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RNA-Verhalten in kalten Umgebungen

Forschung zeigt, dass RNA-Fehlfaltung bei niedrigen Temperaturen ihre Funktion beeinträchtigt.

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KalteKalteRNA-Faltungs-EinblickeVerhalten von RNA beeinflusst.Neue Erkenntnisse zeigen, wie Kälte das
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RNA (Ribonukleinsäure) ist ein essentielles Molekül, das in allen lebenden Organismen vorkommt. Es spielt eine entscheidende Rolle in verschiedenen biologischen Prozessen, indem es hilft, Gene auszudrücken, Proteine zu synthetisieren und zelluläre Funktionen zu regulieren. Im Gegensatz zu DNA hat RNA eine andere Struktur und Eigenschaften, die ihr einzigartige Funktionen verleihen. In letzter Zeit haben Wissenschaftler untersucht, wie sich RNA bei sehr niedrigen Temperaturen verhält und dabei faszinierende Einblicke in ihre Eigenschaften gewonnen.

Was ist RNA?

RNA ist ein einzelsträngiges Molekül, das aus kleineren Einheiten namens Nukleotiden besteht. Jedes Nukleotid besteht aus einem Ribose-Zucker, einer Phosphatgruppe und einer stickstoffhaltigen Base. Die Abfolge dieser Basen bestimmt die Informationen, die von der RNA getragen werden, ähnlich wie die Buchstaben in einem Satz.

RNA kann je nach ihrer Sequenz in verschiedene Formen falten, was ihr erlaubt, verschiedene Aufgaben in der Zelle zu erfüllen. Zum Beispiel fungieren einige RNAS als Botenstoffe, die Informationen von der DNA zur Maschine transportieren, die Proteine aufbaut. Andere haben katalytische Funktionen und helfen, chemische Reaktionen in der Zelle zu beschleunigen.

Die Studie von RNA bei niedrigen Temperaturen

Wissenschaftler haben kürzlich ihre Forschung darauf konzentriert, wie sich RNA bei niedrigeren Temperaturen verhält, insbesondere unter Raumtemperatur. Sie verwendeten eine Technik namens kalorimetrische Kraftspektroskopie, um das Falten von RNA in einer kalten Umgebung zu analysieren. Im Grunde genommen ermöglicht diese Technik den Forschern zu sehen, wie sich die Form und Struktur von RNA ändern, wenn sie unterschiedlichen Temperaturen ausgesetzt wird, insbesondere wenn es kalt wird.

Was passiert mit RNA, wenn es kalt wird?

Wenn RNA abgekühlt wird, erfährt sie einen Übergang, der dem von glasartigen Materialien ähnelt, wird steif und verändert ihr Faltverhalten. Wenn die Temperatur sinkt, können RNA-Strukturen wie Haarnadelschleifen falsch gefaltet werden. Normalerweise hat eine gut gefaltete RNA eine spezifische und stabile Form, aber unter kalten Bedingungen kann sie unerwartete Formen annehmen.

Man denkt, dass dieses Fehlfalten passiert, weil die Wechselwirkungen, die die RNA-Struktur stabilisieren, wie die zwischen dem Ribose-Zucker und Wassermolekülen, dominanter werden als die typischen Basenpaarungswechselwirkungen, die die RNA zusammenhalten. Folglich kann RNA bei niedrigen Temperaturen verschiedene kompakte Strukturen annehmen, die bei höheren Temperaturen nicht zu sehen sind.

Die Rolle von Wasser

Wasser spielt eine wichtige Rolle im Verhalten von RNA. Unter kalten Bedingungen werden die Wechselwirkungen zwischen dem Ribose-Zucker in RNA und Wasser prominenter. Diese unspezifischen Wechselwirkungen können erheblichen Einfluss darauf haben, wie RNA faltet. Infolgedessen glauben Wissenschaftler, dass Ribose-Wasser-Wechselwirkungen die spezifischeren Wechselwirkungen, die durch Basenpaarungen entstehen, in den Schatten stellen können.

Beobachtung von Fehlfaltungen in RNA

In Experimenten betrachteten die Forscher vollständig komplementäre RNA-Haarnadeln mit spezifischen Sequenzen und Strukturen. Sie übten Kräfte auf die RNA aus, während sie die Temperatur varierten. Als sie die Temperatur unter einen bestimmten Punkt senkten, stellten sie unerwartete Entfaltungsevents fest, die auf die Bildung von fehlgefalteten Strukturen hinwiesen.

In diesen Experimenten beobachteten die Wissenschaftler eine Verschiebung der Kraft, die benötigt wurde, um die RNA-Haarnadeln zu entfalten. Als die Temperatur fiel, traten neue Entfaltungsevents bei höheren Kräften auf, was zeigte, dass zusätzliche fehlgefaltete Zustände entstanden. Interessanterweise hielten diese fehlgefalteten Strukturen in beiden Arten von Salzwasserbedingungen an, was bedeutet, dass die Wechselwirkungen zwischen Magnesiumionen und RNA für dieses Fehlfalten nicht notwendig waren.

