Tecnologia SIM economica per la ricerca biologica
Nuove soluzioni open-source migliorano l'accessibilità della microscopia a fluorescenza per i ricercatori.
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Indice
- Sfide nelle Tecniche di Imaging Attuali
- Comprendere la Microscopia a Illuminazione Strutturata
- Sviluppi Recenti nella Microscopia a Illuminazione Strutturata
- La Necessità di Soluzioni Open-Source
- Soluzione Proposta a Basso Costo
- Imaging Multicolore con la Tecnologia DMD
- Caratteristiche Chiave del Nostro Setup
- Automazione e Facilità d'Uso
- Prestazioni e Risultati
- Capacità di Imaging delle Cellule Vive
- Conclusione: Rendere l'Imaging Avanzato Accessibile
- Pensieri Finali
- Fonte originale
La Microscopia a fluorescenza è un metodo chiave usato per studiare i processi biologici da vicino, fino alla scala del micrometro. Ha cambiato il modo in cui i ricercatori osservano le scienze della vita. Tuttavia, ci sono ancora alcune sfide che limitano la nostra capacità di vedere aree grandi con dettagli chiari e velocità elevate. Sono stati creati strumenti di imaging più recenti per aiutare con queste sfide, ma spesso richiedono molta esperienza e possono essere costosi da ottenere per i laboratori di scienze della vita.
Sfide nelle Tecniche di Imaging Attuali
La ricerca, specialmente nell'imaging ottico, sta richiedendo maggiori dettagli, aree più ampie e analisi più veloci. Questo è cruciale per capire come i virus interagiscono con i loro ospiti o come funziona il nostro sistema immunitario. Purtroppo, molti dispositivi all'avanguardia richiedono elevate competenze tecniche per essere impostati o utilizzati. Altri che sono disponibili commercialmente hanno prezzi elevati, rendendo difficile riutilizzare le apparecchiature esistenti.
Per migliorare la Risoluzione oltre quello che è conosciuto come il limite di diffrazione, molti ricercatori hanno creato nuovi metodi negli ultimi vent'anni. Questi metodi includono varie tecniche che spesso necessitano di coloranti fluorescenti particolari e alte intensità di luce. Questo può danneggiare le cellule vive, rendendo difficile osservare accuratamente il comportamento delle cellule in vivo.
Comprendere la Microscopia a Illuminazione Strutturata
La microscopia a illuminazione strutturata (SIM) è un metodo del genere. È una tecnica di imaging a campo largo che può migliorare la risoluzione di un fattore 2. Necessita di meno fotoni rispetto ad altri metodi, rendendola ottima per l'imaging delle cellule vive perché genera meno danni. La SIM funziona proiettando modelli di luce su campioni fluorescenti e catturando immagini da diverse posizioni. Questi dati vengono poi elaborati su un computer per creare un'immagine finale più chiara.
Anche se la SIM ha un limite di risoluzione teorica simile a quello di un microscopio confocale, offre un miglior rapporto segnale-rumore, specialmente quando si osservano dettagli fini. Questo significa che può catturare immagini più nitide dei dettagli che vogliamo studiare.
Sviluppi Recenti nella Microscopia a Illuminazione Strutturata
Da quando è stata introdotta la SIM, molti hanno migliorato le sue capacità utilizzando diversi modelli di luce per semplificare le impostazioni o accelerare la raccolta di dati. I recenti progressi includono l'uso di algoritmi intelligenti come l'apprendimento profondo per una più veloce elaborazione delle immagini, o chip fotonici e altri strumenti creativi per generare modelli di luce.
Tuttavia, molti dei metodi esistenti oggi, come quelli che utilizzano componenti ottici costosi, possono ancora essere troppo complessi per i laboratori che non si specializzano in ottica. Questo lascia molti ricercatori incapaci di sfruttare questi potenti metodi di imaging.
