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リンチ症候群:遺伝的リスクと分類の取り組み

リンチ症候群の概要、その遺伝的基盤、そして分類の改善について。

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リンチ症候群のリスクと変異リンチ症候群のリスクと変異の役割を理解する。がんリスクとバリアント分類における遺伝学
目次

リンチ症候群は、以前は遺伝性非ポリポーシス大腸癌として知られていた遺伝的な状態で、大腸癌や子宮内膜癌など特定のタイプの癌のリスクを高める。これは、DNAのミスを修復する特定の遺伝子に変化があることから起こる。主な遺伝子はMLH1、MSH2、MSH6、PMS2だ。時には、EPCAMという遺伝子に問題があるとMSH2遺伝子に影響を与えることもある。

リンチ症候群の仕組み

リンチ症候群の人の体は、DNAのエラーを修正する能力が損なわれている。これが遺伝的なミスの蓄積につながり、マイクロサテライト不安定性(MSI)の高い腫瘍を引き起こすことがある。つまり、これらの腫瘍はDNAの中に異常な数の繰り返し配列を持つ。リンチ症候群に関連する腫瘍はいろいろあるけど、大腸癌と子宮内膜癌が最も一般的だ。

リンチ症候群のキャリア探し

リンチ症候群に関連する遺伝子を持っているかもしれない人を特定するためのアプローチはいくつかある。これには、家族の病歴を調べたり、特定の癌を持つ人に遺伝子の異常を検査したり、大腸癌や子宮内膜癌の人に遺伝子検査を行ったりする方法が含まれる。

変異データベース

リンチ症候群や他の消化器系癌に関連する遺伝的変異を追跡する組織が管理しているデータベースがある。これらのデータベースは、特定の遺伝子の変化が有害かどうかを医療専門家が判断するのを助ける情報を提供する。技術の進歩により、記録された遺伝的変化の数は大幅に増加している。2023年現在、公共のデータベースには数千の特定された変異がある。

遺伝的変異の分類

2014年、ミスマッチ修復(MMR)遺伝子の変化を分類するためのガイドラインが作成された。これらのガイドラインは、主要な遺伝学の組織によって認識されており、遺伝的変異が健康に与える潜在的な影響を評価するために使用されている。この分類は、家族歴や検査結果、特定の腫瘍の存在など、さまざまな証拠を考慮に入れている。

変異レビュー委員会の形成

遺伝学の組織と協力して、遺伝性大腸癌や他の消化器系癌に関連する遺伝的変異を評価するための新しい委員会が形成された。この委員会には、遺伝学、腫瘍学、臨床診断などのさまざまな分野の専門家が含まれている。この委員会の目標は、確立された基準に基づいてこれらの癌に関連する遺伝的変異を評価および分類することだ。

分類基準の更新

遺伝的変異を分類するための基準が更新され、最新の理解や方法を反映するようになった。新しい基準では、家族歴や腫瘍の特性、機能テストなど、さまざまな証拠が一つのフレームワークにまとめられている。これにより、遺伝的変異のより正確な分類が可能になり、患者ケアに関するより良い判断ができる。

リンチ症候群のリスクを理解する

新しい分類基準は、リンチ症候群に関連する腫瘍を持つ人に適用される。研究によると、ある遺伝子の変化は癌を発症するリスクが高い一方で、他の遺伝子はリスクが低いことが示されている。例えば、PMS2遺伝子の変化は、他のMMR遺伝子と比べて癌のリスクが低いことが多い。

腫瘍の特性の役割

リンチ症候群に関連する腫瘍はしばしばマイクロサテライト不安定性や特定のタンパク質の変化を示す。ただし、リンチ症候群の人がこれらの一般的なマーカーを示さない腫瘍を発症することもあるので、これらの特徴の存在は遺伝的変異の影響を評価するのに利用される。

遺伝子変異の機能テスト

特定の遺伝的変化がDNAの修復能力にどのように影響するかを理解するために、研究者たちは機能テストを開発した。これらのテストは、遺伝子の変異が機能喪失をもたらすかどうかを評価する。これらのテストからの証拠の強さが、変異を病原性(有害)または良性(安全)として分類するのに役立つ。

インシリコ予測

研究者たちは、コンピュータベースのツールを使って遺伝的変化が遺伝子の機能にどのように影響するかを予測する。これらのツールは、遺伝子が生成するタンパク質の構造や挙動を分析して、変異が害を及ぼすかどうかを判断する。異なるツールは異なる結果を提供することがあるが、特定の組み合わせは予測精度を向上させることが示されている。

分類基準のパイロットテスト

新しい分類基準が効果的に機能するか確認するために、パイロットスタディが実施された。これには、患者の遺伝的変異のセットを評価し、新しい基準がその分類を不確実からおそらく有害またはおそらく安全に変更できるかどうかを判断することが含まれていた。専門家は独立してこれらの変異をレビューし、発見について議論し、合意に達した分類を行った。

テスト用テンプレートの適切な選択

正確な変異の分類には、特定の遺伝子の変化を説明するために好ましい遺伝子テンプレートが使用される。これらのテンプレートは、変異が遺伝子の機能にどのように影響するかを伝える標準的な方法を提供する。分類プロセスは、一貫性を確保するために確立されたガイドラインにも従う。

変異頻度を理解する

一般の人口における遺伝的変異の頻度は、その潜在的なリスクについての洞察を提供できる。もし変異が一般的なら、有害である可能性は低いが、珍しい変異はより大きな懸念となるかもしれない。研究者が集団内の変異の頻度を計算するためのツールが利用可能で、それが分類に役立つ。

