Un nuovo framework per prevedere la sopravvivenza dei pazienti
Combinare l'analisi di sopravvivenza con l'apprendimento contrastivo per migliorare le predizioni sugli esiti dei pazienti.
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Indice
Nel settore della salute, è importante prevedere quanto tempo i pazienti sopravvivranno dopo determinati eventi medici, come un attacco di cuore o un infortunio renale. Questa previsione può aiutare i dottori a prendere decisioni migliori riguardo alla cura dei pazienti. Tuttavia, a volte i dottori non hanno tutte le informazioni sulla salute di un paziente. Ad esempio, un paziente può lasciare lo studio prima del tempo, e noi non sapremo cosa gli è successo dopo. Questo si chiama "censura".
Per affrontare questo problema, i ricercatori stanno applicando nuovi metodi per analizzare i dati dei pazienti, in particolare utilizzando le Cartelle Cliniche Elettroniche. Le cartelle cliniche elettroniche sono versioni digitali delle schede cartacee dei pazienti e contengono informazioni sulla storia medica, i trattamenti e gli esiti.
Un approccio promettente si chiama Apprendimento Contrattuale, che aiuta il modello a imparare confrontando diversi punti dati tra loro. In questo contesto, il modello può usare questo approccio per prevedere meglio gli esiti dei pazienti basandosi sulle loro cartelle cliniche. L'obiettivo è sviluppare un nuovo metodo che utilizzi sia dati normali che censurati in modo efficace.
Importanza dell'Analisi di Sopravvivenza
L'analisi di sopravvivenza è un approccio statistico che aiuta a capire e prevedere il tempo fino a quando si verifica un evento, come una malattia critica o la morte. Questa analisi è cruciale nella sanità, permettendo ai medici di identificare i pazienti ad alto rischio e fornire interventi tempestivi.
Quando si analizzano le cartelle cliniche elettroniche, l'analisi di sopravvivenza può aiutare a prevedere la probabilità che i pazienti sviluppino condizioni gravi, come un infortunio renale acuto (AKI). L'AKI è una condizione grave che può verificarsi rapidamente e riconoscere i fattori di rischio in anticipo può salvare vite.
Sfide nell'Analisi di Sopravvivenza
Una delle principali sfide nell'analisi di sopravvivenza è gestire i Dati censurati. La censura si verifica quando non osserviamo l'evento che accade per un paziente, sia perché il paziente lascia lo studio prima del tempo o semplicemente perché l'evento non è ancora accaduto durante il periodo di osservazione.
I metodi tradizionali di analisi di sopravvivenza affrontano spesso delle limitazioni quando si considera questo tipo di dati. Ad esempio, molti modelli assumono che i dati seguano una distribuzione specifica e potrebbero non funzionare bene quando gli eventi reali non si adattano a queste assunzioni.
Inoltre, alcuni metodi si concentrano solo nel determinare l'ordine in cui i pazienti sperimentano eventi, piuttosto che prevedere il momento esatto di quegli eventi. Questa limitazione può rendere più difficile per i professionisti della salute prendere decisioni informate riguardo alla cura dei pazienti.
Nuovi Approcci all'Analisi di Sopravvivenza
Per superare le sfide menzionate, si stanno utilizzando metodi più avanzati, compresi quelli di machine learning. Le tecniche di machine learning possono catturare schemi complessi nei dati e non si basano su rigide assunzioni di distribuzione. Questa flessibilità consente una migliore performance nella previsione degli esiti dei pazienti.
Nonostante questi progressi, c'è stata una limitata esplorazione dell'uso delle tecniche di Apprendimento Contrastivo nell'analisi di sopravvivenza. L'apprendimento contrastivo consente al modello di apprendere rappresentazioni preziose confrontando diverse cartelle cliniche dei pazienti tra loro, il che potrebbe migliorare la precisione delle previsioni.
Metodologia Proposta
L'approccio proposto introduce un nuovo framework che combina l'analisi di sopravvivenza tradizionale con l'apprendimento contrastivo, concentrandosi sulla distintività del tempo. Questo framework mira a migliorare la previsione della sopravvivenza dei pazienti basandosi sulle cartelle cliniche elettroniche.
Componenti Chiave del Framework Proposto
Distintività Temporale: Il framework enfatizza la comprensione delle differenze nei tempi di sopravvivenza tra i pazienti. Distinguendo tra questi tempi, il modello può imparare in modo più efficace.
Approccio Consapevole dell'Ontologia: Per rappresentare meglio i dati dei pazienti, il framework si basa su ontologie mediche. Queste ontologie categorizzano le informazioni mediche in modo gerarchico, permettendo al modello di comprendere le relazioni tra diversi codici e condizioni mediche.
Apprendimento Contrastivo: Questo framework utilizza l'apprendimento contrastivo per creare coppie di registri dei pazienti, rendendo più facile apprendere da somiglianze e differenze. Il modello cerca di massimizzare la somiglianza tra i registri che hanno esiti simili, mentre minimizza per quelli con esiti diversi.
Struttura del Modello
Il modello consiste in tre componenti principali:
Codificatore Ontologico: Questo componente arricchisce i dati dei pazienti incorporando conoscenze mediche gerarchiche. Aiuta a creare rappresentazioni informate dei codici medici dalle cartelle cliniche elettroniche.
