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Tiermodelle und In-Silico-Behandlungen: Forschungs-Lücken überbrücken

Die Bewertung von Tiermodellen mit IST verbessert die Medikamentenprüfung und das Verständnis von Krankheiten.

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Tiermodelle und ISTTiermodelle und ISTvereinfachtdurch Bewertung von Tiermodellen.IST verbessert die Medikamententestung
Inhaltsverzeichnis

Tiermodelle sind entscheidend für die Forschung an menschlichen Krankheiten. Sie helfen den Forschern, neue Medikamente zu testen, bevor sie in teure Studien an Menschen übergehen. Aber die Ergebnisse von Tieren stimmen nicht immer mit dem überein, was bei Menschen passiert. Das kann an den Unterschieden liegen, wie Krankheiten verschiedene Arten beeinflussen. Deswegen kann es knifflig sein, das richtige Tiermodell für eine bestimmte Krankheit auszuwählen. Man muss ethische Bedenken bezüglich des Tiergebrauchs, Kosten und wie gut das Tiermodell die menschliche Erkrankung widerspiegelt, abwägen.

Die Rolle von Tiermodellen in der Forschung

Tiermodelle ahmen menschliche Krankheiten so genau nach, dass die Forscher Einblicke in die Krankheitsmechanismen und mögliche Behandlungen gewinnen können. Sie ermöglichen es Wissenschaftlern, den Krankheitsverlauf zu studieren und die Sicherheit sowie Wirksamkeit von Medikamenten zu testen, bevor sie klinische Studien an Menschen durchführen. Trotz ihrer Bedeutung können die erfolgreichen Übergänge von Tierversuchen zu menschlichen Anwendungen inkonsistent sein.

Einige Behandlungen, die bei Tiermodellen gut funktionieren, scheitern in menschlichen Studien, hauptsächlich wegen der Unterschiede in den biologischen Reaktionen. Zum Beispiel könnte ein Medikament, das in einem Mausmodell vielversprechend ist, bei Menschen nicht die gleiche Wirkung haben. Daher ist es essentiell zu verstehen, welches Tiermodell die Krankheit am besten darstellt, um eine erfolgreiche Medikamentenentwicklung zu gewährleisten.

Die richtige Wahl des Tiermodells

Die Wahl eines geeigneten Tiermodells erfordert die Berücksichtigung verschiedener Faktoren. Dazu gehören ethische Grundsätze bezüglich Tierversuchen, finanzielle Implikationen und die Fähigkeit des Modells, menschliche Krankheiten nachzubilden. Verschiedene Tierarten können unterschiedliche Krankheitsmechanismen zeigen, was die Übertragung der Forschungsergebnisse auf Menschen beeinflussen kann.

Forscher verwenden häufig verschiedene Tiere, einschliesslich Mäusen und Ratten, weil sie genetische und biologische Ähnlichkeiten zu Menschen aufweisen. Doch inwieweit die Ergebnisse aus diesen Modellen auf menschliche Zustände anwendbar sind, kann stark variieren.

Mechanismen von Krankheiten über Arten hinweg

Zu verstehen, wie Krankheiten bei verschiedenen Arten wirken, ist wichtig. Manche Tiermodelle können spezifische Aspekte einer menschlichen Krankheit genau darstellen, während andere das vielleicht nicht tun. Zum Beispiel könnten einige molekulare Mechanismen, die an einer Krankheit beteiligt sind, in bestimmten Tiermodellen schlecht repräsentiert sein.

Ausserdem erfordert die Übertragung von Ergebnissen von Tieren auf Menschen das Verständnis, ob wichtige Krankheitsprozesse zwischen den Arten bewahrt werden. Dieses Verständnis hilft, herauszufinden, welche Tiermodelle für spezifische menschliche Krankheiten und Medikamente verwendet werden sollten.

Herausforderungen bei der Bewertung der Eignung von Modellen

Ein häufiges Problem ist, wie man die Eignung von Tiermodellen anhand ihrer biologischen Daten quantifizieren kann. Zum Beispiel hat frühere Forschung widersprüchliche Ergebnisse gezeigt, als man Mausmodelle mit menschlichen entzündlichen Krankheiten verglich, was die Schwierigkeit hervorhebt, die beste Repräsentation menschlicher Bedingungen auszuwählen.

