Die Herausforderung der Zuverlässigkeit in fMRT-Studien
Untersuchen, wie Verarbeitungs-Pipelines die Zuverlässigkeit von fMRI-Daten beeinflussen.
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Inhaltsverzeichnis
- Verschiedene Arten von Zuverlässigkeit
- Der Einfluss von Pipeline-Variationen auf die Ergebnisse
- Bewertung der Auswirkungen von Preprocessing-Pipelines
- Quellen der Variation in Pipeline-Ausgaben
- Bewertung des Effekts der globalen Signalregression
- Methodologische Unterschiede zwischen Pipelines
- Verbesserung der Pipeline-Übereinstimmung
- Ergebnisse der Studie
- Implikationen für zukünftige Forschung
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Das Feld der Neurowissenschaften versucht zu verstehen, wie unser Gehirn funktioniert, also auch, wie verschiedene Leute auf ihre eigene Art denken und sich verhalten. Während die Wissenschaftler mehr Daten von Gehirnscans sammeln, merken sie, wie wichtig es ist, zuverlässige Messungen zu bekommen. Zuverlässige Messungen sind entscheidend, weil sie den Wissenschaftlern helfen, ihre Ergebnisse zu validieren, besonders bei der Nutzung von fortgeschrittenen Bildgebungstechniken wie funktioneller Magnetresonanztomographie (fMRI).
fMRI ermöglicht es den Wissenschaftlern zu sehen, welche Teile des Gehirns aktiv sind, wenn jemand verschiedene Aufgaben erledigt. Um sicherzustellen, dass diese Messungen gültig und sinnvoll sind, müssen Forscher genügend Daten sammeln und die richtigen Techniken verwenden. Studien haben gezeigt, dass die Zuverlässigkeit von Gehirnmessungen erheblich verbessert werden kann, indem man mehr Daten von jedem Teilnehmer sammelt und fortschrittliche Datenverarbeitungsmethoden nutzt.
Verschiedene Arten von Zuverlässigkeit
Es gibt verschiedene Formen von Zuverlässigkeit, die die Wissenschaftler berücksichtigen. Die am häufigsten diskutierte Art ist die Test-Retest-Zuverlässigkeit, die überprüft, ob die gleichen Ergebnisse erscheinen, wenn der gleiche Test zu verschiedenen Zeiten gemacht wird. Für neuroimaging Studien ist diese Zuverlässigkeit wichtig, um konsistente Veränderungen in der Gehirnfunktion zu verfolgen. Eine andere wichtige Art ist die Inter-Rater-Zuverlässigkeit, die beurteilt, ob verschiedene Instrumente oder Methoden ähnliche Ergebnisse liefern.
In fMRI-Studien ist die Inter-Pipeline-Vereinbarung (IPA) ein wichtiger Aspekt der Zuverlässigkeit, da sie beschreibt, wie verschiedene Verarbeitungsmethoden ähnliche Ergebnisse liefern können, wenn man die gleichen Daten analysiert. IPA ist essenziell, um sicherzustellen, dass Ergebnisse aus verschiedenen Studien verglichen und synthetisiert werden können. Je mehr Studien fMRI verwenden, desto wichtiger wird es, IPA zu verstehen und zu verbessern.
Der Einfluss von Pipeline-Variationen auf die Ergebnisse
Bei der Durchführung von fMRI-Studien verwenden Forscher oft verschiedene Software-Tools, um ihre Daten zu verarbeiten. Diese Tools werden als Pipelines bezeichnet. Jede Pipeline hat ihre eigenen Schritte, um die Daten für die Analyse zu reinigen und vorzubereiten. Obwohl viele Pipelines ähnliche Schritte beinhalten könnten, kann die Ausführung dieser Schritte unterschiedlich sein. Diese Variation kann zu erheblichen Unterschieden in den Ergebnissen führen, die sie produzieren.
Wenn zum Beispiel mehrere Forschungsgruppen denselben fMRI-Datensatz mit verschiedenen Pipelines analysieren, könnten sie zu unterschiedlichen Schlussfolgerungen über die Gehirnverbindungen oder -funktionen kommen. Diese Abweichung zeigt, wie wichtig es ist, die Unterschiede zwischen den Pipelines zu verstehen, insbesondere wenn Forscher versuchen, über einen längeren Zeitraum Schlussfolgerungen aus mehreren Studien zu ziehen.
Bewertung der Auswirkungen von Preprocessing-Pipelines
Um zu bewerten, wie unterschiedliche Pipelines die Ergebnisse in fMRI-Studien beeinflussen, untersuchten die Forscher die Ausgaben von fünf häufig verwendeten fMRI-Preprocessing-Pipelines: der ABCD-BIDS-Pipeline, dem Connectome Computational System (CCS), der Configurable Pipeline for the Analysis of Connectomes, dem Data Processing Assistant for Resting-State fMRI (DPARSF) und der fMRIPrep Long-Term Support-Version.
