AIとデータでがん治療を進める
AIと患者データを統合することで、がん治療の結果が良くなるよ。
Teresa Garcia-Lezana, M. Bobowicz, S. Frid, M. Rutherford, M. Recuero, K. Riklund, A. Cabrelles, M. Rygusik, L. Fromont, R. Francischello, E. Neri, S. Capella, A. Navarro, F. Prior, J. Bona, P. Nicolas, M. P. A. Starmans, K. Lekadir, J. Rambla, EuCanImage
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目次
人工知能(AI)は、特に癌治療において医療分野でますます重要になってきているよ。この成長は、大量の個人健康データが利用できることによって支えられている。精密腫瘍学は、個人の特徴に基づいて癌治療をカスタマイズすることを目指していて、データに大きく依存しているんだ。でも、さまざまなソースからこのデータを収集して分析するのは、システムや規制の違いから複雑で大変なんだよね。
患者健康データの重要性
患者の健康データには多くの情報が含まれている。このデータには、人口統計、症状、診断、検査結果、薬、画像診断、遺伝情報などが含まれる。これらのデータを取得するには、いろいろな技術やフォーマットが必要で、データの多様性が増すんだ。医療データは他の分野のデータよりも複雑なことが多く、統合や分析が難しくなる。データ共有に関する法律も含めて、この複雑さは癌研究のためのAIモデルを開発する上で大きな課題になっているんだ。
癌の診断には、画像診断、病理、治療などのさまざまな側面を組み合わせることが必要で、効果的なAIソリューションを作るにはデータの明確で構造的な表現が求められるよ。
データの調和のレベル
医療データの統合の課題に取り組むためには、技術的、構文的、意味的な3つのレベルでの調和が必要だ。技術的調和はデータ交換フォーマットに焦点をあて、構文的・意味的調和はデータの構造化や医療概念の明確な定義を含むんだ。
さまざまな医療システムでは、同じ情報が異なる方法で表現されることがある。国際基準を使うことで、データの均一な理解を作るのが大事だよ。Health Level Seven(HL7)やFast Healthcare Interoperability Resources(FHIR)といった基準がこのプロセスにおいて重要なんだ。FHIRは医療データを「リソース」と呼ばれるモジュールコンポーネントで構造化する方法を示していて、医療におけるAI技術の実装の手助けになるんだ。
EuCanImageプロジェクト
EuCanImageプロジェクトは、画像診断、臨床データ、遺伝データを統合したAIモデルを開発して癌患者の治療結果を改善することを目指している分野の専門家を集めている。このプロジェクトは、癌画像診断に関連する7つの臨床ニーズに取り組むことに焦点を当てている。医師、社会学者、AI開発者から成る多様なチームが、肝臓、結腸、乳癌に関する最も重要なトピックを特定し、各々の具体的なユースケースを作成したんだ。
目標は、高品質なデータを集めて、標準的な手法を超えたアルゴリズムを作成し、より個別化された治療アプローチを可能にすること。これを達成するためには、必要な臨床データが何かを定義し、それが求められる基準を満たしていることを確保することが重要なんだ。
データ収集プロセス
EuCanImageは、ヨーロッパの6つの大学病院からデータを収集していて、それぞれ健康記録を保存するための独自のシステムを持っている。そのデータには、人口統計、臨床、画像情報が含まれていて、効果的なAIソリューションを開発するためには欠かせないものなんだ。各ユースケースについて、一貫性を確保するための臨床変数のセットが指定されるよ。
データには、患者ID、年齢、診断といった全ケースで共通の変数が含まれている。他の癌の特定のタイプに関する特有の変数もあり、例えば乳癌のホルモン受容体の状態などね。医師とAI開発者の間での議論を通じて、関連する臨床変数が適用されるようにし、法律に基づくデータ保護ルールを守ることができるんだ。
臨床データの最小化
プロジェクトは、できるだけ少ない個人情報で臨床データを収集することに重点を置いている。データは、最小限、必須、推奨の3つのレベルに定義されているよ。
- 最小セット:標準アルゴリズムに必要な基本データ。
- 必須セット:アルゴリズムを改善するための重要な追加情報。
- 推奨セット:未来の研究に貴重な洞察を提供する可能性があるが、必須ではない追加データポイント。
各変数の厳格な値セットを定義することで、プロジェクトはデータの一貫性を確保しつつ、分析を複雑にしないようにしているんだ。
医療データの意味的課題
意味的相互運用性は、医療研究において大きな課題なんだ。健康情報は、異なるソースからのデータを統合するのが難しい方法で保存されることが多い。基準を使うことで、臨床情報の構造と意味を定義し、異なるシステム同士が理解しやすくなるんだ。
でも、どんな単一の基準もすべてのニーズに応えることはできない。SNOMEDのように一般的な臨床情報を説明するためのさまざまな語彙や分類、またLOINCのように検査結果に特化したものがあるよ。共通データモデル(CDM)は、統一された構造を提供することで、複数のソース間でのデータ共有を助けるんだ。
データモデルの開発
