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ALSのサブタイプとその影響についての新しい知見

研究によると、病気の結果や潜在的な治療法に関連するさまざまなALSのサブタイプがあるんだって。

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ALSのサブタイプ:新しいALSのサブタイプ:新しい発見能性を明らかにした。研究がALSのサブタイプの違いと治療の可
目次

筋萎縮性側索硬化症(ALS)は、脳と脊髄に影響を与える深刻な病気だよ。筋肉をコントロールする神経細胞が弱って死んじゃって、動けなくなったり最終的には死に至ることもある。ALSと診断された人は、症状が出始めてからだいたい2年から5年くらい生きることが多いけど、病気の進行は人それぞれなんだ。

ALSの性質

ALSは人によって始まる場所が異なるんだ。手に症状が出る人もいれば、脚や言葉に問題が出る人もいる。診断される年齢や病気が進行するスピードも違うけど、ほとんどのALS患者は神経細胞にTDP-43というタンパク質が蓄積している兆候があるんだ。

TDP-43は普通は細胞の核に存在するタンパク質なんだけど、ALSでは核の外に溜まっちゃって問題を引き起こす。TDP-43の変化は家族性ALSのほとんどのケースで見られるんだ。ALSには40以上の遺伝子変異が関係していて、細胞のRNAやタンパク質の取り扱いに影響を与えることがあるよ。

ALSのサブタイプの理解

研究者たちは、ALSを患者ごとに特有の特徴に基づいていくつかのタイプに分けることができるって発見したんだ。大規模なALS患者群を研究することで、科学者たちは遺伝子のパターンに基づいてこれらのサブタイプを分類したよ。主な違いは細胞の炎症や酸化ストレスの兆候に関係していて、これはダメージを引き起こす不均衡なんだ。

例えば、あるサブタイプは炎症反応が増加している一方で、別のサブタイプは酸化ストレスによるダメージの兆候を示している。これらのサブタイプの違いは、病気が体内でどのように機能するかを理解する手助けになって、新しい治療法の手がかりになるかもしれない。

ALS患者グループの調査

ALS患者からたくさんのサンプルが集められているよ。脳や脊髄の組織が含まれているんだ。サンプル数を増やすことで、研究者たちは病気の全体像をより明確に把握できるんだ。この研究には約400人のサンプルが含まれていて、さまざまなタイプのALSについて深く理解することができたよ。

サンプルの分析によって、ALSを持つ若者や前頭側頭型認知症(FTD)のような関連する状態を持つ人も特定できたんだ。一緒にこれらの状態を研究することで、どのように重なり合っているのか、また互いに影響を与えるかがわかるんだ。

ALSサブタイプの新しい分類器

ALS患者を病気のタイプに基づいてより良く分類するために、研究者たちはDANCerという新しいツールを開発したよ。この深層学習モデルは、ALSサンプルにおける遺伝子発現パターンを見て、サンプルがどのサブタイプに属するかを正確に予測できるんだ。モデルは高い精度で新しいサンプルを迅速に分析できるよ。

この分類器を使うことで、科学者たちは大規模な患者群におけるALSサブタイプの一貫した分布を認識したんだ。この一貫性は、これらのサブタイプが病気の進行や治療反応について信頼できる指標であることを示唆しているよ。

脊髄の洞察

この研究は脳のサンプルだけでなく、脊髄のサンプルも含まれているんだ。脊髄の役割は非常に重要で、ALSではここにある運動ニューロンが直接影響を受けるからね。分析の結果、脳で見つかったのと同じALSサブタイプが脊髄のサンプルでも特定されたんだ。この相関関係は、病気の影響が神経系の異なる部分で一貫していることを示しているよ。

脊髄組織でも炎症やストレスの似たパターンが観察されて、ALS患者のこれらの領域の関連性がさらにサポートされたんだ。特に、脊髄組織に特定のサブタイプが欠けているのは、病気の複雑さを示していて、さらなる研究が必要だよ。

ALSサブタイプとの臨床的相関

研究者たちは異なるALSサブタイプが病気の持続期間にどう関連するかを調査したんだ。ALS-TEサブタイプの患者は、診断から死までの時間が短いことが多いってわかった。これは、遺伝子発現のパターンが病気の結果を予測するのに役立つ可能性があるってことだよ。

これらの関連性を理解することは、特定のサブタイプが治療に対して異なる反応を示すかもしれないから、個別化された治療アプローチにとって重要なんだ。さらに、病気の持続期間が特定の分子特性に関連していることを認識することは、新しい治療オプションの開発にも役立つかもしれない。

シングルセル分析

ALSについてさらに深く理解するために、シングルセルRNAシーケンシング技術が使われたよ。この方法で、ALS患者の個々の細胞を分析して、その特定の特徴や変化を明らかにすることができるんだ。

