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# Biologie# Biochemie

RNA-Strukturen und die Ursprünge des Lebens

Forschung zu RNA zeigt Einblicke in die Replikationsmechanismen des frühen Lebens.

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Die Rolle von RNA bei denDie Rolle von RNA bei denUrsprüngen des LebensLeben.zeigt wichtige Einblicke in das früheDie Untersuchung von RNA-Strukturen
Inhaltsverzeichnis

Die Ursprünge des Lebens auf der Erde und die ersten genetischen Systeme sind immer noch Forschungsgegenstand. Eine interessante Idee ist die RNA-Welt-Hypothese, die vorschlägt, dass frühe Lebensformen möglicherweise auf RNA angewiesen waren, einem Molekül, das genetische Informationen trägt. Diese Theorie ist attraktiv, weil sie einfach ist und durch einige Beweise aus der modernen Biologie gestützt wird. RNA spielt eine entscheidende Rolle in verschiedenen biologischen Prozessen, wie z.B. der Proteinsynthese und RNA-Modifikation. Darüber hinaus haben Wissenschaftler bedeutende Fortschritte gemacht, um zu verstehen, wie RNA sich natürlich bilden konnte, bevor es Leben gab.

Neuere Arbeiten haben gezeigt, dass es möglich ist, aktivierte Formen von RNA-Bausteinen durch chemische Reaktionen herzustellen, die auf der frühen Erde geschehen sein könnten. Wissenschaftler haben auch gezeigt, wie RNA durch einen Prozess namens Polymerisation aufgebaut werden kann, bei dem kleine RNA-Stücke miteinander verknüpft werden, um längere Stränge zu bilden. Ein zentraler Schritt in der RNA-Welt-Hypothese, dass RNA sich mit Hilfe von RNA-Molekülen selbst replizieren kann, wurde jedoch noch nicht vollständig nachgewiesen. Dennoch haben Forscher RNA-Moleküle entdeckt, die als Katalysatoren wirken können, um chemische Reaktionen zu beschleunigen, was eine wichtige Eigenschaft für das Leben ist.

RNA und Rolling Circle Synthese

Während Wissenschaftler mehr über RNA und ihre Funktion lernen, überlegen sie sich verschiedene Methoden, wie RNA sich möglicherweise replizieren könnte. Eine vielversprechende Methode heisst Rolling Circle Synthese (RCS). Diese Methode soll einfache Replikationsstrategien nachahmen, die bei bestimmten Viren und kleinen infektiösen RNA-Molekülen, den Viroiden, zu sehen sind. Allerdings nutzen diese natürlichen Prozesse Proteine, um bei der Replikation zu helfen, die wahrscheinlich nicht existierten, als RNA sich zum ersten Mal bildete.

RCS hat einen einzigartigen Vorteil: Die Energie, die beim Erzeugen neuer RNA-Stränge freigesetzt wird, könnte verwendet werden, um bestehende RNA-Stränge zu trennen. Diese Verbindung zwischen der RNA-Vorlage und dem neuen RNA-Produkt ist entscheidend für die Evolution und benötigt keine Zellkompartimente. Im Gegensatz dazu erzeugen traditionelle Methoden der RNA-Replikation oft starke doppelsträngige Strukturen, die externe Kräfte, wie Temperatur- oder Säureänderungen, benötigen, um weiter zu replizieren.

Um RCS effektiv anzuwenden, müssen Wissenschaftler zirkuläre RNA-Vorlagen erstellen. Diese Vorlagen können durch Selbstligatur oder Zyklen von Befeuchtung und Trocknung hergestellt werden, was zeigt, dass es mehrere Wege geben könnte, wie zirkuläre RNA in einer präbiotischen Umgebung entstehen kann.

Fortschritte in der RCS mit TPR

Kürzlich zeigten Forscher, dass ein spezifisches RNA-Molekül, das Triplet-Polymerase-Ribozyme (TPR), RCS mit kleinen zirkulären RNA-Vorlagen durchführen kann. Das Besondere an diesen kleinen Vorlagen ist, dass sie nicht stark an ihre wachsenden RNA-Stränge binden, wenn die zirkuläre RNA erheblich kürzer ist als doppelsträngige RNA. Das bedeutet, dass die RNA sich beim Wachstum frei von der Vorlage trennen kann, was für RCS notwendig ist.

