Aperçus des compétitions d'analyse d'images biomédicales
Examiner les méthodes et stratégies dans les compétitions d'analyse d'images biomédicales.
― 6 min lire
Table des matières
Les Compétitions en analyse d'images biomédicales jouent un rôle majeur dans l'évaluation des différentes méthodes et la recherche des meilleures solutions. Malgré leur importance, on n'a pas beaucoup étudié ce qu'on peut apprendre de ces compétitions. Des questions se posent sur le fait que ces concours favorisent le progrès scientifique et quelles Stratégies aident les équipes à réussir. Cet article examine les résultats d'une étude menée sur 80 compétitions tenues lors de deux grandes conférences en imagerie biomédicale.
Aperçu de l'étude
L'étude visait à découvrir les pratiques courantes dans la participation aux compétitions, si ces compétitions mènent à un progrès scientifique et quelles stratégies utilisent les équipes gagnantes. Les chercheurs ont collecté des Données via des sondages envoyés aux participants, organisateurs et gagnants des compétitions. Ils ont analysé les réponses pour comprendre ce qui a fait que certaines solutions se démarquaient.
Les Compétitions
Les compétitions examinées faisaient partie du Symposium International IEEE sur l'Imagerie Biomédicale (ISBI) 2021 et de l'Intervention Assistée par Ordinateur en Imagerie Médicale (MICCAI) 2021. Un total de 80 compétitions a été organisé autour de 35 Défis, couvrant diverses tâches comme la classification d'images, le suivi et la segmentation.
Pratiques de Participation Courantes
Motivation à Participer
Une principale découverte a été que la plupart des participants ont rejoint les compétitions pour échanger des connaissances. D'autres raisons incluaient la comparaison de leur travail avec celui des autres, l'accès aux données, et la chance de faire partie de travaux publiés. Étonnamment, seuls quelques répondants ont considéré l'argent des prix comme une raison majeure de participation.
Développement de Stratégies
La majorité des participants s'appuyaient sur leur expérience et la littérature existante pour guider leurs méthodes. La plupart utilisaient des outils comme des clusters GPU pour le calcul, et seuls quelques-uns estimaient que la puissance de calcul limitée freinait leur progression. Le temps moyen passé à développer des solutions était estimé à environ 80 heures, avec une médiane de 267 heures GPU utilisées pour l'entraînement des modèles.
Approches et Outils Courants
Les participants utilisaient principalement des frameworks comme PyTorch et NumPy pour leur travail de développement. La plupart s'appuyaient sur des méthodes d'apprentissage profond, avec une part significative appliquant diverses techniques d'augmentation de données. Des stratégies simples comme l'ajustement des données et la préparation des modèles étaient courantes parmi les participants. Moins souvent, des techniques plus avancées comme la validation croisée k-fold étaient utilisées.
Progrès Scientifique Grâce aux Compétitions
Mesure du Progrès
Les réponses des organisateurs indiquaient que près de la moitié pensaient qu'un progrès scientifique avait été réalisé grâce à ces compétitions. Cependant, seule une petite fraction croyait que les problèmes abordés avaient été complètement résolus. La plupart des progrès venaient de nouvelles façons de structurer des algorithmes ou d'appliquer de nouvelles techniques.
Domaines d'Amélioration
Le sentiment général parmi les organisateurs était que, bien que certains progrès aient été réalisés, de nombreux défis demeurent. Les problèmes courants incluent les difficultés à généraliser les résultats sur différents ensembles de données et la gestion de cas rares de conditions dans les images. Les participants ont noté que la complexité des modèles ne se traduisait souvent pas par de meilleures performances, soulignant la préférence continue pour des approches plus simples.
Stratégies Gagnantes
Profil des Gagnants
Les gagnants avaient souvent un background en informatique, avec beaucoup de doctorats et une vaste expérience en analyse d'images biomédicales. L'étude a révélé que les gagnants avaient tendance à passer plus de temps à analyser leur travail, en se concentrant beaucoup sur les cas d'échec pour améliorer leurs modèles.