La Necessità di Soluzioni Open-Source
Il campo dell'"Open Microscopy" mira a risolvere questi problemi fornendo progetti facili da seguire per creare i propri sistemi di imaging. Questo aiuta a mantenere bassi i costi per i laboratori che cercano di accedere a metodi di imaging avanzati. Il nostro lavoro contribuisce a questo obiettivo sviluppando un accessorio SIM open-source a basso costo che può essere attaccato a microscopi commerciali.
Rendendo l'attrezzatura accessibile e conveniente, aiutiamo gli scienziati a rispondere a domande cruciali nelle loro ricerche senza dover spendere una fortuna per attrezzature costose.
Soluzione Proposta a Basso Costo
Il nostro approccio innovativo prevede la creazione di un accessorio SIM che funzioni con microscopi a fluorescenza comuni. Questo accessorio è realizzato con componenti economici e include il software necessario per il funzionamento. Forniamo istruzioni dettagliate e materiali di supporto, assicurandoci che i laboratori possano replicare e beneficiare del nostro design.
Il nostro sistema SIM utilizza un dispositivo a micromirror digitale (DMD) per creare modelli di luce strutturata. Questo sistema promette di migliorare la risoluzione fino a 1,5 volte rispetto ai metodi tradizionali. Con documentazione chiara e un processo di installazione semplice, speriamo di abbattere le barriere che hanno impedito a molti scienziati di utilizzare tecniche di super-risoluzione.
Imaging Multicolore con la Tecnologia DMD
Un DMD è un dispositivo che può generare modelli di luce utilizzando piccoli specchi. Si trova tipicamente nei proiettori ed è stato recentemente utilizzato in varie applicazioni scientifiche. Una delle sfide con i DMD è che sono progettati principalmente per tipi di luce specifici, il che li rende complicati da usare con più colori.
Per superare questo, abbiamo sviluppato un modo per utilizzare i DMD per l'imaging multicolore. Pianificando attentamente gli angoli della luce in entrata e in uscita, possiamo minimizzare i problemi che sorgono quando si cerca di usare più di un colore contemporaneamente.
Il nostro obiettivo è assicurarci che la luce a 488 nm e 635 nm possa essere utilizzata efficacemente, permettendo ai ricercatori di applicare diversi coloranti fluorescenti per osservare vari processi biologici.
Caratteristiche Chiave del Nostro Setup
Il design del nostro accessorio SIM è compatto e adattabile, permettendo di lavorare con una vasta gamma di microscopi esistenti. La configurazione hardware mira a bilanciare costo, facilità d'uso e la capacità di ottenere una risoluzione migliorata. Abbiamo un alloggiamento progettato su misura che tiene tutti i componenti in posizione, il che rende l'assemblaggio semplice e riduce il tempo necessario per l'allineamento.
Utilizziamo due laser diversi che emettono luce a 488 nm e 635 nm. Questi ingressi possono essere controllati per regolare la loro potenza, migliorando le capacità di imaging complessive. La configurazione utilizza diverse lenti e specchi per allineare la luce in modo preciso per un imaging ottimale.
Automazione e Facilità d'Uso
Abbiamo programmato il nostro sistema per funzionare in tempo reale. Questo significa che mentre i ricercatori osservano esperimenti su cellule vive, possono vedere immagini ad alta risoluzione quasi instantaneamente. Per assicurarci che tutto funzioni senza intoppi, il nostro sistema è controllato tramite un software user-friendly che sincronizza tutti i componenti hardware coinvolti nel processo di imaging.
Per il software, abbiamo costruito un plugin che consente ai ricercatori di avviare e controllare facilmente gli esperimenti tramite un'interfaccia grafica. Diversi algoritmi per ricostruire immagini dai dati grezzi sono già integrati, facilitando la visualizzazione dei risultati direttamente dopo la raccolta dei dati.
Prestazioni e Risultati
Il nostro setup è stato testato utilizzando campioni biologici, e abbiamo trovato un aumento significativo della risoluzione con la tecnica SIM rispetto ai metodi standard. Utilizzando modelli specifici di luce, siamo stati in grado di raggiungere una risoluzione di circa 120 nm, un notevole miglioramento rispetto a quanto è stato possibile in passato.