Um diese Herausforderungen zu bewältigen, entwickeln Forscher computergestützte Werkzeuge, die systematisch bewerten, wie gut verschiedene Tiermodelle menschliche Krankheiten widerspiegeln. Diese Tools können die molekularen und systemischen Wirkungen von Medikamenten analysieren und somit die Chancen auf erfolgreiche Ergebnisse erhöhen.

Einführung in die In Silico Behandlung (IST)

Ein neuer Ansatz zur Bewältigung dieser Herausforderungen ist der In Silico Treatment (IST) Rahmen. Dieses computergestützte Tool hilft dabei, Genexpressionsdaten sowohl aus Menschen als auch aus Tiermodellen zu analysieren. IST untersucht die Expression von Genen, die an spezifischen Krankheiten beteiligt sind, um zu bewerten, wie eng Tiermodelle mit menschlichen Bedingungen übereinstimmen.

Indem es Änderungen der Genexpression bei menschlichen Patienten mit denen in Tiermodellen vergleicht, quantifiziert IST die Überschneidung zwischen den beiden. Das ermöglicht es den Forschern zu bestimmen, welche Tiermodelle am besten geeignet sind, um bestimmte Krankheiten zu untersuchen oder Medikamententests durchzuführen. Darüber hinaus sagt IST voraus, ob bestimmte Medikamententherapien krankheitsbedingte Veränderungen in der menschlichen Genexpression umkehren könnten.

Wie IST funktioniert

IST verarbeitet Daten in mehreren Schritten. Zuerst nutzt es menschliche Genexpressionsdaten, um Modelle zu erstellen, die zwischen gesunden Individuen und solchen mit Krankheiten unterscheiden. Dann simuliert es die Veränderungen in der Genexpression von Tiermodellen auf die menschlichen Daten. Schliesslich bewertet es, wie gut die simulierten Änderungen mit den menschlichen Krankheitsausdrucksprofilen übereinstimmen.

Die Ergebnisse von IST umfassen eine quantitative Messung, die angibt, wie gut jedes Tiermodell die in Menschen beobachteten Veränderungen erfasst. IST bietet ausserdem Einblicke auf Genebene und zeigt, welche spezifischen Gene zur Gesamtübereinstimmung zwischen Tiermodellen und menschlichen Bedingungen beitragen.

Fallstudien: Idiopathische Lungenfibrose (IPF) und Nicht-alkoholische Fettleberentzündung (NASH)

IST wurde auf Krankheiten wie die Idiopathische Lungenfibrose (IPF) und die Nicht-alkoholische Fettleberentzündung (NASH) angewendet. IPF ist eine schwere Lungenerkrankung, die durch abnorme Vernarbungen des Lungengewebes gekennzeichnet ist, während NASH eine Lebererkrankung ist, die durch Fettansammlungen, die zu Entzündungen und Fibrose führen, gekennzeichnet ist.

In diesen Fällen bewertet IST verschiedene Tiermodelle, um herauszufinden, welches den menschlichen Krankheitszustand am besten repräsentiert. Indem es die Veränderungen der Genexpression in Tiermodellen mit denen bei menschlichen Patienten vergleicht, können Forscher Modelle identifizieren, die eine zuverlässigere Grundlage für Medikamententests und das Verständnis von Krankheitsmechanismen bieten.

Bewertung der IPF-Tiermodelle

Für IPF gibt es mehrere Tiermodelle. Eines davon beinhaltet, Mäusen ein Toxin zu verabreichen, was zu Lungenschäden führt, die IPF bei Menschen ähnlich sind. Die Forscher bewerten Änderungen der Genexpression zu verschiedenen Zeitpunkten, um herauszufinden, welches Modell den menschlichen Krankheitsverlauf am besten widerspiegelt.

IST hilft, zu quantifizieren, wie eng diese Tiermodelle den Krankheitszustand bei Menschen spiegeln. Es bewertet, wie gut spezifische Änderungen der Genexpression bei Mäusen mit denen von menschlichen IPF-Patienten übereinstimmen. Durch die Identifizierung von Modellen, die starke Ähnlichkeiten zeigen, unterstützt IST die Auswahl der am besten geeigneten Tiermodelle für präklinische Forschung.

