Sfruttare i Knowledge Graphs per previsioni sanitarie migliori
Unire i dati EHR con grafi della conoscenza personalizzati migliora le previsioni sui risultati sanitari.
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La sanità si basa molto sui dati delle cartelle cliniche elettroniche (EHR), che contengono dettagli importanti sui pazienti e le loro storie mediche. Però, usare questi dati da soli per prevedere gli esiti sanitari può essere complicato. Per fare previsioni più accurate, i ricercatori stanno cercando modi per combinare i Dati EHR con fonti esterne di conoscenze mediche. Un approccio innovativo è quello di creare Grafi di conoscenza personalizzati (KG) che rappresentano i concetti medici rilevanti per ogni singolo paziente.
La Sfida delle Previsioni
I modelli predittivi clinici sono strumenti che aiutano a prevedere vari risultati sanitari, come le probabilità di mortalità, le riammissioni in ospedale e la durata dei ricoveri. Questi modelli spesso lavorano con enormi set di dati EHR, ma affrontano sfide quando cercano di incorporare conoscenze da vari ambiti medici. Qui entrano in gioco i grafi di conoscenza personalizzati.
Cosa Sono i Grafi di Conoscenza?
I grafi di conoscenza sono raccolte strutturate di informazioni che mostrano come diversi concetti medici siano collegati. Aiutano a rappresentare relazioni complesse tra vari enti medici, come malattie, procedure e farmaci. Tuttavia, creare grafi di conoscenza personalizzati dai dati EHR si è rivelato un compito complicato.
Combinare Conoscenze Esterne con i Dati EHR
Per migliorare le previsioni, i ricercatori propongono un framework che utilizza conoscenze da grandi modelli linguistici (LLM) e grafi di conoscenza biomedica consolidati. Questo metodo estrae conoscenze mediche rilevanti e genera grafi di conoscenza specifici per il paziente. Questi grafi personalizzati possono poi essere utilizzati con modelli avanzati per fare previsioni sanitarie accurate.
Come Funziona il Framework
Il framework proposto opera in tre passaggi principali:
Generazione di Grafi di Conoscenza Specifici per Concetti: Per ogni codice medico nel set di dati, la conoscenza è estratta dai LLM o campionata da grafi di conoscenza biomedica esistenti. Questo forma un grafo di conoscenza specifico per concetti che cattura relazioni importanti sui codici medici.
Creazione di Grafi di Conoscenza Personalizzati: Per ogni paziente, i grafi di conoscenza specifici per concetti vengono fusi in base ai loro codici medici individuali. Questo porta a un grafo di conoscenza Personalizzato che riflette la storia medica unica e le caratteristiche del paziente.
Utilizzo di una Rete Neurale Grafa per le Previsioni: I grafi di conoscenza personalizzati vengono inseriti in un modello specializzato noto come Rete Neurale Grafa Aumentata da Bi-attention (GNN). Questo modello è progettato per catturare informazioni importanti riguardo i percorsi sanitari dei pazienti e fare previsioni accurate.
Testare il Framework
Per valutare l'efficacia di questo approccio, i ricercatori hanno condotto esperimenti utilizzando due set di dati EHR ampiamente utilizzati: MIMIC-III e MIMIC-IV. I risultati hanno mostrato che il framework proposto ha superato significativamente diversi modelli di riferimento in vari compiti di previsione sanitaria, inclusi mortalità, riammissione, durata del soggiorno e raccomandazione di farmaci.
Il Ruolo della Conoscenza esterna
Utilizzare conoscenze da fonti esterne, come modelli linguistici grandi, permette una comprensione più ampia dei concetti medici. Arricchendo i dati EHR con questa conoscenza esterna, il framework ha dimostrato di migliorare le performance predittive anche quando la quantità di dati di addestramento era limitata.
