Melhorando a Previsão de Reatividade Molecular com Novo Método de Aprendizado
Uma nova abordagem melhora as previsões de reações químicas usando aprendizado de máquina.
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Índice
- O Problema com as Abordagens Tradicionais
- A Necessidade de Pré-treinamento
- Apresentando uma Nova Abordagem
- Como a Abordagem Funciona
- A Validação da Nova Abordagem
- Previsão de Rendimentos
- Previsão de Regiosseletividade
- Seleção de Escopo de Substrato
- Entendendo os Resultados
- Aprendendo com o Viés Humano
- Desafios e Direções Futuras
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Na área da química, entender como as moléculas se comportam e reagem é crucial. Esse conhecimento pode ajudar em várias áreas, desde o desenvolvimento de novos medicamentos até a criação de materiais melhores. Uma maneira de estudar o comportamento molecular é usar Aprendizado de Máquina, que permite que os computadores analisem dados e encontrem padrões por conta própria.
Mas, quando se trata de pequenas moléculas orgânicas, como aril haletos, encontramos desafios. Os métodos tradicionais usados em química costumam depender de conhecimento prévio e propriedades selecionadas manualmente. Isso significa que os pesquisadores têm que entender as características importantes das moléculas antes de poderem usar o aprendizado de máquina de forma eficaz.
O processo de aprendizado muitas vezes exige muitos dados. Em casos onde não há dados suficientes disponíveis, as previsões feitas por esses Modelos podem ser imprecisas. Como resultado, os pesquisadores têm procurado maneiras melhores de construir modelos que funcionem bem com menos dados, usando métodos de treinamento mais eficazes.
O Problema com as Abordagens Tradicionais
As abordagens tradicionais para entender como as moléculas reagem geralmente envolvem o uso de princípios químicos conhecidos. Os pesquisadores calculam descritores-chave, que são propriedades mensuráveis das moléculas, para construir modelos estatísticos que explicam a reatividade. Esse processo é conhecido como engenharia de características e depende muito do conhecimento existente sobre química.
No entanto, a desvantagem desse método é que ele parte do pressuposto de que há um entendimento pré-definido do que é importante para a modelagem, o que pode não ser verdade para todos os tipos de moléculas. Para pequenas moléculas orgânicas, essas propriedades podem variar bastante e depender de muitos fatores, o que torna desafiador criar modelos precisos.
O aprendizado de máquina, especialmente o aprendizado profundo, se tornou uma alternativa popular. Essas técnicas permitem que os pesquisadores deixem os modelos aprenderem diretamente dos dados sem precisar especificar todas as características de antemão. O desafio aqui é que mesmo os modelos de aprendizado de máquina podem enfrentar dificuldades quando não há dados suficientes, o que é frequentemente o caso na química orgânica.
A Necessidade de Pré-treinamento
Uma abordagem comum no aprendizado de máquina é o pré-treinamento. Isso envolve treinar um modelo em um grande conjunto de dados antes de ajustá-lo em um conjunto de dados menor e específico para a tarefa. Fazendo isso, os pesquisadores podem se beneficiar do que o modelo aprendeu inicialmente para melhorar seu desempenho em aplicações específicas.
Em outros campos, como visão computacional e processamento de linguagem natural, o pré-treinamento provou ser muito eficaz. Infelizmente, na química molecular, os métodos de pré-treinamento ainda não mostraram sucesso significativo. Isso pode ser porque as tarefas para as quais os modelos estão sendo treinados não se alinham bem com o tipo de informação necessária para reações químicas.
A incompatibilidade entre as tarefas e os requisitos do mundo real da modelagem de reatividade leva a uma menor efetividade no aprendizado de representação molecular. Os modelos podem aprender a reconhecer padrões em dados que não são relevantes para o comportamento químico, tornando-os menos úteis.
Apresentando uma Nova Abordagem
Para melhorar a situação, propomos uma nova estratégia de pré-treinamento chamada aprendizado contrastivo de escopo de substrato. Esse método foca em aprender representações de moléculas que estejam alinhadas com a reatividade química, aproveitando melhor as fontes de dados existentes.
A ideia é simples: moléculas que têm reatividade semelhante devem ter representações numéricas semelhantes. Treinando o modelo para reconhecer essas semelhanças, podemos aprimorar sua capacidade de prever como novas moléculas vão reagir em certas condições.
Nos concentramos em um grupo específico de moléculas conhecidas como aril haletos. Essas são uma classe de compostos que contêm átomos de carbono e halógenos, e são comuns em várias reações químicas. Analisando um grande conjunto de dados de reações de aril haletos, podemos aprender padrões de reatividade que podem ser aplicados a outras tarefas.
