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# Biologie# Genomik

Zusammenspiel von Mutationen bei der Entwicklung von Lungenkrebs

Studie zeigt, wie Rauchen und APOBEC-Mutationen bei Lungenkrebs zusammenwirken.

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Mutationen und EinblickeMutationen und Einblickein LungenkrebsRaucher-Mutationen bei Lungenkrebs.Neue Studie verknüpft APOBEC und
Inhaltsverzeichnis

Somatische Mutationen sind Veränderungen in der DNA, die in den Zellen des Körpers auftreten (ausser in Spermien und Eizellen) und zu Krebs führen können. Diese Mutationen können durch äussere Einflüsse (exogen) wie Rauchen oder Umweltverschmutzung oder durch innere Faktoren (endogen) aufgrund normaler Zellprozesse entstehen. Ein wichtiger Aspekt beim Studium von Krebs ist es, die unterschiedlichen Muster und Quellen dieser Mutationen zu verstehen.

Die Rolle von Mutationssignaturen

Forscher schauen sich oft die sogenannten Mutationssignaturen in Krebsstudien an. Das sind einzigartige Muster von Mutationen, die uns etwas über die beteiligten Mutagene verraten können. Zum Beispiel kann die APOBEC-Familie von Enzymen, die dem Körper helfen, Viren abzuwehren, auch unbeabsichtigt Mutationen im Krebs verursachen. Etwa 70 % der menschlichen Krebserkrankungen zeigen Anzeichen von APOBEC-Aktivität, was manchmal zu besseren Behandlungsergebnissen mit Therapien wie Immuntherapie führen kann.

Fokus auf Lungenkrebs

Lungenkrebs ist ein grosses Gesundheitsproblem und die zweithäufigste Krebsart weltweit sowie die häufigste Todesursache durch Krebs. Rauchen ist der grösste Risikofaktor für Lungenkrebs und verursacht viele Mutationen in der DNA von Lungenzellen. Rund 35 % bis 55 % der Lungenkrebs-Tumoren zeigen Anzeichen von APOBEC-Mutationen. Wie APOBEC-verwandte Mutationen in Kombination mit rauchbedingten Mutationen im Lungenkrebs wirken, ist jedoch noch nicht vollständig verstanden.

Forschungsziel

Ziel dieser Studie ist es, zu untersuchen, wie APOBEC- und rauchbedingte Mutationen in der Entwicklung von Lungenkrebs interagieren. Mithilfe von Multi-Omics-Daten-die genetische, transkriptomische und epigenomische Informationen beinhalten-untersuchten die Forscher Lungengewebsproben von Rauchern.

Ergebnisse der Multi-Omics-Studie

Die Studie analysierte Lungenkrebsproben von 309 Rauchern mit detaillierter Raucherhistorie. Ein wichtiges Ergebnis war, dass die Kombination von APOBEC- und rauchbedingten Mutationsprozessen sowohl das Auftreten von Lungenkrebs als auch das Alter, in dem bei den Personen eine Diagnose gestellt wurde, beeinflusst.

Tumorarten und APOBEC-Signaturen

Als die Forscher sich die Lungen-Tumoren ansahen, fanden sie zwei Hauptgruppen basierend auf dem Vorhandensein von APOBEC-verwandten Mutationsmustern. Eine Gruppe zeigte eine starke Präsenz dieser Mutationen (High APOBEC Subtyp), während die andere weniger hatte (Low APOBEC Subtyp). Die Tumoren des High APOBEC Subtyps hatten komplexere Mutationsmuster und eine höhere Häufigkeit von Mutationen.

Unterschiede zwischen High und Low APOBEC Subtypen

High APOBEC-Tumoren zeichneten sich durch ein spezifisches Musters von Mutationen aus, das mit Enzymen namens APOBEC3A und APOBEC3B verbunden ist. Diese Tumoren hatten auch insgesamt mehr Mutationen. Im Gegensatz dazu wiesen Low APOBEC-Tumoren ein anderes Muster auf, mit mehr Mutationen, die mit KRAS, einem bekannten Krebs-Treiber-Gen, verbunden waren.

