Bewertung von KI-Agenten in der biomedizinischen Forschung
Ein neuer Massstab zur Bewertung der Leistung von KI-Agenten in biomedizinischer Literatur und Wissensgraphen.
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Inhaltsverzeichnis
- Hintergrund
- Eine neue Aufgabe für Agenten: Wissensgraph-Prüfung
- Die Wichtigkeit der Literaturübersicht
- Einschränkungen bestehender Methoden
- Wissensgraphen: Ein hilfreiches Werkzeug
- Die Herausforderung, Wissen aktuell zu halten
- Unser vorgeschlagener Benchmark
- Methodologie
- Datensammlung
- Erste Ergebnisse
- Einführung von BKGAgent
- Leistungsevaluation
- Fazit
- Zukunftsarbeit
- Schlussbemerkungen
- Originalquelle
- Referenz Links
Künstliche Intelligenz (KI) sorgt in verschiedenen Bereichen für Aufsehen, und die biomedizinische Wissenschaft ist da keine Ausnahme. Eine beliebte Methode ist es, KI-Agenten zu schaffen, die zusammen mit Menschen arbeiten und aus riesigen Informationsmengen schöpfen. Die Leistungsbewertung dieser KI-Agenten im biomedizinischen Kontext ist jedoch ziemlich herausfordernd. Die meisten Bewertungen basieren entweder auf direkten Fragen an die KI-Modelle oder auf experimentellen Methoden, die für die biomedizinische Forschung relevant sind. Dieser Artikel zielt darauf ab, einen neuen Ansatz zur Messung der Fähigkeiten von KI-Agenten im biomedizinischen Bereich zu fokussieren, insbesondere im Verständnis von Literatur und im Umgang mit Wissensgraphen.
Hintergrund
Aktuelle KI-Modelle, besonders grosse Sprachmodelle (LLMs), haben sowohl Potenzial als auch Einschränkungen gezeigt. Sie können Texte generieren und Informationen effektiv zusammenfassen, haben aber oft Probleme mit der faktischen Genauigkeit. Das führt zu der Idee, dass ein KI-Agent, um in der biomedizinischen Forschung wirklich nützlich zu sein, zwei Fähigkeiten besitzen sollte: die Fähigkeit, wissenschaftliche Literatur zu verstehen und zu verifizieren, und die Fähigkeit, mit strukturierten Wissensformen, insbesondere Wissensgraphen, zu interagieren.
Eine neue Aufgabe für Agenten: Wissensgraph-Prüfung
Um die Notwendigkeit einer besseren Evaluation dieser KI-Agenten anzugehen, schlagen wir eine neuartige Aufgabe vor, die wir Wissensgraph-Prüfung (KGCheck) nennen. Diese Aufgabe setzt sich aus zwei Hauptfähigkeiten zusammen:
- Wissensgraph-Fragen Beantwortung (KGQA): Dabei geht es darum, einen Wissensgraphen abzufragen, um Informationen abzurufen und dabei Genauigkeit zu wahren.
- Überprüfung wissenschaftlicher Behauptungen (SCV): Diese konzentriert sich auf die Analyse von Behauptungen in wissenschaftlicher Literatur und bewertet deren Wahrhaftigkeit basierend auf den bereitgestellten Beweisen.
Literaturübersicht
Die Wichtigkeit derEine entscheidende Fähigkeit eines jeden Wissenschaftlers ist die Fähigkeit, bestehende Literatur zu überprüfen und zu verstehen. Eine Literaturübersicht ist mehr als nur Lesen; sie erfordert kritisches Denken und die Analyse verschiedener Informationsquellen. Indem wir KI-Agenten ermöglichen, an Literaturübersichten teilzunehmen, können wir ihren Nutzen in der wissenschaftlichen Forschung erhöhen.
Einschränkungen bestehender Methoden
Aktuelle Methoden zur Bewertung von KI-Agenten konzentrieren sich häufig auf einfache Frage-Antwort-Aufgaben, die die Komplexität wissenschaftlicher Untersuchungen nicht erfassen. Bestehende Benchmarks könnten versäumen zu bewerten, wie gut ein KI-Agent externe Kenntnisse und Werkzeuge nutzen kann, um Informationen zu validieren.
