A expressão gênica liga a inflamação e os resultados da TBM
Estudo revela genes chave que afetam a gravidade e a mortalidade da TBM.
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Índice
- O Papel da Inflamação
- Detecção Precoce e Modelos Prognósticos
- O Estudo Atual
- Grupos do Estudo
- Analisando Amostras de Sangue
- Caminhos Biológicos Importantes
- Identificando Módulos Gênicos-Chave
- Genes-Chave Associados aos Resultados da MT
- Caminhos e o Impacto do HIV
- Modelagem Prognóstica para MT
- Conclusão
- Direções Futuras
- Fonte original
A meningite tuberculosa (MT) é uma forma séria de tuberculose (TB) que afeta as membranas que cercam o cérebro e a medula espinhal. Em 2019, foram reportados cerca de 7,1 milhões de novos casos de TB em todo o mundo, com uma estimativa de 164.000 adultos desenvolvendo MT. Desses casos de MT, cerca de 25% também conviviam com o HIV, que enfraquece o sistema imunológico. A MT pode levar a consequências severas, incluindo morte ou problemas neurológicos de longo prazo, afetando metade das pessoas diagnosticadas. A taxa de Mortalidade para a MT é de cerca de 25%, mas esse número pode subir para cerca de 50% para aqueles com HIV, especialmente durante os primeiros três meses de tratamento.
O Papel da Inflamação
Os resultados da MT estão intimamente ligados à inflamação. Tanto a inflamação muito baixa quanto muito alta podem contribuir para a morte por MT, mas as razões exatas por trás dessas conexões não são bem compreendidas. Pesquisas sugerem que a resposta imunológica da MT está principalmente localizada no sistema nervoso central. Estudos encontraram diferenças na atividade das células imunológicas, sinais químicos e respostas entre o sangue e o líquido que rodeia o cérebro (líquido cefalorraquidiano).
Em adultos diagnosticados com MT, os níveis de glóbulos brancos ativados no líquido cefalorraquidiano são maiores do que no sangue. No entanto, uma resposta imunológica significativa também ocorre no sangue. Para aqueles com MT relacionada ao HIV e uma condição imunológica específica chamada síndrome de reconstituição inflamatória imunológica, há um aumento em certos marcadores imunológicos no sangue. Em crianças com MT, a resposta imunológica no sangue mostra um padrão diferente, com níveis mais altos de certos ativadores imunológicos e níveis mais baixos de ativação de células T.
Essas descobertas sugerem que a resposta inflamatória na MT é mais complexa do que se pensava anteriormente, e entender melhor isso pode fornecer insights sobre por que alguns pacientes têm resultados piores.
Detecção Precoce e Modelos Prognósticos
Identificar rapidamente pacientes com alto risco de complicações ou morte por MT poderia melhorar os resultados do tratamento. Há quase 80 anos, o sistema de classificação do British Medical Research Council (MRC) é usado para categorizar a gravidade da MT, o que se mostrou eficaz em prever mortalidade. Estudos anteriores criaram novos modelos que utilizam dados clínicos e laboratoriais, incluindo a classificação do MRC, para prever resultados de forma mais confiável do que a classificação do MRC sozinha. No entanto, incorporar medições da resposta inflamatória do hospedeiro nesses modelos poderia ser benéfico.
Análises de Expressão Gênica de amostras de sangue têm sido úteis para identificar TB pulmonar ativa ou em agravamento, bem como monitorar respostas ao tratamento, mas ainda não foram aplicadas à MT.
O Estudo Atual
No estudo atual, pesquisadores examinaram amostras de sangue de 606 adultos: 281 com MT do Vietnã, 295 com TB pulmonar e 30 indivíduos saudáveis. Eles tinham o objetivo de identificar caminhos biológicos e genes-chave relacionados à MT e seu potencial para prever mortalidade precoce através de um método chamado análise de rede de coexpressão gênica ponderada.
