Genetische Faktoren bei Entwicklungsstörungen
Forschung findet genetische Zusammenhänge zu Entwicklungsstörungen über verschiedene Abstammungsgruppen hinweg.
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Inhaltsverzeichnis
Das Verständnis von genetischen Störungen ist ein komplexes und wichtiges Forschungsfeld. Entwicklungsstörungen (DD) sind eine Gruppe von Bedingungen, die beeinflussen, wie ein Kind wächst und sich entwickelt. Die genetischen Ursachen dieser Störungen zu finden, kann bei der Diagnose und Behandlung betroffener Personen helfen. Neueste technologische Fortschritte haben es einfacher gemacht, diese genetischen Ursachen zu untersuchen. Dieser Text beschreibt, wie Forscher genetische Informationen von vielen Familien analysieren, um mehr über DDs zu erfahren.
Genom-Sequenzierung
Die Genom-Sequenzierung ist ein Verfahren, das es Wissenschaftlern ermöglicht, die DNA von Individuen zu lesen. Hochdurchsatz-Exom- und Genom-Sequenzierung haben schnellere und effizientere Analysen im Vergleich zu traditionellen Methoden ermöglicht. Durch diese Techniken können Forscher das genetische Material vieler Patienten gleichzeitig untersuchen, was oft zur Identifizierung genetischer Varianten führt, die mit bestimmten Störungen verbunden sind. Das ist besonders nützlich zum Verständnis von Entwicklungsstörungen, bei denen etwa 30-40 % der Patienten eine genetische Diagnose erhalten können.
Genentdeckung
Forscher konnten mehrere neue Gene entdecken, die mit Entwicklungsstörungen assoziiert sind. Indem sie grosse Gruppen von Patienten analysieren, können Wissenschaftler statistische Methoden verwenden, um spezifische genetische Veränderungen zu identifizieren, die bei Personen mit diesen Störungen häufiger auftreten. Zum Beispiel fand eine Studie, die Daten von über 30.000 Familien kombinierte, achtundzwanzig neue Gene, die wahrscheinlich für DDs verantwortlich sind. Dieser Ansatz ist effektiver als ältere Methoden, die oft auf kleine Patientengruppen fokussiert waren, da er es Forschern ermöglicht, ein breiteres Spektrum genetischer Variationen zu berücksichtigen.
Die Rolle der Abstammung
Die genetische Zusammensetzung von Individuen kann stark variieren, basierend auf ihrer Abstammung. Studien haben gezeigt, dass die genetischen Ursachen für Entwicklungsstörungen unter verschiedenen Abstammungsgruppen unterschiedlich sind. Diese Variation kann teilweise auf den Grad der Verwandtschaft zurückzuführen sein, also die genetische Verwandtschaft von Personen innerhalb einer Population. Zum Beispiel analysierten Forscher Daten von über 6.000 Patienten und fanden signifikante Unterschiede im Beitrag rezessiver genetischer Veränderungen zwischen europäischen und pakistanischen Abstammungsgruppen.
Forschungsergebnisse
In einer grossen Studie mit fast 30.000 Familien kombinierten Forscher genetische Daten aus zwei Hauptquellen. Indem sie sich auf Gruppen konzentrierten, die durch ihre genetische Abstammung definiert waren, wollten sie die rezessiven genetischen Faktoren identifizieren, die zu Entwicklungsstörungen beitragen. Etwa 20 % der Teilnehmer stammten aus nicht-europäischen Abstammungen. Diese Forschung analysierte, welche genetischen Varianten mit DDs assoziiert waren und wie sich diese Varianten zwischen verschiedenen Abstammungsgruppen verglichen.
Teilnehmerauswahl
Die Forscher schauten sich anonymisierte genetische Daten aus mehreren Patientengruppen an und stellten sicher, dass die in die Analyse einbezogenen Personen relevante medizinische Vorgeschichten hatten. Obwohl es einige Unterschiede in den berichteten klinischen Eigenschaften zwischen den Datensätzen gab, hatten beide Gruppen eine Vielzahl von Symptomen und ähnliche Niveaus genetischer Mutationen. Das erleichterte die Kombination der Datensätze für weitere Analysen.
Zuordnungsfaktor
Die Studie schätzte den Beitrag rezessiver genetischer Varianten zu Entwicklungsstörungen in verschiedenen Abstammungsgruppen und konzentrierte sich dabei auf bekannte krankheitsverursachende Gene. Die Forscher berechneten den "zuordenbaren Faktor", der den Prozentsatz der Patienten darstellt, deren Zustand potenziell durch genetische Faktoren erklärt werden könnte. Verschiedene Abstammungsgruppen zeigten unterschiedliche zuordenbare Faktoren, wobei einige Gruppen einen deutlich höheren Prozentsatz potenzieller genetischer Erklärungen hatten als andere.