Rauchen und genomische Veränderungen

Die Forschung fand einen Zusammenhang zwischen verschiedenen Rauchgewohnheiten und genomischen Veränderungen, insbesondere bei Low APOBEC Subtyp Tumoren. Zum Beispiel zeigten schwerere Raucher eine deutlichere mutationale Last. Das deutet darauf hin, dass das Rauchen in Tumoren mit geringerer APOBEC-Aktivität einen direkteren und bemerkbareren Einfluss auf Mutationen haben kann.

Einfluss der Raucherentwöhnung auf Methylierung

Interessanterweise untersuchte die Studie DNA-Methylierungsänderungen im Zusammenhang mit dem Rauchen. Methylierung ist ein Prozess, der beeinflussen kann, wie Gene exprimiert werden. Bei Low APOBEC-Tumoren waren Änderungen in den Methylierungsmustern klarer mit den Rauchgewohnheiten verbunden. Bemerkenswert ist, dass einige dieser Änderungen nach dem Rauchen aufhören könnten.

Unterschiede in der Zellzusammensetzung

Die Forscher schauten sich auch die unterschiedlichen Zellzusammensetzungen in High und Low APOBEC-Tumoren an. High APOBEC-Tumoren waren mit mehr Stammzellen assoziiert, die sich regenerieren können und die Evolution des Tumors komplizieren könnten. Auf der anderen Seite enthielten Low APOBEC-Tumoren mehr differenzierte Zellen, was zu einem schnelleren Tumorwachstum führen kann.

Alter bei der Diagnose und Tumorevolution

Eine der bemerkenswertesten Erkenntnisse war, dass Patienten mit High APOBEC-Tumoren später im Leben diagnostiziert wurden als diejenigen mit Low APOBEC-Tumoren. Dieser längere Zeitraum könnte auf die langsamere Ansammlung von Mutationen im High APOBEC Subtyp zurückzuführen sein.

Neoantigenproduktion und Immunantwort

Die Studie untersuchte auch, wie Mutationen zur Produktion von Neoantigenen beitrugen-neuen Proteinen, die durch mutierte Gene gebildet werden und eine Immunantwort auslösen können. Tumoren mit hoher APOBEC-Aktivität produzierten mehr Neoantigene, was zu einer besseren Reaktion auf Behandlungen führen könnte, die das Immunsystem stärken.

Fazit

Zusammenfassend liefert diese Forschung wichtige Einblicke, wie verschiedene Arten von Mutationen, insbesondere die durch APOBEC-Enzyme und Rauchen verursachten, die Entwicklung von Lungenkrebs beeinflussen. Das Verständnis dieser Interaktionen könnte erhebliche Auswirkungen auf Diagnose-, Behandlungs- und Präventionsstrategien bei Lungenkrebs und möglicherweise auch bei anderen Krebsarten haben.

Implikationen für zukünftige Forschungen

Zukünftige Studien sollten weiterhin untersuchen, wie APOBEC-verwandte Mutagenese mit anderen Mutagenen interagiert und potenzielle therapeutische Ansätze erkunden, die diese Mechanismen ansprechen, um die Behandlungsergebnisse bei Krebs zu verbessern. Detaillierte Untersuchungen zu Patientengeschichten und Umweltbelastungen werden ebenfalls entscheidend sein, um die Komplexität von Krebs zu verstehen.

Bedeutung der Datensammlung

Diese Studie hebt die Notwendigkeit detaillierter Datensammlungen in der Krebsforschung hervor. Umfassende Aufzeichnungen über die Exposition einzelner Patienten können Forschern helfen, die Zusammenhänge zwischen Lebensstilfaktoren und der Krebsentwicklung besser zu verstehen.

