Die Auswirkungen von Bodenviren auf den Kohlenstoffkreislauf in tropischen Regenwäldern
Eine Studie zeigt, wie Bodenviren mit Mikroben interagieren, um den Kohlenstoffabbau zu beeinflussen.
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Inhaltsverzeichnis
- Die Rolle der Bodenmikroben
- Das Rätsel der Bodenviren
- Verständnis der Virus-Wirt-Interaktionen
- Der Untersuchungsort und Methodik
- Analyse der mikrobiellen und viralen Gemeinschaften
- Beobachtungen zu viralen und mikrobiellen Gemeinschaften
- Beziehung zwischen Umweltbedingungen und mikrobieller Aktivität
- Auswirkungen auf den Kohlenstoffkreislauf
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Tropische Regenwälder spielen eine entscheidende Rolle beim Speichern von Kohlenstoff. Sie machen etwa 10% der Landfläche der Erde aus, enthalten aber etwa ein Drittel des gesamten Kohlenstoffs im Boden. Das bedeutet, dass sie wichtig sind, um die Kohlendioxidwerte in der Atmosphäre niedrig zu halten. Allerdings ist es kompliziert zu verstehen, wie Kohlenstoff in diesen Wäldern, insbesondere im Boden, sich bewegt. Das liegt hauptsächlich an der Feuchtigkeit im Boden und wie aktiv die winzigen Lebewesen (Mikroben) im Boden sind. Wenn der Boden zu trocken oder zu nass ist, wird die Bewegung von Kohlenstoff beeinflusst. Wir müssen mehr darüber lernen, wie diese Faktoren zusammenarbeiten und wie sie sich mit dem Klimawandel verändern werden.
Kohlenstoff im Boden sitzt nicht einfach nur rum; er wird aktiv abgebaut und durch verschiedene Prozesse zirkuliert. Die Mikroben, also winzige Organismen, helfen dabei. Sie können Kohlendioxid produzieren, während sie organisches Material abbauen. Man denkt, dass die Menge an Kohlendioxid, die aus dem Boden freigesetzt wird, stark davon abhängt, wie nass oder trocken der Boden ist. Wenn der Boden zu trocken oder zu nass ist, ist die Fähigkeit dieser Mikroben, Kohlenstoff abzubauen, eingeschränkt, was den gesamten Kohlenstoffkreislauf beeinflusst.
Trotzdem gibt es noch viel, was wir nicht wissen, wie diese Prozesse funktionieren, besonders in tropischen Regionen. Die Wechselwirkungen zwischen Feuchtigkeit, mikrobiellem Leben und Bodenmineralien sind sehr komplex, was es schwierig macht, das gesamte System genau zu modellieren. Da die tropischen Wälder langsam ihre Fähigkeit verlieren, Kohlenstoff zu speichern, ist es noch wichtiger geworden, zu verstehen, wie mikrobielle Prozesse mit dem Klimawandel interagieren. Wir müssen vorhersagen, wie steigende Temperaturen und unregelmässige Regenmuster die Gemeinschaften von Mikroben im Boden und deren Funktionen beeinflussen werden.
Die Rolle der Bodenmikroben
In tropischen Böden spielen die Menge an Sauerstoff und die Bedingungen, unter denen Mikroben leben, eine grosse Rolle dabei, wie diese Gemeinschaften organisiert sind. Tropische Böden haben oft viel Feuchtigkeit, Wärme und einen stabilen Nachschub an organischen Materialien, was eine sich ständig ändernde Umgebung schafft, die zwischen sauerstoffreich und sauerstoffarm wechseln kann. Diese Schwankungen beeinflussen die Aktivitäten der Bodenmikroben und deren Interaktionen im Ökosystem, wodurch der Kreislauf von Kohlenstoff und Nährstoffen im Boden beeinflusst wird.
