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L'impatto delle modifiche genetiche sulla resistenza ai trattamenti nei vermi

Esaminare come i cambiamenti genetici influenzano l'efficacia dei farmaci contro i vermi trasmessi dal suolo.

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In molte parti del mondo, i bambini in età scolare spesso affrontano problemi di salute dovuti a infezioni causate da vermi trasmessi dal suolo, come ascaridi, tricocefali e anchilostomi. Queste infezioni possono portare a gravi problemi di salute, quindi è importante trovare metodi di Trattamento efficaci. Due Farmaci comuni utilizzati per trattare queste infezioni sono albendazolo (ALB) e mebendazolo (MEB). Questi farmaci sono efficaci per molti bambini e il loro utilizzo è diffuso nei programmi di sverminazione nelle scuole.

Nel 2022, circa 390 milioni di bambini hanno ricevuto questi farmaci, coprendo circa il 62% di quelli a rischio di gravi problemi di salute a causa di queste infezioni da vermi. L'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS) spera di ridurre la prevalenza di infezioni severe al di sotto del 2% entro il 2030. Tuttavia, ci sono preoccupazioni crescenti che, col tempo, l'uso continuo di questi farmaci possa portare i vermi a diventare resistenti.

Capire la Resistenza

La resistenza si verifica quando i vermi si adattano ai farmaci, rendendoli meno efficaci. ALB e MEB agiscono mirando a una proteina specifica nei vermi. Quando questi farmaci vengono somministrati in dosi fisse, potrebbero non funzionare bene per tutti i tipi di vermi presenti. Questo è particolarmente preoccupante perché la resistenza a questi farmaci è stata notata negli animali e potrebbe eventualmente influenzare i trattamenti umani.

Le ricerche hanno dimostrato che la resistenza è collegata a cambiamenti specifici nel materiale genetico dei vermi. Questi cambiamenti, chiamati polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), possono avvenire in determinati geni importanti per come i vermi rispondono ai farmaci. Ad esempio, in alcuni ascaridi, gli SNP in posizioni specifiche nel loro codice genetico possono influenzare direttamente la loro capacità di rispondere al trattamento.

Sebbene ci sia evidenza chiara di questi SNP che portano a resistenza nei vermi degli animali, si sa meno su come influenzano i vermi umani. Questa mancanza di conoscenza è preoccupante, perché capire questi Cambiamenti Genetici potrebbe aiutare a sviluppare strategie di trattamento migliori.

Il Problema della Ricerca

Ci sono vari motivi per cui le informazioni su come questi cambiamenti genetici influenzano i vermi umani sono scarse. Prima di tutto, non molti studi hanno valutato l'efficacia di questi farmaci nel lungo termine, e molti di quelli esistenti hanno difetti di design. In alcuni casi, i ricercatori non hanno seguito abbastanza a lungo per vedere se i farmaci funzionavano.

In secondo luogo, quando gli studi hanno esaminato cambiamenti genetici, spesso hanno coinvolto solo un numero ridotto di campioni o erano limitati a specifiche aree geografiche di alcuni paesi. Questo significa che i risultati potrebbero non essere applicabili ovunque. Terzo, diversi studi utilizzano una varietà di metodi per raccogliere e analizzare dati genetici, il che può rendere difficile confrontare i risultati.

Inoltre, ci sono alcune differenze nel modo in cui i geni nei vermi animali e umani funzionano, il che aggiunge complessità alla comprensione della resistenza. Di conseguenza, è difficile sapere quali cambiamenti genetici focalizzarsi per tenere traccia della resistenza nei vermi umani in modo efficace.

Obiettivo dello Studio

L'obiettivo principale di questo studio era scoprire di più su come i cambiamenti genetici nei vermi possono influenzare la loro resistenza ai farmaci. Per fare ciò, i ricercatori volevano vedere se determinati SNP in un gene specifico potessero fungere da indicatori di resistenza. Hanno testato metodi precedentemente sviluppati per analizzare il materiale genetico da vari Campioni di feci raccolti durante prove passate per vedere quanto bene funzionassero i trattamenti.

Questi trial hanno avuto luogo in tre diverse località, e tutti hanno seguito linee guida rigorose per garantire coerenza nel modo in cui hanno misurato l'efficacia e raccolto dati. Confrontando i risultati di questi siti, i ricercatori potrebbero cercare eventuali schemi legati alla resistenza ai farmaci.

Etica dello Studio

Prima di condurre i trial, i ricercatori hanno dovuto garantire di seguire linee guida etiche e ottenere l'approvazione dai comitati competenti. Hanno anche registrato lo studio con banche dati di trial clinici per mantenere la trasparenza.

