Approches innovantes pour l'analyse d'images médicales
Utiliser la compositionnalité pour améliorer l'apprentissage machine en imagerie médicale.
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Table des matières
Dans l'imagerie médicale, comprendre rapidement et précisément des images comme les IRM et les tomodensitogrammes est super important pour le diagnostic et le traitement. Même si les machines peuvent analyser ces images avec l'apprentissage profond, elles ont souvent besoin de beaucoup de données étiquetées pour bien apprendre. En revanche, les humains peuvent identifier des structures importantes dans ces images avec beaucoup moins d'aide. Cette capacité à apprendre vite et à s'adapter aux nouvelles images vient de la façon dont notre cerveau traite les motifs d'images. Les modèles d'apprentissage automatique actuels ne reproduisent pas complètement cette capacité.
Cet article explore une nouvelle approche pour améliorer la façon dont les machines apprennent à analyser les images médicales en utilisant le concept de compositionnalité. La compositionnalité désigne l'idée que des motifs complexes peuvent être compris comme des combinaisons d'éléments plus simples. Dans notre cas, on l'utilise pour développer des modèles qui peuvent mieux généraliser à travers différentes tâches d'imagerie médicale. L'objectif ultime est de créer des modèles capables d'identifier efficacement les structures anatomiques dans divers scénarios d'imagerie avec moins d'efforts d'étiquetage.
L'Importance de la Compositionnalité en Imagerie Médicale
Quand on analyse des images médicales, les modèles d'apprentissage profond ont besoin de grandes quantités de données étiquetées pour s'entraîner correctement. Cependant, les humains peuvent rapidement apprendre à identifier l'anatomie cruciale avec peu d'indications. Cette différence souligne la nécessité de nouvelles méthodes qui imitent les capacités humaines en reconnaissance d'images. La compositionnalité peut aider à améliorer le processus d'apprentissage en permettant aux modèles d'utiliser des parties identifiables plus simples des images et de les combiner en un tout. Par exemple, si un modèle apprend des caractéristiques liées au cœur, il peut appliquer cette connaissance pour identifier le cœur dans de nouvelles images.
La compositionnalité aide aussi à rendre le processus d'apprentissage plus compréhensible, ce qui nous permet de comprendre sur quelles caractéristiques les modèles se concentrent. Cette interprétabilité est essentielle dans les applications médicales où comprendre les décisions du modèle peut orienter les pratiques cliniques.
Dans ce travail, on se concentre sur une propriété appelée équivariance compositionnelle. Cette propriété suggère que les représentations apprises par un modèle devraient changer de manière prévisible lorsque les caractéristiques anatomiques correspondantes dans les images changent. En s'assurant que les modèles respectent la compositionnalité, on vise à améliorer leur performance dans l'identification des structures anatomiques.
Méthodologie
Pour étudier comment la compositionnalité peut être utilisée dans la segmentation d'images médicales, on propose un cadre basé sur des noyaux de von-Mises-Fisher (vMF) apprenables. Ce cadre vise à garantir que les représentations créées par le modèle reflètent la structure compositionnelle des images. On prévoit d'examiner comment différentes approches d'apprentissage peuvent aider à faire respecter l'équivariance compositionnelle dans divers environnements d'entraînement.
On classifie les réglages en trois types : Non supervisé, Faiblement supervisé et semi-supervisé. Chaque réglage sera étudié pour voir à quel point les modèles peuvent apprendre à identifier les composants des images médicales.
Réglage Non Supervisé
Dans un réglage non supervisé, le modèle apprend sans aucune donnée étiquetée. L'objectif est d'identifier des regroupements de données partageant des caractéristiques communes. En appliquant une approche de clustering, le modèle peut aligner les représentations apprises avec les points centraux de ces clusters. Bien qu'il ne sache pas initialement quelles caractéristiques anatomiques spécifiques, il peut quand même commencer à découvrir des relations entre les points de données en fonction de leurs similarités.
Réglage Faiblement Supervisé
Dans un réglage faiblement supervisé, des étiquettes partielles sont fournies. Par exemple, le modèle peut seulement savoir si un certain composant, comme le cœur, est présent dans une image. Cette information supplémentaire aide le modèle à apprendre des représentations qui correspondent à la présence ou à l'absence d'organes. De cette manière, le modèle peut commencer à identifier des caractéristiques spécifiques même avec une guidance limitée.
Réglages Semi-supervisés
L'approche semi-supervisée permet au modèle d'utiliser à la fois des données étiquetées et non étiquetées pendant l'entraînement. Par exemple, le modèle peut apprendre à partir d'un petit nombre d'images étiquetées tout en profitant de nombreuses autres non étiquetées. Ce réglage permet au modèle de mieux capturer les relations entre les différents points de données, améliorant ainsi la performance globale dans l'identification des structures anatomiques.
De plus, on explore la pseudo-supervision croisée, où deux modèles sont entraînés ensemble, l'un utilisant les prédictions de l'autre comme guide. Cette méthode collaborative aide à affiner le processus d'apprentissage et fournit des aperçus supplémentaires sur les représentations de caractéristiques.
Construction des Modèles
Pour mettre en œuvre notre cadre, on commence par concevoir des modèles capables d'extraire des caractéristiques des images médicales. Les modèles utilisent les noyaux vMF pour représenter les caractéristiques profondes dans un espace de dimension inférieure. Chaque position dans l'image correspond à un vecteur de caractéristiques qui peut être transformé en fonction des représentations apprises.
