nanoSPLITSを使った単一細胞解析の進展
新しい方法が細胞の機能や相互作用の理解を深める。
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目次
細胞は生命の基本的な構成要素だよ。いろんな種類やサイズがあって、協力して生き物にとって重要なさまざまなタスクをこなしてる。人間みたいな複雑な生物では、たくさんの異なる細胞タイプがあって、それぞれに役割があるんだ。これらの細胞がどう動いて、相互作用するかを理解することが、健康や病気についての秘密を解き明かす鍵なんだ。
細胞を理解することの挑戦
最近、科学者たちは個々の細胞を研究することで大きな進展を遂げてる、特に高度な技術の発展によってね。これらの技術は研究者が細胞の構成を詳しく見ることを可能にしてる。ただし、多くの方法は特定の情報しかキャッチできなくて、たくさんの疑問が残ってるんだ。例えば、科学者たちは各細胞が一つのレベルでどんな見た目をしてるかだけじゃなく、細胞内の遺伝子、タンパク質、他の分子がどう協力して役割を定義してるのかを知りたいと思ってる。
細胞におけるタンパク質の重要性
タンパク質は細胞の機能に欠かせない存在だよ。構造を作ったり、化学反応を早めたりと、ほとんどすべての細胞プロセスに関与してる。だから、細胞にどれだけのタンパク質があるかを知ることは、その細胞が何をしてるかの洞察を与えてくれるんだ。残念ながら、特にたくさんのタンパク質を同時に見るときには、正確に測定するのが難しいことがある。
技術の進歩:質量分析
これらの課題を乗り越えるための一つの有望なアプローチが質量分析なんだ。この方法は進化して、科学者が個々の細胞から同時に複数のタンパク質を分析できるようになった。これにより、タンパク質だけでなく、他の細胞成分との相互作用も理解できるようになるんだ。
nanoSPLITS法
細胞の分析プロセスを改善するために、nanoSPLITSという技術が開発されたよ。この方法では、研究者が単一の細胞の内容物を小さな部分に分けることができる。特別なチップ上に小さな液滴を使ってこれを行うんだ。nanoSPLITSのおかげで、科学者は同じ細胞からタンパク質とRNAの両方を測定して、その細胞の活動についてのより全体的なイメージを得ることができるんだ。
nanoSPLITSの仕組み
nanoSPLITSシステムは、個々の細胞を隔離することから始まる。隔離された細胞は、内容物を分解するのを助ける溶液と混ぜられる。内容物は小さな液滴に分けられる。タンパク質やRNAといった細胞の異なる部分をこれらの液滴で測定できる。この効率的な内容物の使用により、貴重な情報を失うことなく、より深い分析が可能になるんだ。
結果:nanoSPLITSからの洞察
nanoSPLITSアプローチを使って、研究者たちは異なる細胞タイプから重要なデータを集めることができた。例えば、マウスの細胞を調べて、これらの細胞がどう機能するかを理解する手助けとなる重要なタンパク質や遺伝子を特定したんだ。この技術は、協力して働くタンパク質や遺伝子のクラスターを明らかにして、単純な分析では見逃しがちな洞察を提供してくれる。
細胞タイプの測定
タンパク質や遺伝子の存在を特定するだけでなく、nanoSPLITSは異なる細胞タイプを分類するのにも使われたんだ。これは、組織内でさまざまな細胞がどう相互作用するかを理解するのに重要だよ。RNAとタンパク質の測定を結びつけることで、研究者たちはさまざまな細胞タイプに特有の特性を特定できて、見落とされがちな希少な細胞も検出できるんだ。
細胞周期の理解
nanoSPLITS法のもう一つの注目すべき応用は、細胞の成長と分裂の過程を経る系列の段階である細胞周期の研究なんだ。異なる周期の段階にある細胞を比較することで、科学者たちは特定のタンパク質や遺伝子の発現がどう変化するかを見ることができて、細胞の成長と発展を理解するのに重要なんだ。
リン酸化の役割
タンパク質はその機能を変えるさまざまな修飾を受けることがあるよ。その一つがリン酸化で、タンパク質にリン酸基が追加されるんだ。このプロセスは特に細胞分裂の際に重要なんだ。nanoSPLITSを使って、研究者たちは単一細胞内のリン酸化ペプチドやリン酸化されたタンパク質を測定することができて、細胞が分裂に備える方法についての重要な詳細が明らかになったんだ。
人間の健康への応用
nanoSPLITSを使って得られた洞察は、人間の健康に大きな影響を与える可能性があるよ。異なる細胞タイプの機能を理解することで、新しい治療のターゲットを見つける手助けになるんだ。例えば、癌のような病気では、特定の細胞タイプでどのタンパク質が活性になっているかを知ることで、治療の選択肢を導き出すことができるんだ。
人間の細胞の研究
研究者たちはnanoSPLITS法を人間の膵臓細胞に応用したよ。これらの細胞は血糖を調節する重要な役割を果たしてる。この分析によって、膵臓のさまざまな細胞タイプの違いを区別したり、これらの細胞の独自のマーカーを特定したりできたんだ。これは特に重要で、糖尿病の理解と治療に役立つ可能性があるんだ。
結論:細胞分析の未来
nanoSPLITSプラットフォームは、単一細胞分析の大きな進歩を表してるよ。研究者が同じ細胞から複数の種類の分子を同時に測定できるようにすることで、細胞レベルでの生命の複雑さを探る新しい道が開かれるんだ。技術が進化し続ける中で、nanoSPLITSのようなツールは、健康、病気、そして生命そのものの基本的な働きへの新たな洞察を明らかにするのに貴重なんだ。