Wissensgraphen: Ein hilfreiches Werkzeug
Wissensgraphen dienen als eine ausgeklügelte Möglichkeit, riesige Datenmengen so zu organisieren und zu speichern, dass sie leicht abgefragt und analysiert werden können. Sie enthalten miteinander verbundene Informationen, die es KI-Agenten ermöglichen, auf strukturiertes Wissen zuzugreifen, das unstrukturierte Daten aus wissenschaftlicher Literatur ergänzt.
Die Herausforderung, Wissen aktuell zu halten
Obwohl Wissensgraphen unglaublich nützlich sein können, ist ein grosses Manko ihre statische Natur, was zu veralteten Informationen führen kann. Das ist besonders besorgniserregend in einem schnell fortschreitenden Bereich wie der biomedizinischen Wissenschaft, wo neue Forschungen frühere Studien schnell obsolet machen können.
Unser vorgeschlagener Benchmark
Um eine effektivere Bewertung für KI-Agenten zu schaffen, schlagen wir einen umfassenden Benchmark namens KGCheck vor. Dieser Benchmark zielt darauf ab, die Richtigkeit von Informationen in Wissensgraphen zu überprüfen, indem sie mit Literatur und anderen zuverlässigen Quellen verglichen werden. Das ultimative Ziel ist es, zu bewerten, wie gut ein KI-Agent sowohl strukturierte Daten (wie Wissensgraphen) als auch unstrukturierte Daten (wie wissenschaftliche Arbeiten) verarbeiten kann.
Methodologie
Bei der Durchführung der KGCheck-Aufgabe müssen Agenten:
- Wissensgraphen abfragen, um relevante Informationen zu extrahieren.
- Diese extrahierten Daten mit externer Literatur oder Datenbanken abgleichen, um deren Genauigkeit zu überprüfen.
- Bestimmen, ob die Informationen mit dem übereinstimmen, was aus seriösen Quellen bekannt ist.
Datensammlung
Für die KGCheck-Aufgabe haben wir mehrere Datensätze gesammelt, darunter:
- Über 700 Fragen für die KGQA-Komponente.
- Eine Sammlung wissenschaftlicher Behauptungen für die SCV-Aufgabe.
Diese Daten wurden aus verschiedenen vertrauenswürdigen biomedizinischen Quellen gesammelt, was uns ermöglicht hat, ein robustes Bewertungsframework zu erstellen.
Erste Ergebnisse
Nach der Bewertung verschiedener KI-Agenten mit unserem Benchmark haben wir beobachtet, dass viele von ihnen Mühe hatten, die erwarteten Leistungsniveaus zu erreichen. Besonders hochmoderne Agenten haben oft Schwierigkeiten gehabt, die Daten im Wissensgraph genau zu verifizieren und wissenschaftliche Behauptungen zu verstehen.
Einführung von BKGAgent
Um den Bewertungsprozess weiter zu verbessern, haben wir einen neuen Agenten namens BKGAgent eingeführt. Dies ist ein Multi-Agenten-System, das mit den notwendigen Komponenten ausgestattet ist, um effektiv mit Wissensgraphen und Literatur zu interagieren. Es besteht aus:
- Einem Teamleiter, der den Prozess verwaltet.
- Einem KG-Agenten, der für die Abfrage des Wissensgraphen verantwortlich ist.
- Einem Validierungsagenten, der mit der Überprüfung der Richtigkeit der abgerufenen Informationen beauftragt ist.
Leistungsevaluation
Wir haben rigorose Tests an verschiedenen KI-Agenten in unserem Benchmark durchgeführt, wobei wir uns auf ihre Fähigkeit konzentriert haben, sowohl die KGQA- als auch die SCV-Aufgaben zu erfüllen. Die Ergebnisse zeigten erhebliche Leistungsunterschiede zwischen verschiedenen Agenten und machten die Notwendigkeit unserer neuen Bewertungsmethode deutlich.
