神経モルフィック技術による細胞分析の進展
新しいツールが細胞分析の方法をどう変えているか発見しよう。
Ziyao Zhang, Haoxiang Yang, Jiayin Li, Shin Wei Chong, Jason K. Eshraghian, Ken-Tye Yong, Daniele Vigolo, Helen M. McGuire, Omid Kavehei
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目次
科学の世界には、研究者が細胞をじっくり観察するためのツールがあるんだ。これらのツールのいくつかは、高性能カメラみたいで、細胞をカラフルなコスチュームを着た小さなスーパーヒーローのように見ることができるんだ。そこで登場するのが、イメージングフローサイトメトリー(IFC)とイメージ対応細胞ソーティング(ICS)。これらのツールは、科学者が細胞の特徴に基づいてそれらを見たり、選別したりするのを助ける。まるでナイトクラブのバウンサーがIDを確認するみたいにね。目的は?これらの細胞をもっとよく理解して、可能であればさらに研究のために集めること。
細胞分析の明るい面
研究者がIFCやICSを使うと、細胞を詳しく研究できる。細胞の見た目や、内部のタンパク質の分布がどうなってるかを確認できるんだ。これは、細胞のための高解像度テレビを持っているようなもの。ぼやけた画像の代わりに、すべての小さなディテールを見ることができる。これにより、科学者はどんなタイプの細胞を見ているのかわかる-友好的な子犬か、ずる賢いアライグマかを見分けるような感じ。
IFCとICSは特別なカメラで細胞の画像をキャッチするけど、ここに問題がある。これらのカメラは特定の速度でしか画像を撮れないんだ。もし細胞が速すぎて動いていたら、カメラがうまく捉えられず、ぼやけた画像や細胞が見逃されることがある。全速力で走っている友達の写真を撮ろうとするのを想像してみて。笑顔の顔ではなく、ぼやけた塊の写真になってしまうかも!
従来の方法の問題点
これらのカメラシステムの大きな頭痛のタネの一つは、生み出されるデータ量だ。画像をキャッチするとき、科学者たちは研究したい細胞とは関係のないたくさんの余計な情報を手に入れてしまうことがある。必要なものがドライバーだけなのに、工具箱一式を引っ張り出すみたいな感じ。これらのデータを保存して処理するのは結構お金がかかる、特に分析すべき細胞が何百万もある場合。だから、効率的に画像をキャッチする賢い方法を見つけることが重要なんだ。
ゲーティング:細胞データの門番
研究者たちが直面するもう一つの障害は、集めたデータを選別すること。彼らは「フィーチャーゲーティング」というものを使うことが多く、これは細胞を二次元グラフで比較して手動で分類することを意味する。点をつないでいくゲームのような感じだけど、点の代わりに、たくさんの特徴を持った細胞がある。これには結構手間がかかって、鋭い目が必要なんだ-間違えずにキャンディを分けるのと同じように。
ほとんどの研究者は自分の分野のエキスパートだけど、大規模な実験のときはこのプロセスが本当に時間を食う。幸い、技術の進歩がこのプロセスを自動化する手助けをしてくれている。まるで疲れないロボットのキャンディソーターがいるみたい!
新しいプレーヤー:神経形態学的ビジョンセンサー
神経形態学的ビジョンセンサー(NVS)を紹介するよ。これは私たちの目の働きを模倣するクールなガジェットなんだ。従来の方法で写真を撮る代わりに、このセンサーは光や動きの変化を検出する。まるで動くレーザーポインタを追いかける好奇心旺盛な猫みたいに。アクティブなシーンの部分だけを記録して、その他は無視しちゃうから、より効率的にデータを収集できるんだ。これによって、科学者は関心がある重要な部分だけに焦点を当てて、余計なノイズを排除できる。
NVSは、低い電力使用でデータを素早くキャッチしながら、より良い細胞分析を可能にする。科学の世界のエネルギー効率の良いスーパーヒーローみたいな存在!もしあなたの携帯が、歩いているときの歩数だけを記録し、ソファに座っている時間を無視するようなものであれば、これが細胞データに対して行っていることなんだ。
神経形態学的イメージングサイトメトリーの導入
私たちのチームは、神経形態学的イメージングサイトメトリー(NICS)という新しいアプローチをまとめた。これにより、NVSの利点を活かして従来のシステムの制限に対処するんだ。エネルギーやストレージスペースを無駄にすることなく、細胞の重要な特徴に焦点を当てることで、NICSは小さなターゲットを検出して分析する際に優れた能力を示した。
ラベルフリー細胞データセットの初挑戦
私たちは、初めてのラベルフリーな神経形態学的細胞データセットを作成したことを発表できるのが嬉しい!このデータセットには、赤血球、好中球、血小板などのさまざまなヒト血液細胞や、ヒト臍帯静脈内皮細胞(HUVEC)と呼ばれる特別な細胞が含まれている。これらの細胞は、パーティーのVIPゲストみたいな存在だ!
