aus verschiedenen Quellen wie klinischen Tests, genetischen Informationen und Bildgebungs-Scans. Wir haben gemessen, wie gut unser System verschiedene Ergebnisse wie Genesung, Misserfolg oder laufende Behandlung vorhersagen konnte.
Wir haben die Leistung unseres Modells mit anderen bestehenden Methoden verglichen, einschliesslich traditioneller Modelle, die nur einen Datentyp berücksichtigten oder einfachere Wege zur Datenkombination verwendeten.
Ergebnisse
Unsere Ergebnisse zeigten, dass das MaxCorrMGNN-Modell alle anderen Methoden, die wir getestet haben, übertraf. Wenn wir die Vorhersageleistung betrachteten, fanden wir heraus, dass unser Framework nicht nur genauer war, sondern auch besser darin, subtile Muster in den Daten zu erkennen. Das bedeutet, dass Gesundheitsdienstleister mit unserem Modell eine klarere Vorstellung von der Genesungswahrscheinlichkeit eines Patienten basierend auf einer Vielzahl von Informationen bekommen können.
Warum unser Modell besser funktioniert
Es gibt mehrere Gründe, warum unser Modell besser abschneidet als frühere Methoden:
Mehrschichtige Graphstruktur: Indem wir Daten in einem mehrschichtigen Graphen darstellen, erhalten wir die einzigartigen Merkmale jedes Datentyps und erfassen gleichzeitig die Verbindungen zwischen ihnen. Das ermöglicht ein umfassenderes Verständnis der Beziehungen zwischen verschiedenen Patientendaten.
Automatisches Lernen von Beziehungen: Anstatt manuell zu entscheiden, welche Verbindungen zwischen Datentypen wichtig sind, lernt unser Framework diese Beziehungen selbstständig. Dieses adaptive Lernen macht es flexibler und besser geeignet, verschiedene medizinische Datentypen zu behandeln.
Effektive Nutzung von neuronalen Netzwerken: Unser graph-neuronales Netzwerk nutzt die Verbindungen, die wir herstellen, um sinnvolle Schlussfolgerungen über die Daten zu ziehen. Das führt zu genaueren Vorhersagen bei der Analyse von Patientenergebnissen.
Einschränkungen und zukünftige Richtungen
Obwohl unser Framework grosses Potenzial zeigt, erkennen wir auch einige Einschränkungen. Medizinische Daten können unvollständig, verrauscht oder ganz fehlen. Wir müssen bessere Methoden entwickeln, um mit diesen Herausforderungen umzugehen, damit unser Framework in realen Szenarien effektiv bleibt. Eine zukünftige Richtung könnte sein, Techniken zu implementieren, die mit fehlenden Daten umgehen und unser Modell noch robuster machen.
Darüber hinaus konzentriert sich unsere aktuelle Arbeit hauptsächlich auf paarweise Beziehungen zwischen verschiedenen Datentypen. In der Zukunft könnten wir auch komplexere Interaktionen erkunden, um tiefere Einblicke zu gewinnen, wie verschiedene Faktoren zu den Ergebnissen von Patienten beitragen.
Fazit
Zusammenfassend haben wir ein neues Framework entwickelt, das effektiv verschiedene medizinische Daten kombiniert, um Patientenergebnisse vorherzusagen. Durch die Nutzung eines mehrschichtigen Graphen, automatisches Lernen von Beziehungen und fortschrittliche neuronale Netzwerke bietet unser Ansatz signifikante Verbesserungen gegenüber traditionellen Methoden. Das könnte zu besseren Entscheidungen im Gesundheitswesen führen und letztlich die Patientenversorgung verbessern.
Wir glauben, dass unsere Arbeit über die Vorhersage von TB-Ergebnissen hinaus erweitert werden kann. Die Prinzipien hinter unserem Framework können für verschiedene Anwendungen im Gesundheitswesen und möglicherweise auch in anderen Bereichen, in denen multimodale Daten wichtig sind, angepasst werden. Während wir unser Modell weiter verfeinern und seine Einschränkungen angehen, hoffen wir, einen bedeutenden Einfluss darauf zu haben, wie medizinische Daten zur Steuerung von Behandlungen und Pflege genutzt werden.
Titel: MaxCorrMGNN: A Multi-Graph Neural Network Framework for Generalized Multimodal Fusion of Medical Data for Outcome Prediction
Zusammenfassung: With the emergence of multimodal electronic health records, the evidence for an outcome may be captured across multiple modalities ranging from clinical to imaging and genomic data. Predicting outcomes effectively requires fusion frameworks capable of modeling fine-grained and multi-faceted complex interactions between modality features within and across patients. We develop an innovative fusion approach called MaxCorr MGNN that models non-linear modality correlations within and across patients through Hirschfeld-Gebelein-Renyi maximal correlation (MaxCorr) embeddings, resulting in a multi-layered graph that preserves the identities of the modalities and patients. We then design, for the first time, a generalized multi-layered graph neural network (MGNN) for task-informed reasoning in multi-layered graphs, that learns the parameters defining patient-modality graph connectivity and message passing in an end-to-end fashion. We evaluate our model an outcome prediction task on a Tuberculosis (TB) dataset consistently outperforming several state-of-the-art neural, graph-based and traditional fusion techniques.
Autoren: Niharika S. D'Souza, Hongzhi Wang, Andrea Giovannini, Antonio Foncubierta-Rodriguez, Kristen L. Beck, Orest Boyko, Tanveer Syeda-Mahmood
Letzte Aktualisierung: 2023-07-13 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2307.07093
Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2307.07093
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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