Avaliando os Riscos de Lesão Hepática Induzida por Medicamentos
Um estudo melhora as previsões de danos ao fígado causados por medicamentos usando fontes de dados diversas.
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Índice
O fígado tem um papel chave em quebrar os remédios no nosso corpo, o que o torna suscetível a danos, tanto dos próprios remédios quanto de seus subprodutos. Esse dano é chamado de lesão hepática induzida por drogas (DILI), que é uma causa significativa de sérios problemas no fígado e uma razão comum para que remédios sejam retirados do mercado. Existem dois tipos principais de DILI: o intrínseco e o idiossincrático. O tipo intrínseco costuma acontecer quando se toma doses altas, enquanto o tipo idiossincrático pode ocorrer de forma imprevisível e geralmente não está ligado à quantidade da dose.
DILI pode acontecer por várias razões, incluindo como os remédios afetam as células do fígado e como o corpo processa essas drogas. Fatores como dosagem, como o remédio é absorvido e distribuído pelo corpo, e diferenças individuais nas pessoas podem influenciar DILI. Por isso, prever DILI não é fácil e exige uma consideração cuidadosa de muitos elementos diferentes.
Descoberta de Remédios e Avaliação de DILI
No processo de desenvolvimento de remédios, os pesquisadores avaliam a toxicidade hepática usando vários modelos de laboratório e animais. Esses modelos ajudam a identificar se um remédio pode prejudicar o fígado. Alguns testes comuns envolvem o uso de células do fígado de animais ou humanos, enquanto outros criam setups tridimensionais mais complexos para simular condições reais do fígado. No entanto, há diferenças entre esses resultados de laboratório e as reações reais em humanos, tornando difícil prever DILI com precisão.
Por exemplo, alguns remédios que causam danos em testes de laboratório e modelos animais não causam o mesmo em humanos. Essa inconsistência levanta preocupações porque muitos remédios com riscos conhecidos com base em estudos em animais continuam sendo considerados seguros para uso humano. Por outro lado, alguns remédios que parecem seguros nos testes podem levar a problemas hepáticos inesperados quando usados por pessoas.
As listas conhecidas como DILIst e DILIrank ajudam a classificar vários remédios com base na probabilidade de causarem DILI. Embora essas classificações sejam úteis, muitos remédios ficam em uma área cinzenta que complica essas avaliações. Os pesquisadores costumam tentar melhorar os modelos de previsão, confiando na estrutura química dos remédios e outras características. Estudos recentes usaram algoritmos e técnicas de modelagem para aprimorar a capacidade de prever DILI.
Estrutura Atual do Estudo
Neste estudo, os pesquisadores usaram várias fontes de dados para construir um modelo preditivo que identifica potenciais lesões no fígado causadas por drogas. O objetivo era analisar dados tanto de humanos quanto de estudos em animais, além de outras avaliações relevantes de toxicidade hepática. Os pesquisadores observaram o que acontece com as células do fígado quando expostas a certos remédios, focando em indicadores bem conhecidos de lesão hepática, como a formação de subprodutos nocivos e interrupções na movimentação da bile pelo fígado.
No total, eles reuniram informações de múltiplas fontes sobre lesões e toxicidades hepáticas. Criaram um grande conjunto de dados que incluía vários modelos para prever se compostos específicos poderiam causar DILI. Ao enfatizar a importância de coletar dados de alta qualidade e usar uma ampla gama de métodos de teste, esperavam criar um sistema mais confiável para identificar remédios que poderiam comprometer a saúde do fígado.
Coleta e Processamento de Dados
Para fazer esse modelo funcionar, os pesquisadores coletaram dados de várias fontes. Eles se concentraram em indicadores de lesão hepática de estudos em humanos e usaram vários conjuntos de dados bem estabelecidos que descrevem os efeitos tóxicos de diferentes remédios. Dados sobre toxicidade hepática em humanos e animais, juntamente com experimentos in vitro, foram compilados.
O conjunto de dados inicial incluía remédios que eram conhecidos por prejudicar o fígado ou considerados seguros com base em estudos anteriores. Os pesquisadores padronizaram as estruturas químicas desses compostos para garantir consistência em sua análise.