Stratégies Clés pour le Succès
Plusieurs stratégies ont émergé comme cruciales pour gagner. Celles-ci comprenaient l'utilisation de l'apprentissage multitâche et des pipelines à plusieurs étapes, qui aident à améliorer la performance des modèles sur différentes tâches. Les techniques de gestion des données comme le prétraitement et l'augmentation étaient aussi souvent signalées comme importantes.
Importance de la Dynamique d'Équipe
La volonté de gagner jouait un rôle significatif dans la séparation des équipes gagnantes des autres. Celles qui étaient plus déterminées à réussir investissaient plus de temps dans leurs projets et avaient tendance à soumettre leur travail plus tôt. La collaboration au sein des équipes influençait aussi leur succès, avec des équipes plus grandes ayant généralement de meilleures performances.
Défis et Limitations
Malgré les résultats positifs, plusieurs défis demeurent. Une préoccupation principale est le manque de méthodes diversifiées utilisées dans les compétitions, car de nombreuses solutions finissaient par être assez similaires. De plus, des problèmes comme le surajustement aux métriques de compétition au lieu de s'attaquer aux problèmes scientifiques sous-jacents ont été notés. La tricherie était également une préoccupation, bien que limitée à quelques cas.
Recommandations pour de Futures Compétitions
Pour améliorer les contributions des futures compétitions, les organisateurs devraient envisager de concevoir des défis qui se concentrent davantage sur des problèmes du monde réel. Cela inclut de mettre l'accent sur les besoins pratiques du domaine biomédical et de créer des métriques qui reflètent mieux ces besoins. De plus, fournir des directives plus claires sur l'utilisation de données externes pourrait mener à des approches plus variées.
Conclusion
L'étude fournit des éclairages précieux sur le monde des compétitions en analyse d'images biomédicales. Elle souligne l'importance de l'échange de connaissances, des stratégies efficaces, et la nécessité de traiter les questions ouvertes dans le domaine. En appliquant les résultats de cette étude, chercheurs et organisateurs de compétitions peuvent créer de meilleures opportunités pour le progrès scientifique dans les compétitions futures.
Titre: Why is the winner the best?
Résumé: International benchmarking competitions have become fundamental for the comparative performance assessment of image analysis methods. However, little attention has been given to investigating what can be learnt from these competitions. Do they really generate scientific progress? What are common and successful participation strategies? What makes a solution superior to a competing method? To address this gap in the literature, we performed a multi-center study with all 80 competitions that were conducted in the scope of IEEE ISBI 2021 and MICCAI 2021. Statistical analyses performed based on comprehensive descriptions of the submitted algorithms linked to their rank as well as the underlying participation strategies revealed common characteristics of winning solutions. These typically include the use of multi-task learning (63%) and/or multi-stage pipelines (61%), and a focus on augmentation (100%), image preprocessing (97%), data curation (79%), and postprocessing (66%). The "typical" lead of a winning team is a computer scientist with a doctoral degree, five years of experience in biomedical image analysis, and four years of experience in deep learning. Two core general development strategies stood out for highly-ranked teams: the reflection of the metrics in the method design and the focus on analyzing and handling failure cases. According to the organizers, 43% of the winning algorithms exceeded the state of the art but only 11% completely solved the respective domain problem. The insights of our study could help researchers (1) improve algorithm development strategies when approaching new problems, and (2) focus on open research questions revealed by this work.