この分析を通じて、ALSサブタイプ間の違いは細胞タイプの構成によって影響されていることが明らかになったよ。例えば、異なるALSサブタイプ間で運動ニューロンに顕著な変化が見られて、ある種のALSが大きな神経細胞の喪失を引き起こす可能性が示唆されているんだ。

星状膠細胞とミクログリア

星状膠細胞とミクログリアは、神経細胞をサポートし炎症を管理する脳の細胞の種類なんだ。この研究では、ALS患者における星状膠細胞とミクログリアの反応の違いが調査されたよ。

ALS-Gliaサブタイプでは、星状膠細胞に炎症活動が高まっている兆候が見られたけど、ALS-Oxサブタイプの星状膠細胞はアルツハイマー病に関連する変化を示していた。一方で、ALS-TEサブタイプは似たような炎症反応を示さなかったから、各サブタイプで異なる生物学的プロセスが働いていることを示しているよ。

ミクログリアも異なる反応を示していて、ALS-Gliaサブタイプでは強い炎症プロファイルが見られたし、ALS-OxとALS-TEサブタイプでは異なる特徴が確認された。これらのサポート細胞での遺伝子発現のユニークなパターンは、ALSの進行における彼らの役割を強調しているよ。

結論

この研究は、多くの患者とその組織を調べることでALSの複雑さを明らかにしているよ。さまざまな分子的サブタイプを特定し、それらの臨床結果との関係を理解することで、研究者たちはより効果的な治療法を開発する道を拓いているんだ。DANCerのような高度な分類器の活用は、患者がどのサブタイプを持っているかを正確に特定するのに役立ち、将来的にはよりターゲットを絞った治療に繋がるかもしれないよ。

脊髄と皮質データの統合に加え、シングルセル分析がALSの包括的な視点を提供して、神経系の異なるエリアと病気そのものとの重要なつながりを明らかにしているんだ。星状膠細胞やミクログリアの役割を理解する進展は、病気の進行を変えることを目指した新しい治療戦略につながるかもしれない。全体として、この研究はALSのより明確なイメージを提供し、この厄介な状態に立ち向かうための将来の研究の扉を開いているよ。

オリジナルソース

タイトル: ALS molecular subtypes are a combination of cellular, genetic, and pathological features learned by deep multiomics classifiers

概要: Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a complex syndrome with multiple genetic causes and wide variation in disease presentation. Despite this general heterogeneity, several common factors have been identified. For example, nearly all patients show pathological accumulations of phosphorylated TDP-43 protein in affected regions of the motor cortex and spinal cord. Moreover, large patient cohort studies have revealed that most patient samples can be grouped into a small number of ALS subtypes, as defined by their transcriptomic profiles. These ALS molecular subtypes can be grouped by whether postmortem motor cortex samples display signatures of: mitochondrial dysfunction and oxidative stress (ALS-Ox), microglial activation and neuroinflammation (ALS-Glia), or dense TDP-43 pathology and associated transposable element de-silencing (ALS-TE). In this study, we have built a deep layer ALS neural network classifier (DANcer) that has learned to accurately assign patient samples to these ALS subtypes, and which can be run on either bulk or single-cell datasets. Upon applying this classifier to an expanded ALS patient cohort from the NYGC ALS Consortium, we show that ALS Molecular Subtypes are robust across clinical centers, with no new subtypes appearing in a cohort that has quadrupled in size. Signatures from two of these molecular subtypes strongly correlate with disease duration: ALS-TE signatures in cortex and ALS-Glia signatures in spinal cord, revealing molecular correlates of clinical features. Finally, we use single nucleus RNA sequencing to reveal the cell type-specific contributions to ALS subtype, as determined by our single-cell classifier (scDANCer). Single-cell transcriptomes reveal that ALS molecular subtypes are recapitulated in neurons and glia, with both ALS-wide shared alterations in each cell type as well as ALS subtype-specific alterations. In summary, ALS molecular subtypes: (1) are robust across large cohorts of sporadic and familial ALS patient samples, (2) represent a combination of cellular, genetic, and pathological features, and (3) correlate with clinical features of ALS. O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=148 SRC="FIGDIR/small/603731v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (42K): [email protected]@af9beborg.highwire.dtl.DTLVardef@12594f1org.highwire.dtl.DTLVardef@557dae_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG O_FLOATNOFigure 0:C_FLOATNO Graphical Abstract - ALS molecular subtypes are a combination of cellular, genetic, and pathological features learned by deep multiomics classifiers. C_FIG

著者: Molly Gale Hammell, K. ONeill, R. Shaw, I. Bolger, NYGC ALS Consortium, O. H. Tam, H. Phatnani

最終更新: 2024-07-20 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.19.603731

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.19.603731.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

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