TRACE: 新しいAIモデルで薬の安全性を確保
TRACEは、AIを使って組織サンプルを分析することで、薬の安全性評価を向上させるよ。
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目次
新薬開発は長くてお金がかかるプロセスだよね。ラボで薬をテストするところから人間で試す段階に進むと、しばしば安全性の問題で多くの候補が失敗しちゃう。失敗の大きな理由は薬の毒性で、早期テスト段階で82%の薬候補が見捨てられるんだ。科学者たちは、主にげっ歯類を使った動物モデルを使って、薬の安全性を評価しているよ。これは、特に肝臓のような重要な臓器で薬によって引き起こされる損傷を特定するために、組織サンプルを詳しく見ていくことを含むんだ。
薬の安全性評価の課題
薬の安全性を評価するには病理学者が大きく関わっていて、彼らが手作業で組織サンプルを調べるんだけど、これが時間がかかるし、誰がチェックするかによって結果が変わることがあるんだよね。異なる病理学者が微妙な異常を見逃すことも多いし、例えば肝臓の小さな損傷がサンプルのほんの一部なら見逃されちゃうこともある。病理学者はしばしば不正確なスコアリングシステムを使っていて、これが損傷の報告の不一致につながることもあるんだ。
このプロセスをもっと効率的にするために、コンピュータや人工知能(AI)を使う関心が高まっているよ。これらの技術は、安全性評価を早める可能性があるし、同じデータを異なる医師が解釈する際の違いを減らすかもしれない。
AIの可能性があるとはいえ、今のほとんどのシステムは狭いタスクに焦点を当てていて、限られたデータで訓練されているから、薬の反応が大きく異なる現実的な状況では効果が薄いことが多い。異なるタスクごとにたくさんのモデルを持つのは実用的じゃないし、維持するのも大変だから、さまざまな種類の薬による損傷を分析できる、より広範囲で適応性のあるAIモデルが必要なんだ。
TRACEの紹介
この問題に対処するために、TRACEを紹介するよ。これは、薬の毒性を評価するために設計された高度なAIモデルなんだ。TRACEは、組織サンプルの画像から意味のある情報を抽出できる特定の視覚技術に基づくフレームワークを使って構築されているよ。このモデルは、前臨床研究からの大量の組織病理画像を使って訓練されていて、異なるタイプの組織損傷に関連するパターンや特徴を認識できるんだ。
TRACEは、さまざまな研究から何千もの組織サンプルでテストされているよ。訓練プロセスでは、ラットの肝臓や腎臓の組織から取り出した数百万の小さな画像断片が使われたんだ。この広範な訓練によって、TRACEは病変の種類を特定したり、その重症度を評価したり、異なる薬の投与量に対する変化を観察したりするのが得意なんだ。
TRACEの動作原理
TRACEは、組織画像をいくつかのレベルで処理することができるよ。具体的な損傷のタイプを特定するために小さなエリアを見たり、全体のスライドを分析して組織の健康状態を広く把握したりできるんだ。このマルチタスク能力は、薬の安全性評価のさまざまな側面で役立つんだ。
TRACEの効率は、自己教師あり学習と呼ばれる方法によって特に高められているんだ。この方法では、モデルが各画像の詳細なラベリングを必要とせずに大量のデータを処理しながら学習するんだ。代わりに、受け取った訓練データに基づいて特徴を特定し、カテゴリ分けできるように学んでいるよ。
前臨床データと訓練
TRACEは、さまざまな薬や化学物質に関する毒性研究の豊富な画像が含まれるTG-GATEsプロジェクトのデータに基づいて構築されているよ。157の研究がデータベースに貢献していて、治療を受けたラットから集められた23,000以上の肝臓サンプルと29,000近くの腎臓サンプルが含まれているんだ。各研究は異なる投与量やタイムラインを使っているから、TRACEは多様な例から学ぶことができるんだ。
訓練のために、TRACEはこれらのサンプルからの画像パッチ、つまりさまざまな病理特徴を表す小さな部分にさらされたんだ。この広範な訓練は、モデルが未知のサンプルで何を探すべきかを一般化するのに役立っているよ。
TRACEによる安全性評価の向上
従来の組織安全性評価法は時間がかかるし、病理学者の解釈に大きく依存しているんだ。TRACEがプロセスの一部を自動化することで、組織サンプルの評価に必要な時間を短縮しながら、薬の安全性の評価をより一貫性のあるものにできるかもしれないよ。
AIを使うことで、画像内のパターンを自動的に認識し、害を示すかもしれない部分をより正確で詳細に評価できるんだ。TRACEは訓練に基づいて病変の重症度を評価できるから、薬が組織の健康にどのように影響するかをより明確に示すことができるんだ。
病変の検出と分類
TRACEは幅広い損傷の種類を分類することで病変検出を効果的に行うよ。一度のスライドで複数の病変を特定できて、壊死や細胞増殖などの一般的な問題を認識することができるんだ。
TRACEのユニークなアプローチにより、病変をその重症度に基づいてスコアリングできるから、毒性学者が組織損傷の程度に基づいて情報に基づいた判断を下すことができるんだ。このスコアリングは、治験中の薬の投与量の推奨に影響を与える軽度の病変と重度の病変を素早く区別するのに役立つんだよ。
TRACEの評価
TRACEを評価するために、研究者たちはその予測を経験豊富な獣医病理学者のものと比較したんだ。この分析では、TRACEの出力の正確性を評価するためにレビューされた組織サンプルのサブセットが使用されたんだ。この比較によると、TRACEは特に評価が難しい病変に関して、個々の病理学者よりもよく機能することが多いんだ。
このモデルは、限られたデータでも効果的に学習する可能性を示していて、ほんのいくつかの例しかない場合でもよく学ぶことができるんだ。この能力は、毒性学において多くの病変が珍しくて特定が難しいため、重要なんだよ。
ビジュアルプロンプティングと形態学的検索
TRACEは、ビジュアルプロンプティングと呼ばれるユニークな機能もサポートしていて、参照画像に基づいてデータベースから似たパターンを素早く取得するのに役立つんだ。つまり、病理学者が特定の病変を特定したときに、TRACEを使ってさまざまなサンプル間で似たような病変を見つけることができるんだ。このアプローチは、診断を支援するだけでなく、異なるコンテキストにおける病変タイプのより深い分析も可能にするよ。
この技術の適用により、病理学者たちはかなりの作業負担を軽減できるんだ。すべてのスライドを詳しく調べる代わりに、TRACEに頼って注意が必要なエリアをハイライトさせることで、診断プロセスを早く効率的に進められるようになるんだ。