Meccanismo di Attenzione: I meccanismi di attenzione permettono al modello di concentrarsi su aspetti importanti dei dati, come visite ospedaliere specifiche e condizioni che potrebbero contribuire al tempo di sopravvivenza del paziente.
Componente di Previsione di Sopravvivenza: Questa parte del modello prevede quanto è probabile che un paziente sopravviva in intervalli di tempo specificati, tenendo conto sia dei dati osservati che di quelli censurati.
Utilizzo dei Dati
Per convalidare l'efficacia di questo nuovo framework, è stato utilizzato un dataset reale da un centro medico. Questo dataset include registrazioni dettagliate dei pazienti per diversi anni, concentrandosi su quelli a rischio di sviluppare un infortunio renale acuto.
I dati sono stati preprocessati per bilanciare il numero di casi osservati e censurati, assicurando che il modello avesse dati sufficienti su cui apprendere. Applicando il framework a questo dataset, i ricercatori miravano a migliorare la comprensione di come vari fattori influenzano la sopravvivenza dei pazienti.
Valutazione Sperimentale
Il modello proposto è stato valutato rispetto a diversi modelli di base per misurare le sue prestazioni nella previsione delle durate di sopravvivenza e dei livelli di rischio dei pazienti. Metriche chiave come l'indice di discriminazione dipendente dal tempo e l'Errore Assoluto Medio (MAE) sono state utilizzate per valutare l'efficacia del modello.
Confronto con i Baseline
I risultati hanno mostrato che il nuovo modello ha superato i modelli tradizionali in termini di accuratezza delle previsioni e comprensione degli esiti dei pazienti. Le curve di sopravvivenza medie generate dal modello si sono allineate da vicino con gli esiti reali dei dati, indicando che ha catturato efficacemente i modelli chiave di sopravvivenza.
Interpretazione dei Risultati
I pesi di attenzione nel modello sono stati analizzati per fornire intuizioni su come è arrivato alle sue previsioni. Esaminando questi pesi, i ricercatori possono identificare quali visite dei pazienti e codici medici erano più significativi per prevedere gli esiti di sopravvivenza.
Questo aspetto di interpretabilità è cruciale nella sanità, poiché fornisce trasparenza nel processo decisionale. Comprendendo quali fattori influenzano le previsioni, i fornitori di assistenza sanitaria possono adattare meglio le loro strategie di cura per i singoli pazienti.
Conclusione
Questo studio introduce un nuovo framework che integra con successo l'analisi di sopravvivenza con l'apprendimento contrastivo, utilizzando efficacemente le cartelle cliniche elettroniche per prevedere gli esiti dei pazienti. Affrontando le sfide legate ai dati censurati e incorporando la conoscenza medica attraverso ontologie, questo modello migliora la comprensione dei fattori che influenzano i tempi di sopravvivenza dei pazienti.
Attraverso la validazione sperimentale, il modello proposto ha dimostrato prestazioni superiori rispetto ai metodi tradizionali. Inoltre, la sua interpretabilità consente ai professionisti della salute di ottenere intuizioni sulle previsioni, facilitando migliori decisioni relative alla cura dei pazienti.
Il futuro dell'analisi di sopravvivenza nella sanità risiede nel sfruttare metodologie avanzate, come il framework proposto, per fornire interventi tempestivi ed efficaci per i pazienti a rischio. Questo approccio ha promettente non solo per l'infortunio renale acuto ma anche per varie condizioni in cui comprendere i tempi di sopravvivenza è fondamentale per la gestione dei pazienti.
Titolo: Contrastive Learning of Temporal Distinctiveness for Survival Analysis in Electronic Health Records
Estratto: Survival analysis plays a crucial role in many healthcare decisions, where the risk prediction for the events of interest can support an informative outlook for a patient's medical journey. Given the existence of data censoring, an effective way of survival analysis is to enforce the pairwise temporal concordance between censored and observed data, aiming to utilize the time interval before censoring as partially observed time-to-event labels for supervised learning. Although existing studies mostly employed ranking methods to pursue an ordering objective, contrastive methods which learn a discriminative embedding by having data contrast against each other, have not been explored thoroughly for survival analysis. Therefore, in this paper, we propose a novel Ontology-aware Temporality-based Contrastive Survival (OTCSurv) analysis framework that utilizes survival durations from both censored and observed data to define temporal distinctiveness and construct negative sample pairs with adjustable hardness for contrastive learning. Specifically, we first use an ontological encoder and a sequential self-attention encoder to represent the longitudinal EHR data with rich contexts. Second, we design a temporal contrastive loss to capture varying survival durations in a supervised setting through a hardness-aware negative sampling mechanism. Last, we incorporate the contrastive task into the time-to-event predictive task with multiple loss components. We conduct extensive experiments using a large EHR dataset to forecast the risk of hospitalized patients who are in danger of developing acute kidney injury (AKI), a critical and urgent medical condition. The effectiveness and explainability of the proposed model are validated through comprehensive quantitative and qualitative studies.
Autori: Mohsen Nayebi Kerdabadi, Arya Hadizadeh Moghaddam, Bin Liu, Mei Liu, Zijun Yao
Ultimo aggiornamento: 2023-09-27 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2308.13104
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2308.13104
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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