Fazit
Während KI weiterhin eine zentrale Rolle in der biomedizinischen Forschung spielt, ist es entscheidend, ihre Fähigkeiten richtig zu bewerten. Unser KGCheck-Benchmark stellt einen Schritt nach vorn dar, um zu verstehen, wie gut KI-Agenten Forschern helfen können. Durch systematische Tests ihrer Fähigkeiten, Wissen abzurufen und zu validieren, können wir ihren Nutzen in wissenschaftlichen Bestrebungen besser einschätzen.
Zukunftsarbeit
Für die Zukunft planen wir, das KGCheck-Framework weiter zu verfeinern, um noch detailliertere Bewertungen von KI-Agenten zu ermöglichen. Unser Ziel ist es, ihnen zu ermöglichen, Fehler in Echtzeit kontinuierlich zu korrigieren und so ihre Leistung im Laufe der Zeit zu verbessern. Weitere Anpassungen könnten die Integration zusätzlicher Datenbanken, die Erweiterung des Umfangs von Ansprüchen und die Erkundung beinhalten, wie diese Agenten autonom Ungenauigkeiten in Wissensgraphen identifizieren und beheben können.
Schlussbemerkungen
Indem wir die Lücke zwischen Literaturüberprüfung und Wissensgraph-Interaktion überbrücken, verspricht unser vorgeschlagener Benchmark, die Rolle der KI in der biomedizinischen Wissenschaft zu verbessern. Während sich das Feld weiterentwickelt, müssen auch unsere Bewertungswerkzeuge weiterentwickelt werden, um sicherzustellen, dass KI Wissenschaftler effektiv in ihrem Streben nach Wissen unterstützen kann.
Titel: BioKGBench: A Knowledge Graph Checking Benchmark of AI Agent for Biomedical Science
Zusammenfassung: Pursuing artificial intelligence for biomedical science, a.k.a. AI Scientist, draws increasing attention, where one common approach is to build a copilot agent driven by Large Language Models (LLMs). However, to evaluate such systems, people either rely on direct Question-Answering (QA) to the LLM itself, or in a biomedical experimental manner. How to precisely benchmark biomedical agents from an AI Scientist perspective remains largely unexplored. To this end, we draw inspiration from one most important abilities of scientists, understanding the literature, and introduce BioKGBench. In contrast to traditional evaluation benchmark that only focuses on factual QA, where the LLMs are known to have hallucination issues, we first disentangle "Understanding Literature" into two atomic abilities, i) "Understanding" the unstructured text from research papers by performing scientific claim verification, and ii) Ability to interact with structured Knowledge-Graph Question-Answering (KGQA) as a form of "Literature" grounding. We then formulate a novel agent task, dubbed KGCheck, using KGQA and domain-based Retrieval-Augmented Generation (RAG) to identify the factual errors of existing large-scale knowledge graph databases. We collect over two thousand data for two atomic tasks and 225 high-quality annotated data for the agent task. Surprisingly, we discover that state-of-the-art agents, both daily scenarios and biomedical ones, have either failed or inferior performance on our benchmark. We then introduce a simple yet effective baseline, dubbed BKGAgent. On the widely used popular knowledge graph, we discover over 90 factual errors which provide scenarios for agents to make discoveries and demonstrate the effectiveness of our approach. The code and data are available at https://github.com/westlake-autolab/BioKGBench.
Autoren: Xinna Lin, Siqi Ma, Junjie Shan, Xiaojing Zhang, Shell Xu Hu, Tiannan Guo, Stan Z. Li, Kaicheng Yu
Letzte Aktualisierung: 2024-06-29 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2407.00466
Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2407.00466
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
Vielen Dank an arxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.
Referenz Links
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7602118
- https://www.rcsb.org/structure/6XWD
- https://reactome.org/PathwayBrowser/##/R-HSA-983168
- https://github.com/westlake-autolab/BioKGBench
- https://huggingface.co/api/datasets/AutoLab-Westlake/BioKGBench-Dataset/croissant
- https://news.agpt.co/
- https://gptr.dev/
- https://github.com/westlake-autolab/