データを標準化することは、AIアルゴリズムの開発に不可欠で、データが研究間で再利用できることを保証するためにも重要だよ。さまざまなCDMオプションを評価した結果、プロジェクトはその柔軟性と広範な受け入れによりFHIRを使用することを選んだんだ。各ユースケースに必要な臨床データは、学際的なチームによって慎重に特定され、FHIR基準に準拠した5つの異なるデータスキーマが作成されたよ。
各スキーマには、データをどのように構造化し、さまざまな情報がどのように関係しているかを示すリソースが含まれている。例えば、Patient(患者)、Condition(病状)、Observation(観察)などのリソースがデータを明確に整理するのに役立つんだ。
標準の技術的実装
生データをFHIR基準に従った構造化フォーマットに変換するのは大変なんだ。多くの病院は、自分たちのデータをFHIRの構造化モデルに簡単にフィットするように整理していないんだよ。このプロセスを支援するために、プロジェクトはREDCapという研究データ収集用の安全なウェブアプリケーションを使用したんだ。
病院はREDCapのフォームに直接データを入力するか、CSVファイルをアップロードできる。データを入力した後は、品質を確保するために処理され、FHIR準拠のファイルに変換される。このステップは、AI開発に使える一貫したデータを確保するために不可欠なんだ。
データ品質の確保
高品質なデータは、AIのトレーニングと分析の成功にとって重要だよ。品質の良いデータとは、研究の特定のニーズを満たしているデータだ。データ品質に影響を与える要因は、収集から公表までのデータライフサイクルのどの段階でも発生することがあるんだ。
プロジェクトは、データライフサイクル全体を通じてデータ品質を維持するために、複数の品質管理と保証の方法を使用しているよ。これには、REDCap内の組み込みツールを使用してエラーをキャッチし、分析に問題を引き起こす前にデータエントリを検証することが含まれるんだ。
データ品質の次元
プロジェクトは、データ品質の3つの主要な次元に焦点を当てているよ:完全性、一貫性、妥当性。
- 完全性:必要なすべてのデータが収集されているかを評価する。
- 一貫性:データのタイプと値が事前に定義された基準を満たしているかをチェックする。
- 妥当性:データが妥当かどうかを評価する、例えば年齢が現実的な範囲内にあるかを確認する。
これらの基準を適用することで、プロジェクトは収集されたデータが高品質でAIトレーニングに適していることを確保できるんだ。
データ共有における法的考慮事項
ヨーロッパにおけるデータ共有の状況は、個人データと非個人データの処理方法に影響を与えるさまざまな規制によって形作られているよ。一般データ保護規則(GDPR)は、個人データの取り扱いに厳しいルールを定めていて、個人のプライバシーを守るためにデータ共有を慎重に行うことが求められるんだ。
個人データとは、特定の人に結びつけられる可能性のある情報で、非個人データは個人を特定できないものだよ。EuCanImageのようなプロジェクトは、分析の前に個人識別子を削除し、データを擬似匿名化することで、プライバシーを損なうことなく研究にデータを使用できるようにしているんだ。
研究におけるデータの二次使用
法律は、GDPRに準拠した場合、AI研究を含む研究目的のために個人データの二次使用を許可しているんだ。つまり、研究者は匿名化された健康データを使ってトレンドを研究したり、アルゴリズムを訓練したり、医療システムを評価したりできるんだよ。
でも、ヨーロッパ内で異なる国々間でデータを共有するのは、法律の枠組みが異なるため、まだ複雑なんだ。欧州経済地域内での共有は一般的には簡単だけど、EEAの外との共有は追加のリスクと要件があるよ。
国境を越えるデータ共有の課題
データ共有の実践を標準化する努力にもかかわらず、研究者たちは国際的に協力するときに障害に直面することが多い。異なる国には、データ共有を複雑にする特定の倫理ガイドライン、法的解釈、標準的な実践が存在するかもしれないんだ。
これらの障壁は研究の進展を遅らせることがあるよ。EuCanImageプロジェクトでは、チームメンバーはこれらの複雑さを乗り越え、国境を越えた効果的なデータ共有を促進し、研究がさまざまな規制に準拠するようにしなければならないんだ。
医療データの相互運用性の達成
医療データの相互運用性は、データを効果的に共有し再利用する能力を高めるんだ。これは特にAIアプリケーションにとって重要で、高品質で明確に定義されたデータセットがアルゴリズムを訓練するために必要だから。
プロジェクトは、データモデルを設計し、基準を確立し、調和を確保するためのプロセスを詳述することで、データの相互運用性を達成するためのロードマップを提示しているよ。この集中した努力によって、高品質なデータがAI研究に使用され、最終的に腫瘍学における患者ケアの向上につながるんだ。
将来の影響
EuCanImageプロジェクトで行った作業は、癌治療における将来の研究の基盤を築いているんだ。データの収集と共有の流れを作ることで、このプロジェクトは他の研究イニシアチブが自分たちの研究を強化するために適応できるテンプレートを提供しているよ。
多数の患者から得られた標準化されたデータセットは、癌に関する理解を深めようとする研究者にとって貴重なリソースだ。プロジェクトの手法は、個々の機関だけでなく、癌関連データの調和を目指す大規模なコンソーシアムにも役立つガイドとなっているんだ。
結論
AIを癌研究に統合するには、データ収集、標準化、共有の実践を慎重に考慮する必要があるよ。EuCanImageプロジェクトは、患者の治療結果を改善するために効果的なモデルを作成するための多様な専門家の協力の重要性を示しているんだ。
