機械学習が多発性骨髄腫の治療を変えてる
多発性骨髄腫の患者に合わせた治療法を機械学習で調整する新しい知見。
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目次
多発性骨髄腫は、白血球の一種である形質細胞に影響を与える血液癌の一種だよ。最近、この病気に対する新しい治療法がたくさん出てきてるけど、これらの治療法をどう組み合わせるかとか、どの順番で患者に与えるべきかはまだよくわかってないんだ。患者ごとに病気の様子は違うから、何が一番効果的かは人によっても、時間が経つにつれ変わることもあるんだ。
バイオマーカーの重要性
特定の部分がどのように異なる薬に反応するかを示す指標、つまりバイオマーカーを見つけることで、医師は患者ごとに治療を調整できるんだ。例えば、これらのバイオマーカーは、若くて健康な患者にとって最適な治療法を選ぶ手助けになるし、高齢者や弱い患者に最も適した薬を見つけるのにも役立つかもしれない。
研究によると、多発性骨髄腫や他の癌に対する悪い結果を予測する遺伝的サインはたくさんあるけど、治療の成功に関連する特定のバイオマーカーはあまり見つからないことがわかったんだ。多くの場合、バイオマーカーは治療自体に直接関係しているんだよ。例えば、いくつかの癌治療は特定の変異や遺伝子発現をターゲットにしているんだ。
機械学習の役割
最近、データから学習できる技術である機械学習が、医療を含む多くの分野で応用されているんだ。多発性骨髄腫において、研究者たちは機械学習が患者の遺伝情報に基づいて、どの治療法にどれくらい反応するかを予測できることを示したんだ。7つの遺伝子発現の署名が見つかって、一般的に使われる薬の効果を予測できるだけでなく、これらの薬の組み合わせが異なる癌細胞クローンをターゲットにしている可能性が示唆されたんだ。
CARDAMON試験
CARDAMON試験は、未治療の多発性骨髄腫患者で幹細胞移植の適応がある人に対して、カーフィルゾミブ、シクロフォスファミド、デキサメタゾンの特定の薬の組み合わせに焦点を当てたんだ。この試験は、研究者がカーフィルゾミブに対する患者の反応を理解するために機械学習を使って分析できるデータを収集することができたから、重要だったんだ。
この試験では、148人の患者のDNAをシーケンシングして、豊富な遺伝子データを集めたんだ。このデータは、これらの患者の骨髄腫の遺伝的構成についての洞察を提供し、カーフィルゾミブ治療に関連する特定のバイオマーカーを探すことを可能にしたんだ。
患者の結果を予測する
研究者たちは、カーフィルゾミブ治療を受けた後、患者がどれくらいの期間病気の進行から自由でいられるかを予測する機械学習モデルを作成したんだ。このモデルは、特定の遺伝子変異の有無を使って予測を行った。モデルは異なる変異が患者の結果に違いをもたらすことを示したんだ。
モデルを確立した後、カーフィルゾミブ治療を受けた別の患者グループでテストした結果、薬に敏感だと予測された患者は、感受性がないと予測された患者よりも病気が悪化するまでの時間が有意に長いことが示されたんだ。
モデルの外部検証
CoMMpassデータセットという別の重要なリソースが、結果を検証するために使われた。研究者たちは、カーフィルゾミブベースの組み合わせで治療を受けた患者にモデルをテストした結果、カーフィルゾミブにうまく反応すると予測された患者と、反応が悪いと予測された患者の間で明確な進行のない生存期間(PFS)の違いが見つかったんだ。
興味深いことに、このモデルがボルテゾミブに基づく別の治療を受けている患者に適用されると、予測は成立しなかった。これは、モデルがカーフィルゾミブ治療に関連する結果を予測するのに特に効果的であることを示しているんだ。
治療の決定への影響
CARDAMONとCoMMpass試験の結果は、臨床現場で機械学習モデルを使用する可能性を示唆しているんだ。カーフィルゾミブは、場合によってはボルテゾミブよりも効果的であることが示されている。どの患者がカーフィルゾミブから恩恵を受ける可能性が高いかを予測することで、医師は治療の決定をより情報に基づいて行えるようになるかもしれない。
ENDURANCE試験では、ボルテゾミブとカーフィルゾミブを含む2つの治療法間の効果の違いは見られなかったから、新しいモデルに基づいた治療の決定が患者の結果を改善するかどうかについて疑問が生じたんだ。
治療への抵抗を理解する
さらに、研究者たちは特定の癌細胞サブタイプが治療にどう反応するかを調べたんだ。カーフィルゾミブに対して抵抗性のあるサブタイプを持つ一部の患者は、薬の効かない状態で病気が進行したけど、他の場合では、これらの抵抗性細胞が代替治療を受けた後に消えたんだ。
これらの発見は、患者の癌の特性に基づいて治療を調整する「個別化医療」の重要性を強調しているんだ。
今後の方向性
研究は、組み合わせ治療が改善されている一方で、どの組み合わせが個々の患者に最適かについてまだ明確さが必要だということを強調してる。多発性骨髄腫の治療には、一律のアプローチが通用しないことは明らかだ。今後の課題は、個別化された治療が効果的にテストできる臨床試験をデザインすることなんだ。
提案されているアプローチの一つは、既存の大規模試験に追加研究を行うことだよ。これにより、モデルによって予測された患者の反応に基づく結果を、標準治療を受けた患者との比較ができるようになるんだ。
医療における機械学習の役割
機械学習は、医療においてますます重要になってきてるんだ。特に、画像診断や組織サンプルの正確な解釈が必要な分野では重要なんだ。ただ、癌治療での目標は、専門家を置き換えるのではなく、現在の治療方法を向上させることなんだ。
研究者たちは、変異に基づく署名を使用することで、従来の方法と比較して治療結果を大幅に改善できることを示したんだ。これによって、多発性骨髄腫の患者の生存率が向上する可能性があるんだ。
結論