Diese Pipelines wurden mithilfe eines gemeinsamen fMRI-Datensatzes mit 29 Probanden bewertet, die mehrfach gescannt wurden. Die Ergebnisse zeigten, dass es signifikante Unterschiede in den Schätzungen der funktionalen Konnektivität gab, die von diesen Pipelines produziert wurden, selbst wenn dieselben Daten verwendet wurden. Diese Variabilität wurde über verschiedene Methoden zur Bewertung der Daten beobachtet.
Diese Situation unterstreicht die Wichtigkeit, eine zuverlässige Pipeline auszuwählen, da die Ergebnisse je nach verwendeter Software stark variieren können. Es ist auch entscheidend, dass Forscher sich dieser Inkonsistenzen bewusst sind, wenn sie ihre Ergebnisse interpretieren oder mit den Arbeiten anderer vergleichen.
Quellen der Variation in Pipeline-Ausgaben
Die Untersuchung der fünf fMRI-Pipelines ergab, dass die zugrunde liegenden Methoden und Verarbeitungsschritte die resultierenden Ausgaben stark beeinflussen können. Einige Schlüsselschritte, die zu Unterschieden beigetragen haben, sind Segmentierung (der Prozess der Identifizierung und Isolierung von Gehirnstrukturen), Bewegungsbereinigung (um Bewegungen während der Scans zu berücksichtigen) und Registrierung (Ausrichten von Bildern an einer Standard-Gehirnvorlage).
Obwohl diese Pipelines ähnliche Ziele anstrebten, setzten sie diese Kernfunktionen auf unterschiedliche Weise um, was zu erheblichen Abweichungen in ihren Ergebnissen führte.
Bedeutung der Datenqualität
Die Datenqualität ist ein weiterer wichtiger Faktor, der die Zuverlässigkeit von fMRI-Studien beeinflusst. In der Vergangenheit verwendeten viele Studien kurze Scanzeiten (oft etwa 10 Minuten). Neuere Beweise zeigen jedoch, dass längere Scanzeiten (mindestens 25 Minuten) die Zuverlässigkeit der Messungen erheblich verbessern können.
Längere Scanzeiten ermöglichen es, mehr Daten von jedem Teilnehmer zu sammeln, was zu genaueren Darstellungen der Gehirnfunktion führt. Durch die Verbesserung der Datenqualität können Forscher bedeutungsvollere Einblicke gewinnen und die Variabilität reduzieren, die aus den kürzeren Scanzeiten resultiert.
Bewertung des Effekts der globalen Signalregression
Die Globale Signalregression (GSR) ist ein preprocessing-Schritt, der manchmal in fMRI-Studien verwendet wird. GSR beinhaltet das Entfernen des Durchschnittssignals aus dem gesamten Gehirn, um Rauschen und nicht verwandte Aktivitäten zu eliminieren. Die Auswirkungen von GSR können erheblich sein, da sie zu Abweichungen in den Ergebnissen führen kann, wenn sie nicht konsistent über verschiedene Pipelines angewendet wird.
In einigen Studien kann die Einbeziehung von GSR zu einer besseren Übereinstimmung zwischen den Pipelines führen, während sie in anderen die Übereinstimmung verringern kann. Die Ergebnisse zeigen, dass Forscher vorsichtig sein müssen, wenn sie entscheiden, ob sie GSR verwenden oder nicht, und sicherstellen sollten, dass sie es konsistent in ihren Analysen anwenden.
Methodologische Unterschiede zwischen Pipelines
Jede der in der Studie bewerteten fMRI-Pipelines hat einzigartige Ansätze für verschiedene Verarbeitungsschritte. Diese Unterschiede sind entscheidend für die Ergebnisse der Studien.
Zum Beispiel wendet die ABCD-BIDS-Pipeline umfassendere preprocessing-Schritte an als andere und beinhaltet zusätzliche Methoden zur Rauschreduzierung. Die DPARSF-Pipeline, die auf SPM/MATLAB-Komponenten basiert, zeigte durch ihre speziellen Algorithmen konsequent eine niedrigere inter-Pipeline-Übereinstimmung im Vergleich zu den anderen.
Verbesserung der Pipeline-Übereinstimmung
Das Verständnis der Quellen von Variabilität zwischen Pipelines ermöglichte es den Forschern, Strategien zu entwickeln, um die inter-Pipeline-Übereinstimmung zu erhöhen. Indem sie sich darauf konzentrieren, die verwendeten Methoden über verschiedene Pipelines hinweg zu harmonisieren, wird es einfacher, konsistentere Ergebnisse zu erzielen.
