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# Biologie# Bioengineering

Verbesserung der n-Caprylate-Produktion durch mikrobiologische Interaktionen

Diese Studie zeigt, wie mikrobielle Zusammenarbeit die Effizienz der n-Caprylat-Produktion steigert.

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Inhaltsverzeichnis

Mikrobielle Kettenverlängerung ist ein Weg, um Mittelkettencarboxylate herzustellen, die nützliche Chemikalien für verschiedene Industrien sind. Diese Carboxylate, mit Kohlenstoffketten, die aus 6 bis 12 Kohlenstoffatomen bestehen, finden Anwendung in Sachen wie der Herstellung von Düften, der Medikamentenabgabe und sogar als antimikrobielle Mittel. Ausserdem dienen sie als Bausteine zur Herstellung anderer Chemikalien. Zum Beispiel kann eines der Produkte, n-Caprylat, in einen flüssigen Kraftstoff verwandelt werden, der in der Luftfahrt verwendet wird.

Produktionsprozess

Der Prozess beinhaltet bestimmte Bakterien, die helfen, kürzere Kohlenstoffketten in längere zu verlängern. Diese Bakterien wandeln kurzkettige Carboxylate wie Acetat (2 Kohlenstoffatome) und n-Butyrat (4 Kohlenstoffatome) in längere wie n-Caproat (6 Kohlenstoffatome) und n-Caprylat (8 Kohlenstoffatome) um. Das passiert normalerweise in Umgebungen ohne Sauerstoff, oft unter Verwendung von Ethanol als Teil des Prozesses.

Die Produktion ist effizient, wenn offene Kulturen dieser Bakterien verwendet werden. Der Fokus auf n-Caprylat liegt an seinem höheren Wert im Vergleich zu den kurzkettigen. Allerdings ist die Produktion von n-Caprylat aus Quellen wie Palm- und Kokosöl nicht nachhaltig, weshalb bessere Produktionsmethoden gefunden werden müssen.

Herausforderungen bei der Produktion

Eine der grössten Herausforderungen bei der Produktion von n-Caprylat besteht darin, bestimmte Archaeen (eine Art Mikroorganismus) zu kontrollieren, die Methan anstelle von Carboxylaten produzieren können. Es gibt zwei Haupttypen dieser Archaeen: die, die Acetat in Methan umwandeln, und die, die Wasserstoff und Kohlenstoffdioxid in Methan umwandeln.

Das Vorhandensein von Sauerstoff kann den Prozess beeinträchtigen. Zum Beispiel kann die Aufrechterhaltung einer leicht sauren Umgebung helfen, die Archaeen zu hemmen, die Acetat abbauen. Ausserdem kann das Gleichgewicht der Wasserstofflevels die Effizienz der Produktion von n-Caprylat beeinflussen. Das zeigt, wie wichtig eine sorgfältige Kontrolle der Umweltbedingungen im Produktionsprozess ist.

Vorherige Forschung

Während frühere Forschungen einige Erfolge bei der Produktion von n-Caprylat mit Ethanol und Acetat hatten, war unklar, wie genau die Bakterien von diesen Substanzen zu n-Caprylat übergingen. Die vorgeschlagenen Wege zeigten, dass bestimmte Bakterien wie Clostridium kluyveri entscheidend sein könnten, aber sie produzierten aufgrund ihrer Abhängigkeit von unspezifischen Enzymreaktionen keine signifikanten Mengen an n-Caprylat.

Experimentelle Untersuchung

Unsere Untersuchung zielte darauf ab, die langfristige Produktion von n-Caprylat in zwei Arten von Bioreaktoren zu verstehen, die definierte Medien mit hohen Ethanol- und Acetatwerten verwendeten, aber ohne Hefeextrakt hinzuzufügen. Wir haben verfolgt, wie Veränderungen der Sauerstofflevels die Produktion von n-Caprylat beeinflussten und verschiedene mikrobielle Gruppen, die an diesem Prozess beteiligt waren, überwacht.

