Cellules et leurs rôles uniques dans le développement
Découvre comment les cellules choisissent leurs fonctions grâce à l'expression des gènes et à l'épigénétique.
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Chaque être vivant commence par une seule cellule appelée zygote. En grandissant, cette cellule se divise plein de fois, créant d'autres cellules qui vont former différentes parties du corps, comme les organes et les tissus. Chaque cellule est unique et joue un rôle spécifique, même si elles viennent toutes de cette cellule originale. Ça soulève une question importante : comment les cellules décident-elles de leur rôle ?
La réponse se trouve dans un processus appelé expression génétique. Chaque cellule choisit quels gènes de son ADN utiliser à un moment donné et à un endroit précis. Ce processus est très contrôlé. Il y a plein de facteurs qui influencent comment les gènes sont activés ou désactivés, et ça inclut quelque chose qu'on appelle l'épigénétique.
C'est quoi l'épigénétique ?
L'épigénétique fait référence aux changements dans l'activité des gènes d'une cellule qui ne modifient pas la séquence de l'ADN lui-même. Ces changements peuvent affecter le comportement des cellules. Par exemple, deux cellules avec le même ADN peuvent agir très différemment à cause de facteurs Épigénétiques. Ça peut se produire à travers différents mécanismes, comme :
- Méthylation de l'ADN : un processus où de petits groupes chimiques sont ajoutés à l'ADN, affectant l'activité des gènes.
- Modifications des histones : des protéines appelées histones aident à emballer l'ADN. Leurs étiquettes chimiques peuvent influencer à quel point l'ADN est enroulé, affectant l'expression des gènes.
- Variantes d'histones : différentes formes d'histones peuvent entraîner une activité génique différente.
- ARN non codants : ce sont des molécules d'ARN qui ne codent pas pour des protéines mais peuvent influencer la régulation des gènes.
Importance de l'épigénétique dans le développement
Ces changements épigénétiques sont cruciaux pour maintenir ce qu'on appelle la "mémoire épigénétique". Ça veut dire qu'une fois qu'une cellule a pris un certain rôle, elle peut garder cette identité tout au long de sa vie, même en se divisant et en créant plus de cellules. Les changements épigénétiques sont aussi essentiels pour le développement, le maintien des fonctions corporelles et les processus de guérison.
Une façon courante d'étudier comment les cellules prennent des chemins différents est à travers un processus appelé Division Cellulaire Asymétrique (DCA). Dans la DCA, une cellule se divise pour former deux cellules filles qui ne sont pas identiques. Ça veut dire qu'elles peuvent assumer des rôles ou des destins différents, même si elles viennent de la même cellule mère.
Le rôle des dommages à l'ADN dans la division cellulaire
Fait intéressant, des études récentes ont montré que les dommages à l'ADN peuvent aussi influencer comment les cellules se divisent. Normalement, les cellules pourraient se diviser de manière symétrique, ce qui signifie que les deux cellules filles se ressemblent. Cependant, si des dommages à l'ADN se produisent, ça peut déclencher la DCA, menant à des destins différents pour les cellules filles. Ça suggère que les changements dans l'ADN peuvent affecter comment les cellules héritent de leurs caractéristiques, pas seulement de leur information génétique.
Recherche sur les modèles d'héritage des histones
Pour étudier davantage comment les cellules héritent de caractéristiques spécifiques lors de la DCA, les chercheurs ont développé des techniques pour étiqueter les vieilles et nouvelles histones. Dans une étude utilisant la drosophile, les scientifiques ont remarqué que pendant la DCA dans les cellules souches germinales mâles, les vieilles histones avaient plus de chances de rester dans la cellule souche originale, tandis que les nouvelles histones se trouvaient dans la cellule fille qui allait finalement se différencier en un type de cellule spécifique.
Dans les divisions symétriques, par contre, comme dans les cellules progénitrices, les vieilles et nouvelles histones étaient réparties de manière équitable entre les cellules filles. Les chercheurs ont proposé que l'héritage asymétrique des histones implique quelques étapes. D'abord, les vieilles et nouvelles histones sont incorporées différemment sur les chromatides soeurs (les deux copies d'un chromosome créées lors de la division cellulaire). Ça peut se produire à cause de différences dans la façon dont l'ADN est copié. Ensuite, les chromatides distinctes sont reconnues et séparées pendant la division cellulaire, ce qui aboutit à ce que chaque cellule fille reçoive des informations histones différentes.
Questions restantes dans la recherche
Même avec cette compréhension, il reste encore des questions importantes. Par exemple, les chercheurs veulent savoir quels mécanismes moléculaires spécifiques garantissent que les vieilles et nouvelles histones sont incorporées différemment lors de la réplication de l'ADN. Bien que les études se soient concentrées sur la façon dont ces mécanismes fonctionnent dans les organismes unicellulaires, il y a beaucoup moins d'informations sur leur fonctionnement dans des organismes multicellulaires comme les drosophiles.
Une autre question est de savoir comment ces processus changent au cours des différentes étapes du développement au sein de la même lignée cellulaire. Par exemple, pourquoi les histones sont-elles héritées différemment dans les cellules souches par rapport aux cellules progénitrices ?