Analyse genetischer Varianten
Um die rezessiven Belastungen über verschiedene Abstammungsgruppen hinweg zu analysieren, verglichen die Forscher die beobachteten genetischen Veränderungen mit denen, die basierend auf bekannten genetischen Frequenzen zu erwarten waren. Sie verwendeten verschiedene Klassifikationen genetischer Veränderungen, einschliesslich solcher, die wahrscheinlich schädlich für das Individuum sind. Die Ergebnisse deuteten darauf hin, dass der Grossteil der rezessiven genetischen Belastung auf bekannte krankheitsassoziierte Gene zurückgeführt werden konnte.
Bekannte Gene und neue Erkenntnisse
Unter den Erkenntnissen blieb ein signifikanter Teil der genetischen Belastung in bekannten krankheitsassoziierten Genen durch aktuelle Klassifikationen von Varianten in genetischen Datenbanken unerklärt. Zum Beispiel waren viele Varianten, die bei Patienten vorhanden waren, nicht als pathogen vermerkt, was darauf hinweist, dass es viele weitere undiagnostizierte Fälle gibt, die mit bekannten Genen verbunden sind. Die Forscher identifizierten mehrere neue Gene, bei denen überzeugende Beweise für ihre Beteiligung an Entwicklungsstörungen vorliegen, was die fortlaufende Notwendigkeit weiterer Untersuchungen unterstreicht.
Herausforderungen bei der Interpretation
Trotz der Fortschritte in der Technologie bleibt die Interpretation genetischer Varianten eine Herausforderung. Viele Varianten werden als "Varianten ungewisser Bedeutung" kategorisiert, was die Diagnose und Behandlung von Patienten kompliziert. Die Studie hob die Notwendigkeit besserer Klassifizierungsmethoden hervor, um zwischen schädlichen Varianten und solchen, die keine signifikanten Effekte haben, zu unterscheiden. Das ist besonders wichtig, um die genetische Beratung und den gesamten Diagnoseprozess zu verbessern.
Fazit
Diese umfangreiche Forschungsarbeit beleuchtet die komplexe Natur der genetischen Beiträge zu Entwicklungsstörungen. Durch die Kombination von Daten aus verschiedenen Abstammungsgruppen konnten die Forscher identifizieren, welche genetischen Varianten wahrscheinlicher diese Störungen verursachen. Die Ergebnisse betonen, wie wichtig es ist, genetische Vielfalt zu verstehen und die Rolle bekannter Gene bei der Diagnose von Entwicklungsbedingungen zu erkennen. Während die Forscher weiterhin grosse Mengen genetischer Informationen analysieren, besteht die Hoffnung, dass sie neue Wege finden, um betroffenen Individuen und Familien zu helfen.
Zukünftige Studien müssen sich darauf konzentrieren, die Interpretation genetischer Varianten zu verfeinern und die Rolle weniger häufig vorkommender Gene zu erforschen. Das stellt sicher, dass Patienten die genauesten Diagnosen und die angemessene Versorgung erhalten, was entscheidend ist, während sich unser Verständnis von genetischen Störungen weiterentwickelt.
Titel: Federated analysis of the contribution of recessive coding variants to 29,745 developmental disorder patients from diverse populations
Zusammenfassung: Autosomal recessive (AR) coding variants are a well-known cause of rare disorders. We quantified the contribution of these variants to developmental disorders (DDs) in the largest and most ancestrally diverse sample to date, comprising 29,745 trios from the Deciphering Developmental Disorders (DDD) study and the genetic diagnostics company GeneDx, of whom 20.4% have genetically-inferred non-European ancestries. The estimated fraction of patients attributable to exome-wide AR coding variants ranged from [~]2% to [~]18% across genetically-inferred ancestry groups, and was significantly correlated with the average autozygosity (r=0.99, p=5x10-6). Established AR DD-associated (ARDD) genes explained 90% of the total AR coding burden, and this was not significantly different between probands with genetically-inferred European versus non-European ancestries. Approximately half the burden in these established genes was explained by variants not already reported as pathogenic in ClinVar. We estimated that [~]1% of undiagnosed patients in both cohorts were attributable to damaging biallelic genotypes involving missense variants in established ARDD genes, highlighting the challenge in interpreting these. By testing for gene-specific enrichment of damaging biallelic genotypes, we identified two novel ARDD genes passing Bonferroni correction, KBTBD2 (p=1x10-7) and CRELD1 (p=9x10-8). Several other novel or recently-reported candidate genes were identified at a more lenient 5% false-discovery rate, including ZDHHC16 and HECTD4. This study expands our understanding of the genetic architecture of DDs across diverse genetically-inferred ancestry groups and suggests that improving strategies for interpreting missense variants in known ARDD genes may allow us to diagnose more patients than discovering the remaining genes.
Autoren: Hilary C Martin, V. K. Chundru, Z. Zhang, K. Walter, S. Lindsay, P. Danecek, R. Y. Eberhardt, E. J. Gardner, D. S. Malawsky, E. M. Wigdor, R. Torene, K. Retterer, C. F. Wright, K. McWalter, E. Sheridan, H. V. Firth, M. E. Hurles, K. E. Samocha, V. D. Ustach
Letzte Aktualisierung: 2023-07-24 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.24.23293070
Quell-PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.24.23293070.full.pdf
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