Metodi per Analizzare i Cambiamenti Genetici

I ricercatori hanno utilizzato un processo specifico noto come PCR per analizzare il materiale genetico dai campioni di feci raccolti. Hanno focalizzato parti specifiche del codice genetico che si ritiene siano associate alla resistenza ai farmaci. Volevano garantire che i loro metodi fossero accurati e affidabili.

Per confermare i loro risultati, hanno incluso campioni di controllo con caratteristiche genetiche note. Hanno anche eseguito test per determinare i limiti minimi di rilevamento e la precisione dei loro metodi.

Raccolta e Elaborazione dei Campioni

I campioni di feci utilizzati in questo studio provenivano da bambini coinvolti in tre diversi trial clinici in Etiopia, Laos e sull'Isola di Pemba. Questi trial erano progettati per valutare l'efficacia di una dose singola di ALB contro le infezioni da vermi nei bambini in età scolare. I campioni sono stati raccolti, e vari metodi di test sono stati utilizzati per controllare la presenza di vermi.

I ricercatori miravano a creare due set di campioni per diverse analisi. Un set esaminava il legame tra cambiamenti genetici e la storia dell'uso dei farmaci nell'area. L'altro set si concentrava su come i cambiamenti genetici fossero correlati all'efficacia del farmaco per i singoli bambini.

Per garantire i migliori risultati, hanno scelto specificamente campioni che avevano una maggiore presenza di vermi nelle loro feci prima del trattamento.

Risultati sui Cambiamenti Genetici

Dopo aver analizzato i campioni dei trial, i ricercatori hanno esaminato quanti e quali cambiamenti genetici erano presenti. Hanno scoperto che i cambiamenti genetici potevano essere rilevati in diversi siti di studio, che avevano storie variabili di uso dei farmaci.

Tuttavia, la frequenza complessiva di questi cambiamenti genetici era bassa. I risultati indicavano che, mentre alcuni bambini avevano cambiamenti specifici nei loro geni legati all'efficacia del trattamento, la maggior parte non mostrava resistenza significativa.

I ricercatori hanno anche confrontato i risultati genetici con le risposte ai trattamenti. Volevano vedere se ci fosse qualche connessione tra la presenza di questi cambiamenti genetici e quanto bene i bambini rispondevano al farmaco dopo averlo ricevuto.

Valutazione dell'Accuratezza e Affidabilità dei Metodi

Per valutare l'affidabilità dei loro metodi analitici, i ricercatori hanno condotto test per vedere con quanto precisione potevano identificare cambiamenti genetici. Hanno riscontrato che, mentre i loro metodi producevano informazioni utili, c'erano limitazioni e variazioni nei risultati a seconda del tipo di verme e della specifica area genetica che testavano.

Hanno anche notato che i loro test tendevano a sovrastimare la frequenza di alcuni cambiamenti genetici. Questo significa che, mentre riuscivano a identificare alcuni cambiamenti genetici, potrebbero non aver catturato tutte le istanze con precisione.

Discussione sugli Effetti Ambientali

I risultati mostrano alcuni schemi tra la presenza di cambiamenti genetici e la storia dell'uso dei farmaci. Ad esempio, in alcune località dove l'uso dei farmaci era più comune, si osservavano frequenze più elevate di resistenza, il che è in linea con quanto ci si aspetta in base alla ricerca sugli animali.

Tuttavia, i cambiamenti non erano coerenti tra le diverse specie di vermi. Questo indica che, mentre alcuni cambiamenti genetici sono strettamente legati alla resistenza in certi tipi di vermi, potrebbero non essere altrettanto rilevanti per altri.

Inoltre, non c'erano connessioni chiare tra i cambiamenti genetici nei vermi e le loro prestazioni dopo il trattamento. In alcuni casi, bambini che hanno risposto bene al farmaco avevano ancora marcatori genetici associati alla resistenza.

Implicazioni per la Ricerca Futura

I risultati sottolineano la necessità di ulteriori studi più dettagliati incentrati sui cambiamenti genetici nei vermi umani, soprattutto in aree dove c'è un alto uso di farmaci sverminanti. È fondamentale continuare a monitorare questi cambiamenti per adattare le strategie di trattamento e garantire che rimangano efficaci.

Inoltre, i ricercatori dovrebbero considerare di esaminare vari geni oltre al solo β-tubulina quando si valuta la resistenza. Con i progressi nelle tecnologie di sequenziamento, sarà possibile analizzare i genomi completi di questi vermi per identificare altri fattori che possono contribuire alla resistenza.

Sfide nella Raccolta e Analisi dei Campioni

Una delle principali sfide affrontate durante lo studio è stata la difficoltà nel ottenere una quantità sufficiente di DNA dai vermi presenti nei campioni di feci raccolti. Le uova di alcuni vermi hanno spesse membrane protettive che rendono difficile estrarre materiale genetico.

Di conseguenza, molti campioni non hanno prodotto DNA utilizzabile. Questo non solo ha limitato la quantità di informazioni genetiche disponibili, ma ha anche sollevato domande sull'affidabilità delle frequenze di SNP riportate nello studio.