Oltre a una migliore risoluzione, il nostro setup consente un'imaging più chiara delle strutture cellulari riducendo il rumore di fondo. Questo è un miglioramento cruciale per chi studia le cellule, poiché permette una visione più chiara dei dettagli intricati dell'anatomia cellulare.
Capacità di Imaging delle Cellule Vive
Una delle caratteristiche distintive del nostro setup è la sua capacità di eseguire imaging delle cellule vive. Abbiamo progettato il nostro sistema per mantenere le cellule vive a una temperatura costante, il che è fondamentale per osservare i processi biologici con precisione nel tempo.
Nei test, abbiamo catturato con successo sequenze di immagini in time-lapse di cellule vive. I risultati hanno mostrato una visione molto migliore dell'attività cellulare rispetto all'imaging widefield standard. Le capacità di sezione ottica della SIM hanno reso più facile vedere strutture specifiche all'interno delle cellule, fornendo informazioni su come si comportano nel loro ambiente naturale.
Conclusione: Rendere l'Imaging Avanzato Accessibile
Crediamo che il nostro accessorio SIM open-source rappresenti un passo importante per rendere le tecniche di imaging avanzate disponibili a più ricercatori. Riducendo i costi e semplificando il processo di installazione, possiamo garantire che più laboratori acquisiscano capacità di imaging super-risoluzione.
Questo progetto offre un modo per molti gruppi di ricerca di aggiornare i loro microscopi esistenti senza bisogno di un'ampia esperienza ottica o budget elevati. Promuovendo la collaborazione e la condivisione delle conoscenze, speriamo di migliorare la qualità della ricerca scientifica nelle scienze della vita e fornire strumenti preziosi per studiare domande biologiche complesse.
Pensieri Finali
La microscopia a fluorescenza è uno strumento potente nella ricerca biologica, ma l'accesso a tecniche di imaging avanzate è stato limitato dai costi e dalla complessità. Il nostro approccio offre una soluzione pratica che non solo migliora le capacità di imaging ma rende anche gli strumenti di ricerca di alta qualità disponibili a più persone. Con sviluppi in corso, siamo entusiasti di vedere come questa tecnologia può continuare ad evolversi e beneficiare la comunità scientifica.
Titolo: Fully-Automated Multicolour Structured Illumination Module for Super-resolution Microscopy
Estratto: In the rapidly advancing field of biological imaging, there is a great need for high-resolution imaging techniques that are both cost-effective and accessible, for example to better observe and understand dynamics in intracellular processes. Structured illumination microscopy (SIM) is the method of choice to achieve high axial and lateral resolution in living samples due to its optical sectioning and minimal phototoxicity. However, the high cost and complexity of conventional SIM systems limit their wide application. In our work, we present an open-source, fully-automated, two-color structured illumination module that is compatible with commercially available microscope stands. The compact design, consisting of low-cost single-mode fiber-coupled lasers and a digital micromirror device (DMD), is integrated into the open-source acquisition and control software (ImSwitch) in order to realize real-time super-resolution imaging. This developed system achieves up to a 1.55-fold improvement in lateral resolution compared to conventional wide-field microscopy. To rationally design this module, we developed a model to ensure optimal DMD diffraction per-formance using tilt and roll pixels, thus covering a wide range of low-cost video projectors for use in coherent SIM setups. Our goal is to democratize SIM-based super-resolution microscopy by providing both comprehensive open-source documentation and a modular software framework that works with various hardware components (e.g. cameras, stages) and reconstruction algorithms. In this way, we try to upgrade as many devices as possible to the super-resolution realm.
Autori: Benedict Diederich, H. Wang, P. T. Brown, J. Ullom, D. P. Shepherd, R. P. Heintzmann
Ultimo aggiornamento: 2024-07-08 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.04.601961
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.04.601961.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.