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Fortschritte in der Fluoreszenzlebensdauermessung mit neuronalen Netzen

Neuer Ansatz mit neuronalen Netzwerken verbessert die Fluoreszenzlebensdauerbildgebung für medizinische Anwendungen.

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Fluoreszenzlebensdauerabbildung (FLI) ist 'ne Technik, um die Eigenschaften von Molekülen zu studieren. Anstatt nur zu schauen, wie hell ein Molekül leuchtet, misst FLI, wie lange das Leuchten anhält, nachdem das Molekül durch Licht angeregt wurde. Diese Infos können Forschern was über die Umgebung der Moleküle erzählen, wie den pH-Wert, die Viskosität oder Ionenkonzentrationen.

FLI hat sich in der biomedizinischen Forschung als wichtig herausgestellt. Es hilft Wissenschaftlern, Wechselwirkungen zwischen Proteinen zu verfolgen und kann bei der Identifizierung von krebserregendem Gewebe während medizinischer Eingriffe unterstützen. Traditionelle FLI-Systeme brauchen oft viel Zeit und Ressourcen, was sie für den täglichen Gebrauch in klinischen Umgebungen unpraktisch macht.

Die Herausforderung mit traditionellen FLI-Systemen

Traditionelle FLI-Systeme haben oft Probleme mit Geschwindigkeit, Genauigkeit und der Gesamtleistung. Diese Systeme brauchen komplizierte Setups, die verschiedene Komponenten wie Laser, Detektoren und Computer zur Datenverarbeitung beinhalten. Sie erzeugen auch eine Menge Daten, was das System verlangsamen und die Analyse in Echtzeit erschweren kann.

Um die Fluoreszenzlebensdauern effektiv zu messen, verlassen sich ältere Methoden oft darauf, Histogramme aus gesammelten Daten zu erstellen. Dieser Prozess kann lange dauern und wertvolle Informationen können wegen Verzögerungen bei der Datenverarbeitung verloren gehen.

Ein neuer Ansatz: Verwendung von neuronalen Netzwerken in FLI

Neuere Fortschritte haben die Idee eingebracht, neuronale Netzwerke zu nutzen, um FLI-Prozesse zu beschleunigen und zu verbessern. Neuronale Netzwerke sind eine Art Computerprogramm, das nachahmt, wie das menschliche Gehirn funktioniert. Sie können aus Daten lernen und sich im Laufe der Zeit verbessern. Durch die Verwendung einer speziellen Art von neuronalen Netzwerk, einem rekurrenten neuronalen Netzwerk (RNN), können Forscher direkt mit den Daten arbeiten, sobald sie eintreffen, ohne zuerst Histogramme erstellen zu müssen.

Diese Methode ermöglicht viel schnellere Berechnungen und weniger Datenspeicherung, was es möglich macht, Bilder mit Videogeschwindigkeit einzufangen. Das vorgeschlagene System verbindet das RNN mit einem Detektor für Einzelphotonen, bekannt als SPAD, sodass es Fluoreszenzlebensdauern effizient schätzen kann.

Das Training des neuronalen Netzwerks

Um das RNN zu trainieren, verwenden Forscher simulierte Daten, die reale Szenarien nachahmen. Diese Daten beinhalten verschiedene Faktoren wie den Fluoreszenzverfall und Hintergrundgeräusche. Das Training besteht darin, das neuronale Netzwerk mit grossen Datenmengen zu füttern, bis es lernt, genaue Vorhersagen über Fluoreszenzlebensdauern zu treffen.

Verschiedene Modelle von RNNs können getestet werden, um herauszufinden, welches am besten funktioniert. Diese Modelle können Variationen wie Gated Recurrent Units (GRUs) und Long Short-Term Memory (LSTM) Netzwerke beinhalten. Durch die Verwendung synthetischer Datensätze können Forscher bewerten, wie gut jedes Modell funktioniert, insbesondere in Gegenwart von Hintergrundgeräuschen, die in praktischen Umgebungen häufig vorkommen.

Leistungsbewertung

Sobald das RNN trainiert ist, wird es gegen traditionelle Methoden wie die kleinste Quadrate-Anpassung (LS-Fitting) und die Schwerpunktmethode (CMM) getestet. Diese Vergleiche helfen den Forschern zu verstehen, wie gut das RNN bei der Schätzung von Fluoreszenzlebensdauern abschneidet.

In vielen Fällen übertrifft das RNN die traditionellen Methoden, insbesondere wenn Hintergrundgeräusche vorhanden sind. Das ist entscheidend für Anwendungen in der realen Welt, wo Geräusche die Genauigkeit der Messungen beeinflussen können.

Echtzeitabbildung und Datenverarbeitung

Ein grosser Vorteil des neuen Ansatzes ist die Fähigkeit, Daten in Echtzeit zu verarbeiten. Das Setup nutzt einen speziellen Sensor und einen Computerchip namens FPGA. Dieser Chip kann das neuronale Netzwerk direkt ausführen, was bedeutet, dass, sobald ein Photon detektiert wird, das System die Daten sofort analysieren kann.

Diese Echtzeitverarbeitung kann dazu führen, dass Bilder mit bis zu 10 Bildern pro Sekunde erfasst werden. Diese Geschwindigkeit ist vorteilhaft für Anwendungen, die schnelle Entscheidungen erfordern, wie zum Beispiel während Operationen.

