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Nouvelle méthode pour reconstruire l'anatomie manquante en imagerie 3D

Une nouvelle approche pour combler les lacunes en imagerie médicale pour une meilleure précision anatomique.

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Table des matières

Dans le domaine de la médecine, c'est super important d'avoir des Images 3D précises du corps humain, surtout quand il s'agit de chirurgicales ou de blessures. Parfois, les doc doivent reconstruire des parties du corps qui ne sont pas complètement visibles pour diverses raisons comme un trauma ou une opération. Ce processus est essentiel pour créer des organes artificiels, étudier des restes anciens et améliorer les animations dans les milieux médicaux.

Cet article parle d'une nouvelle méthode pour combler les parties manquantes des images 3D du corps. Cette méthode peut s'appliquer à différents types d'anatomie, y compris les organes, les muscles et les vaisseaux sanguins, qui manquent parfois dans les données d'imagerie. En utilisant des technologies avancées, on peut créer de meilleures Reconstructions qui aident dans plusieurs applications médicales.

Le problème de l'anatomie manquante dans l'imagerie 3D

Quand les médecins utilisent des techniques d'imagerie comme les scanners CT, ils voient différentes parties du corps en détail. Cependant, ces scans ne capturent pas toujours l'anatomie entière. Cela peut arriver à cause de procédures chirurgicales ou d'autres problèmes médicaux. Pour combler ces lacunes, il faut reconstruire les parties manquantes.

La plupart des méthodes existantes se concentrent sur des parties spécifiques du corps ou des formes simples, ce qui limite leur utilisation dans des scénarios plus complexes. On a besoin d'un système qui peut gérer différents types d'anatomie manquante en une seule fois. Ça peut améliorer des applications comme la transplantation d'organes, où les médecins ont besoin d'images complètes et précises pour créer et placer des organes artificiels.

Notre approche

Pour relever le défi de la reconstruction de l'anatomie manquante, on a développé un système qui utilise un autoencodeur de débruitage 3D (DAE). Ce type de système apprend à séparer les images complètes et incomplètes du corps et à reconstruire les parties manquantes.

On a deux méthodes principales pour cette reconstruction :

  1. Mapping Many-to-One : Le DAE reçoit des images incomplètes et apprend à les mapper vers des images complètes. Ça veut dire qu'il peut gérer différents niveaux d'anatomie manquante dans un seul cadre.

  2. Mapping One-to-One avec apprentissage résiduel : Dans cette approche, on se concentre sur l'apprentissage des différences entre les images incomplètes et celles complètes. Cette méthode est généralement plus facile et donne de meilleurs résultats.

Pour améliorer le processus d'apprentissage, on a introduit une méthode d'agrégation qui aide le DAE à Apprendre plus efficacement, que ce soit pour des mappings many-to-one ou one-to-one.

Tester notre méthode

On a validé notre méthode en utilisant un jeu de données composé d'images CT du corps humain. Ce jeu de données incluait une variété d'Anatomies et a présenté un bon défi pour notre système de reconstruction. On a créé différentes instances d'images incomplètes en supprimant certaines anatomies, ce qui nous a permis de tester à quel point notre DAE pouvait reconstruire ces parties manquantes.

Nos tests ont inclus trois niveaux différents d'anatomie manquante : 10%, 20% et 40% du volume total. On a aussi créé un autre test où seule une anatomie spécifique était retirée. En utilisant ces méthodes, on a pu mesurer l'efficacité de notre système pour reconstruire les parties manquantes.

Résultats

Les résultats de nos tests ont montré que notre méthode pouvait reconstruire efficacement les anatomies manquantes à divers niveaux d'incomplétude. Le DAE a produit des représentations raisonnablement précises des parties manquantes, faisant de ça une solution prometteuse pour des applications pratiques.

On a comparé notre méthode avec des approches existantes pour voir comment elle se comportait. Nos expériences ont indiqué qu'incorporer l'apprentissage résiduel et l'agrégation de perte a considérablement amélioré la qualité de reconstruction. En général, les versions plus avancées de notre modèle ont surpassé les modèles de base plus simples.

Analyse visuelle de l'anatomie reconstruite

On a réalisé des évaluations qualitatives pour visualiser à quel point notre système a bien reconstruit les parties manquantes. Dans diverses images 2D, on a montré les instances incomplètes originales à côté des résultats reconstruits. Notamment, les modèles utilisant l'apprentissage résiduel avaient tendance à produire de meilleurs résultats, montrant moins d'erreurs dans les reconstructions.

Pour les parties plus complexes du corps, comme les poumons et les foies, notre approche a relativement bien fonctionné. Cependant, les structures plus petites, comme les reins et les rate, ont présenté des défis en termes de sensibilité et de précision.

