機械学習を使ってオピオイドの乱用に対処する
研究はオピオイドの活動を分類し、予測を改善するための機械学習モデルを探っている。
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オピオイド危機は深刻な公衆衛生問題で、多くの死や社会と経済に高いコストをもたらしてるんだ。処方の監視ルールやオピオイドをやめるのを助ける治療法、過剰摂取を防ぐ薬を配るプログラム、教育キャンペーンなど、対策は進められてきたけど、2019年以降オピオイドに関連する死者数は増え続けてる。この状況は、新しくて効果的な解決方法が必要だってことを示してる。
技術を使ってオピオイド乱用に対処
オピオイド危機に対処するための有望なアプローチは、ビッグデータや機械学習(ML)を使うことなんだ。機械学習モデルはパターンを見つけたり、リスクを特定したり、可能な解決策を提案するのに役立つ。最近では、医療記録やソーシャルメディアなど、さまざまなデータソースを分析するためにこれらのモデルが使われてる。オピオイド乱用や過剰摂取に関連するリスク要因を研究するためにも活用されてるよ。
研究者たちは、オピオイドの効果に関与する脳内の特定の受容体との薬の相互作用を予測するためのMLモデルを作った。一つの研究では、異なる化合物が特定のオピオイド受容体にどのように結びつくかを予測するためにいくつかの従来のMLモデルが使われたんだ。そのために、これらの化合物の活性を測定するスクリーニング法から膨大なデータが利用された。
現在の研究
この研究の目的は、特定のオピオイド受容体に対して、特定の薬がアゴニストなのかアンタゴニストなのかを分類するための機械学習モデルを作ることだ。これまでの研究とは違って、今回はこの受容体に相互作用し、効果がテストされた983種類の化合物のデータセットに焦点を当てている。
化合物を分類するために、研究者たちはグラフベースのデータを扱うために特別に設計されたツリーモデルやニューラルネットワークを構築した。初期テストでは、これらのモデルが化学構造に基づいて化合物の種類を高精度で特定することができることが示された。
データの分析
この研究で使われたデータセットは、発表された情報源から注意深く選ばれ、化合物はその活性に基づいてラベル付けされた。これらの化合物のほとんどはオピオイドで、異なる化学クラスにグループ化できる。最大のグループは、天然物に見られる共通の化学構造を持つ化合物で構成されていた。
化合物の詳細な分析によって興味深いパターンが明らかになり、科学者たちはさまざまな薬の化学的類似性を理解する手助けをした。この分析では、構造的に似ている化合物のクラスタも特定され、これが効果の予測に役立つかもしれない。
機械学習モデルのパフォーマンス
モデルをトレーニングしテストするために、データセットはトレーニング用とテスト用のグループに分けられた。アゴニストなのかアンタゴニストなのかを分類するために様々な手法がツリーモデルを構築するために使用された。データセットにはアゴニストが多く、アンタゴニストが少ないため、モデルが効果的に学習できるように技術が適用された。
結果は、モデルが高い精度を達成したことを示している。モデルはアゴニストとアンタゴニストを適切に識別できて、分類ミスは非常に少なかった。
予測の背後にある要因の理解
モデルの予測を理解するために、研究者たちは化合物の異なる特徴に値を割り当てる方法を使った。これらの値は、化合物がアゴニストとして機能するのかアンタゴニストとして機能するのかを決定する際に最も重要な特徴を示すのに役立つ。特徴を分析することで、科学者たちは特定の化合物が特定の活動を示しやすい理由を理解できる。
モデルパフォーマンスの向上
研究者たちはモデルを改善する方法も探った。他のソースからの特徴を追加したり、モデルを微調整したりして、より良い精度を達成するための実験をした。これらの改善により、特にあまり一般的でないアンタゴニストクラスの予測が向上した。
さらに、初期のデータセットのサイズが小さいことを解決するために追加の戦略も試みられた。ある方法では、ラベルのないデータを使ってモデルを強化する半教師あり学習のアプローチが採用された。この技術は有望で、パフォーマンスの大幅な向上をもたらした。
結果の外部検証
モデルの有効性を確認するために、トレーニングに含まれていない外部の化合物セットでテストが行われた。モデルはこの新しいデータで良いパフォーマンスを発揮し、さまざまな化合物の活動を正確に予測した。この検証によって、モデルが元のデータセットを超えて予測を一般化できることが確認された。
結論
要するに、この研究は機械学習がオピオイド化合物の活動を正確に分類する可能性を示してる。データサイズやクラスの不均衡といった課題は残っているけど、今回の研究で試されたアプローチは将来の仕事のための強固な基盤を提供している。これらの発見は、新しいオピオイドを特定したり、さまざまな物質のリスクを評価したりするのに重要な応用があるかもしれず、最終的には進行中のオピオイド危機に対処する努力に貢献するだろう。
タイトル: Machine Learned Classification of Ligand Intrinsic Activities at Human mu-Opioid Receptor
概要: Opioids are small-molecule agonists of {micro}-opioid receptor ({micro}OR), while reversal agents such as naloxone are antagonists of {micro}OR. Here we developed machine learning (ML) models to classify the intrinsic activities of ligands at the human {micro}OR based on the SMILE strings and two-dimensional molecular descriptors. We first manually curated a database of 983 small molecules with measured Emax values at the human {micro}OR. Analysis of the chemical space allowed identification of dominant scaffolds and structurally similar agonists and antagonists. Decision tree models and directed message passing neural networks (MPNNs) were then trained to classify agonistic and antagonistic ligands. The hold-out test AUCs (areas under the receiver operator curves) of the extra-tree (ET) and MPNN models are 91.5 {+/-} 3.9% and 91.8 {+/-} 4.4%, respectively. To overcome the challenge of small dataset, a student-teacher learning method called tri-training with disagreement was tested using an unlabeled dataset comprised of 15,816 ligands of human, mouse, or rat {micro}OR,{kappa} OR, or{delta} OR. We found that the tri-training scheme was able to increase the hold-out AUC of MPNN to as high as 95.7%. Our work demonstrates the feasibility of developing ML models to accurately predict the intrinsic activities of {micro}OR ligands, even with limited data. We envisage potential applications of these models in evaluating uncharacterized substances for public safety risks and discovering new therapeutic agents to counteract opioid overdoses. TOC Graphic O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=105 SRC="FIGDIR/small/588485v2_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (16K): [email protected]@1b7f04aorg.highwire.dtl.DTLVardef@1009569org.highwire.dtl.DTLVardef@1515139_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
著者: Lidiya Stavitskaya, M. Oh, M. Shen, R. Liu, J. Shen
最終更新: 2024-06-14 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.07.588485
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.07.588485.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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