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# Biologie# Entwicklungsbiologie

Die Revolution in der Insektenaugenforschung mit dem EyeHex Toolbox

Das EyeHex-Toolset verbessert das Studium von Facettenaugen bei Insekten.

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Insekten haben einzigartige Augen, die als Compoundaugen bekannt sind. Diese Augen bestehen aus vielen kleinen Teilen, die Ommatidien genannt werden. Jedes Ommatidium ist eine kleine Einheit, die Zellen enthält, die Licht wahrnehmen und visuelle Informationen an das Gehirn des Insekts senden können. Die Art und Weise, wie diese Ommatidien organisiert sind, hilft Insekten, auf verschiedene Weisen zu sehen.

Grösse und Struktur der Compoundaugen

Die Grösse der Compoundaugen kann bei verschiedenen Insektentypen stark variieren. Zum Beispiel haben Fruchtfliegen zwischen 600 und 1500 Ommatidien in jedem Auge, wobei jede Einheit etwa 15 bis 22 Mikrometer im Durchmesser misst. Faktoren wie Genetik und Umweltbedingungen, wie die Qualität der Nahrung oder die Temperatur, können die Grösse dieser Augen beeinflussen. In manchen Fällen haben bestimmte Ameisenarten überhaupt keine Ommatidien, während Libellen bis zu 20.000 haben können.

Warum die Variation der Augen Grösse untersuchen?

Wissenschaftler untersuchen die Grösse der Compoundaugen aus vielen Gründen. Ein Grund ist herauszufinden, wie die Augen Grösse die Sehkraft und das Verhalten eines Insekts beeinflusst. Grössere Augen könnten Insekten helfen, besser bei schwachem Licht zu sehen, während kleinere Augen bei Arten häufig vorkommen, die in der Dunkelheit leben, wo Sehen weniger nützlich ist.

Die Forscher schauen sich auch an, wie Gene die Entwicklung dieser Augen steuern. Das kann helfen, ähnliche Bedingungen bei Menschen zu verstehen, wie bestimmte Augenerkrankungen.

Herausforderungen bei der Untersuchung von Compoundaugen

Eine Herausforderung bei der Untersuchung von Compoundaugen ist das genaue Zählen und Analysieren der Ommatidien. Traditionell haben Forscher Ommatidien manuell mit detaillierten Bildern von leistungsstarken Mikroskopen gezählt. Dieser Prozess kann jedoch langsam und zeitaufwendig sein. Einige Studien haben einfachere Methoden verwendet, die die Gesamtgrösse des Auges messen, statt jede Einheit zu zählen.

Neuere Methoden haben die Situation verbessert, indem sie spezialisierte Software verwenden, um Bilder automatisch zu analysieren. Aber das Segmentieren von Ommatidien aus Bildern kann immer noch schwierig sein, wegen der gebogenen Form des Auges und anderen Faktoren, die beeinflussen, wie jedes Ommatidium in Bildern erscheint.

Neue Fortschritte bei Segmentierungsmethoden

Um diese Probleme anzugehen, haben Forscher ein neues Werkzeug namens EyeHex-Toolbox entwickelt. Diese Toolbox kann automatisch Compoundaugen von Fruchtfliegen segmentieren und analysieren. Sie hat zwei Hauptteile:

  1. Training und Klassifizierung: Der erste Teil nutzt maschinelles Lernen, um dem Programm zu helfen, den Augenbereich und die Ommatidien darin zu erkennen. Benutzer können Beispielbilder bereitstellen, um das Programm zu trainieren, sodass es mit verschiedenen Bildtypen arbeiten kann.

  2. Segmentierung: Der zweite Teil der Toolbox verwendet ein hexagonales Gittersystem, um die Ommatidien effizient zu organisieren und zu zählen.

Die EyeHex-Toolbox ist benutzerfreundlich und genau und benötigt nur minimale Eingaben von den Forschern.