Le processus d'extraction consiste à identifier les composants anatomiques pertinents afin que le modèle puisse apprendre quelles caractéristiques correspondent à des structures spécifiques. Cette approche aide le modèle à développer une compréhension plus claire des images.
Une fois les caractéristiques extraites, on emploie des procédures d'entraînement dans les divers réglages mentionnés plus haut. En combinant des données étiquetées avec des processus de clustering et d'activation, on crée un modèle capable de prédire efficacement des masques de segmentation pour différents composants anatomiques.
Évaluation de la Performance du Modèle
Pour évaluer l'efficacité de nos modèles, on réalise de nombreuses expériences sur plusieurs ensembles de données d'imagerie médicale. Notre évaluation inclut une comparaison des modèles proposés par rapport à des méthodes de référence solides qui ont prouvé leur efficacité dans des tâches similaires.
Lors de l'évaluation, on examine plusieurs métriques de performance, y compris les scores de Dice et les distances de Hausdorff, qui mesurent l'exactitude de la segmentation. Des scores plus élevés indiquent de meilleures performances dans l'identification correcte des structures anatomiques dans les images.
Résultats des Expériences
Dans les expériences, les modèles utilisant l'approche de compositionnalité ont montré des performances nettement meilleures dans différents scénarios. Par exemple, les modèles entraînés dans le cadre semi-supervisé ont systématiquement surpassé ceux dans des conditions entièrement supervisées, surtout quand les données étiquetées étaient limitées.
Les résultats ont aussi montré que les modèles bénéficiant d'une supervision faible et de la présence d'informations structurelles ont produit des résultats comparables à ceux entraînés avec des ensembles de données étiquetées plus étendues. Cette découverte soutient l'hypothèse selon laquelle l'incorporation de la compositionnalité dans le processus d'apprentissage permet au modèle de mieux généraliser à travers diverses tâches et ensembles de données.
Interprétabilité et Généralisation
Un aspect clé de notre approche est la capacité d'interprétation des représentations apprises par les modèles. Après l'entraînement, on a examiné quelles caractéristiques étaient activées pour différentes images médicales. On a constaté que les activations étaient en effet plus interprétables que dans les modèles traditionnels, ce qui signifie qu'on pouvait retracer les décisions du modèle à des motifs anatomiques spécifiques.
Cette interprétabilité est cruciale car elle permet aux professionnels de la santé de comprendre et de faire confiance aux prédictions du modèle. De plus, elle renforce la fiabilité globale des systèmes automatisés dans les pratiques cliniques.
En termes de généralisation, les modèles ont montré des performances solides à travers plusieurs ensembles de données avec des conditions variées. Par exemple, même lorsque les images provenaient de différents établissements médicaux ou contenaient des maladies différentes, les modèles entraînés en utilisant des représentations compositionnelles identifiaient toujours efficacement l'anatomie pertinente.
Conclusion
En résumé, ce travail démontre comment tirer parti de la compositionnalité peut améliorer significativement l'analyse des images médicales. En développant des modèles qui utilisent l'équivariance compositionnelle, on a atteint de solides performances dans divers réglages, y compris l'apprentissage non supervisé, faiblement supervisé et semi-supervisé.
Nos résultats suggèrent qu'améliorer la capacité des modèles à comprendre et traiter les structures anatomiques grâce aux représentations compositionnelles mène à une meilleure précision et interprétabilité. Alors que le domaine de l'imagerie médicale continue d'évoluer, l'adoption de ces techniques promet d'améliorer les processus diagnostiques et de renforcer les soins aux patients.
Les recherches futures devraient se concentrer sur le perfectionnement de ces modèles et l'exploration de leurs applications dans différentes tâches d'imagerie médicale. Les aperçus obtenus à partir de ce travail peuvent ouvrir la voie à des systèmes plus sophistiqués qui aident les professionnels de la santé à fournir des diagnostics précis et en temps voulu.
Titre: Compositionally Equivariant Representation Learning
Résumé: Deep learning models often need sufficient supervision (i.e. labelled data) in order to be trained effectively. By contrast, humans can swiftly learn to identify important anatomy in medical images like MRI and CT scans, with minimal guidance. This recognition capability easily generalises to new images from different medical facilities and to new tasks in different settings. This rapid and generalisable learning ability is largely due to the compositional structure of image patterns in the human brain, which are not well represented in current medical models. In this paper, we study the utilisation of compositionality in learning more interpretable and generalisable representations for medical image segmentation. Overall, we propose that the underlying generative factors that are used to generate the medical images satisfy compositional equivariance property, where each factor is compositional (e.g. corresponds to the structures in human anatomy) and also equivariant to the task. Hence, a good representation that approximates well the ground truth factor has to be compositionally equivariant. By modelling the compositional representations with learnable von-Mises-Fisher (vMF) kernels, we explore how different design and learning biases can be used to enforce the representations to be more compositionally equivariant under un-, weakly-, and semi-supervised settings. Extensive results show that our methods achieve the best performance over several strong baselines on the task of semi-supervised domain-generalised medical image segmentation. Code will be made publicly available upon acceptance at https://github.com/vios-s.
Auteurs: Xiao Liu, Pedro Sanchez, Spyridon Thermos, Alison Q. O'Neil, Sotirios A. Tsaftaris
Dernière mise à jour: 2023-06-17 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://arxiv.org/abs/2306.07783
Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2306.07783
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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