Auteurs: Matthias Eisenmann, Annika Reinke, Vivienn Weru, Minu Dietlinde Tizabi, Fabian Isensee, Tim J. Adler, Sharib Ali, Vincent Andrearczyk, Marc Aubreville, Ujjwal Baid, Spyridon Bakas, Niranjan Balu, Sophia Bano, Jorge Bernal, Sebastian Bodenstedt, Alessandro Casella, Veronika Cheplygina, Marie Daum, Marleen de Bruijne, Adrien Depeursinge, Reuben Dorent, Jan Egger, David G. Ellis, Sandy Engelhardt, Melanie Ganz, Noha Ghatwary, Gabriel Girard, Patrick Godau, Anubha Gupta, Lasse Hansen, Kanako Harada, Mattias Heinrich, Nicholas Heller, Alessa Hering, Arnaud Huaulmé, Pierre Jannin, Ali Emre Kavur, Oldřich Kodym, Michal Kozubek, Jianning Li, Hongwei Li, Jun Ma, Carlos Martín-Isla, Bjoern Menze, Alison Noble, Valentin Oreiller, Nicolas Padoy, Sarthak Pati, Kelly Payette, Tim Rädsch, Jonathan Rafael-Patiño, Vivek Singh Bawa, Stefanie Speidel, Carole H. Sudre, Kimberlin van Wijnen, Martin Wagner, Donglai Wei, Amine Yamlahi, Moi Hoon Yap, Chun Yuan, Maximilian Zenk, Aneeq Zia, David Zimmerer, Dogu Baran Aydogan, Binod Bhattarai, Louise Bloch, Raphael Brüngel, Jihoon Cho, Chanyeol Choi, Qi Dou, Ivan Ezhov, Christoph M. Friedrich, Clifton Fuller, Rebati Raman Gaire, Adrian Galdran, Álvaro García Faura, Maria Grammatikopoulou, SeulGi Hong, Mostafa Jahanifar, Ikbeom Jang, Abdolrahim Kadkhodamohammadi, Inha Kang, Florian Kofler, Satoshi Kondo, Hugo Kuijf, Mingxing Li, Minh Huan Luu, Tomaž Martinčič, Pedro Morais, Mohamed A. Naser, Bruno Oliveira, David Owen, Subeen Pang, Jinah Park, Sung-Hong Park, Szymon Płotka, Elodie Puybareau, Nasir Rajpoot, Kanghyun Ryu, Numan Saeed, Adam Shephard, Pengcheng Shi, Dejan Štepec, Ronast Subedi, Guillaume Tochon, Helena R. Torres, Helene Urien, João L. Vilaça, Kareem Abdul Wahid, Haojie Wang, Jiacheng Wang, Liansheng Wang, Xiyue Wang, Benedikt Wiestler, Marek Wodzinski, Fangfang Xia, Juanying Xie, Zhiwei Xiong, Sen Yang, Yanwu Yang, Zixuan Zhao, Klaus Maier-Hein, Paul F. Jäger, Annette Kopp-Schneider, Lena Maier-Hein
Dernière mise à jour: 2023-03-30 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://arxiv.org/abs/2303.17719
Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.17719
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
Merci à arxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.
Liens de référence
- https://github.com/MCG-NKU/CVPR_Template
- https://biomedicalimaging.org/2021
- https://miccai2021.org
- https://celltrackingchallenge.net
- https://mitoem.grand-challenge.org
- https://endocv2021.grand-challenge.org
- https://riadd.grand-challenge.org
- https://segpc-2021.grand-challenge.org/SegPC-2021
- https://a-afma.grand-challenge.org
- https://kits21.kits-challenge.org
- https://realnoisemri.grand-challenge.org
- https://crossmoda-challenge.ml
- https://adaptor2021.github.io/
- https://dfu-challenge.github.io/
- https://www.synapse.org/heisurf
- https://giana.grand-challenge.org/
- https://cholectriplet2021.grand-challenge.org
- https://fetreg2021.grand-challenge.org
- https://www.synapse.org/PETRAW
- https://www.synapse.org/simsurgskill2021
- https://hardi.epfl.ch/static/events/2021_challenge
- https://flare.grand-challenge.org
- https://www.med.upenn.edu/cbica/fets/miccai2021
- https://feta-2021.grand-challenge.org
- https://www.aicrowd.com/challenges/miccai-2021-hecktor
- https://learn2reg.grand-challenge.org
- https://medicalood.dkfz.de/web/2021
- https://imig.science/midog2021
- https://www.ub.edu/mnms-2
- https://qubiq21.grand-challenge.org
- https://www.med.upenn.edu/cbica/brats2021
- https://saras-mesad.grand-challenge.org
- https://autoimplant2021.grand-challenge.org
- https://valdo.grand-challenge.org
- https://vessel-wall-segmentation.grand-challenge.org
- https://fusc.grand-challenge.org
- https://portal.fli-iam.irisa.fr/msseg-2
- https://paip2021.grand-challenge.org