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L'evoluzione e la diversità dell'emoglobina nei vertebrati

Uno sguardo a come l'emoglobina si adatta nei pesci e in altri vertebrati.

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Indice

L'Emoglobina è una proteina speciale nel nostro sangue che trasporta l'ossigeno. Gioca un ruolo fondamentale nel portare ossigeno dai polmoni al resto del corpo. Negli animali con la colonna vertebrale, come pesci e mammiferi, l'emoglobina funziona legandosi all'ossigeno e aiutando a consegnarlo dove serve. Questa proteina ha una struttura complessa che le permette di svolgere il suo lavoro in modo efficiente.

Struttura dell'emoglobina

Negli vertebrati dotati di mascelle, l'emoglobina è composta da quattro parti chiamate catene. Queste catene includono due subunità alfa e due beta. Ognuna di queste parti è collegata a un piccolo gruppo chiamato eme. Il gruppo eme contiene ferro, che è ciò che consente all'emoglobina di legarsi all'ossigeno. L'emoglobina funziona attraverso un processo chiamato legame cooperativo, il che significa che quando una molecola di ossigeno si attacca all'emoglobina, rende più facile a altre molecole di ossigeno di attaccarsi.

Il ruolo dell'emoglobina nello sviluppo

Diverse specie di vertebrati hanno vari geni dell'emoglobina. Quando crescono da giovani ad adulti, il loro corpo spesso passa a un tipo diverso di emoglobina. Questo cambiamento li aiuta a soddisfare le loro esigenze di ossigeno mentre i loro corpi crescono e cambiano. Per esempio, i pesci che vivono in acqua sperimentano spesso diversi livelli di ossigeno mentre crescono, quindi avere un sistema di emoglobina flessibile li aiuta ad adattarsi all'ambiente.

Evoluzione dell'emoglobina

I vertebrati si sono evoluti per milioni di anni e durante questo tempo la loro emoglobina è cambiata. Questa evoluzione comprende due grandi cicli di Duplicazione dell'intero genoma, dove l'intero materiale genetico viene copiato. Questo ha probabilmente fornito più opzioni su cui la selezione naturale poteva agire, permettendo a diverse specie di adattarsi meglio ai loro ambienti.

Famiglie di geni dell'emoglobina

Tra i vertebrati e specialmente nei pesci, i geni dell'emoglobina vengono spesso duplicati. Questo significa che alcune specie hanno molti più geni dell'emoglobina rispetto ad altre. Per esempio, alcuni pesci possono avere da una manciata a oltre quaranta geni dell'emoglobina. Questa varietà consente loro di adattarsi ai diversi livelli di ossigeno nei loro ambienti acquatici.

Il caso dei pesci Teleostei

I pesci teleostei, un grande gruppo di pesci ossei, generalmente hanno più geni dell'emoglobina rispetto ad altri vertebrati. Spesso hanno sistemi di emoglobina complessi che consentono loro di sopravvivere in ambienti dove i livelli di ossigeno possono variare. Per esempio, i teleostei delle acque profonde hanno adattato la loro emoglobina per funzionare meglio in condizioni di bassa ossigeno.

Espressione dei geni dell'emoglobina nei pesci

I pesci teleostei mostrano un'alta diversità nella loro espressione dei geni dell'emoglobina. Alcune specie possono esprimere geni dell'emoglobina diversi in base alle loro esigenze ambientali. Questa flessibilità può essere cruciale per la sopravvivenza in vari habitat, soprattutto in aree con fluttuazioni nelle concentrazioni di ossigeno.

La famiglia dei ciclidi

I pesci ciclidi sono tra i gruppi di pesci più diversificati e studiati. Sono noti per subire un'evoluzione rapida, in particolare nei laghi dell'Africa. I ciclidi hanno un alto numero di geni dell'emoglobina, il che probabilmente li aiuta ad adattarsi a diverse nicchie ecologiche. Per esempio, alcuni ciclidi possono prosperare in acque profonde dove l'ossigeno è scarso, mentre altri hanno successo in regioni più basse.

Come si adattano le emoglobine?

In ambienti con condizioni estreme, i ricercatori hanno osservato che i geni dell'emoglobina subiscono cambiamenti. Questi cambiamenti possono aiutare le specie ad adattarsi a habitat specifici, come le alte altitudini o i bassi livelli di ossigeno nelle acque profonde. Gli scienziati hanno notato che alcuni amminoacidi nelle proteine dell'emoglobina cambiano più spesso in alcune specie, suggerendo che questi cambiamenti aiutano a sopravvivere nei loro ambienti.

Studi comparativi sull'emoglobina

Per capire come si è evoluta l'emoglobina, gli scienziati confrontano i geni dell'emoglobina di diverse specie. Studiando una varietà di animali, i ricercatori possono scoprire schemi di duplicazione e perdita di geni. Cercano anche segni di selezione positiva, che indicano che certe versioni di geni sono favorite in ambienti specifici.

Uno sguardo più da vicino ai cluster di emoglobina

I geni dell'emoglobina si trovano spesso in cluster, il che li rende più facili da studiare. Ogni cluster può contenere più geni dell'emoglobina. Nel caso dei pesci teleostei, i ricercatori hanno scoperto che questi cluster possono variare significativamente tra le specie, mostrando una ricca storia di evoluzione e adattamento.