Complétion de l'anatomie multi-classe

En plus de reconstruire des anatomies manquantes individuelles, notre méthode peut également gérer plusieurs parties manquantes. On s'est concentré sur un ensemble de 12 anatomies spécifiques, y compris le cœur, les poumons et la cage thoracique, et on a testé la capacité de notre système à les reconstruire simultanément.

Lors de ces tests, on a observé que les grandes structures étaient généralement reconstruites avec précision, mais que les détails plus fins comme les côtes nécessitaient souvent plus de perfectionnement. Les résultats ont montré que notre méthode pouvait gérer la complétion multi-classe, mais certaines limitations persistaient.

Discussion

Nos résultats montrent qu'il est possible de reconstruire plusieurs anatomies manquantes dans un seul cadre. C'est important pour améliorer les applications pratiques en médecine et peut aider à faciliter de meilleurs processus d'imagerie.

En plus, l'utilisation de l'apprentissage résiduel et de l'agrégation de perte fournit une approche plus robuste pour gérer les défis associés aux données incomplètes. Cependant, même si les résultats sont prometteurs, il y a encore des domaines à améliorer, particulièrement dans le traitement des petites anatomies et le perfectionnement des résultats pour plus de précision.

Travail futur

Bien que notre méthode actuelle montre un potentiel significatif, il y a des domaines qui nécessitent encore des recherches. Par exemple, le jeu de données existant ne couvre pas tous les types d'anatomies. Les futurs efforts viseront à inclure une gamme plus large d'anatomies, comme le crâne et d'autres tissus mous, pour améliorer la polyvalence du modèle.

De plus, on veut s’attaquer à la reconstruction de très petites parties et optimiser le modèle pour réduire les artefacts dans la sortie finale. En mettant en œuvre des techniques comme la super-résolution, on peut améliorer la qualité des reconstructions initiales pour les applications médicales.

Enfin, on voit un potentiel dans l'intégration de notre modèle dans des systèmes plus larges pour la segmentation de tout le corps, où il pourrait améliorer la précision et l'efficacité des processus d'imagerie médicale. Dans l'ensemble, notre travail pose les bases pour des développements futurs passionnants dans le domaine de l'imagerie médicale et de la reconstruction anatomique.

Conclusion

En résumé, notre nouvelle méthode pour reconstruire les parties manquantes du corps a montré des résultats efficaces dans divers tests. En utilisant des technologies avancées, on peut mieux relever les défis de l'imagerie médicale. La combinaison de plusieurs techniques, y compris l'apprentissage résiduel et l'agrégation de perte, offre une solide base pour de futures avancées. Notre travail continuera de se concentrer sur le perfectionnement de cette méthode et l'expansion de ses capacités pour couvrir une plus grande variété de structures anatomiques. Cette recherche a le potentiel d'impacter significativement les pratiques médicales et d'améliorer les résultats pour les patients à l'avenir.

Source originale

Titre: Anatomy Completor: A Multi-class Completion Framework for 3D Anatomy Reconstruction

Résumé: In this paper, we introduce a completion framework to reconstruct the geometric shapes of various anatomies, including organs, vessels and muscles. Our work targets a scenario where one or multiple anatomies are missing in the imaging data due to surgical, pathological or traumatic factors, or simply because these anatomies are not covered by image acquisition. Automatic reconstruction of the missing anatomies benefits many applications, such as organ 3D bio-printing, whole-body segmentation, animation realism, paleoradiology and forensic imaging. We propose two paradigms based on a 3D denoising auto-encoder (DAE) to solve the anatomy reconstruction problem: (i) the DAE learns a many-to-one mapping between incomplete and complete instances; (ii) the DAE learns directly a one-to-one residual mapping between the incomplete instances and the target anatomies. We apply a loss aggregation scheme that enables the DAE to learn the many-to-one mapping more effectively and further enhances the learning of the residual mapping. On top of this, we extend the DAE to a multiclass completor by assigning a unique label to each anatomy involved. We evaluate our method using a CT dataset with whole-body segmentations. Results show that our method produces reasonable anatomy reconstructions given instances with different levels of incompleteness (i.e., one or multiple random anatomies are missing). Codes and pretrained models are publicly available at https://github.com/Jianningli/medshapenet-feedback/ tree/main/anatomy-completor

Auteurs: Jianning Li, Antonio Pepe, Gijs Luijten, Christina Schwarz-Gsaxner, Jens Kleesiek, Jan Egger

Dernière mise à jour: 2023-09-10 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://arxiv.org/abs/2309.04956

Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2309.04956

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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