An bestimmten Orten, wie dem Luquillo Experimental Forest in Puerto Rico, ist die Umgebung besonders dynamisch aufgrund häufiger Regenfälle und organischer Materialzufuhr. Das schafft eine vielfältige Gemeinschaft von Mikroben. Wie andere Lebewesen, wie zum Beispiel die, die andere Organismen fressen, die Beziehungen zwischen der Umwelt, mikrobiellem Leben und dem gesamten Nährstofffluss beeinflussen, bleibt jedoch unklar. Obwohl es viele Studien zur mikrobiellen Diversität und Aktivität in tropischen Böden gibt, gibt es noch wenig Informationen über Viren im Boden, ihren Einfluss auf die mikrobielle Aktivität und wie sich wechselnde Sauerstoffniveaus auf diese Viren auswirken.
Das Rätsel der Bodenviren
Der Boden wimmelt von Viren, Schätzungen zufolge gibt es weltweit etwa 10^31 Viren. Diese Viren interagieren mit Mikroben im Boden, indem sie sie entweder abtöten oder verändern, wie sie Nährstoffe verstoffwechseln. Zum Beispiel können Viren in den Ozeanen täglich einen signifikanten Teil der Bakterien abtöten, was eine grosse Rolle im globalen Kohlenstoffkreislauf spielt. Allerdings ist unser Wissen darüber, wie Viren im Boden agieren, wie sie mit ihren Wirten interagieren und welchen Einfluss sie haben, noch begrenzt.
Die Auswirkungen von Umweltbedingungen auf Viren sind erheblich, da diese Faktoren beeinflussen können, wie Viren ihre Wirte infizieren und sich vermehren. Zum Beispiel wurde festgestellt, dass Viren unter sauerstoffarmen Bedingungen tendenziell weniger effizient bei der Infektion von Wirtszellen sind. Zudem zeigen Virusgemeinschaften in Gebieten, wo Sauerstoff rar ist, oft eine reduzierte Diversität und ziehen es vor, innerhalb ihrer Wirte zu bleiben, anstatt frei in der Umgebung zu existieren. Diese Beobachtungen legen nahe, dass Bodenbedingungen das Verhalten von Viren und die Stoffwechselprozesse mikrobielle Gemeinschaften erheblich beeinflussen können.
Verständnis der Virus-Wirt-Interaktionen
Wir glauben, dass Veränderungen der Bodenbedingungen zu spürbaren Veränderungen in der Struktur und Aktivität der Virusgemeinschaften im Boden führen werden. Zum Beispiel erwarten wir, dass verschiedene Viruspopulationen aktiver sind in Umgebungen, die zwischen sauerstoffreichen und sauerstoffarmen Bedingungen wechseln. Diese erhöhte Virusaktivität könnte zu mehr mikrobiellem Sterben führen und somit den Kohlenstoffabbau im Boden beeinflussen.
Um diese Idee zu testen, haben wir ein Experiment über 44 Tage durchgeführt, in dem wir die Sauerstoffbedingungen im Boden des Luquillo Experimental Forest manipulierten. Wir haben eine spezielle Art von Pflanzenmaterial zum Boden hinzugefügt, um zu sehen, welche Mikroorganismen aktiv dieses Material nutzen. Dieser Prozess half uns, die Beziehungen zwischen den Mikroorganismen, den sie infizierenden Viren und wie diese Interaktionen den Kohlenstoffkreislauf im Boden beeinflussen könnten, zu identifizieren.
Der Untersuchungsort und Methodik
Unser Untersuchungsort im Luquillo Experimental Forest ist bekannt für seine natürlich wechselnden Bodenbedingungen. Der Boden hat einen leicht sauren pH-Wert und erlebt alle 14 bis 16 Tage einen regelmässigen Sauerstoffmangel. Wir haben Bodenproben von der Oberfläche dieser Gegend entnommen, Laub entfernt und den Boden für unser Experiment vorbereitet.
Wir haben den Boden in Gläsern platziert, die dafür ausgelegt sind, die Sauerstofflevel zu kontrollieren. Je nach Behandlung haben wir die Gläser entweder mit sauerstoffreicher Luft oder mit Stickstoff (der keinen Sauerstoff enthält) gefüllt, um verschiedene Bodenbedingungen zu schaffen. Zuerst wurden alle Gläser für eine Zeit im Dunkeln gelagert, um die Atmung des Bodens zu stabilisieren. Danach teilten wir die Gläser in vier Behandlungsgruppen: völlig anoxisch, völlig oxisch und zwei Gruppen, die zwischen oxischen und anoxischen Bedingungen wechselten.