Bewertung der NASH-Modelle

Im Fall von NASH werden mehrere Tiermodelle verwendet, die Aspekte der Krankheit nachbilden, darunter Ernährungsänderungen und toxische Leberschäden. Die Forscher nutzen IST, um die Genexpressionsprofile dieser Modelle mit denen von menschlichen Patienten in verschiedenen Stadien der Leberfibrose zu vergleichen.

Mit IST können die Forscher bestimmen, wie gut jedes Modell die molekularen Veränderungen darstellt, die mit dem Fortschreiten von NASH verbunden sind. Diese Erkenntnisse helfen, das geeignetste Modell für zukünftige Studien zur Prüfung neuer Behandlungen auszuwählen.

Die Bedeutung der Bewertung auf Genebene

IST ermöglicht eine detaillierte Bewertung auf Genebene, wie Tiermodelle mit menschlichen Krankheiten übereinstimmen. Indem es die Beiträge einzelner Gene zur Gesamtvertretung der Krankheit in Tiermodellen bewertet, können Forscher spezifische molekulare Mechanismen aufdecken, die zwischen den Arten variieren.

Dieser Blick auf die Gene hilft, herauszufinden, welche Modelle am besten für einen bestimmten therapeutischen Ansatz oder das Verständnis eines bestimmten Aspekts der Krankheitspathologie geeignet sind. Es erleichtert eine informierte Auswahl von Tiermodellen für präklinische Forschung.

Behandlungsevaluation mit IST

Neben der Bewertung von Tiermodellen kann IST die Wirksamkeit potenzieller Behandlungen bewerten. Indem es die Änderungen der Genexpression zwischen behandelten und unbehandelten Tiermodellen vergleicht, können Forscher feststellen, ob eine Behandlung krankheitsbedingte Genexpressionmuster umkehrt.

Zum Beispiel wurde in NASH-Studien IST verwendet, um die potenziellen Effekte von Medikamenten auf die Genexpression in der Leber zu bewerten. Indem es ermittelt, inwieweit eine Behandlung die Genveränderungen, die mit der Krankheit verbunden sind, zurücksetzen kann, bietet IST wertvolle Einblicke in das therapeutische Potenzial neuer Medikamente.

Gemeinsame Erkenntnisse über Krankheiten hinweg

Obwohl IPF und NASH unterschiedliche Krankheiten sind, gibt es Gemeinsamkeiten in ihren Analysen mit IST. Zum Beispiel zeigen spezifische Biomarker, die mit Fibrose in Verbindung stehen, wie TIMP1, signifikante Beiträge in beiden Krankheiten. IST hebt diese gemeinsamen Marker hervor und deutet darauf hin, dass Erkenntnisse, die in einer Bedingung gewonnen werden, Behandlungsstrategien für die andere informieren könnten.

Herausforderungen und Einschränkungen

Trotz des Potenzials von IST gibt es einige Einschränkungen. Der Ansatz ist auf hochwertige Daten aus menschlichen und tierischen Studien angewiesen, um genaue Vergleiche zu ziehen. Darüber hinaus geht die Methodik davon aus, dass die molekularen Mechanismen zwischen den Arten bewahrt werden, was nicht immer der Fall sein muss.

Zudem analysiert IST hauptsächlich Daten zur Genexpression, was andere wichtige Faktoren, die den Krankheitsverlauf beeinflussen, übersehen könnte. Um die Nützlichkeit zu erhöhen, könnte IST andere Arten von molekularen Daten, wie Proteinniveaus oder Zellverhalten, integrieren, um ein umfassenderes Bild der Krankheitsmechanismen zu bieten.

Fazit

IST stellt einen bedeutenden Fortschritt im Bestreben dar, die Lücke zwischen Tiermodellen und menschlichen Krankheiten zu überbrücken. Durch die systematische Vergleichung von Veränderungen der Genexpression über Arten hinweg ermöglicht es den Forschern, informiertere Entscheidungen zur Auswahl von Tiermodellen und zur Behandlungsevaluierung zu treffen. Während die Medikamentenentwicklung weiterhin Herausforderungen bei der Übertragung von Ergebnissen aus Tierversuchen in die klinische Praxis gegenübersteht, bieten Werkzeuge wie IST vielversprechende Lösungen, um die Erfolgsraten zu verbessern und die Kosten, die mit der präklinischen Forschung verbunden sind, zu senken.