データの多様性、法律の規制、品質管理の課題に取り組むことで、プロジェクトは腫瘍学におけるAIの使用を促進することを目指している。この場で確立された原則や方法論は、将来の精密医療の進展への道を提供し、最終的には癌患者に対してよりターゲットを絞った治療と結果をもたらすことになるんだ。
タイトル: New implementation of data standards for AI in oncology. Experience from the EuCanImage project.
概要: BackgroundAn unprecedented amount of personal health data, with the potential to revolutionise precision medicine, is generated at healthcare institutions worldwide. The exploitation of such data using artificial intelligence relies on the ability to combine heterogeneous, multicentric, multimodal and multiparametric data, as well as thoughtful representation of knowledge and data availability. Despite these possibilities, significant methodological challenges and ethico-legal constraints still impede the real-world implementation of data models. Technical detailsThe EuCanImage is an international consortium aimed at developing AI algorithms for precision medicine in oncology and enabling secondary use of the data based on necessary ethical approvals. The use of well-defined clinical data standards to allow interoperability was a central element within the initiative. The consortium is focused on three different cancer types and addresses seven unmet clinical needs. We have conceived and implemented an innovative process to capture clinical data from hospitals, transform it into the newly developed EuCanImage data models and then store the standardised data in permanent repositories. This new workflow combines recognized software (REDCap for data capture), data standards (FHIR for data structuring) and an existing repository (EGA for permanent data storage and sharing), with newly developed custom tools for data transformation and quality control purposes (ETL pipeline, QC scripts) to complement the gaps. ConclusionThis article synthesises our experience and procedures for healthcare data interoperability, standardisation and reproducibility.
著者: Teresa Garcia-Lezana, M. Bobowicz, S. Frid, M. Rutherford, M. Recuero, K. Riklund, A. Cabrelles, M. Rygusik, L. Fromont, R. Francischello, E. Neri, S. Capella, A. Navarro, F. Prior, J. Bona, P. Nicolas, M. P. A. Starmans, K. Lekadir, J. Rambla, EuCanImage
最終更新: 2024-11-18 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.03.15.24303032
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.03.15.24303032.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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