Nos casos em que havia rótulos de toxicidade conflitantes para o mesmo composto, eles priorizaram aqueles rotulados como tóxicos para agir com cautela. No final, os pesquisadores compilaram um conjunto de dados abrangente que consistia em numerosos remédios e seus rótulos de toxicidade hepática associados.
Abordagem de Modelagem Preditiva
Usando os dados coletados, os pesquisadores construíram vários Modelos Preditivos para estimar a probabilidade de lesão hepática dos remédios selecionados. Eles usaram uma mistura de características estruturais dos remédios, propriedades físico-químicas e dados experimentais sobre lesão hepática de estudos em animais e humanos.
Eles empregaram modelos de Random Forest, que são um tipo de abordagem de aprendizado de máquina que ajuda a fazer previsões com base em uma mistura de dados de entrada. Cada um dos onze modelos diferentes foi treinado individualmente para se adaptar a diferentes fatores que influenciam os danos ao fígado. Esse método permitiu que os pesquisadores vissem o quão bem os modelos se saíram na previsão de DILI em diferentes compostos.
Para avaliar a precisão das previsões, os pesquisadores usaram métodos de validação cruzada, garantindo que os modelos fossem testados várias vezes em diferentes subconjuntos dos dados. Ao usar uma abordagem sistemática em sua análise, eles visavam reunir insights significativos sobre quais características contribuem para o risco de DILI.
Avaliação do Desempenho do Modelo
Os pesquisadores avaliaram o quão bem os modelos preditivos podiam prever a toxicidade hepática comparando suas previsões com um conjunto de testes reservado de compostos. Eles avaliaram várias métricas de desempenho, incluindo sensibilidade, especificidade e precisão geral, para determinar quão eficazmente os modelos identificavam remédios que provavelmente causariam DILI.
Eles descobriram que o modelo que usava uma combinação de várias fontes de dados superou os modelos que dependiam de características limitadas. Essa descoberta destacou os benefícios de integrar diferentes tipos de informações, desde estruturas químicas até dados biológicos, para aprimorar a confiabilidade das previsões.
Os resultados mostraram que, ao incorporar múltiplas perspectivas-química, respostas biológicas e comportamento do remédio-os pesquisadores conseguiam avaliar melhor os potenciais riscos associados a novos remédios.
Insights das Previsões
Uma análise mais profunda revelou que certos indicadores proxy de toxicidade hepática eram complementares entre si, fornecendo insights mais profundos sobre a segurança dos remédios. Cada modelo proxy ofereceu contribuições únicas para o processo geral de previsão, o que apoiou o desenvolvimento de uma compreensão mais abrangente dos mecanismos subjacentes ao DILI.
Além disso, o estudo mostrou que os melhores modelos de desempenho foram aqueles que integraram dados estruturais e biológicos. Essa combinação levou a previsões melhoradas, especialmente para compostos que eram estruturalmente semelhantes, mas diferiam em seus perfis de toxicidade hepática.
Como parte da pesquisa, os autores identificaram compostos específicos que demonstraram toxicidade e poderiam fornecer insights sobre os tipos de estruturas químicas ligadas a danos hepáticos.
Desafios e Considerações
Embora o estudo tenha feito avanços significativos na previsão de DILI, também enfrentou limitações. Uma preocupação principal era a disponibilidade e qualidade dos dados, já que muitos estudos nem sempre fornecem informações completas sobre dosagem ou tempo de uso. Essa falta de dados abrangentes pode dificultar a capacidade de fazer previsões bem fundamentadas.
Os pesquisadores também notaram que sua abordagem usava classificações binárias, que podem ignorar remédios com perfis de toxicidade ambíguos. Tais remédios podem ser desafiadores de classificar, levando a possíveis interpretações erradas de segurança.
Além disso, embora estudos in vitro possam fornecer insights valiosos sobre toxicidade hepática, eles nem sempre refletem com precisão o que pode acontecer em humanos. A disparidade entre resultados de laboratório e as respostas reais em humanos enfatiza a necessidade de refinamento contínuo dos modelos preditivos.