薬の安全性評価の課題に対処する
TRACEの高度な機能にもかかわらず、こうしたAI技術をルーチンな実践に完全に統合するにはまだいくつかの課題が残っているんだ。例えば、AIモデルのパフォーマンスはデータの質によって変わることがあるし、病変の表現は異なる研究の間で正確さを維持するために強固でなければならないんだ。
さらに、人間の組織の複雑さやまれな病変の種類は、まだ解決が必要な課題を抱えているんだ。データが増えてAI技術が進歩するにつれて、薬の安全性をより正確かつ効率的に評価できる能力が継続的に向上することが期待できるよ。
結論
要するに、TRACEは薬の安全性評価の分野で重要な進展を示しているんだ。診断プロセスの一部を自動化することで、病理学者が前臨床薬研究の組織サンプルを評価する方法を革命的に変える可能性を持っているよ。この技術が進化し続けることで、新薬の開発においてより信頼性の高い結果が得られ、最終的には患者にとって新しい薬の安全性が向上するかもしれないね。薬の安全性評価の未来は明るそうで、TRACEのようなAIツールが新薬の潜在的な毒性を特定するための効率と正確性を向上させる道を切り開いているんだ。
タイトル: Deep Learning-based Modeling for Preclinical Drug Safety Assessment
概要: In drug development, assessing the toxicity of candidate compounds is crucial for successfully transitioning from preclinical research to early-stage clinical trials. Drug safety is typically assessed using animal models with a manual histopathological examination of tissue sections to characterize the dose-response relationship of the compound - a timeintensive process prone to inter-observer variability and predominantly involving tedious review of cases without abnormalities. Artificial intelligence (AI) methods in pathology hold promise to accelerate this assessment and enhance reproducibility and objectivity. Here, we introduce TRACE, a model designed for toxicologic liver histopathology assessment capable of tackling a range of diagnostic tasks across multiple scales, including situations where labeled data is limited. TRACE was trained on 15 million histopathology images extracted from 46,734 digitized tissue sections from 157 preclinical studies conducted on Rattus norvegicus. We show that TRACE can perform various downstream toxicology tasks spanning histopathological response assessment, lesion severity scoring, morphological retrieval, and automatic dose-response characterization. In an independent reader study, TRACE was evaluated alongside ten board-certified veterinary pathologists and achieved higher concordance with the consensus opinion than the average of the pathologists. Our study represents a substantial leap over existing computational models in toxicology by offering the first framework for accelerating and automating toxicological pathology assessment, promoting significant progress with faster, more consistent, and reliable diagnostic processes. Live Demo: https://mahmoodlab.github.io/tox-foundation-ui/
著者: Faisal Mahmood, G. Jaume, S. de Brot, A. H. Song, D. F. K. Williamson, L. Oldenburg, A. Zhang, R. J. Chen, J. Asin, S. Blatter, M. Dettwiler, C. Gopfert, L. Grau Roma, S. Soto, S. Keller, S. Rottenberg, J. del-Pozo, R. Pettit, L. P. Le
最終更新: 2024-07-23 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.20.604430
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.20.604430.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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