Grupos do Estudo
O estudo incluiu quatro grupos de participantes, todos com 18 anos ou mais. Dentre os 281 com MT, havia 207 indivíduos HIV-negativos e 74 HIV-positivos. No grupo HIV-negativo, a idade média era de 46 anos, com a maioria sendo homens. Os indivíduos HIV-positivos tendiam a ser mais jovens e tinham um índice de massa corporal (IMC) mais baixo em comparação com seus pares HIV-negativos. O grupo de TB pulmonar consistiu em 295 adultos HIV-negativos, e o grupo controle saudável tinha 30 indivíduos.
As características de cada grupo, incluindo informações demográficas e detalhes clínicos, foram registradas. A taxa de mortalidade geral em três meses para a MT foi encontrada em 21,7%, com diferenças significativas com base no status de HIV.
Analisando Amostras de Sangue
A pesquisa envolveu a análise de amostras de sangue para revelar diferenças na expressão gênica ligada à MT. No total, cerca de 35,1 milhões de leituras de dados genéticos foram coletadas de cada amostra, focando em 20.000 genes nos quatro grupos. Diferenças nos padrões de expressão gênica foram observadas entre os controles saudáveis e aqueles com MT ou TB pulmonar.
Os pesquisadores usaram análise de componentes principais para visualizar essas diferenças, notando perfis específicos para cada grupo.
Caminhos Biológicos Importantes
No contexto da MT, vários caminhos biológicos importantes para respostas imunológicas foram identificados. Esses caminhos incluíram sinalização relacionada à inflamação e ativação imunológica. No geral, os caminhos que regulam os neutrófilos e respostas inflamatórias foram encontrados com aumento naqueles que morreram de MT, especialmente em indivíduos HIV-positivos.
Por outro lado, os caminhos associados à imunidade adaptativa, envolvendo células T e B, foram regulados para baixo naqueles que faleceram, indicando uma resposta imunológica comprometida nesses pacientes.
Identificando Módulos Gênicos-Chave
Para entender melhor a relação entre expressão gênica e gravidade da MT, os pesquisadores buscaram identificar genes diferencialmente expressos e criar módulos gênicos. Eles descobriram que um subconjunto de genes estava significantemente associado à mortalidade por MT. Especificamente, cinco módulos gênicos mostraram fortes ligações à mortalidade com base em seus padrões de expressão.
O primeiro conjunto incluiu genes envolvidos em respostas inflamatórias, enquanto outros conjuntos focaram em respostas imunológicas adaptativas, que estavam menos ativadas naqueles que morreram. As descobertas indicam que tanto a inflamação aumentada quanto a função imunológica reduzida desempenham um papel na mortalidade por MT.
Genes-Chave Associados aos Resultados da MT
Dentro desses módulos identificados, genes centrais específicos estavam associados aos resultados da MT. Alguns genes foram encontrados com expressão aumentada em pacientes que morreram, principalmente relacionados à inflamação, enquanto outros mostraram downregulação ligada a funções imunológicas adaptativas. Essas descobertas foram validadas em diferentes grupos de pacientes.
Os pesquisadores também examinaram como a expressão gênica variava entre diferentes grupos, fornecendo insights sobre os potenciais mecanismos em jogo na patogênese da MT.
Caminhos e o Impacto do HIV
Ao examinar o papel do HIV na MT, os pesquisadores descobriram que os perfis de expressão gênica variavam significativamente entre indivíduos HIV-positivos e HIV-negativos com MT. Mais genes foram diferencialmente expressos entre pacientes com HIV, indicando um padrão de resposta imunológica distinto influenciado pelo vírus.
Genes-chave associados à mortalidade diferiam entre os dois grupos, correlacionando-se com caminhos imunológicos específicos ativados ou suprimidos em resposta à infecção por MT.
Modelagem Prognóstica para MT
Para melhorar os resultados do tratamento, os pesquisadores buscaram desenvolver modelos preditivos para mortalidade por MT com base em dados de expressão gênica. Eles criaram modelos que combinavam assinaturas gênicas com fatores clínicos, alcançando um bom desempenho em prever mortalidade.
Os resultados sugerem que os modelos podem identificar efetivamente pacientes em risco de resultados ruins, enfatizando o valor de integrar dados genéticos nas avaliações clínicas.