In Studien konnte TPR RCS mit diesen kleinen zirkulären RNA-Vorlagen erleichtern. Die Wissenschaftler stellten jedoch fest, dass nach nur einer Runde der Synthese der Prozess zur Herstellung neuer RNA-Stränge weitgehend gehemmt war. Um dies besser zu verstehen, untersuchten die Forscher die Struktur, die durch die zirkuläre RNA und den neuen RNA-Strang mit Hilfe fortgeschrittener Bildgebungstechniken gebildet wurde.

Überraschenderweise fanden sie eine Vielzahl von Strukturen, die durch die zirkuläre RNA und ihre komplementären Stränge gebildet wurden. Eine bemerkenswerte Struktur zeigte zwei zirkuläre RNA-Stränge, die mit zwei komplementären Strängen verbunden waren, was ein stabiles Dimer erzeugte. Dieses Dimer schien die weitere Synthese neuer RNA-Stränge zu blockieren, konnte aber durch die Zugabe weiterer zirkulärer RNA-Vorlagen wieder gestartet werden.

Verständnis der Dimerstrukturen

Das Dimer, das aus der zirkulären RNA gebildet wurde, wurde mit Kryo-Elektronenmikroskopie analysiert, wodurch Details über seine Komponenten und deren Wechselwirkungen sichtbar wurden. Es stellte sich heraus, dass das Dimer aus zwei zirkulären RNA-Strängen und ihren komplementären Strängen besteht, die stabile doppelhelikale Strukturen bilden. Die Stabilität dieses Dimers ist bedeutend, da sie hilft zu verstehen, wie RNA in frühem Leben hätte entstehen können.

Zusätzlich entdeckten die Forscher, dass diese Dimerstrukturen ziemlich effizient darin waren, die RNA-Stränge zusammenzuhalten. Die Anordnung der Stränge innerhalb des Dimers führte dazu, dass sie sich ohne zusätzliche Vorlagen nicht weiter ausdehnen konnten, was einen wichtigen Interaktionsmechanismus unterstreicht.

Auswirkungen auf die RNA-Replikation

Die Ergebnisse dieser Studien führen zu einigen spannenden Möglichkeiten, wie RNA-Replikation in frühen Lebensformen abgelaufen sein könnte. Das stabile Dimer könnte als eine Art Speicherform für RNA-Informationen dienen und gleichzeitig die Replikation durch seine einzigartige Struktur erleichtern. Die Forscher schlagen vor, dass zwei Rolling Circle-Replikationsprozesse gleichzeitig ablaufen könnten, was zur Synthese neuer Stränge führt.

Ein wichtiger Aspekt dieses Prozesses ist das Potenzial für RNA-Stränge, sich richtig auszurichten. Wenn zwei Stränge gut ausgerichtet sind, können sie sich verbinden und eine funktionale RNA-Einheit bilden. Wenn sie nicht richtig ausgerichtet sind, kann die Verbindung ineffizient sein. Das wirft interessante Fragen darüber auf, wie frühe Lebensformen Effizienz in ihren Replikationsprozessen erreichten.

Stabilität und Funktion der Dimerstrukturen

Die Entdeckung stabiler Dimerstrukturen unterstreicht die Bedeutung der RNA-Organisation für frühe Lebensformen. Diese Stabilität könnte eine schützende Funktion bieten, da RNA in Dimerform weniger anfällig für Abbau zu sein scheint als Einzelstränge. Diese Eigenschaft wäre in Umgebungen entscheidend gewesen, in denen RNA leicht zerstört werden könnte.

Forscher haben durch Experimente gezeigt, dass RNA-Stränge in einem Dimer viel widerstandsfähiger gegen Hydrolyse sind, eine chemische Reaktion, die RNA abbaut. Diese Widerstandsfähigkeit gegen den Abbau hätte das Überleben bestimmter RNA-Strukturen begünstigt und könnte frühe evolutionäre Prozesse beeinflusst haben.

Die Rolle der Dimerstrukturen in der Evolution

Die Forschung deutet darauf hin, dass die Dimerstrukturen nicht nur als Reservoirs für RNA dienen, sondern auch eine effizientere Replikation ermöglichen könnten. Die Anwesenheit dieser Dimere könnte eine koordinierte RNA-Synthese erlauben, die es Lebensformen ermöglicht, genetische Informationen effektiver zu replizieren.