Mehrere Experimente halfen uns, die Wege und die verschiedenen Bakterienarten zu klären, die beteiligt waren. Zudem führten wir Metagenomik durch, was half, wichtige Arten zu identifizieren, die an der Produktion von n-Caprylat beteiligt sind.

Bioreaktor-Setup

Zwei Arten von Bioreaktoren wurden eingerichtet, um den Fermentationsprozess am Laufen zu halten, während die produzierten Carboxylate extrahiert wurden. Jeder Bioreaktor hatte spezifische Umweltkontrollen, wie Temperatur und pH, die streng reguliert wurden. Ein Bioreaktor hatte spezielles Verpackungsmaterial, um die mikrobielle Gemeinschaft zu verbessern, während der andere sich auf die Ansammlung fester Biomasse ohne solches Material konzentrierte.

Beide Systeme teilten Extraktionsmethoden, um die gewünschten Chemikalien aus dem Fermentationsbrühe zu gewinnen. Das beinhaltete den Einsatz von Pumpen und speziellen Membranen, um die Carboxylate effizient zu trennen.

Periodische Operationen

Vor der Hauptoperation führten wir eine präoperative Phase durch, um die notwendigen Parameter für eine stabile Produktion festzulegen. Die Operation dauerte über zwei Jahre, währenddessen wir Anpassungen basierend auf der Leistung der Bioreaktoren vornahmen.

Wir teilten die Operation in vier Hauptperioden auf, basierend darauf, wie wir mit den Sauerstofflevels umgingen. Diese reichten von stabiler Produktion mit passivem Sauerstoffeintrag bis hin zu kontrollierteren Umgebungen mit eingeschränktem Sauerstoffzugang.

  1. Stabile Produktion: Zunächst hatten wir eine Reihe von Carboxylaten, wobei n-Caprylat das Hauptprodukt war.
  2. Übergangsphase: Wir begannen, den Sauerstoff, der in das System gelangte, zu begrenzen, um zu sehen, wie sich das auf die Produktion auswirkte.
  3. Minimale Produktion: In diesem Stadium entfernten wir den Sauerstoff vollständig, was zu niedrigeren Produktionsraten führte.
  4. Schwankende Produktion: Hier führten wir kontrollierte Mengen an Sauerstoff wieder ein, um die Auswirkungen zu bewerten.

Im Laufe der Zeit hatten verschiedene Modifikationen der Bioreaktoren signifikante Auswirkungen auf die Produktionsraten, was zeigt, wie wichtig Sauerstofflevel für den Prozess sind.

Medium und Inokulation

Das Produktionsmedium, das wir verwendeten, basierte auf vorherigen Studien zu Bakterien, die in der Lage sind, Kohlenstoffketten zu verlängern. Wir konzentrierten uns auf eine Mischung aus Ethanol und Acetat, mit spezifischen Konzentrationsverhältnissen, die sich als effektiv erwiesen.

Die Inokulation der Bioreaktoren beinhaltete den Transfer etablierter mikrobieller Gemeinschaften in das System. Trotz der offenen Natur unserer Bioreaktoren, die externen Mikroben den Zutritt ermöglichen, wollten wir ein dynamisches Gleichgewicht der notwendigen Arten aufrechterhalten.

Experimente zur Fortschrittsverfolgung

Wir führten verschiedene Experimente durch, um zu verfolgen, wie unterschiedliche Bedingungen die Produktion von Carboxylaten beeinflussten. Durch diese Flaschenexperimente simulierten wir aerobe und anaerobe Umgebungen, um zu sehen, wie sie die mikrobiellen Aktivitäten beeinflussten.

Durch die Verfolgung von Isotopen konnten wir die Umwandlung von Ethanol in verschiedene Carboxylate beobachten und die Zusammensetzung der produzierten Chemikalien über die Zeit verfolgen. Dies zeigte, dass das Vorhandensein von Sauerstoff die Arten der produzierten Carboxylate erheblich beeinflusste.

