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Fortschritte in der Ethanolproduktion mit Hilfe von Hefe

Die Forschung konzentriert sich darauf, K. marxianus für eine effizientere Ethanolproduktion zu verbessern.

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Inhaltsverzeichnis

Der Klimawandel ist ein grosses Problem, das Wissenschaftler dazu bringt, nach neuen Wegen zur Herstellung von Biokraftstoffen zu suchen. Diese Kraftstoffe können helfen, die schädlichen Auswirkungen von Emissionen, die durch die Verbrennung fossiler Brennstoffe entstehen, zu verringern. Ethanol ist der häufigste Biokraftstoff, den wir heute verwenden, und er wird hauptsächlich aus Pflanzen wie Zuckerrohr und Stärke hergestellt. Allerdings konkurriert die Ethanolherstellung auf diese Weise mit der Nahrungsmittelproduktion, was bedeutet, dass wir Land und Ressourcen nutzen könnten, die für den Anbau von Lebensmitteln für Menschen verwendet werden könnten. Daher erkunden Forscher andere Möglichkeiten zur Ethanolproduktion, die nicht von Nahrungsmittelpflanzen ablenken.

Alternative Quellen für die Ethanolproduktion

Eine Möglichkeit, Ethanol zu produzieren, ohne um Nahrungsressourcen zu konkurrieren, ist die Verwendung von Nebenprodukten der Industrie, wie Molke, die viel Laktose enthält, und pflanzlichen Materialien, die als lignocellulosische Biomasse bekannt sind. Hefe ist ein wichtiger Teil des Prozesses, der Zucker in Ethanol umwandelt. Eine häufig verwendete Hefe dafür heisst Saccharomyces cerevisiae, die dafür bekannt ist, sehr gut Zucker wie Glukose in Ethanol umzuwandeln.

Wie Hefe bei der Ethanolproduktion funktioniert

Unter hohen Zuckergehalten ändert S. Cerevisiae die Art, wie sie Zucker nutzt, und konzentriert sich auf Fermentation statt auf Atmung. Das nennt man Overflow-Metabolismus. Das bedeutet, dass S. cerevisiae Ethanol erzeugen kann, selbst wenn Sauerstoff vorhanden ist. Allerdings kann S. cerevisiae einige Zuckerarten in anderen Materialien, wie Laktose in Molke, nicht nutzen. Ausserdem kommt sie nicht gut mit hohen Temperaturen klar, was ein Problem bei der Herstellung von Ethanol aus lignocellulosischer Biomasse sein kann, da dieser Prozess normalerweise bei höheren Temperaturen abläuft.

Auf der anderen Seite ist Kluyveromyces marxianus eine Hefesorte, die höhere Temperaturen verträgt und auch Zucker wie Laktose und Xylose fermentieren kann. Obwohl sie Ethanol produzieren kann, hat sie Probleme mit hohen Ethanolkonzentrationen, was ihre Verwendung in der Ethanolproduktion einschränkt. Wissenschaftler arbeiten daran zu verstehen, wie K. marxianus auf den Stress durch hohe Ethanolwerte reagiert und wie man Stämme dieser Hefe züchten kann, die damit besser umgehen können.

Forschung zu Hefe und Ethanolstress

Die meisten Forschungen dazu, wie Hefe auf Ethanolstress reagiert, haben sich auf S. cerevisiae konzentriert. Über K. marxianus ist viel weniger bekannt, und vieles, was man weiss, basiert auf Studien mit verwandten Hefen. Die Reaktion auf Ethanolstress kann zwischen diesen Arten unterschiedlich sein. Zum Beispiel erhöht S. cerevisiae bei Ethanolstress bestimmte Bestandteile in ihrer Zellmembran, während die Reaktion von K. marxianus je nach spezifischem Stamm und Bedingungen variiert. Ausserdem werden während dieses Stresses in beiden Arten unterschiedliche Gene aktiviert oder deaktiviert.

Der Stoffwechsel, oder wie ein Organismus Nahrung in Energie umwandelt, kann mit einer Methode namens Flux-Bilanzenanalyse untersucht werden, bei der Wissenschaftler detaillierte Modelle von Stoffwechselprozessen erstellen. Diese Modelle können zeigen, wie Veränderungen in der Genexpression die Fähigkeit eines Organismus beeinflussen, Zucker in Ethanol zu verarbeiten. Indem sie ein Modell für K. marxianus erstellen, können Forscher untersuchen, wie sich diese Hefe unter verschiedenen Bedingungen verhält, insbesondere wenn sie Ethanol ausgesetzt ist.

Ein Modell für K. marxianus erstellen

Um ein genaueres Modell für den Stoffwechsel von K. marxianus zu erstellen, haben die Forscher Faktoren wie die Effizienz und Konzentration von Enzymen berücksichtigt. Das hilft, bessere Vorhersagen darüber zu treffen, wie sich die Hefe in verschiedenen Situationen verhält. Die Forscher haben Experimente durchgeführt, indem sie K. marxianus verschiedene Zucker wie Glukose und Laktose gefüttert haben, und die Ergebnisse mit dem verglichen, was das Modell auf Basis der gesammelten Daten vorhergesagt hat.