マルチオミクスの広がる可能性
RNAとタンパク質の分析のような異なる測定を統合することはマルチオミクスと呼ばれる。このアプローチは、生物学的プロセスのより豊かでまとまりのある理解を提供することを約束してる。さまざまな方法を組み合わせることで、研究者たちは異なる細胞機能の間の関係をつなげて、最終的には生物の理解を深めることができるんだ。
前を向いて
これからの目標は、nanoSPLITSのような方法をより多くの細胞タイプや条件に適用することだよ。新しい治療法を発見したり、病気をよりよく理解したりする可能性は膨大なんだ。技術の進歩が続く中で、科学者たちは生物医学研究の未来と人間の健康を改善するための応用について楽観的なんだ。
最後の考え
細胞をこんなに詳細に分析する能力は、私たちの生物学の知識を向上させるだけでなく、医学においても重要な突破口を生むことになるんだ。nanoSPLITSのようなツールがあれば、研究者や患者にとっての未来は明るくて、治療や複雑な生物システムの理解に新しい可能性をもたらしてくれるんだ。
細胞の世界とそれを研究するための技術への旅は、最小規模での生命の信じられないほどの複雑さを浮き彫りにしてる。技術の進歩は新しい疑問や発見、そして最終的には私たちの世界を構成する生きたシステムへのより深い感謝をもたらしてくれるんだ。
タイトル: Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting
概要: Single-cell multiomics provides comprehensive insights into gene regulatory networks, cellular diversity, and temporal dynamics. Here, we introduce nanoSPLITS (nanodroplet SPlitting for Linked-multimodal Investigations of Trace Samples), an integrated platform that enables global profiling of the transcriptome and proteome from same single cells using RNA sequencing and mass spectrometry-based proteomics, respectively. Benchmarking of nanoSPLITS demonstrated excellent measurement precision, with deep proteomic and transcriptomic profiling of single-cells. We applied nanoSPLITS to cyclin-dependent kinase 1 inhibited cells and found phospho-signaling events could be quantified alongside global protein and mRNA measurements, providing new insights into cell cycle regulation. We also extended nanoSPLITS to single-cells isolated from human pancreatic islets, introducing an efficient approach for facile identification of unknown cell types, and detecting their protein markers by mapping transcriptomic data to existing large-scale single-cell RNA sequencing reference databases. Herein, we establish nanoSPLITS as a new multiomic technology incorporating global proteomics and anticipate the approach will be critical to furthering our understanding of single-cell systems.
著者: Ying Zhu, J. M. Fulcher, L. M. Markillie, H. D. Mitchell, S. M. Williams, K. M. Engbrecht, D. J. Degnan, L. Bramer, R. J. Moore, W. B. Chrisler, J. Cantlon-Bruce, J. W. Bagnoli, W. Qian, A. Seth, L. Pasa-Tolic
最終更新: 2024-07-04 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.17.492137
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.17.492137.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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