Wie EyeHex funktioniert

Die EyeHex-Toolbox verarbeitet Bilder in zwei wichtigen Phasen.

Phase 1: Training und Klassifizierung

In dieser Phase stellen die Benutzer Beispielbilder bereit, um dem Programm beim Lernen zu helfen. Der Benutzer markiert manuell Teile des Bildes, um einen Trainingssatz zu erstellen. Das Programm verwendet diese Informationen, um Wahrscheinlichkeitskarten zu erstellen, die es einfacher machen, den Augenbereich und die Ommatidien zu identifizieren.

Phase 2: Segmentierung

Sobald das Training abgeschlossen ist, kann die Toolbox automatisch die Ommatidien identifizieren und segmentieren. Mit Hilfe eines hexagonalen Gitters kann sie jede Einheit genau basierend auf den Mustern in den Bildern lokalisieren. Benutzer können dann bei Bedarf Anpassungen vornehmen, um die Genauigkeit sicherzustellen.

Vorteile der Nutzung von EyeHex

Die EyeHex-Toolbox bietet mehrere Vorteile. Sie ermöglicht eine viel höhere Genauigkeit als frühere Methoden, mit Erfolgsraten von über 99%, wenn man sie mit manueller Zählung vergleicht. Mit EyeHex können die Forscher auch mit verschiedenen Bildtypen arbeiten, was es zu einem flexiblen Werkzeug für die Untersuchung von Compoundaugen macht.

Zudem vereinfacht es den Prozess, wodurch der Zeit- und Arbeitsaufwand zur Analyse von Compoundaugen reduziert wird. Das kann zu grösseren Studien führen, die sich auf die Variation der Augen Grösse konzentrieren und den Wissenschaftlern helfen, Einblicke in Entwicklungsbiologie und Evolution zu gewinnen.

Datensammlung und Analyse

Um zu zeigen, wie effektiv EyeHex ist, sammelten die Forscher verschiedene Bildtypen von Fruchtfliegen. Sie verwendeten traditionelle Methoden zusammen mit der Toolbox, um Ommatidien zu messen und zu zählen.

Bei gängigen Fruchtfliegenarten liegt die durchschnittliche Anzahl der Ommatidien bei etwa 700 bis 800. Die Toolbox wurde sowohl an neu gesammelten Bildern als auch an Bildern aus früheren Studien getestet. Die Ergebnisse zeigten ein hohes Mass an Genauigkeit und stimmten eng mit den Zählungen überein, die durch manuelle Methoden erzielt wurden.

Messen der Ommatidien Grösse und Dichte

Mit den von EyeHex verarbeiteten Bildern können die Forscher die Grösse jedes Ommatidiums messen. Sie bestimmen, wie weit jedes Ommatidium von seinen Nachbarn entfernt ist. Diese Informationen sind wichtig, da die Grösse und Anordnung der Ommatidien beeinflussen, wie gut Insekten sehen können.

Die Toolbox hilft auch dabei, Karten der Ommatidien Grösse und Anordnung über das Auge zu erstellen, wodurch Muster sichtbar werden, die darauf hindeuten können, wie die Sicht in verschiedenen Teilen des Auges variiert.

Verständnis der Ommatidien Anordnung

Die Ommatidien von Insekten sind nicht zufällig angeordnet. Sie bilden Säulen entlang des Auges, was den Entwicklungsprozess des Auges selbst widerspiegelt. Indem sie diese Säulen untersuchen, können die Forscher lernen, wie das Auge entsteht und wie bestimmte Umwelt- oder genetische Faktoren seine Struktur beeinflussen.

Die Quantifizierung der Anzahl von Säulen kann Einblicke geben, wie gut die Entwicklungsprozesse funktionieren. Die Forschung zeigte, dass häufig verwendete Fruchtfliegenstämme eine konstante Anzahl von Säulen aufweisen, was auf einen stabilen genetischen Hintergrund hindeutet.