Identification des composants clés dans l'héritage asymétrique des histones
Pour explorer ces questions, les chercheurs ont examiné quelles protéines sont impliquées dans la réplication de l'ADN et comment leurs niveaux diffèrent entre les cellules souches germinales et les cellules progénitrices. Ils ont découvert que des composants spécifiques de la réplication, en particulier ceux responsables de la copie du brin retardé de l'ADN, étaient moins abondants dans les cellules souches par rapport aux cellules progénitrices.
Cela a amené les chercheurs à spéculer que des niveaux plus bas de ces polymérases de brin retardé dans les cellules souches pourraient entraîner une réplication plus lente de ce côté, permettant plus de temps pour que les vieilles histones se recyclent dans le nouveau brin d'ADN pendant que le brin directeur est synthétisé.
Investigation des modèles d'anciennes et nouvelles histones dans les cellules
En examinant attentivement les cellules à l'aide d'un système de marquage à double couleur, les chercheurs ont constaté que dans les cellules souches, la séparation entre les vieilles et nouvelles histones était importante. En revanche, cette séparation n'était pas aussi marquée dans les cellules progénitrices. Cela montre un modèle clair d'héritage asymétrique des histones dans les cellules souches et a donné un aperçu de la façon dont les cellules pourraient se différencier.
Pour tester davantage leurs hypothèses, les scientifiques ont manipulé les niveaux de certains composants de la réplication de l'ADN. La réduction des niveaux de la polymérase de brin retardé a entraîné une augmentation de la séparation des vieilles et nouvelles histones, montrant que ces composants jouent un rôle essentiel dans le maintien de l'asymétrie de l'héritage des histones.
Le rôle de RPA dans l'héritage asymétrique
Les chercheurs ont également considéré le rôle de RPA (Replication Protein-A), une protéine qui aide à stabiliser l'ADN simple brin. Ils ont découvert que des niveaux plus élevés de RPA dans les cellules souches pouvaient contribuer à maintenir les vieilles histones associées au brin directeur, renforçant le modèle asymétrique observé.
Modèles de condensation différentielle de la chromatine
Dans les cellules en division, les chercheurs ont noté des différences dans la façon dont la chromatine (la structure qui empaquette l'ADN) était organisée de manière plus ou moins compacte dans les cellules souches par rapport aux cellules progénitrices. Dans les cellules souches, la chromatine associée aux vieilles histones était plus compacte que celle des nouvelles histones. Cependant, dans les cellules progénitrices, cette compacité n'était pas évidente. Lorsque les chercheurs ont réduit les niveaux de la polymérase de brin retardé dans les cellules progénitrices, ils ont observé des changements qui imitaient les modèles observés dans les cellules souches, suggérant que cette caractéristique pourrait être influencée par les niveaux de protéines de réplication spécifiques.
Différences temporelles dans la synthèse de l'ADN
Les chercheurs voulaient également examiner comment le brin directeur et le brin retardé étaient synthétisés lors de la réplication de l'ADN. Ils ont mené des expériences pour voir si ces processus étaient étroitement liés dans le temps. Il s'avère que dans certains cas, le brin directeur est synthétisé plus rapidement que le brin retardé. Cela signifie que les vieilles histones ont plus de chances de s'associer au brin directeur, ce qui entraîne l'asymétrie observée.
Conclusion
L'étude révèle un mécanisme important derrière la façon dont les cellules peuvent assumer différents rôles pendant le développement, malgré le partage du même matériel génétique. En comprenant comment les vieilles et nouvelles histones sont héritées différemment, les chercheurs peuvent acquérir un aperçu des processus fondamentaux de différenciation cellulaire et de la façon dont ces modèles affectent la croissance et la guérison des organismes.
Les chercheurs espèrent continuer à explorer ces mécanismes dans divers organismes pour voir comment ils pourraient s'appliquer dans différents contextes biologiques. Cette compréhension pourrait mener à des avancées dans notre approche des traitements et de la médecine régénérative, ainsi que d'informer des principes biologiques plus larges qui gouvernent le développement de nombreuses créatures vivantes.
Titre: Reduced Levels of Lagging Strand Polymerases Shape Stem Cell Chromatin
Résumé: Stem cells display asymmetric histone inheritance while non-stem progenitor cells exhibit symmetric patterns in the Drosophila male germline lineage. Here, we report that components involved in lagging strand synthesis, such as DNA polymerase and {delta} (Pol and Pol{delta}), have significantly reduced levels in stem cells compared to progenitor cells. Compromising Pol genetically induces the replication-coupled histone incorporation pattern in progenitor cells to be indistinguishable from that in stem cells, which can be recapitulated using a Pol inhibitor in a concentration-dependent manner. Furthermore, stem cell-derived chromatin fibers display a higher degree of old histone recycling by the leading strand compared to progenitor cell-derived chromatin fibers. However, upon reducing Pol levels in progenitor cells, the chromatin fibers now display asymmetric old histone recycling just like GSC-derived fibers. The old versus new histone asymmetry is comparable between stem cells and progenitor cells at both S-phase and M-phase. Together, these results indicate that developmentally programmed expression of key DNA replication components is important to shape stem cell chromatin. Furthermore, manipulating one crucial DNA replication component can induce replication-coupled histone dynamics in non-stem cells in a manner similar to that in stem cells. One Sentence SummaryDelayed lagging strand synthesis regulates asymmetric histone incorporation.
Auteurs: Xin Chen, J. Snedeker, B. E. M. Davis, R. Ranjan, M. I. Wooten, J. Blundon
Dernière mise à jour: 2024-04-29 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.26.591383
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.26.591383.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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