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Avanços na Descoberta de Fármacos com Métodos de Previsão Aprimorados

Novas estratégias melhoram a precisão em prever a eficácia de compostos de medicamentos.

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Recentemente, teve várias melhorias em como usar computadores pra prever como os materiais vão se comportar. Essas inovações também estão sendo analisadas pra ajudar na Descoberta de Medicamentos. Descobrir novos remédios é o processo de encontrar novas medicações, e é super importante que os métodos usados pra prever como os compostos (os ingredientes dos remédios) funcionam sejam testados direitinho.

A Importância de Validar Previsões

Quando os cientistas criam modelos pra prever quão eficaz um composto pode ser, eles precisam garantir que esses modelos funcionem bem na vida real. Isso quer dizer que os modelos devem ser capazes de prever com precisão as propriedades de compostos que ainda não foram testados. Muitas vezes, as previsões podem não dar certo porque os modelos foram testados só com informações que já tinham visto antes, o que pode causar uma diferença entre o que os estudos mostram e o que realmente funciona na prática.

Esse desafio é ainda mais sério na descoberta de medicamentos porque existem incontáveis moléculas pequenas-mais de 10^60-que não foram todas exploradas. Portanto, pode ser difícil pros pesquisadores fazerem previsões precisas sobre novos compostos que poderiam virar remédios eficazes.

Métodos de Teste Tradicionais

Na maioria das vezes, os pesquisadores avaliam seus modelos dividindo aleatoriamente os dados em grupos de treino e teste. No entanto, essa método tem suas limitações porque os compostos no grupo de teste podem ser bem parecidos com os do grupo de treino. Pra resolver isso, os pesquisadores sugeriram novas formas de dividir os dados, focando na estrutura química dos compostos. Mas até esses novos métodos poderiam ser melhores.

Aprendendo com a Ciência dos Materiais

Na ciência dos materiais, o processo de testar modelos é mais estabelecido. Eles têm maneiras de validar suas previsões de forma eficaz, e isso pode informar como abordamos a descoberta de medicamentos. Na ciência dos materiais, os pesquisadores costumam procurar materiais com uma propriedade específica, como melhor condutividade. Da mesma forma, na descoberta de medicamentos, os pesquisadores querem saber quais compostos vão se tornar remédios eficazes com base em dados de compostos previamente testados.

Novas Estratégias pra Descoberta de Medicamentos

Pra melhorar as previsões na descoberta de medicamentos, tem três novos métodos que valem a pena considerar:

  1. Validação Cruzada Ordenada: Esse método organiza os compostos por suas propriedades durante os testes. Isso pode ajudar a avaliar quão bem um modelo se sai com compostos que têm características específicas.

  2. Taxa de Descoberta: Isso mede quantos dos compostos previstos podem realmente funcionar como remédios eficazes. Ajuda a ver se o modelo tá identificando compostos que têm as propriedades certas.

  3. Erro de Novidade: Essa métrica ajuda a entender se o modelo pode fazer previsões precisas para compostos que são diferentes daqueles usados pra treinar ele.

Otimizando Compostos

A descoberta de medicamentos geralmente envolve ajustar várias propriedades de um composto ao mesmo tempo. Por exemplo, uma propriedade chave é o logP, que indica quão bem um composto pode se dissolver em gorduras versus água. Compostos com valores de logP moderados costumam funcionar melhor no desenvolvimento de medicamentos porque equilibram as características que precisam pra eficácia sem arriscar problemas como toxicidade.

Testando as Novas Estratégias

Pra colocar esses novos métodos em prática, os pesquisadores aplicaram a validação cruzada ordenada em grupos de compostos que visavam certas proteínas ligadas a doenças. Eles descobriram que organizar os compostos por suas propriedades permitiu prever melhor quais seriam eficazes e seguros.

Nas descobertas, os pesquisadores notaram que compostos com propriedades ideais tendiam a ser previstos de forma mais precisa quando usando os novos métodos, especialmente quando esses compostos eram estruturalmente diferentes dos usados no treino.

Desafios na Extrapolação

Enquanto usavam esses novos métodos, os pesquisadores perceberam que prever como compostos com níveis de atividade muito baixos ou muito altos se comportariam era complicado. Na verdade, os novos métodos às vezes mostraram taxas de erro mais altas ao prever esses compostos extremos, indicando uma necessidade de modelos que possam se adaptar melhor a diferentes condições.

O Papel da Taxa de Descoberta e do Erro de Novidade

A taxa de descoberta-que indica quantos compostos identificados são realmente eficazes-geralmente foi alta, sugerindo que o modelo podia encontrar candidatos promissores para desenvolvimento. No entanto, alguns métodos, como a validação cruzada aleatória, tendiam a criar conjuntos de dados parecidos com os dados de treino, facilitando as previsões, mas potencialmente enganando.

O erro de novidade-analisando quão precisas foram as previsões pra compostos que eram diferentes dos que o modelo tinha visto-permanecia baixo ao usar a validação cruzada ordenada. Essa consistência sugere que esse método é eficaz em reduzir erros quando prevê como novos compostos vão se comportar.

Direções Futuras

Olhando pra frente, os pesquisadores sugerem que a validação cruzada ordenada poderia ser estendida pra outros tipos de dados, como diferentes medições de como os compostos interagem com proteínas. Tem muito pra explorar sobre como esses tipos de dados podem informar os esforços de descoberta de medicamentos.

Conclusão

Resumindo, aplicar lições aprendidas na ciência dos materiais à descoberta de medicamentos mostra potencial pra melhorar como as previsões são validadas nesse campo. Os novos métodos de validação, especialmente a validação cruzada ordenada, oferecem uma representação mais realista de como os compostos podem se comportar em cenários do mundo real. Ao se afastar dos métodos tradicionais, os pesquisadores podem alinhar melhor seus processos de teste com as necessidades reais do desenvolvimento de medicamentos, levando a previsões mais úteis e eficazes. Esses avanços podem, por fim, resultar em melhores candidatos a medicamentos e melhores resultados de saúde.

Fonte original

Título: Step Forward Cross Validation for Bioactivity Prediction: Out of Distribution Validation in Drug Discovery

Resumo: Recent advances in machine learning methods for materials science have significantly enhanced accurate predictions of the properties of novel materials. Here, we explore whether these advances can be adapted to drug discovery by addressing the problem of prospective validation - the assessment of the performance of a method on out-of-distribution data. First, we tested whether k-fold n-step forward cross-validation could improve the accuracy of out-of-distribution small molecule bioactivity predictions. We found that it is more helpful than conventional random split cross-validation in describing the accuracy of a model in real-world drug discovery settings. We also analyzed discovery yield and novelty error, finding that these two metrics provide an understanding of the applicability domain of models and an assessment of their ability to predict molecules with desirable bioactivity compared to other small molecules. Based on these results, we recommend incorporating a k-fold n-step forward cross-validation and these metrics when building state-of-the-art models for bioactivity prediction in drug discovery.

Autores: Srijit Seal, U. S. Saha, M. Vendruscolo, A. E. Carpenter, S. Singh, A. Bender

Última atualização: 2024-07-04 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.02.601740

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.02.601740.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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