Der Boden wurde mit einer speziellen Art von Pflanzenbiomasse angereichert, die mit einem Kohlenstoffisotop versehen war, um die Nutzung durch Mikroben nachzuverfolgen. Wir überwachten die Feuchtigkeit und die Gaslevel des Bodens während des gesamten Experiments, um sicherzustellen, dass sie konstant blieben.
Analyse der mikrobiellen und viralen Gemeinschaften
Nach dem 44-tägigen Zeitraum haben wir Proben aus dem Boden in jedem Glas entnommen, um die vorhandenen mikrobiellen und viralen Gemeinschaften zu analysieren. Wir extrahierten DNA aus dem Boden, um die Mikroorganismen und Viren zu identifizieren, die während des Experiments aktiv waren. Dieser Prozess beinhaltete mehrere Schritte, einschliesslich dem Zerschlagen der Zellen, um ihr genetisches Material freizusetzen, und der Trennung der DNA zur Analyse.
Wir verwendeten fortschrittliche Sequenzierungstechniken, um die DNA-Proben zu analysieren und die verschiedenen Mikroorganismen und Viren, die in jeder Behandlungsbedingung vorhanden waren, zu identifizieren. Durch den Vergleich von Proben aus verschiedenen Bedingungen wollten wir lernen, wie sich die Virusgemeinschaften unter unterschiedlichen Redoxbedingungen unterschieden und wie sie mit ihren mikrobielen Wirten interagierten.
Beobachtungen zu viralen und mikrobiellen Gemeinschaften
Die Ergebnisse zeigten deutliche Muster in den Virusgemeinschaften unter den verschiedenen Bodenbedingungen. Die Viruspopulationen varierten erheblich, wobei einige spezifisch für bestimmte Sauerstoffbedingungen waren. Das Vorhandensein von Viren, die aktiv beim Abbau von Pflanzenmaterial waren, unterstreicht die Wichtigkeit dieser Organismen im Nährstoffkreislauf.
Insgesamt identifizierten wir Tausende von einzigartigen viralen Sequenzen, wobei eine erhebliche Anzahl mit spezifischen mikrobiellen Wirten verknüpft war. Die Mehrheit dieser Wirte waren wahrscheinlich Bakterien, die in verschiedenen Bodenumgebungen gedeihen, was auf die Anpassungsfähigkeit sowohl von Viren als auch von ihren Wirten hinweist.
Beziehung zwischen Umweltbedingungen und mikrobieller Aktivität
Während wir die Veränderungen in den Virusgemeinschaften beobachteten, stellten wir auch Unterschiede in den mikrobiellen Populationen fest. Einige Bakteriengruppen gedeihen nur in entweder oxischen oder anoxischen Bedingungen, während andere in beiden präsent waren. Diese Flexibilität zeigt die Fähigkeit bestimmter Mikroben, sich an wechselnde Bodenbedingungen anzupassen.
Weitere Untersuchungen zeigten spezifische Beziehungen zwischen mikrobiellem Leben und Viren. Viele der aktiven Viren hatten starke Verbindungen zu bestimmten Bakteriengattungen, was die Bedeutung dieser Interaktionen in Bodenökosystemen hervorhebt. Die Häufigkeit und der Typ der vorhandenen Viren variierte mit den wechselnden Sauerstoffniveaus, was darauf hindeutet, dass der Kohlenstoffkreislauf durch diese Dynamiken beeinflusst werden könnte.
Auswirkungen auf den Kohlenstoffkreislauf
Die Ergebnisse unserer Studie helfen, die komplexen Wechselwirkungen zwischen Viren, Mikroben und ihren Umgebungen besser zu verstehen. Die Variabilität in den Virusgemeinschaften deutet darauf hin, dass die Reaktion dieser Organismen auf sich ändernde Bedingungen erhebliche Auswirkungen auf Bodenprozesse und den Kohlenstoffkreislauf haben kann.