Systemdesign

Das System umfasst einen SPAD-Sensor, der Einzelphotonen erkennt und deren Ankunftszeit stempelt. Das Setup ist so konzipiert, dass es kompakt und effizient ist, sodass es in verschiedenen Umgebungen, einschliesslich klinischer Settings, verwendet werden kann.

Forscher haben ein Mikroskop entwickelt, das diese Technologie integriert. Der Sensor arbeitet zusammen mit einem FPGA, um die Daten effizient zu verwalten, was hilft, das Volumen der Daten zu reduzieren, die anschliessend übertragen oder verarbeitet werden müssen.

Vorteile der neuen Methode

Die Verwendung dieses neuen Ansatzes bietet mehrere Vorteile:

  1. Geschwindigkeit: Die Fähigkeit, Daten in Echtzeit zu verarbeiten, ermöglicht schnelle Abbildung, was in der medizinischen Diagnostik nützlich ist.
  2. Effizienz: Durch die Reduzierung der verarbeiteten Daten benötigt das Gesamtsystem weniger leistungsstarke Hardware, was Kosten senken und die Technologie zugänglicher machen kann.
  3. Genauigkeit: Das RNN kann auch bei lauten Daten genaue Lebensdauerabschätzungen liefern, was es zu einer zuverlässigen Wahl für Forscher macht.

Anwendungen im medizinischen Bereich

Die Fortschritte in der FLI durch die Verwendung von RNN haben bedeutende Auswirkungen in der Medizin. Zum Beispiel kann es helfen, krebserregende Zellen während der Operation zu verfolgen, indem es Echtzeit-Feedback gibt. Diese Fähigkeit ermöglicht es Chirurgen, während des Eingriffs bessere Entscheidungen zu treffen, was potenziell zu besseren Ergebnissen für die Patienten führt.

Darüber hinaus kann das System für verschiedene biologische Studien angepasst werden, einschliesslich der Untersuchung, wie Zellen miteinander interagieren. Diese Flexibilität macht die Technologie für eine Vielzahl von Forschungsanwendungen über die Fluoreszenzlebensdauerabbildung hinaus attraktiv.

Zukünftige Richtungen

Wenn man in die Zukunft blickt, gibt es mehrere Möglichkeiten, die Nutzung dieser Technologie zu verbessern und auszubauen. Verbesserungen könnten die Entwicklung grösserer Sensoren, die Nutzung von mehr RNN-Kernen und die Implementierung noch effizienterer Hardwarelösungen umfassen. Die Integration dieser Verbesserungen in klinische Umgebungen kann die Rolle der FLI in Diagnostik und Behandlung weiter voranbringen.

Ausserdem kann dasselbe System für andere Anwendungen neu trainiert werden, sodass es vielseitig und nützlich in verschiedenen Bereichen der Wissenschaft und Medizin sein kann.

Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Kombination von FLI mit neuronalen Netzwerken einen vielversprechenden Schritt nach vorn in der Bildgebungstechnologie darstellt. Indem die Einschränkungen traditioneller Systeme angegangen werden, ebnet dieser neue Ansatz den Weg für schnellere, genauere Diagnosen im medizinischen Bereich, was letztendlich zu besseren Gesundheitslösungen beiträgt.

Originalquelle

Titel: Coupling a Recurrent Neural Network to SPAD TCSPC Systems for Real-time Fluorescence Lifetime Imaging

Zusammenfassung: Fluorescence lifetime imaging (FLI) has been receiving increased attention in recent years as a powerful diagnostic technique in biological and medical research. However, existing FLI systems often suffer from a tradeoff between processing speed, accuracy, and robustness. In this paper, we propose a robust approach that enables fast FLI with no degradation of accuracy. The approach is based on a SPAD TCSPC system coupled to a recurrent neural network (RNN) that accurately estimates the fluorescence lifetime directly from raw timestamps without building histograms, thereby drastically reducing transfer data volumes and hardware resource utilization, thus enabling FLI acquisition at video rate. We train two variants of the RNN on a synthetic dataset and compare the results to those obtained using center-of-mass method (CMM) and least squares fitting (LS fitting). Results demonstrate that two RNN variants, gated recurrent unit (GRU) and long short-term memory (LSTM), are comparable to CMM and LS fitting in terms of accuracy, while outperforming them in background noise by a large margin. To explore the ultimate limits of the approach, we derived the Cramer-Rao lower bound of the measurement, showing that RNN yields lifetime estimations with near-optimal precision. Moreover, our FLI model, which is purely trained on synthetic datasets, works well with never-seen-before, real-world data. To demonstrate real-time operation, we have built a FLI microscope based on Piccolo, a 32x32 SPAD sensor developed in our lab. Four quantized GRU cores, capable of processing up to 4 million photons per second, are deployed on a Xilinx Kintex-7 FPGA. Powered by the GRU, the FLI setup can retrieve real-time fluorescence lifetime images at up to 10 frames per second. The proposed FLI system is promising and ideally suited for biomedical applications.

Autoren: Yang Lin, Paul Mos, Andrei Ardelean, Claudio Bruschini, Edoardo Charbon

Letzte Aktualisierung: 2023-07-24 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2306.15599

Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2306.15599

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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