Analysemethoden

Regelmässig wurden Flüssigkeitsproben aus beiden Bioreaktoren zur Analyse entnommen. Diese Proben wurden aufbewahrt und mit mehreren Techniken analysiert, um die Konzentrationen der Carboxylate zu quantifizieren und die Veränderungen der mikrobiellen Gemeinschaft zu verfolgen.

Weitere Techniken wie Metagenomik und metabolisches Profiling wurden eingesetzt, um tiefere Einblicke in die mikrobiellen Aktivitäten und die Wege zu gewinnen, die bei der Produktion von n-Caprylat verwendet werden.

Einblicke in die mikrobielle Gemeinschaft

Durch unsere Analysen fanden wir heraus, dass die mikrobielle Gemeinschaft aus mehreren Arten bestand, die unter den Bedingungen in den Bioreaktoren gedeihen konnten. Ein wichtiger Befund war das Vorhandensein von aeroben Bakterien, die Ethanol in nützliche Zwischenmetaboliten umwandeln konnten.

Diese aeroben Arten spielten eine bedeutende Rolle bei der initialen Umwandlung von Ethanol in andere Verbindungen, bevor die anaerobe Kettenverlängerung stattfinden konnte, was auf eine komplexe Interaktion innerhalb der mikrobiellen Gemeinschaft hindeutet.

Die Rolle der Zwischenmetaboliten

Wir stellten die Hypothese auf, dass die aeroben Bakterien Metaboliten produzierten, die die Produktion von n-Caprylat beschleunigten, wenn die Bedingungen anaerob wurden. Dies zeigte einen potenziellen Weg für eine effiziente Produktion, wobei die aerobe Phase das Fundament für den anaeroben Prozess legte.

Ausserdem schien das Vorhandensein spezifischer Metaboliten wie Succinat und Pyroglutamat die Umwandlungsraten zu erhöhen, was darauf hindeutet, dass diese Verbindungen entscheidend für die Optimierung der Produktion sein könnten.

Sauerstoffmanagement und Produktionsraten

Das Sauerstoffmanagement erwies sich als entscheidender Faktor für die Erreichung hoher Produktionsraten von n-Caprylat. Die anfängliche aerobe Phase spielte eine bedeutende Rolle bei der Metabolitproduktion, die wiederum die effektive Umwandlung unter anaeroben Bedingungen erleichterte.

Allerdings fanden wir auch heraus, dass zu viel Sauerstoff die Produktion negativ beeinflussen konnte. Das Gleichgewicht war empfindlich, und sorgfältige Anpassungen waren notwendig, um optimale Bedingungen für die Zielprodukte zu schaffen.

Schlussfolgerungen aus der Studie

Zusammenfassend hebt unsere Studie die Bedeutung mikrobieller Interaktionen bei der Herstellung von n-Caprylat durch Kettenverlängerung hervor. Wir etablierten ein Nahrungsnetz in den Bioreaktoren, in dem aerobe und anaerobe Arten zusammenarbeiteten, wobei spezifische Metaboliten den Prozess unterstützten.

Obwohl erhebliche Fortschritte erzielt wurden, wird sich die zukünftige Arbeit darauf konzentrieren, diese Methoden zu verfeinern und die Mechanismen hinter den unterschiedlichen Kohlenstoffwegverhaltensweisen zu verstehen, insbesondere während der Umwandlung von n-Caproat zu n-Caprylat.

Zukünftige Richtungen

Diese Forschung öffnet die Tür für weitere Erkundungen zur mikrobielle Kettenverlängerung. Zukünftige Studien könnten sich darauf konzentrieren, die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft und die Umweltbedingungen zu optimieren, um die Produktionsraten und -ausbeuten zu erhöhen.