Schlussgedanken

Letztendlich kann ein besseres Verständnis der mutationalen Landschaft bei Lungenkrebs zu einer verbesserten Zielausrichtung von Therapien und besseren Ergebnissen für Patienten führen, insbesondere für die, die von Tabakgebrauch betroffen sind. Die Erkenntnisse aus Multi-Omics-Studien ebnen den Weg für personalisierte Therapieansätze, bei denen Behandlungen auf die spezifischen Mutationen im Tumor eines Patienten zugeschnitten werden.

Zukünftige Richtungen in der Krebsforschung

In der Zukunft wollen Forscher Strategien entwickeln, die die mutationalen Prozesse bei Lungenkrebs effektiv anvisieren können. Durch den Fokus auf APOBEC-gesteuerte Mutationen und deren Interaktionen mit anderen Mutagenen gibt es das Potenzial, effektivere therapeutische Optionen zu schaffen. Die Forscher sollten auch die Rolle des Immunsystems in der Reaktion auf diese Mutationen berücksichtigen und wie es in der Behandlung genutzt werden kann.

Danksagungen

Die Forscher bedanken sich bei allen Teilnehmern der Studie, die entscheidende Daten und Einblicke bereitgestellt haben, die ein besseres Verständnis der mutationalen Dynamik von Lungenkrebs ermöglichen.

Originalquelle

Titel: APOBEC shapes tumor evolution and age at onset of lung cancer in smokers

Zusammenfassung: APOBEC enzymes are part of the innate immunity and are responsible for restricting viruses and retroelements by deaminating cytosine residues1,2. Most solid tumors harbor different levels of somatic mutations attributed to the off-target activities of APOBEC3A (A3A) and/or APOBEC3B (A3B)3-6. However, how APOBEC3A/B enzymes shape the tumor evolution in the presence of exogenous mutagenic processes is largely unknown. Here, by combining deep whole-genome sequencing with multi-omics profiling of 309 lung cancers from smokers with detailed tobacco smoking information, we identify two subtypes defined by low (LAS) and high (HAS) APOBEC mutagenesis. LAS are enriched for A3B-like mutagenesis and KRAS mutations, whereas HAS for A3A-like mutagenesis and TP53 mutations. Unlike APOBEC3A, APOBEC3B expression is strongly associated with an upregulation of the base excision repair pathway. Hypermutation by unrepaired A3A and tobacco smoking mutagenesis combined with TP53-induced genomic instability can trigger senescence7, apoptosis8, and cell regeneration9, as indicated by high expression of pulmonary healing signaling pathway, stemness markers and distal cell-of-origin in HAS. The expected association of tobacco smoking variables (e.g., time to first cigarette) with genomic/epigenomic changes are not observed in HAS, a plausible consequence of frequent cell senescence or apoptosis. HAS have more neoantigens, slower clonal expansion, and older age at onset compared to LAS, particularly in heavy smokers, consistent with high proportions of newly generated, unmutated cells and frequent immuno-editing. These findings show how heterogeneity in mutational burden across co-occurring mutational processes and cell types contributes to tumor development, with important clinical implications.

Autoren: Maria Landi, T. Zhang, J. Sang, P. H. Hoang, W. Zhao, J. Rosenbaum, K. E. Johnson, L. J. Klimczak, J. McElderry, A. Klein, C. Wirth, E. N. Bergstrom, M. Diaz Gay, R. Vangara, F. Colon-Matos, A. Hutchinson, S. M. Lawrence, N. Cole, B. Zhu, T. M. Przytycka, J. Shi, N. E. Caporaso, R. Homer, A. C. Pesatori, D. Consonni, M. Imielin _ski, S. J. Chanock, D. C. Wedge, D. A. Gordenin, L. B. Alexandrov, R. S. Harris

Letzte Aktualisierung: 2024-04-03 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.587805

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.587805.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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