変異タイプの詳細

一部の変異は、その位置やタイプによって分類される。例えば、変異がタンパク質の早期終結を引き起こす場合、これは有害と分類されることがある。他には、遺伝子素材のスプライシングに影響を与えるものも含まれ、これがタンパク質の形成を変えることがある。

共分離分析

遺伝的疾患を持つ家族では、研究者たちは遺伝的変異が疾患と共分離するかどうかを調べる。もし変異が影響を受けた家族のメンバーには見られるが、影響を受けていないメンバーには見られない場合、その変異が病原性である強い証拠となることがある。共分離の確率を計算するためのツールも利用可能で、この評価を助ける。

新たな変異の影響を評価する

一部の変異は自発的に発生し、親から遺伝されない。これらの新たな変異を評価するための基準が、腫瘍の特性に基づいて確立された。これらの基準は、新しい突然変異が疾患に寄与する可能性があるかどうかを決定するのに役立つ。

既知の変異との共存

既知の有害な変異を持つ患者において変異を評価する際、研究者はこれら二つの変異が関連しているかどうかを調べる。証拠は、新しい変異が病原性か良性であるかの可能性を示唆することがある。

変異分類における機能アッセイ

タンパク質機能を測定する実験室テストは、変異を分類するための重要なデータを提供する。これらのテストは、変異が機能喪失を引き起こすかどうかを確認できる。過去と現在の機能テストの結果を分析するために体系的なアプローチが用いられ、分類プロセスが助けられる。

臨床データと腫瘍の証拠

特定のマーカーの存在を含む腫瘍からのデータは、遺伝的変異の影響を判断するのに役立つ。例えば、特定の腫瘍タイプや特性を特定することが、その変異が有害である可能性についての手がかりを提供することがある。

一貫した分類のための推奨

遺伝専門家が取るアプローチは、変異の一貫した分類を作成することを目的としている。さまざまな情報源からの証拠を組み合わせることで、正確な解釈を確保し、最終的に患者ケアを導く。

変異分類の潜在的な課題

新しい分類基準は包括的なフレームワークを提供するが、その適用には課題が生じることがある。変異が常に確立されたカテゴリーにぴったり当てはまるわけではなく、不確実性が生じることがある。知識が増えるにつれて、基準の更新と改良が不可欠だ。

コラボレーションの重要性

遺伝学、臨床ケア、研究の専門家間の協力は、分類プロセスの改善に不可欠だ。知識や専門知識を共有することで、異なる視点がより良い理解と正確な分類につながる。

今後の方向性

リンチ症候群や他の遺伝性癌症候群に関する研究が進むにつれて、分類基準はさらに進化するかもしれない。継続的な研究が、遺伝的変異が健康に与える影響の理解を深めるだろう。ガイドラインの継続的な更新が臨床実践においてその関連性を維持する。

結論

リンチ症候群は、特定の癌のリスクを高める重要な遺伝的状態だ。遺伝的変異を正確に分類するための継続的な努力は、患者の管理とケアを向上させるだろう。専門家の見解、先進的技術、共同アプローチの組み合わせが、将来的に遺伝子検査のより効果的な利用を実現する道を拓く。これらの遺伝的変化への理解を深めることで、リンチ症候群や類似の状態に影響を受けた個人や家族をよりよく支援できる。

オリジナルソース

タイトル: Mismatch repair gene specifications to the ACMG/AMP classification criteria: Consensus recommendations from the InSiGHT ClinGen Hereditary Colorectal Cancer / Polyposis Variant Curation Expert Panel

概要: BackgroundIt is known that gene- and disease-specific evidence domains can potentially improve the capability of the ACMG/AMP classification criteria to categorize pathogenicity for variants. We aimed to include gene-disease-specific clinical, predictive, and functional domain specifications to the ACMG/AMP criteria with respect to MMR genes. MethodsStarting with the original criteria (InSiGHT criteria) developed by the InSiGHT Variant Interpretation Committee, we systematically addressed specifications to the ACMG/AMP criteria to enable more comprehensive pathogenicity assessment within the ClinGen VCEP framework, resulting in an MMR gene-specific ACMG/AMP criteria. ResultsA total of 19 criteria were specified, 9 were considered not applicable and there were 35 variations of strength of the evidence. A pilot set of 48 variants was tested using the new MMR gene-specific ACMG/AMP criteria. Most variants remained unaltered, as compared to the previous InSiGHT criteria; however, an additional four variants of uncertain significance were reclassified to P/LP or LB by the MMR gene-specific ACMG/AMP criteria framework. ConclusionThe MMR gene-specific ACMG/AMP criteria have proven feasible for implementation, are consistent with the original InSiGHT criteria, and enable additional combinations of evidence for variant classification. This study provides a strong foundation for implementing gene-disease-specific knowledge and experience, and could also hold immense potential in a clinical setting.

著者: John Paul Plazzer, F. Macrae, X. Yin, B. A. Thompson, S. M. Farrington, L. Currie, K. Lagerstedt-Robinson, J. H. Frederiksen, T. van Overeem Hansen, L. Graversen, I. M. Frayling, K. Akagi, G. Yamamoto, F. Al-Mulla, M. J. Ferber, A. Martins, M. Genuardi, M. Kohonen-Corish, S. Baert-Desurmont, A. B. Spurdle, G. Capella, M. Pineda, M. O. Woods, L. J. Rasmussen, C. D. Heinen, R. J. Scott, C. M. Tops, M. S. Greenblatt, M. Dominguez-Valentin, E. Ognedal, E. Borras, S. Y. Leung, K. Mahmood, E. Holinski-Feder, A. Laner

最終更新: 2024-05-14 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.05.13.24307108

ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.05.13.24307108.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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