Conclusão
Este estudo apresenta uma análise abrangente das expressões gênicas no sangue associadas à gravidade e mortalidade da MT. Os pesquisadores descobriram uma desregulação significativa tanto nas respostas imunológicas inatas quanto adaptativas ligadas a resultados ruins, indicando que entender esses caminhos pode informar melhores abordagens de tratamento.
As descobertas destacam a complexa interação entre inflamação e função imunológica na MT, assim como as diferenças notáveis nas respostas entre indivíduos com e sem HIV. Ao identificar assinaturas gênicas específicas associadas à mortalidade por MT, o estudo abre caminhos para futuras pesquisas e potenciais biomarcadores para prever resultados.
Direções Futuras
Mais pesquisas são necessárias para validar as assinaturas gênicas identificadas em populações maiores e diversas. Compreender os mecanismos biológicos subjacentes à MT e suas respostas imunológicas poderia aprimorar estratégias diagnósticas e terapêuticas, melhorando, em última análise, o cuidado ao paciente e as taxas de sobrevivência.
Este estudo também prepara o terreno para explorar intervenções direcionadas que poderiam modular as respostas imunológicas na MT, especialmente para indivíduos com sistemas imunológicos comprometidos, como aqueles vivendo com HIV. A integração de dados genéticos e clínicos abre caminho para abordagens de medicina personalizada no manejo da MT e complicações relacionadas.
Título: Whole blood transcriptional profiles and the pathogenesis of tuberculous meningitis
Resumo: BackgroundMortality and morbidity from tuberculous meningitis (TBM) are frequent and strongly associated with the inflammatory response to Mycobacterium tuberculosis infection. However, the mechanisms driving the associations are uncertain. We sought to identify the gene modules, hubs and pathways associated with the pathogenesis and mortality from TBM, and to identify which best-predicted death. MethodsWe used whole blood RNA sequencing to obtain transcriptional profiles from 281 Vietnamese adults with TBM (207 HIV-negative; 74 HIV-positive), 295 with pulmonary TB (PTB), and 30 healthy controls. The TBM cohort was divided randomly into a discovery cohort (n=142) and a validation cohort (n=139). Weighted gene co-expression network analysis identified clusters of genes (or modules) and hub genes associated with death or disease severity. An overrepresentation analysis identified pathways associated with TBM mortality, with a consensus analysis identifying consensual patterns between HIV-positive and HIV-negative individuals. A multivariate elastic-net Cox regression model selected the candidate predictors of TBM mortality, then model prediction performance using logistic regression and internal bootstrap validation to choose best predictors. ResultsOverall, TBM mortality was associated with increased neutrophil activation and decreased T and B cell activation pathways. Death from TBM was associated with increased angiogenesis in HIV-positive adults, and with activated TNF signaling and down-regulated extracellular matrix organization in HIV-negative adults. PTB and TBM have similar transcriptional profiles compared to healthy controls, although inflammatory genes were more activated in HIV-positive than HIV-negative TBM. The expression of four hub genes - MCEMP1, NELL2, ZNF354C and CD4 - were strongly predictive of death from TBM (AUC 0.80 and 0.86 for HIV-negative and HIV-positive, respectively). ConclusionsWhole blood transcriptional profiling revealed that TBM is associated with a characteristic systemic inflammatory response, similar to that invoked by pulmonary tuberculosis, but with key gene modules, hubs and pathways strongly associated with death. Our analysis suggests a novel 4-gene biomarker for predicting death from TBM, but also opens a new window into TBM pathogenesis that may reveal novel therapeutic targets for this lethal disease.
Autores: Nguyen TT Thuong, H. T. Hai, L. T. H. Nhat, T. T. B. Tram, D. D. Vinh, A. P. Nath, J. Donovan, N. T. A. Thu, D. V. Thanh, N. D. Bang, D. T. M. Ha, N. H. Phu, H. D. T. Nghia, L. H. Van, M. Inouye, G. E. Thwaites
Última atualização: 2024-02-29 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.06.561265
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.06.561265.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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