全体的に、機械学習を癌治療、特に多発性骨髄腫に統合することは大きな可能性を秘めているんだ。遺伝情報に基づいて治療を調整することで、効果を最大化し、リスクを最小限に抑えることができる。こうした個別化アプローチの実効性を確認するための前向きなテストが重要だし、癌ケアのより広い適用に向けた道を開くことにつながるんだ。
タイトル: Machine learning from the CARDAMON trial identifies a carfilzomib-specific mutational response signature
概要: Precision medicine holds great promise to improve outcomes in cancer, including haematological malignancies. However, there are few biomarkers that influence choice of chemotherapy in clinical practice. In particular, multiple myeloma requires an individualized approach as there exist several active therapies, but little agreement on how and when they should be used and combined. We have previously shown that a transcriptomic signature can identify specific bortezomib- and lenalidomide-sensitivity. However, gene expression signatures are challenging to implement clinically. We reasoned that signatures based on the presence or absence of gene mutations would be more tractable in the clinical setting, though examples of such signatures are rare. We performed whole exome sequencing as part of the CARDAMON trial, which employed carfilzomib-based therapy. We applied advanced machine learning approaches to discover mutational patterns predictive of treatment outcome. The resulting model accurately predicted progression-free survival (PFS) both in CARDAMON patients and in an external validation set of patients from the CoMMpass study who had received carfilzomib. The signature was specific for carfilzomib therapy and was strongly driven by genes on chromosome 1p36. Importantly, patients predicted to be carfilzomib-sensitive had a longer PFS when treated with carfilzomib/lenalidomide/dexamethasone than with bortezomib/carfilzomib/dexamethasone. However, in those predicted to be carfilzomib-insensitive, the latter therapy may have been capable of eradicating carfilzomib-resistant clones. We propose that the signature can be used to make rational therapeutic decisions and could be incorporated into future clinical trials.
著者: Michael A Chapman, I. G. Walker, V. D'Arcy, G. K. Khandelwal, G. Anderson, A. Aubareda, W. Wilson, E. Fitzsimons, D. Galas-Filipowicz, K. Foster, R. P. Popat, K. Ramasamy, M. Streetly, C. Bygrave, R. Benjamin, R. M. de Tute, M. Camilleri, S. J. Chavda, G. Pang, T. Dadaga, S. Kamora, J. Cavenagh, E. H. Phillips, L. Clifton-Hadley, R. G. Owen, J. H. Herrero, K. Yong
最終更新: 2023-04-09 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.04.08.23288287
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.04.08.23288287.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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