Durch die Simulation sowohl von regulären Batch-Kulturen als auch spezifischen Umgebungen konnten sie sehen, wie die Hefe Zucker verarbeitete und wie schnell sie Ethanol produzierte. Sie fanden heraus, dass sich K. marxianus anders verhält als S. cerevisiae, insbesondere hinsichtlich der Nutzung von Sauerstoff und der Ethanolproduktion.

Wichtige Gene finden

In ihrer Forschung schauten sich die Wissenschaftler auch an, welche Gene während des Ethanolstresses wichtig waren. Sie nutzten Daten aus zuvor veröffentlichten Studien, um Verbindungen zwischen der Genexpression und der Stressreaktion zu finden. Indem sie analysierten, wie unterschiedlich Gene auf die Ethanolexposition über die Zeit reagierten, konnten sie feststellen, welche für K. marxianus wichtig sind, um damit umzugehen.

Diese Analyse zeigte, dass bei hohen Ethanolkonzentrationen bestimmte Prozesse in den Zellen der Hefe signifikant verändert werden. Sie beobachteten, dass das System, das für das Management von Proteinen verantwortlich ist, eine zentrale Rolle während des Ethanolstresses spielt.

Auswirkungen des Ausschaltens von Transkriptionsfaktoren

Als Nächstes wollten die Forscher sehen, was passiert, wenn sie bestimmte Gene, die andere Gene regulieren, ausschalten, die als Transkriptionsfaktoren bekannt sind. Indem sie untersuchten, wie sich das Entfernen dieser Gene auf Wachstumsraten und Stoffwechselaktivität auswirkte, konnten sie herausfinden, welche Faktoren für die Ethanolverträglichkeit am wichtigsten waren.

Einige Transkriptionsfaktoren hatten einen signifikant negativen Einfluss auf das Wachstum, wenn sie entfernt wurden, insbesondere einer, der an der mitochondrialen Funktion beteiligt ist, und ein anderer, der die Synthese von Aminosäuren beeinflusst. Diese Informationen sind wertvoll, da sie helfen, potenzielle Ziele zur Verbesserung der Fähigkeit von K. marxianus zur Ethanolproduktion zu identifizieren.

Bedingungsspezifische Modelle

Die Forscher erstellten auch Modelle basierend auf verschiedenen Wachstumsbedingungen, um zu sehen, wie Änderungen in der Genexpression den Stoffwechsel der Hefe beeinflussten. Dabei integrierten sie die Genexpressionsdaten mit dem zuvor erstellten Metabolismusmodell, was ihnen erlaubte zu sehen, wie effizient K. marxianus unter verschiedenen Bedingungen Ethanol produzieren konnte.

Die Ergebnisse dieser bedingungsspezifischen Modelle zeigten, dass die Hefe bei hoher Ethanolexposition niedrige Wachstumsraten und unterschiedliche Stoffwechseleigenschaften hatte. Die Modelle deuteten darauf hin, dass bestimmte Stoffwechselwege aktiver waren, was mit früheren experimentellen Beobachtungen übereinstimmte.

Fazit

Die Forschung zu K. marxianus hat Einblicke gegeben, wie diese Hefe effektiver zur Ethanolproduktion genutzt werden kann. Indem man versteht, wie sie auf Ethanolstress reagiert und welche Gene beteiligt sind, können Wissenschaftler daran arbeiten, Stämme zu entwickeln, die besser für die Ethanolproduktion geeignet sind. Ansätze, die metabolisches Modeling mit genetischer Analyse kombinieren, ebnen den Weg für neue Strategien in der Biokraftstoffproduktion und tragen letztendlich zu nachhaltigeren Methoden im Angesicht des Klimawandels bei. Diese Arbeit öffnet die Tür zu weiteren Studien, die darauf abzielen, Biokraftstoffe zu einer praktikableren und effizienteren Alternative zu fossilen Brennstoffen zu machen.

Originalquelle

Titel: Multi-omics data and model integration reveal the main mechanisms associated with respiro-fermentative metabolism and ethanol stress responses in Kluyveromyces marxianus

Zusammenfassung: Kluyveromyces marxianus is a yeast capable of fermenting sugars into ethanol and growing at high temperatures (>37{o}C). However, it is less tolerant to ethanol than Saccharomyces cerevisiae, which limits its application in second-generation ethanol production. Since the mechanisms of ethanol stress response are still poorly described, especially compared to S. cerevisiae, we used an integrative multi-omics approach, combining transcriptomics, coexpression networks, gene regulation, and genome-scale metabolic modelling to gain insights about these mechanisms. Through metabolic modelling, we predicted the occurrence of a respiro-fermentative metabolism and its onset as the dilution rate increased. From gene coexpression networks, we detected that the protein quality control system is a main mechanism involved in the ethanol stress response. Further, we identified key regulators in the ethanol stress response, such as HAP3, MET4, and SNF2, and assessed how disturbances in their gene expression affect cellular metabolism. We also found that amino acid metabolism, membrane lipid metabolism, and ergosterol exhibit increased metabolic flux under the explored conditions. These findings provide useful cues to develop and implement genetic and metabolic engineering strategies to enhance ethanol tolerance.

Autoren: Wendel Silveira, M. Ferreira

Letzte Aktualisierung: 2024-06-09 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.06.597719

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.06.597719.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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