Il processo di campionamento e analisi dei geni dell'emoglobina

Per studiare questi cluster di emoglobina, gli scienziati raccolgono campioni dai pesci. Estraggono il DNA dai tessuti e utilizzano tecnologie di sequenziamento moderne per analizzare i genomi. Questo permette loro di identificare e catalogare i vari geni dell'emoglobina presenti in diverse specie.

Comprendere la diversità dell'emoglobina

La ricerca ha dimostrato che i pesci teleostei possiedono tipicamente una maggiore varietà di geni dell'emoglobina rispetto ad altri vertebrati. Possono avere da cinque a oltre quaranta geni dell'emoglobina nei loro genomi. Questa diversità è il risultato di processi evolutivi come la duplicazione dei geni, che forniscono il materiale grezzo per l'adattamento.

L'impatto degli eventi di duplicazione

Le duplicazioni dei geni hanno giocato un ruolo significativo nel plasmare la diversità dell'emoglobina nei pesci. Queste duplicazioni consentono variazioni nella proteina dell'emoglobina, il che può portare a una funzionalità migliorata in diversi ambienti di ossigeno. Comprendere queste duplicazioni aiuta i ricercatori a vedere come le specie si siano adattate nel tempo.

Emoglobina nei pesci ciclidi

I pesci ciclidi si distinguono per avere un alto numero di geni dell'emoglobina rispetto ad altri pesci. Hanno due principali cluster di emoglobina, e i ricercatori hanno trovato che questi cluster possono mostrare segni di evoluzione a causa delle duplicazioni geniche. Questo grande numero di geni può contribuire alla capacità dei ciclidi di adattarsi e prosperare in vari habitat.

L'importanza degli studi genetici

Studiare i geni e le loro sequenze fornisce intuizioni su come le specie si adattano. Confrontando le sequenze dei geni dell'emoglobina di varie specie di pesci, gli scienziati possono identificare schemi di selezione e adattamento. Questi studi aiutano anche a identificare geni specifici che potrebbero svolgere un ruolo nella sopravvivenza sotto diverse pressioni ambientali.

Il ruolo dell'ambiente nell'evoluzione dell'emoglobina

L'ambiente acquatico presenta varie sfide quando si tratta di disponibilità di ossigeno. I pesci in diversi habitat hanno evoluto sistemi di emoglobina distinti per affrontare queste sfide. Le ricerche mostrano che i geni dell'emoglobina possono adattarsi rapidamente in risposta ai cambiamenti nel loro ambiente.

Direzioni future nella ricerca sull'emoglobina

In futuro, i ricercatori continueranno a esplorare i geni dell'emoglobina in una varietà più ampia di specie. Con i progressi nella tecnologia di sequenziamento, possono ottenere dati genetici più completi. Questa ricerca approfondirà la nostra comprensione di come le proteine dell'emoglobina evolvono e si adattano in diversi ambienti.

Conclusione

In sintesi, l'emoglobina è una proteina vitale che ha subito un'evoluzione significativa in diverse specie di vertebrati, in particolare nei pesci teleostei. Comprendere la diversità e l'adattamento dell'emoglobina aiuta i ricercatori a svelare la complessa interazione tra genetica e ambiente, offrendo intuizioni su come le specie sopravvivono e prosperano nei loro habitat. Questa ricerca continua promette di rivelare ancora di più sul mondo affascinante dell'emoglobina e il suo ruolo nella vita dei pesci e di altri vertebrati.

Fonte originale

Titolo: Hemoglobin gene repertoire in teleost and cichlid fishes shaped by gene duplications and genome rearrangements

Estratto: Hemoglobin is a crucial element of the oxygen transport system in vertebrates. It exhibits remarkable gene diversity across teleost fishes, reflecting their evolutionary adaptations for thriving in various aquatic environments. In this study, we present the dynamic evolution of hemoglobin subunit genes based on a comparison of high quality long-read genome assemblies of 24 vertebrate species, including 16 teleosts (of which six are cichlids). Our findings indicate that teleost genomes contain between five (fugu) and 43 (salmon) hemoglobin genes, representing the largest hemoglobin gene repertoire among vertebrates. We find evidence that the ancestor of teleosts had at least four Hb and three or four Hb{beta} subunit genes, and that the current gene diversity emerged during subsequent teleost radiation, driven primarily by (tandem) gene duplications, genome compaction, and rearrangement dynamics. We provide insights into the genomic organization of hemoglobin clusters, revealing the parallel origin of multiple clusters in tetrapods and in teleosts. Importantly, we show that the presence of paralogous rhbdf1 genes flanking both teleost hemoglobin clusters (LA and MN) supports the hypothesis for the origin of the LA cluster by rearrangement within teleosts, rather than by the teleost specific whole-genome duplication. We specifically focus on cichlid fishes, where adaptation to low oxygen environments has been shown to play roles in species diversification. Our analysis of six cichlid genomes, including the Pungu maclareni from crater lake Barombi Mbo, for which we sequenced the representative genome, reveals 18 to 31 copies of the Hb genes, and elevated rates of non- synonymous substitutions compared to other teleosts. Overall, this work facilitates a deeper understanding of how hemoglobin genes contribute to the adaptive and diversification potential of teleosts.

Autori: Dmytro Omelchenko, A. R. Bitja-Nyom, M. Matschiner, M. Malinsky, A. Indermaur, W. Salzburger, O. Bartos, Z. Musilova

Ultimo aggiornamento: 2024-03-29 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.26.586788

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.26.586788.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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