Direções Futuras na Previsão de DILI
Os insights obtidos desta pesquisa oferecem um caminho claro para futuras investigações na segurança de remédios e previsão de toxicidade hepática. Expandir o conjunto de dados para incluir mais compostos diversos e melhorar a padronização da coleta de dados pode aumentar significativamente as habilidades preditivas.
Estudos futuros também se beneficiarão da integração de técnicas avançadas em aprendizado de máquina e inteligência artificial, que podem aprimorar ainda mais a precisão das previsões. Ao aproveitar métodos computacionais modernos, os pesquisadores podem analisar dados complexos de forma mais eficiente, identificando padrões e correlações críticas que podem não ser imediatamente aparentes.
Por fim, a melhoria contínua de modelos como o DILIPredictor pode ajudar a minimizar o risco de lesão hepática por novos remédios. À medida que mais dados abrangentes e de alta qualidade se tornem disponíveis, os pesquisadores têm a oportunidade de refinar continuamente os modelos e ajustar as previsões para refletir melhor o comportamento real dos remédios em populações humanas.
Conclusão
Em resumo, o estudo ilustra a importância de integrar múltiplos tipos de dados para melhorar a previsão de lesão hepática induzida por drogas. Ao construir sobre várias fontes de informação, incluindo estruturas químicas, dados biológicos e ensaios experimentais, os pesquisadores podem criar um sistema mais confiável para avaliar os riscos associados a novos remédios.
Os achados enfatizam a necessidade de pesquisa contínua nessa área, promovendo o desenvolvimento de modelos preditivos melhores que possam ajudar a garantir a segurança dos remédios e minimizar efeitos adversos à saúde nos pacientes. No final, esse trabalho destaca o potencial de colaboração entre ciência de dados e farmácia no avanço do desenvolvimento de remédios e esforços de saúde pública.
Título: Improved Detection of Drug-Induced Liver Injury by Integrating Predicted in vivo and in vitro Data
Resumo: Drug-induced liver injury (DILI) has been significant challenge in drug discovery, often leading to clinical trial failures and necessitating drug withdrawals. The existing suite of in vitro proxy-DILI assays is generally effective at identifying compounds with hepatotoxicity. However, there is considerable interest in enhancing in silico prediction of DILI because it allows for the evaluation of large sets of compounds more quickly and cost-effectively, particularly in the early stages of projects. In this study, we aim to study ML models for DILI prediction that first predicts nine proxy-DILI labels and then uses them as features in addition to chemical structural features to predict DILI. The features include in vitro (e.g., mitochondrial toxicity, bile salt export pump inhibition) data, in vivo (e.g., preclinical rat hepatotoxicity studies) data, pharmacokinetic parameters of maximum concentration, structural fingerprints, and physicochemical parameters. We trained DILI-prediction models on 888 compounds from the DILIst dataset and tested on a held-out external test set of 223 compounds from DILIst dataset. The best model, DILIPredictor, attained an AUC-ROC of 0.79. This model enabled the detection of top 25 toxic compounds compared to models using only structural features (2.68 LR+ score). Using feature interpretation from DILIPredictor, we were able to identify the chemical substructures causing DILI as well as differentiate cases DILI is caused by compounds in animals but not in humans. For example, DILIPredictor correctly recognized 2-butoxyethanol as non-toxic in humans despite its hepatotoxicity in mice models. Overall, the DILIPredictor model improves the detection of compounds causing DILI with an improved differentiation between animal and human sensitivity as well as the potential for mechanism evaluation. DILIPredictor is publicly available at https://broad.io/DILIPredictor for use via web interface and with all code available for download and local implementation via https://pypi.org/project/dilipred/. GRAPHICAL ABSTRACT O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=181 SRC="FIGDIR/small/575128v2_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (56K): [email protected]@1c3460dorg.highwire.dtl.DTLVardef@12c38cdorg.highwire.dtl.DTLVardef@455aee_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG
Autores: Srijit Seal, D. P. Williams, L. Hosseini-Gerami, M. Mahale, A. E. Carpenter, O. Spjuth, A. Bender
Última atualização: 2024-06-08 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.10.575128
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.10.575128.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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