Insgesamt deuten unsere Ergebnisse darauf hin, dass ein sorgfältiges Gleichgewicht zwischen aeroben und anaeroben Prozessen die Effizienz der Produktion wertvoller Carboxylate wie n-Caprylat aus erneuerbaren Ressourcen erheblich verbessern kann.

Originalquelle

Titel: Toward industrial C8 production: Oxygen intrusion drives renewable n caprylate production from ethanol and acetate via intermediate metabolite production

Zusammenfassung: Previous bioreactor studies achieved high volumetric n-caprylate (i.e., n-octanoate) production rates and selectivities from ethanol and acetate with chain-elongating microbiomes. However, the metabolic pathways from the substrates to n-caprylate synthesis were unclear. We operated two n-caprylate-producing upflow bioreactors with a synthetic medium to study the underlying metabolic pathways. The operating period exceeded 2.5 years, with a peak volumetric n-caprylate production rate of 190 {+/-} 8.4 mmol C L-1 d-1 (0.14 g L-1 h-1). We identified oxygen availability as a critical performance parameter, facilitating intermediate metabolite production from ethanol. Bottle experiments in the presence and absence of oxygen with 13C-labeled ethanol suggest acetyl-coenzyme A-based derived production of n-butyrate (i.e., n-butanoate), n-caproate (i.e., n-hexanoate), and n-caprylate. Here, we postulate a trophic hierarchy within the bioreactor microbiomes based on metagenomics, metaproteomics, and metabolomics data, as well as experiments with a Clostridium kluyveri isolate. First, the aerobic bacterium Pseudoclavibacter caeni and the facultative anaerobic fungus Cyberlindnera jadinii converted part of the ethanol pool into the intermediate metabolites succinate, lactate, and pyroglutamate. Second, the strict anaerobic C. kluyveri elongated acetate with the residual ethanol to n-butyrate. Third, Caproicibacter fermentans and Oscillibacter valericigenes elongated n-butyrate with the intermediate metabolites to n-caproate and then to n-caprylate. Among the carbon chain-elongating pathways of carboxylates, the tricarboxylic acid cycle and the reverse {beta}-oxidation pathways showed a positive correlation with n-caprylate production. The results of this study inspire the realization of a chain-elongating production platform with separately controlled aerobic and anaerobic stages to produce n-caprylate renewably as an attractive chemical from ethanol and acetate as substrates. Broader contextNext to renewable electric energy, carbon-based chemicals have to be produced sustainably and independently from fossil sources. To meet this goal, we must expand the portfolio of bio-based conversion technologies on an industrial scale to cover as many target chemicals as possible. We explore the bioprocess of chain elongation to provide medium-chain carboxylates that can function as future platform chemicals in the circular economy. The most valuable medium-chain carboxylate produced with chain elongation is n-caprylate (i.e., n-octanoate). This molecule with eight carbon atoms in a row (C8) is challenging to produce renewably for the chemical industry. Previous reports elucidated that elevated ethanol-to-acetate ratios, which are found in syngas-fermentation effluent, stimulated n-caprylate production. Until now, studies have suggested that chain elongation from high concentrations of ethanol and acetate is a fully anaerobic process. We refine this view by showing a trophic hierarchy of aerobic and anaerobic microbes capable of facilitating this process. Appropriate oxygen supplementation enables the synthesis of succinate, lactate, and pyroglutamate that permit high-rate chain elongation to n-caprylate under anaerobic conditions. Given these results, future research should focus on the segregated study of aerobic and anaerobic microbes to further enhance the process performance to produce n-caprylate renewably at an industrial scale.

Autoren: Largus T Angenent, K. Gemeinhardt, B. Seung Jeon, J. Nepomuscene Ntihuga, H. Wang, C. Schlaiss, T. N. Lucas, I. Bessarab, N. C. Nalpas, N. Zhou, J. G. Usack, D. Huson, R. Williams, B. Macek, L. Aristilde

Letzte Aktualisierung: 2024-07-17 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603245

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603245.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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