このデータセットを使って、研究者たちは細胞の健康に影響を与えることなく、さまざまな細胞タイプを探求できる。カロリーを気にせずに食事を楽しむ高級ディナーに参加するみたいな感じだ!
マシンに細胞を認識させること
私たちのシステムをさらに賢くするために、細胞データを分類するためにディープラーニングを使ったモデルを開発した。異なるタイプのニューラルネットワークを混ぜ合わせたハイブリッドモデルをトレーニングすることで、なんと97%という驚異的な精度を達成した。難しい試験でA+を取得したようなもの!このモデルは性能が良いだけでなく、従来のシステムよりもメモリとエネルギーをずっと効率的に使うんだ。
データキュレーションの魔法
NVSを使って細胞をキャッチした後、次のステップはキュレーション。これは、収集したデータを慎重に整理して、分析しやすくすることを意味する。さまざまなヒト血液細胞を見て、さまざまなサイズとタイプが揃っていることを確認した。例えば、赤血球のサイズに合わせるために小さな8μmの粒子も含めて、すべてのスーパーヒーローにはサイドキックが必要だからね!
賢いテクニックを使って追加の画像を加えることで、私たちのデータセットが実際の状況を扱えるほど堅牢で多様であることを確認した。スーパーヒーローが一つの力しか持っていなかったら苦労するかもしれない-だから私たちはたくさんのバックアップを用意したんだ!
モデルのパフォーマンスを理解する
次に、私たちのモデルがどれだけうまく機能しているかを分析した。UMAPという特別なテクニックを使って、モデルが異なる細胞タイプをどのようにクラスター化しているかを視覚化した。まるで色ごとにゼリービーンズを分類するみたい。ほとんどの細胞イベントは整然とした小さなグループを形成していて、一つのスーパーヒーローから別のスーパーヒーローを見分けるのが簡単だった。しかし、一部の細胞タイプは非常に似ているため、同じクラスターに入ってしまうことがあった-注意を払わないと、いくつかのゼリービーンズが間違われるような感じだ。
混乱行列も作成した。これは、モデルが各細胞タイプをどれだけよく認識しているかを見るための洗練された方法だ。結果は素晴らしかった!ほとんどの細胞クラスは94%以上のスコアを獲得し、私たちのモデルが最小限のミスで細胞を正確に分類できることを示している。
処理速度の向上
細胞分析では、速度が重要なんだ。私たちのモデルは、画像を処理する際に驚くべき結果を達成し、わずか1ミリ秒で98.3%のイベントを終了させることができた。これは、落ちそうなアイスクリームコーンを地面に落ちる前にキャッチする、雷のような反射神経のようなもの。NVSの先進技術と私たちのモデルのおかげで、時間を無駄にせずに細胞を迅速に分析できるんだ。
データセットと濃度の変動
私たちのモデルをさらに効果的にするために、特にヒト血液における細胞濃度の自然な変動を考慮した。私たちは、モデルをトレーニングするために、バランスの取れたデータセットと不均衡なデータセットを持って、ヒト血液の実際の条件をシミュレートした。モデルは、不均衡なデータに直面しても驚くほどのパフォーマンスを発揮した。
ツールの比較:最適な適合を見つける
私たちは、新しいモデルを従来のニューラルネットワークと比較して、お互いの性能を見た。従来のモデルは信頼性が高いけど、より多くの処理能力を必要とした。それに対して、私たちのハイブリッドモデルは、似たような性能を提供しながらも、メモリとエネルギーの消費が少ない。これは、全機能を備えたコンパクトカーを見つけるようなもので、大きなSUVよりも運転コストが安いんだ!