Per migliorare i rendimenti di DNA in futuro, i ricercatori potrebbero dover esaminare vari metodi di raccolta dei campioni o aumentare il numero di campioni di feci analizzati. Potrebbero anche considerare di raccogliere campioni da più individui per raccogliere più materiale genetico per i test.

Importanza della Quantificazione Accurata

Sebbene i ricercatori siano stati in grado di identificare specifici cambiamenti genetici nelle popolazioni di vermi, hanno notato che una quantificazione assoluta di questi cambiamenti sarebbe utile. Questo significa sapere esattamente quanti vermi resistenti sono presenti in un campione, piuttosto che solo le loro proporzioni.

Queste informazioni potrebbero portare a una migliore comprensione e gestione della resistenza ai farmaci in queste infezioni. Esplorare nuove tecniche che consentano una quantificazione precisa sarà uno strumento prezioso negli studi futuri.

Conclusione

In sintesi, questo studio ha esaminato il ruolo dei cambiamenti genetici nella resistenza dei vermi trasmessi dal suolo ai farmaci comunemente usati. Sebbene siano emersi alcuni schemi, c'è ancora molto da imparare su come questi cambiamenti si ricolleghino ai risultati del trattamento.

La ricerca futura dovrebbe concentrarsi su un'ampia gamma di geni, così come migliorare i metodi per raccogliere e analizzare campioni. Comprendendo meglio il panorama genetico di questi vermi, le interventi sanitari possono essere adattati per ridurre efficacemente le infezioni e prevenire l'emergere della resistenza.

Fonte originale

Titolo: The assessment of single nucleotide polymorphisms in the ss-tubulin genes in human soil-transmitted helminths exposed to different pressure with benzimidazole drugs

Estratto: BackgroundWe aimed to gain insights into the role of known single nucleotide polymorphisms (SNPs) in codons 167, 198 and 200 of the {beta}-tubulin gene as markers for possible benzimidazole resistance in human soil-transmitted helminths (STHs; Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura, Necator americanus and Ancylostsoma duodenale). MethodsFirstly, we determined the analytical performance of our PCR/pyrosequencing assays. Secondly, we applied them on stool samples collected during clinical trials in Ethiopia, Lao PDR, and Pemba Island (Tanzania) to assess any associations between the presence/ratio of mutant (MT): wild type (WT) SNPs and drug pressure history, individual drug response and time of sampling (baseline vs. follow-up sample). Principal findingsOverall, the limit of blank of our in-house PCR/pyrosequencing assays to detect MT SNPs was non-zero ([~]3.5%), and hence the limit of detection for MT SNPs was relatively high (2% - 7%). The assays systematically overestimated the true underlying ratio of MT:WT SNPS within sample, but we derived functions for more accurate estimates. The assays were more precise when the ratio MT:WT SNPs was high (>5%). No PCR amplicon was observed in 25% of the samples subjected to PCR. In the remaining samples, the presence of MT SNPs in codon 200 was detected in half of the analysed Trichuris samples, the proportion of the analysed samples containing MT SNPs did not exceed 14% for all other codons and STH species. Associations between drug pressure history, individual drug response and time of sampling, were not consistent across all codons and STHs. ConclusionWe could not provide compelling evidence for the role of the known SNPs in the {beta}-tubulin gene as markers for benzimidazole resistance. Our study also highlights that there is a need to assess the diagnostic performance of any assays in order to readily interpret and compare results. Further research should therefore also focus on genes other than the {beta}-tubulin genes. Author summaryAlthough large-sale deworming programs are reducing the morbidity caused by intestinal worms, widespread treatment of large populations for a long period of time may trigger drug resistance. An early detection of DNA mutations that may give rise to resistant worm population is therefore important. We evaluated the analytical performance of in-house assays to detect DNA mutations that are known to cause resistant intestinal worms of animals. Subsequently, we applied these assays on stool samples to verify (i) whether the mutations are more prevalent in areas were large proportions of children have been dewormed for a longer period, (ii) a poor individual drug response can be explained by higher frequency of the mutations. Our results indicate that comprehensive evaluation of the analytical performance of the genotyping tests was required to readily interpret the results. We did not find any compelling evidence that the presence of mutations was associated with either drug pressure or poor individual drug responses. This suggests that it is warranted to explore other mutations than those documented in animal worms.

Autori: Bruno Levecke, N. Rashwan, P. Cools, M. Albonico, S. M. Ame, M. Ayana, D. Dana, J. keiser, A. Montresor, Z. Mekonnen, S. Roose, S. Sayasone, J. Vercruysse, J. J. Verweij, J. Vlaminck, R. Prichard

Ultimo aggiornamento: 2024-06-04 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.04.597280

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.04.597280.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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