Erschliessung des Potenzials von EyeHex

Die EyeHex-Toolbox ist ein flexibles und wertvolles Werkzeug, das neue Möglichkeiten zur Untersuchung von Compoundaugen eröffnet. Sie ermöglicht es Wissenschaftlern, detaillierte Analysen zur Augenmorphologie mit viel weniger Aufwand als bei traditionellen Methoden durchzuführen.

Die Fähigkeit, mit verschiedenen bildgebenden Techniken, einschliesslich Hellfeldmikroskopie, zu arbeiten, macht EyeHex zu einer attraktiven Option für Forscher, die sich mit der Augenentwicklung und -variation bei Insektenarten befassen.

Zukünftige Richtungen

Während die Toolbox weiter verfeinert und getestet wird, gibt es aufregende Möglichkeiten für zukünftige Forschungen. Es können grosse Datensätze erstellt werden, die möglicherweise zu Entdeckungen im Zusammenhang mit evolutionärer Anpassung und den Auswirkungen von Umweltveränderungen auf die Augenentwicklung führen.

EyeHex kann auch Einblicke in die biomedizinische Forschung bieten, angesichts der Parallelen zwischen Insekten- und menschlichen Augenbedingungen. Die gesammelten Daten könnten helfen zu verstehen, wie sich bestimmte Merkmale entwickeln und anpassen, als Reaktion auf sich ändernde Bedingungen.

Fazit

Insgesamt stellt die EyeHex-Toolbox einen bedeutenden Fortschritt in der Untersuchung von Compoundaugen dar. Durch die Automatisierung des Segmentierungs- und Zählprozesses hat sie es den Forschern erleichtert, die komplexen Merkmale von Insektenaugen zu untersuchen und den Weg für weitere Untersuchungen in der Entwicklungsbiologie, Evolution und möglicherweise sogar in der medizinischen Forschung geebnet.

Insekten sind entscheidend für die Aufrechterhaltung von Ökosystemen, und das Verständnis ihrer Biologie kann uns helfen, das empfindliche Gleichgewicht der Natur zu schätzen. Während wir unsere Werkzeuge und Methoden zur Untersuchung dieser faszinierenden Kreaturen verbessern, gewinnen wir tiefere Einblicke in die bemerkenswerte Welt der Insekten und die Rollen, die sie in unserer Umwelt spielen.

Originalquelle

Titel: EyeHex toolbox for complete segmentation of ommatidia in fruit fly eyes

Zusammenfassung: Variation in Drosophila compound eye size is studied in various research contexts ranging from evolutionary to biomedical studies. Studying this variation requires the collection of large datasets required for the statistical power of the subsequent analyses. EyeHex is a new tool that automatically and fully segments fruit fly compound eyes from both brightfield and scanning electron microscopy images. The system comprises two modules. The first module uses machine-learning to extract the compound eye and ommatidia regions from different types of images. The second module is hard-coded and accurately determines the number and location of individual ommatidia using the hexagonal arrangement of the compound eye. EyeHex is equipped with a manual correction tool that enables control over segmentation accuracy, particularly at the edges of the eyes where ommatidia detection is more challenging due to highly slanted imaging angles and interfering ocular hairs. EyeHex is accompanied by an analysis tool to quantify ommatidia count, position, altitude, density across the eye, and arrangement along the anterior/posterior. Training and applying EyeHex model for ommatidia segmentation requires limited user inputs. It achieves a high level of accuracy (>99% when compared to manual counting) from both Scanning Electron Microscope and multi-focus brightfield images of two Drosophila melanogaster strains. This demonstrates that EyeHex can be integrated flexibly in a cheap and fast pipeline to extract statistics on variations of Drosophila compound eyes.

Autoren: Huy Tran, N. DOSTATNI, A. Ramaekers

Letzte Aktualisierung: 2024-03-07 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.04.583398

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.04.583398.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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