RNAs Reaktion auf Temperaturänderungen

Die Elastizität von RNA ist ein weiterer wichtiger Faktor, um ihr Verhalten bei niedrigen Temperaturen zu verstehen. Wenn die Temperatur sinkt, ändert sich die Flexibilität von RNA, was die Kräfte, die auf sie wirken, beeinflusst. Die Forscher fanden heraus, dass RNA-Haarnadeln bei niedrigen Temperaturen eine grössere Flexibilität aufweisen, was zu einer erhöhten Wahrscheinlichkeit für fehlgefaltete Strukturen führt.

Um dies zu analysieren, massen die Wissenschaftler die Kraft-Dehnungs-Kurven von RNA bei verschiedenen Temperaturen. Sie stellten fest, dass RNA, als die Temperatur sank, flexibler wurde und der Bereich der Kräfte und Dehnungen sich erweiterte. Das deutet darauf hin, dass RNA eine Vielzahl von Konfigurationen erkunden kann, was die Chancen für Fehlfaltungen erhöht.

Die universelle Natur von kaltem Fehlfalten

Ein auffälliger Aspekt des Fehlfaltens von RNA bei niedrigen Temperaturen ist seine Universalität. Studien zeigten, dass das Fehlfalten-Phänomen bei verschiedenen RNA-Sequenzen und -Strukturen auftritt. Das führt zur Hypothese, dass kaltes Fehlfalten von RNA intrinsisch zu RNA selbst gehört, anstatt spezifisch für bestimmte Typen von RNA-Molekülen zu sein.

Die Forscher testeten verschiedene Haarnadelkonstrukte mit unterschiedlichen Schleifen grössen und Sequenzen und fanden heraus, dass die meisten von ihnen unter einer bestimmten Temperatur fehlfalteten. Die einzige Ausnahme war eine Haarnadel mit einer kleinen Schleife, die ihre Struktur selbst bei niedrigeren Temperaturen beibehielt. Das deutet darauf hin, dass die Grösse und Flexibilität der Schleife auch eine Rolle dafür spielt, wie sich RNA unter kalten Bedingungen verhält.

Auswirkungen auf RNA-Funktion und Evolution

Die Erkenntnisse aus der Untersuchung von kaltem Fehlfalten von RNA haben wichtige Auswirkungen auf das Verständnis der RNA-Funktion und -Evolution. Kalte Faltwege von RNA könnten beeinflussen, wie RNA in extremen Umgebungen funktioniert, wie bei Organismen, die in kalten Lebensräumen gedeihen. Das Verständnis dieser Wege kann das historische Rollen von RNA in der Entwicklung des Lebens auf der Erde beleuchten.

Darüber hinaus könnte das Potenzial für Fehlfaltungen und die vielfältigen Strukturen, die RNA annehmen kann, die RNA-Replikation und -Stabilität unter kalten Bedingungen beeinflussen. Das könnte zu einer erhöhten Variabilität der RNA-Strukturen führen, was Auswirkungen darauf hat, wie sich RNA-Moleküle im Laufe der Zeit entwickeln.

Fazit

Die Untersuchung von RNA bei niedrigen Temperaturen hebt die Komplexität und Anpassungsfähigkeit dieses essentiellen Moleküls hervor. Durch das Verständnis, wie RNA fehlfaltete und auf Temperaturänderungen reagiert, können Wissenschaftler wertvolle Einblicke in ihre biologischen Rollen und die evolutionären Prozesse gewinnen, die das Leben auf der Erde geprägt haben. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass RNA vor langer Zeit in kalten Umgebungen gedeihen konnte, was neue Perspektiven auf die Ursprünge des Lebens bietet.

Zusammenfassend zeigt die Forschung zum kalten Fehlfalten von RNA wichtige neue Dimensionen in der RNA-Biologie und wie sich das Verhalten dieses Moleküls drastisch mit der Temperatur ändern kann. Die Auswirkungen dieser Erkenntnisse versprechen Fortschritte in unserem Wissen über Molekularbiologie, Evolution und die vielfältige Funktion von RNA unter verschiedenen Umweltbedingungen.

Originalquelle

Titel: Universal Cold RNA Phase Transitions

Zusammenfassung: RNA's diversity of structures and functions impacts all life forms since primordia. We use calorimetric force spectroscopy to investigate RNA folding landscapes in previously unexplored low-temperature conditions. We find that Watson-Crick RNA hairpins, the most basic secondary structure elements, undergo a glass-like transition below $\mathbf{T_G\sim 20 ^{\circ}}$C where the heat capacity abruptly changes and the RNA folds into a diversity of misfolded structures. We hypothesize that an altered RNA biochemistry, determined by sequence-independent ribose-water interactions, outweighs sequence-dependent base pairing. The ubiquitous ribose-water interactions lead to universal RNA phase transitions below $\mathbf{T_G}$, such as maximum stability at $\mathbf{T_S\sim 5 ^{\circ}}$C where water density is maximum, and cold denaturation at $\mathbf{T_C\sim-50^{\circ}}$C. RNA cold biochemistry may have a profound impact on RNA function and evolution.

Autoren: Paolo Rissone, Aurelien Severino, Isabel Pastor, Felix Ritort

Letzte Aktualisierung: 2024-03-22 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2403.15352

Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2403.15352

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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