Applicazioni Pratiche
Questo framework ha buone prospettive per varie applicazioni nel campo medico. Può migliorare la medicina personalizzata aiutando i clinici a prendere decisioni più informate basate sui dati individualizzati dei pazienti. Sfruttando il potere del machine learning e dell'intelligenza artificiale, i fornitori di assistenza sanitaria possono migliorare la cura dei pazienti e l'allocazione delle risorse.
Importanza dell'Interpretabilità
Capire come vengono fatte le previsioni è fondamentale sia per i clinici che per i pazienti. Il framework fornisce informazioni preziose visualizzando i grafi di conoscenza personalizzati, evidenziando relazioni chiave ed enti che contribuiscono alle previsioni. Questo migliora l'interpretabilità del modello e permette ai fornitori di assistenza sanitaria di spiegare le loro decisioni ai pazienti.
Affrontare Preoccupazioni Etiche
Anche se questo framework offre soluzioni innovative, è importante considerare le implicazioni etiche. I grandi modelli linguistici possono sometimes ereditare pregiudizi presenti nei dati su cui sono addestrati. Per mitigare questi rischi, il framework assicura che venga recuperata solo la conoscenza medica, riducendo le possibilità di introdurre pregiudizi legati a razza, genere o altri fattori.
Direzioni Future
Con l'evoluzione della tecnologia, c'è un grande potenziale per perfezionare ed espandere questo framework. La ricerca futura potrebbe concentrarsi sul miglioramento degli algoritmi per generare grafi di conoscenza personalizzati o integrare fonti di conoscenza medica ancora più complete. C'è anche l'opportunità di esplorare come questo framework possa adattarsi a nuove sfide sanitarie man mano che sorgono.
Conclusione
Lo sviluppo di grafi di conoscenza personalizzati combinati con modelli di machine learning avanzati presenta un metodo potente per migliorare le previsioni sanitarie. Sfruttando le conoscenze provenienti da fonti esterne e adattando le previsioni ai singoli pazienti, i fornitori di assistenza sanitaria possono migliorare la qualità delle cure e prendere decisioni più informate. Questo approccio innovativo alla modellazione predittiva ha grandi promesse per il futuro della medicina personalizzata.
Titolo: GraphCare: Enhancing Healthcare Predictions with Personalized Knowledge Graphs
Estratto: Clinical predictive models often rely on patients' electronic health records (EHR), but integrating medical knowledge to enhance predictions and decision-making is challenging. This is because personalized predictions require personalized knowledge graphs (KGs), which are difficult to generate from patient EHR data. To address this, we propose \textsc{GraphCare}, an open-world framework that uses external KGs to improve EHR-based predictions. Our method extracts knowledge from large language models (LLMs) and external biomedical KGs to build patient-specific KGs, which are then used to train our proposed Bi-attention AugmenTed (BAT) graph neural network (GNN) for healthcare predictions. On two public datasets, MIMIC-III and MIMIC-IV, \textsc{GraphCare} surpasses baselines in four vital healthcare prediction tasks: mortality, readmission, length of stay (LOS), and drug recommendation. On MIMIC-III, it boosts AUROC by 17.6\% and 6.6\% for mortality and readmission, and F1-score by 7.9\% and 10.8\% for LOS and drug recommendation, respectively. Notably, \textsc{GraphCare} demonstrates a substantial edge in scenarios with limited data availability. Our findings highlight the potential of using external KGs in healthcare prediction tasks and demonstrate the promise of \textsc{GraphCare} in generating personalized KGs for promoting personalized medicine.
Autori: Pengcheng Jiang, Cao Xiao, Adam Cross, Jimeng Sun
Ultimo aggiornamento: 2024-01-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2305.12788
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2305.12788
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://www.hcup-us.ahrq.gov/toolssoftware/
- https://bioportal.bioontology.org/ontologies/
- https://www.cdc.gov/nchs/icd/icd9cm.htm
- https://www.cms.gov/medicare/icd-10/2023-icd-10-cm
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- https://www.hcup-us.ahrq.gov/toolssoftware/ccs/ccs.jsp
- https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/ndc/index.cfm
- https://www.who.int/tools/atc-ddd-toolkit/atc-classification
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