Der Integrator-Komplex: Ein wichtiger Spieler bei der Genregulation
Der Integrator-Komplex spielt eine entscheidende Rolle bei der Kontrolle der Genexpression.
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Inhaltsverzeichnis
In lebenden Organismen müssen die Zellen steuern, wie Gene ein- oder ausgeschaltet werden. Ein entscheidender Teil dieser Kontrolle ist ein Prozess, bei dem ein Enzym namens RNA-Polymerase II pausiert, nachdem es begonnen hat, ein Gen abzuschreiben, aber bevor es damit ganz fertig ist. Diese Pause wird von mehreren Proteinen geregelt, die entweder den Transkriptionsprozess unterstützen oder behindern. Zwei wichtige Proteine, DSIF und NELF1, sorgen dafür, dass RNA-Polymerase II pausiert, während ein anderes Protein-Komplex, P-TEFb, dem Enzym hilft, weiterzumachen und die RNA-Kopie des Gens fertigzustellen. Manchmal stoppt die RNA-Polymerase II aber auch zu früh und macht keine vollständige RNA-Kopie, was passieren kann, wenn ein anderes Protein-Komplex namens Integrator ins Spiel kommt. Der Integrator wurde zuerst wegen seiner Rolle bei der Verarbeitung bestimmter RNA-Typen entdeckt, hat sich jetzt aber auch als Einflussfaktor auf die Transkription anderer Gene herausgestellt.
Die Rolle des Integrator-Komplexes
Der Integrator-Komplex besteht aus mehreren Proteinbestandteilen, die als Untereinheiten bekannt sind. Er interagiert mit RNA-Polymerase II und spielt eine Rolle dabei, die RNA-Kopie eines Gens fertigzustellen und ein vorzeitiges Stoppen zu verhindern. Der Integrator-Komplex besteht aus 15 Hauptkomponenten, darunter einige neu identifizierte Untereinheiten. Forscher haben herausgefunden, dass zwei dieser Proteine, INTS11, das wie eine Schere funktioniert, um RNA zu schneiden, und ein anderes Protein namens PP2A-C, das hilft, Proteine zu modifizieren, zusammenarbeiten, um die Genexpression zu beeinflussen. Wenn der Integrator nicht richtig funktioniert, kann das zu ernsthaften genetischen Problemen führen.
Struktur und Funktion des Integrator
Zu verstehen, wie der Integrator aussieht und funktioniert, ist wichtig. Neueste Studien haben gezeigt, dass der Integrator eine komplexe Struktur hat, die aus verschiedenen Modulen besteht, die unterschiedliche Funktionen erfüllen. Eines dieser Module, das Arm-Modul, spielt eine bedeutende Rolle dabei, den Integrator mit RNA-Polymerase II zu verbinden. Forscher haben fortschrittliche Techniken eingesetzt, um diese Strukturen im Detail zu visualisieren. Sie fanden heraus, dass das Arm-Modul wie ein Haken geformt ist, wobei verschiedene Teile des Moduls durch einen flexiblen Bereich verbunden sind.
Diese Flexibilität bedeutet, dass die Komponenten sich bewegen können, was für ihre Funktion entscheidend ist. Ein wichtiger Aspekt des Designs ist, wie die Untereinheiten zusammenpassen. Insbesondere fungiert eine Untereinheit, INTS15, als Brücke zwischen verschiedenen Teilen des Integrators und hilft, die Stabilität der gesamten Struktur aufrechtzuerhalten.
Integrator-Interaktion mit Transkriptionsfaktoren
Der Integrator arbeitet nicht alleine; er interagiert mit verschiedenen anderen Proteinen, einschliesslich Transkriptionsfaktoren – Proteinen, die sich an spezifische DNA-Regionen anheften, um die Genaktivität zu steuern. Ein interessanter Transkriptionsfaktor ist ZNF655, der zu einer populären Familie von Transkriptionsfaktoren gehört, die als Zinkfingerproteine bekannt sind. Diese Transkriptionsfaktoren helfen oft dabei, Gene zu regulieren, insbesondere in Kontexten wie Krebs.
Forscher haben herausgefunden, dass ZNF655 an einen bestimmten Teil des Integrator-Komplexes binden kann, insbesondere an die INTS13-Untereinheit. Die Bindung von ZNF655 an den Integrator ist entscheidend, um den gesamten Komplex zu stabilisieren. Wenn ZNF655 vorhanden ist, scheint der Integrator besser bei seiner Arbeit zu funktionieren, was ihn potenziell mit verschiedenen zellulären Prozessen verbindet, einschliesslich derjenigen, die mit Zellwachstum und der Reaktion auf verschiedene Signale zu tun haben.
Untersuchung von Proteinstrukturen
Um mehr darüber zu erfahren, wie diese Proteine interagieren, verwendeten Forscher eine Methode namens Kryo-Elektronenmikroskopie, um Strukturen im sehr feinen Massstab sichtbar zu machen. Dies ermöglichte es ihnen, ein genaues Bild davon zu erstellen, wie das Arm-Modul in den grösseren Integrator-Komplex passt, wenn es mit RNA-Polymerase II assoziiert ist.