サンプル準備:慎重なプロセス
実験用の細胞を集めるために、私たちは細心の注意を払ってプロセスを進めた。ボランティアからヒト血液サンプルを収集し、すべてを倫理的に行うように心がけた。サンプルは、最終的な料理に不可欠なすべての材料を大切にする料理番組のような方法で、さまざまな部分に分けられた。
マイクロ流体イメージングのクールな世界
細胞を視覚化するために、マイクロ流体イメージングプラットフォームを使った。このプラットフォームは、細胞が流れるための小さなチャンネルを作ったことを意味する。これは、まるで小川の中の水のように細胞が流れるところを見せるようなものだ。素晴らしいNVSカメラが、チャンネルを通って移動する細胞の流れをキャッチした。まるで細胞のミニパレードを見ているかのようだ!
データビーストを手懐ける
細胞がキャッチされた後、データには真剣な手懐けが必要だった。私たちは分析のために画像のサイズをより管理しやすいものに切り抜き、背景からの「ノイズ」を取り除くためにフィルターをかけた。自分の部屋を片付けて、必要のないゴミを捨てるのと同じように、私たちはモデルが混乱しないように不要なものをフィルターにかけた。
オペレーションの背後にある頭脳を開発する
私たちのオペレーションの核心には、スパイキングニューラルネットワーク(SNN)がある。これは、出来事が発生するたびにそれを直接処理できる超賢い脳のようなものだ。この能力が、出来事を最初に画像に変換する必要がある従来のモデルとは異なるところ。SNNは効率的で、素早く動作し、エネルギーも少なくて済む。特別な方法で脳をトレーニングして、疲れずに学習できるようにした。
未来を見据えて
私たちは、データセットがまだ成長の余地があることを見据えている。より多くの細胞タイプやバリエーションを追加して、研究者たちにとって豊かなリソースになるようにしたい。私たちの目標は、細胞分析の可能性を押し広げつつ、楽しく効率的に保つことなんだ。
細胞分析の新時代の約束
神経形態学的ビジョンセンサーとディープラーニングのような革新的な技術を組み合わせることで、細胞分析の世界を変革できる。新しいアプローチは、よりスマートで迅速かつ効率的に細胞を研究する方法を提供し、古い煩雑な方法から脱却する。私たちの日常生活におけるテクノロジーが進化するように、科学もエキサイティングな変化の道を歩んでいることは明らかだ。
結局のところ、NVS、自動分析、そして私たちのハイブリッドモデルの組み合わせが、科学者たちが無限の細胞を迅速かつ正確に分析できる未来への道を切り開いている。だから、次に細胞について考えるときは、最先端の技術を使ってその物語を語る準備ができた科学のスーパーヒーローたちを思い出してね!
タイトル: Neuromorphic Imaging Cytometry on Human Blood Cells
概要: AO_SCPLOWBSTRACTC_SCPLOWImage-enhanced cytometry and sorting are powerful technologies that provide single-cell resolution and, where possible, cell actuation based on spatial and fluorescence characterisation. With the emergence of deep learning (DL), numerous cytometry-related works incorporate DL to assist their research in handling data-intensive and repetitive workloads. The rich spatial information provided by single-cell images has exceptional use with DL models to classify cells, detect rare cell events, disclose irregularity and achieve higher sample purity than a conventional feature-gating strategy. One of the significant challenges in these image-enable technologies is the constrained throughput owing to the data-expensive image acquisition and balancing between speed and resolution. This work introduces a novel paradigm by adopting a bio-inspired neuromorphic photosensor to capture fast-moving cell events. It facilitates a data-efficient, fluorescence-sensitive, fast inference approach to establish a foundation for neuromorphic-enabled cytometry/sorting applications. We have also curated the first neuromorphic-encoded cell dataset, including human blood cells (red blood cells, neutrophils, lymphocytes, thrombocytes), endothelial cells and polystyrene-based microparticles. To evaluate the data quality and potential of DL-based gating, we have directly trained a hybrid classification model based on this dataset, accomplishing a promising performance of 97% accuracy and F1 score with a significant reduction in memory usage and power consumption. Combining neuromorphic imaging and DL holds substantial potential to develop into a next-generation AI-assisted cytometry and sorting application.
著者: Ziyao Zhang, Haoxiang Yang, Jiayin Li, Shin Wei Chong, Jason K. Eshraghian, Ken-Tye Yong, Daniele Vigolo, Helen M. McGuire, Omid Kavehei
最終更新: 2024-11-18 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.16.623904
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.16.623904.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。