Die Forscher haben erfolgreich die Verfahren anderer Pipelines innerhalb ihres eigenen Rahmens repliziert, um sicherzustellen, dass Ergebnisse aus verschiedenen Methoden ein hohes Mass an Ähnlichkeit aufweisen. Dieser Ansatz kann zu robusteren Ergebnissen und grösserem Vertrauen in die Ergebnisse führen.
Ergebnisse der Studie
Die Forschung ergab, dass die individuellen Schätzungen der Gehirnverbindungen erheblich variieren, je nach den verwendeten Pipelines. Die Ergebnisse bekräftigen die Vorstellung, dass Pipeline-Unterschiede erhebliche Variabilität bei der Analyse von fMRI-Daten einführen können.
Die Forscher hoben hervor, dass, obwohl Variationen in der Pipeline-Verarbeitung wichtig zu berücksichtigen sind, der grösste Faktor, der die Ergebnisse beeinflusst, immer noch die Qualität und Menge der gesammelten Daten ist. Eine bessere Datenqualität kann helfen, die Zuverlässigkeit der Ergebnisse zu verbessern, was entscheidend ist, während die Wissenschaftler versuchen, das Gehirn besser zu verstehen.
Implikationen für zukünftige Forschung
Während sich das Feld der Neurowissenschaften weiterentwickelt, ist es wichtig, dass die Forscher die Auswirkungen von Unterschieden in den Verarbeitungs-Pipelines auf ihre Ergebnisse angehen. Dies kann durch eine verstärkte Zusammenarbeit und Transparenz bei der Berichterstattung über die verwendeten Methoden in den Studien erfolgen. Durch das Teilen von Details über den Datenbeschaffungsprozess und die eingesetzten Tools können Wissenschaftler die Zuverlässigkeit und Validität ihrer Ergebnisse besser einschätzen.
Es wird auch empfohlen, dass Forscher mehrere Pipelines verwenden, wenn sie ihre Analysen durchführen, da dies wichtige Einblicke offenbaren und Inkonsistenzen in den Ergebnissen aufzeigen kann. Auf diese Weise können sie auf ein verfeinertes Verständnis der Gehirnfunktion und Konnektivität hinarbeiten.
Fazit
Die Studie betont die Wichtigkeit der Zuverlässigkeit im Bereich der Neurowissenschaften, insbesondere in Bezug auf fMRI-Studien. Während die Wissenschaftler versuchen, die Komplexität des Gehirns zu entschlüsseln, ist es entscheidend, die Auswirkungen von Unterschieden in den Verarbeitungs-Pipelines auf ihre Ergebnisse zu erkennen.
Indem sie Schritte unternehmen, um die Datenqualität zu verbessern, preprocessing-Methoden zu standardisieren und mit anderen im Feld zusammenzuarbeiten, können Forscher die Zuverlässigkeit ihrer Ergebnisse erhöhen. Dieser kollaborative Ansatz wird letztendlich die Suche nach einem tieferen Verständnis der Gehirnfunktion und -verhalten unterstützen und den Weg für zukünftige Entdeckungen in der Neurowissenschaft ebnen.
Titel: Moving Beyond Processing and Analysis-Related Variation in Neuroscience
Zusammenfassung: When fields lack consensus standard methods and accessible ground truths, reproducibility can be more of an ideal than a reality. Such has been the case for functional neuroimaging, where there exists a sprawling space of tools and processing pipelines. We provide a critical evaluation of the impact of differences across five independently developed minimal preprocessing pipelines for functional MRI. We show that even when handling identical data, inter-pipeline agreement was only moderate, critically shedding light on a factor that limits cross-study reproducibility. We show that low inter-pipeline agreement mainly becomes appreciable when the reliability of the underlying data is high, which is increasingly the case as the field progresses. Crucially, we show that when inter-pipeline agreement is compromised, so too are the consistency of insights from brainwide association studies. We highlight the importance of comparing analytic configurations, as both widely discussed and commonly overlooked decisions can lead to marked variation.
Autoren: Michael P. Milham, X. Li, N. B. Esper, L. Ai, S. Giavasis, H. Jin, E. Feczko, T. Xu, J. Clucas, A. Franco, A. S. Heinsfeld, A. Adebimpe, J. T. Vogelstein, C.-G. Yan, O. Esteban, R. A. Poldrack, C. Craddock, D. Fair, T. Satterthwaite, G. Kiar
Letzte Aktualisierung: 2024-01-23 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.01.470790
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.01.470790.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
Vielen Dank an biorxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.
Referenz Links
- https://github.com/FCP-INDI/C-PAC/releases/tag/v1.8.2
- https://github.com/DCAN-Labs/abcd-hcp-pipeline/releases/tag/v0.0.3
- https://github.com/zuoxinian/CCS
- https://github.com/nipreps/fmriprep/releases/tag/20.2.1
- https://github.com/XinhuiLi/PipelineAgreement
- https://zenodo.org/badge/latestdoi/415936717
- https://osf.io/kgpu2/