Die Idee des „Proof-Readings“ während der RNA-Synthese wird ebenfalls betont. Wenn RNA-Stränge synthetisiert werden, gibt es die Chance, dass Fehler eingebaut werden. Die einzigartige Struktur des Dimers könnte helfen, diese Fehler durch Mechanismen zu erkennen, die falsche Basenpaarungen feststellen, und damit die Genauigkeit der RNA-Replikation erhöhen.

Ausserdem könnten, da mehrere RNA-Stränge in die Dimerstruktur involviert sind, das Versagen eines Teils nicht notwendigerweise den Replikationsprozess für das gesamte System stoppen. Diese Flexibilität könnte das Überleben früher Lebensformen unterstützen, während sie sich an ihre Umgebungen anpassten.

Zukünftige Richtungen in der RNA-Forschung

Während Wissenschaftler weiterhin ihre Untersuchungen zur RNA und ihren Replikationsmechanismen vorantreiben, werden die Implikationen für das Verständnis der Ursprünge des Lebens immer klarer. Die Studien über Dimerstrukturen und ihre Rollen in der RNA-Synthese bieten essentielle Einblicke, wie frühbiologische Systeme entstanden und sich entwickelt haben könnten.

Zukünftige Experimente könnten RNA-Kreise unterschiedlicher Grössen und Formen untersuchen, um zu verstehen, wie Änderungen in der Struktur die Replikationseffizienz beeinflussen. Forscher könnten auch daran arbeiten, verbesserte Ribozyme zu entwickeln, die die Effizienz der RNA-Replikation erhöhen könnten, um aufzuzeigen, wie Leben aus einfacheren biologischen Systemen hervorgegangen sein könnte.

Die Ergebnisse dieser Studien ebnen den Weg für ein tieferes Verständnis der RNA-Welt und ihrer Bedeutung im Zeitablauf der Lebensursprünge. Die Untersuchung des Zusammenspiels zwischen RNA-Strukturen und ihren Replikationsprozessen könnte die grundlegenden Prinzipien offenbaren, die die frühesten Lebensformen auf der Erde prägten.

Fazit

Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Erforschung von RNA-Strukturen wie Dimere Licht auf die Komplexität früher Lebensformen wirft. Durch RNA-Replikationsprozesse wie die Rolling Circle-Synthese beginnen Wissenschaftler, zusammenzusetzen, wie diese Moleküle zur Evolution des Lebens beigetragen haben könnten. Die Stabilität und Funktionalität von RNA-Dimeren spielen eine entscheidende Rolle im Verständnis der genetischen Mechanismen, die möglicherweise in den ersten lebenden Organismen vorhanden waren.

Durch die Untersuchung dieser Elemente zielen Forscher darauf ab, die zugrunde liegenden Prinzipien des Lebens zu entdecken, die auf der Erde entstanden sind. Während die Studien fortschreiten, wird die Beziehung zwischen RNA-Replikation und Überleben weiterhin ein zentraler Punkt in der Suche nach den Ursprüngen des Lebens sein. Dieses grundlegende Wissen könnte Hinweise auf die frühe Biosphäre und den Übergang von einfachen Molekülen zu komplexen lebenden Systemen geben.

Originalquelle

Titel: Roles of dimeric intermediates in RNA-catalyzed rolling circle synthesis

Zusammenfassung: The RNA world hypothesis is supported by the discovery of RNA polymerase ribozymes that can perform RNA-catalyzed RNA replication processes on different RNA templates. Recently, RNA-catalyzed rolling circle synthesis (RCS) on small circular RNA (scRNA) templates has been demonstrated. However, the structural and dynamic properties of scRNA replication and its products and intermediates have never been explored. Here we have used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to characterize products and intermediates relevant for RCS replication and find that these form an unexpectedly diverse group of RNA nanostructures. The main structural motif observed is a fully hybridized dimeric complex composed of two scRNAs and their complement strands resolved to 5.3 [A]. Cryo-EM also reveals higher order dimer filaments and dimer assembly intermediates suggesting a mechanism for assembly of the observed complexes. We show that the dimer complexes are stable and inhibit RNA-catalyzed RCS, but can be reactivated by addition of more scRNA templates. We propose that dimer formation may be a general property of RCS replication and speculate that the observed dimers might have benefited a primordial RNA genetic system by providing a stable "storage" form of RNA replication products and by coordinating RNA replication on both scRNA template strands.

Autoren: Ebbe S Andersen, E. L. Kristoffersen, E. McRae, P. Holliger

Letzte Aktualisierung: 2024-05-15 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594117

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594117.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

Vielen Dank an biorxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.

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