In diesen Visualisierungen war klar, dass der Integrator-Komplex an mehreren Stellen starke Verbindungen zur RNA-Polymerase II bildet. Diese Verbindung ist entscheidend für seine Funktion zur Regulierung der Genexpression. Die Studien zeigten auch, dass die Position des Integrators in Bezug auf die RNA-Polymerase II komplexe Interaktionen mit DNA-Sequenzen ermöglicht. Solche Interaktionen könnten beeinflussen, wie einfach der Transkriptionsprozess ablaufen kann.
Die Bedeutung von ZNF655 und anderen Transkriptionsfaktoren
Die Interaktion zwischen ZNF655 und dem Integrator-Komplex beleuchtet einen potenziellen Regulationsmechanismus, durch den der Integrator die Gen-Transkription beeinflussen könnte. Das bedeutet, dass, wenn ZNF655 an den Integrator bindet, es die Stabilität des gesamten Komplexes verbessern und potenziell beeinflussen könnte, wie lange der Integrator mit RNA-Polymerase II assoziiert bleibt. Diese Interaktion könnte entscheidend sein, wenn schnelle Reaktionen auf Veränderungen in der Umgebung nötig sind.
Neben ZNF655 interagieren mehrere andere Transkriptionsfaktoren mit dem Integrator. Jeder dieser Faktoren könnte einzigartige regulatorische Fähigkeiten bieten, die es dem Integrator ermöglichen, auf verschiedene Signale in der Zelle zu reagieren. Das legt nahe, dass der Integrator nicht nur ein passiver Akteur bei der Genexpression sein könnte, sondern auch aktiv daran mitwirkt, wann und wie Gene basierend auf dem Kontext dieser Transkriptionsfaktoren exprimiert werden.
Bedeutung für die Genregulation
Zu verstehen, wie der Integrator und Transkriptionsfaktoren interagieren, trägt zu einem umfassenderen Bild der Genregulation bei. Die Fähigkeit des Integrators, sich mit verschiedenen Transkriptionsfaktoren zu verbinden, legt nahe, dass er helfen könnte, die Transkriptionsmaschinerie unter verschiedenen Umständen gezielt auf bestimmte Gene auszurichten. Diese Vielseitigkeit ist entscheidend für die richtige zelluläre Funktion und Reaktion auf Stress- oder Wachstums-Signale.
In Anbetracht dessen, was wir über die Interaktionen des Integrators wissen, stellen sich Fragen nach der Möglichkeit therapeutischer Strategien, die diese Komplexe gezielt anzugehen, um Krankheiten zu behandeln, insbesondere Krebs, bei dem die Genexpression oft fehlreguliert ist. Durch potenzielle Modifizierung der Interaktionen des Integrators mit Transkriptionsfaktoren könnten Forscher neue Wege finden, um die Genexpression kontrolliert zu beeinflussen.
Fazit
Zusammenfassend ist der Integrator-Komplex entscheidend für die Regulierung der Genexpression, da er den Transkriptionsprozess managt und mit verschiedenen Proteinen, einschliesslich Transkriptionsfaktoren wie ZNF655, zusammenarbeitet. Die komplexen Beziehungen und Strukturen dieser Proteine heben ein ausgeklügeltes System der Genkontrolle hervor. Indem wir weiterhin diese Interaktionen und deren Auswirkungen auf zelluläre Funktionen untersuchen, könnten wir neue Einblicke in die genetische Regulation und therapeutische Ansätze zur Behandlung verschiedener Krankheiten gewinnen. Der Integrator spielt, obwohl er ein komplexer Bestandteil der Zellen ist, eine entscheidende Rolle dabei, sicherzustellen, dass Gene korrekt exprimiert werden, was für die Gesundheit und Funktion lebender Organismen entscheidend ist.
Titel: Structural basis of the Integrator complex assembly and association with transcription factors
Zusammenfassung: Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs in Metazoans. This is achieved via Integrators two enzymatic activities, RNA endonuclease and protein phosphatase, acting on the promoter-proximally paused RNA Polymerase II (RNAPII). Yet, it remains unclear how Integrator assembly and recruitment are regulated and what are the functions of many of its core subunits. Here we report two cryo-EM reconstructions of large Integrator sub-complexes: INTS10/13/14/15 (Arm module) and INTS5/8/10/15, which allowed integrative modelling of the fully-assembled Integrator bound to the RNAPII paused elongating complex (PEC). INTS13/14 are positioned near the DNA upstream from the transcription pause site, suggesting a potential role in the chromatin context. An in silico protein interaction screen of over 1500 transcription factors (TFs), identified Zinc Finger Protein 655 (ZNF655) as a direct interacting partner of INTS13 that associates with a fully assembled, 17-subunit Integrator complex. We propose a model wherein the Arm module acts as a platform for the recruitment of TFs that could modulate the stability of the Integrators association at specific loci and modulate transcription attenuation of the target genes.
Autoren: Wojciech P. Galej, M. Razew, A. Fraudeau, M. M. Pfleiderer
Letzte Aktualisierung: 2024-01-31 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.30.577955
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.30.577955.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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