Viren könnten eine doppelte Rolle im Boden spielen. Sie beeinflussen nicht nur die Gemeinschaften von Mikroben, die vorhanden sind, sondern können auch direkt die Geschwindigkeit des Kohlenstoffabbaus beeinflussen. Indem wir untersuchen, wie sich verschiedene Arten von Viren unter verschiedenen Bedingungen verhalten, können wir besser verstehen, wie gesund das Ökosystem insgesamt ist und wie gut es Kohlenstoff speichern kann.
Fazit
Tropische Böden sind dynamische Umgebungen, in denen die Wechselwirkungen zwischen Viren und Mikroben entscheidend für den Nährstoffkreislauf sind. Unsere Forschung hebt die Notwendigkeit hervor, sowohl mikrobielle als auch virale Gemeinschaften zu berücksichtigen, wenn es darum geht, wie Kohlenstoff im Boden angesichts des Klimawandels verwaltet wird. Die Fähigkeit dieser Gemeinschaften, sich an wechselnde Umweltbedingungen anzupassen, ist entscheidend für die Aufrechterhaltung der Bodenqualität und des gesamten Kohlenstoffgleichgewichts in tropischen Ökosystemen.
Wenn wir vorankommen, wird weitere Forschung zu diesen Wechselwirkungen und ihren Auswirkungen auf den Kohlenstoffkreislauf von entscheidender Bedeutung sein. Das Verständnis, wie diese Systeme funktionieren, hilft uns nicht nur, die Komplexität von Bodenökosystemen zu schätzen, sondern leitet auch die Bemühungen, den Klimawandel zu mildern, indem wir die Kohlenstoffspeicherung in tropischen Regenwäldern erhöhen.
Titel: Soil redox drives virus-host community dynamics and plant biomass degradation in tropical rainforest soils
Zusammenfassung: BackgroundWet tropical forest soils store a vast amount of organic carbon and cycle over a third of terrestrial net primary production. The microbiomes of these soils have a global impact on greenhouse gases and tolerate a remarkably dynamic redox environment--driven by high availability of reductant, high soil moisture, and fine-textured soils that limit oxygen diffusion. Yet tropical soil microbiomes, particularly virus-host interactions, remain poorly characterized, and we have little understanding of how they will shape future soil carbon cycling as high-intensity drought and precipitation events make soil redox conditions less predictable. ResultsTo investigate the effects of shifting soil redox conditions on active viral communities and virus-microbe interactions, we conducted a 44-day redox manipulation experiment using soils from the Luquillo Experimental Forest, Puerto Rico, amended with 13C-enriched plant biomass. We sequenced 10 bulk metagenomes and 85 stable isotope probing targeted metagenomes generated by extracting whole community DNA, performing density fractionation, and conducting shotgun sequencing. Viral and microbial genomes were assembled resulting in 5,420 viral populations (vOTUs) and 927 medium-to-high-quality metagenome-assembled genomes across 25 bacterial phyla. Notably, over half (54%) of the vOTUs were 13C-enriched, highlighting their active role in microbial degradation of plant litter. These active vOTUs primarily infected bacterial phyla Pseudomonadota, Acidobacteriota, and Actinomycetota, and 57% were unique to a particular redox treatment. The anoxic samples exhibited the most distinct viral communities, with an increased potential for modulating host metabolism by carrying redox-specific glycoside hydrolases. However, over a third of the vOTUs were present in all redox conditions, suggesting selection for cosmopolitan viruses occurs in these soils that naturally experience dynamic redox conditions. ConclusionsOur study demonstrates how redox conditions shape viral communities and virus-host interactions in soils. By applying different DNA assembly methods on stable isotope probing targeted metagenomes and incubating soils under various redox regimes, we identified distinct viral populations and observed significant variations in viral community composition and function. These findings highlight the specialized roles of viruses in microbial carbon degradation under diverse environmental conditions, providing important insights into their contributions to carbon cycling and the broader implications for climate change.
Autoren: Gareth Trubl, I. Leleiwi, A. Campbell, J. A. Kimbrel, A. Bhattacharyya, R. Riley, R. R. Malmstrom, S. J. Blazewicz, J. Pett-Ridge
Letzte Aktualisierung: 2024-09-14 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.13.612973
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.13.612973.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
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