Die Nutzung von IST und ähnlichen computergestützten Ansätzen könnte letztendlich zu besseren Medikamentenkandidaten führen und unsere Fähigkeit verbessern, komplexe menschliche Krankheiten effektiv zu behandeln. Mit dem Fortschritt der Forschung wird es entscheidend sein, diese Tools weiter zu verfeinern und unterschiedliche Datentypen zu integrieren, um die medizinische Wissenschaft voranzutreiben und die Ergebnisse für die Patienten zu verbessern.

Originalquelle

Titel: In Silico Treatment: a computational framework for animal model selection and drug assessment

Zusammenfassung: The translation of findings from animal models to human disease is a fundamental part in the field of drug development. However, only a small proportion of promising preclinical results in animals translate to human pathophysiology. This underscores the necessity for novel data analysis strategies to accurately evaluate the most suitable animal model for a specific purpose, ensuring cross-species translatability. To address this need, we present In Silico Treatment (IST), a computational method to assess translation of disease-related molecular expression patterns between animal models and humans. By simulating changes observed in animals onto humans, IST provides a holistic picture of how well animal models recapitulate key aspects of human disease, or how treatments transform pathogenic expression patterns to healthy ones. Furthermore, IST highlights particular genes that influence molecular features of pathogenesis or drug mode of action. We demonstrate the potential of IST with three applications using bulk transcriptomics data. First, we assessed two mouse models for idiopathic pulmonary fibrosis (IPF): one involving injury with intra-tubular Bleomycin exposure, and the other Adeno-associated-virus-induced, TGF{beta}1-mediated tissue transformation (AAV6.2-TGF{beta}1). Both models exhibited gene expression patterns resembling extracellular matrix derangement in human IPF, whereas differences in VEGF-driven vascularization were observed. Second, we confirmed known features of non-alcoholic steatohepatitis (NASH) mouse models, including choline-deficient, l-amino acid-defined diet (CDAA), carbon tetrachloride hepatotoxicity injury (CCl4) and bile duct ligation surgery (BDL). Overall, the three mouse models recapitulated expression changes related to fibrosis in human NASH, whereas model-specific differences were found in lipid metabolism, inflammation, and apoptosis. Third, we reproduced the strong anti-fibrotic signature and induction of the PPAR signaling observed in the Elafibranor experimental treatment for NASH in the CDAA model. We validated the contribution of known disease-related genes to the findings made with IST in the IPF and NASH applications. The complete data integration IST framework, including an interactive app to integrate and compare datasets, is made available as an open-source R package. Author summaryPreclinical testing plays a pivotal role in the drug development process, serving as a crucial evaluation phase before a new drug can be tested on humans in clinical trials. The drug must undergo a rigorous evaluation in in vivo and in vitro preclinical studies to assess its safety and efficacy. However, positive outcomes in preclinical animal models do not always translate to positive results in humans, mainly due to biological differences. Therefore, selecting an animal model that closely mirrors human disease traits and detecting and accounting for model limitations is of paramount importance. Over the last decade, the availability of gene expression data in both animals and humans has substantially increased. Gene expression states and perturbations are routinely employed as a proxy to predict and understand changes in disease states. Here, we developed In Silico Treatment, a computational method designed to overlay the gene expression changes observed in animals onto humans, quantifying the change in human disease status. We applied this method to mouse models for idiopathic pulmonary fibrosis and non-alcoholic steatohepatitis, two severe fibrotic diseases. We successfully identified known features of the disease models and provide a granular gene-level rationale behind our predictions. Consequently, our method shows promise as an effective approach to improve animal model selection and thus clinical translation.

Autoren: Holger Klein, S. Picart-Armada, K. Becker, M. Kaestle, O. Krenkel, E. Simon, S. Tenbaum, B. Strobel, K. Geillinger-Kaestle, K. Fundel-Clemens, D. Matera, K. Lincoln, J. Hill, C. Viollet, R. Streicher, M. Thomas, J. N. Jensen, C. Haslinger, M. Werner, H. Huber, A. Broermann, F. Fernandez-Albert

Letzte Aktualisierung: 2024-06-17 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.17.599264

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.17.599264.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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