Como a Abordagem Funciona
O método funciona criando agrupamentos simples de reações que compartilham um quadro comum-conhecido como tabelas de escopo de substrato. Essas tabelas listam vários substratos e seus resultados de reações observados. Em vez de depender dos modelos tradicionais que assumem que todos os dados são igualmente úteis, nós oferecemos um aprendizado direcionado ao olhar especificamente para essas tabelas.
No nosso modelo, tratamos dois tipos de moléculas no treinamento: amostras positivas que pertencem ao mesmo escopo e amostras negativas que não compartilham semelhanças em termos de reatividade. Isso ajuda o modelo a aprender a diferenciar entre formas de dados que exibem Reatividades diferentes.
O processo de treinamento então aproxima as representações semelhantes e afasta as diferentes, o que refina a compreensão do modelo sobre as interações em nível atômico. Esse método ajuda o modelo a focar nos centros reativos chave nas moléculas, em vez de vê-las como entidades inteiras.
A Validação da Nova Abordagem
Para confirmar a eficácia do nosso novo método, testamos em várias aplicações relevantes para reações químicas, como prever rendimentos e determinar seletividade em transformações químicas.
Previsão de Rendimentos
Em um caso, aplicamos nosso modelo aprendido para prever o rendimento da reação de diferentes brometos de arila em reações específicas. Analisando dados passados, nosso modelo conseguiu fazer previsões precisas mesmo em situações onde havia dados limitados disponíveis de estudos recentes.
Quando comparado com métodos tradicionais que dependiam de princípios ou descritores conhecidos, nossa abordagem alcançou resultados comparáveis ou até melhores. Isso indicou que aprender com as tabelas de escopo de substrato pode fornecer insights valiosos para rendimentos de reações.
Previsão de Regiosseletividade
Também examinamos quão bem nosso modelo poderia prever a regioseletividade, que se refere a onde uma reação ocorre em uma molécula. Nesse caso, focamos em reações envolvendo polifluoronitrobenzenos e usamos nossas representações para identificar quais áreas das moléculas eram mais propensas a serem reativas.
O modelo conseguiu identificar áreas que os dados experimentais confirmaram como reativas. Isso destaca o valor de usar representações direcionadas para entender o comportamento químico de maneira mais precisa, ajudando a distinguir entre os sites reativos intimamente relacionados.
Seleção de Escopo de Substrato
Outra área onde nossa abordagem mostra potencial é na seleção de conjuntos diversos de substratos para mais pesquisas. Agrupando os brometos de arila disponíveis, podemos escolher exemplos representativos de cada grupo, garantindo que uma ampla variedade de reatividades seja coberta. Isso pode ajudar os pesquisadores a focar seu trabalho experimental nos candidatos mais promissores.
Entendendo os Resultados
Os resultados dos nossos experimentos apoiam a hipótese de que as tabelas de escopo de substrato, apesar de serem pequenas e tendenciosas, fornecem insights significativos sobre o comportamento molecular.
Aprendendo com o Viés Humano
Métodos anteriores costumavam ver o viés humano na seleção de substratos como uma desvantagem. Nossa abordagem, no entanto, aproveita esse viés como uma vantagem. Reconhecendo que certos substratos são reportados com mais frequência devido aos seus resultados bem-sucedidos, podemos extrair padrões significativos que seriam benéficos para o treinamento do modelo.
Usando esse método, confirmamos que as representações aprendidas se alinham com princípios químicos estabelecidos. Além disso, encontramos que nossa abordagem se adapta bem a diferentes tarefas, demonstrando sua versatilidade e eficácia em aplicações do mundo real.
Desafios e Direções Futuras
Embora nossa abordagem tenha mostrado muitos benefícios, é essencial notar que prever a reatividade química continua sendo um desafio complexo. Nosso modelo pode não ser sempre perfeito, e há casos em que moléculas com representações semelhantes não se comportam de maneira similar nas reações.
A suposição de que todas as moléculas não reportadas nas tabelas de escopo são menos semelhantes também pode simplificar a realidade. Além disso, garantir que nosso processo de treinamento permaneça estável e eficaz é um desafio que devemos continuar a enfrentar.
Olhando para o futuro, ainda há muito trabalho a ser feito para refinar esses métodos de pré-treinamento. Esperamos que essa abordagem inovadora possa servir como base para uma melhor representação molecular na pesquisa química.
Conclusão
Em resumo, aprender como as moléculas reagem de forma eficiente é crítico na área da química. Nossa nova abordagem de pré-treinamento, aprendizado contrastivo de escopo de substrato, oferece uma nova perspectiva sobre o uso de dados existentes para melhorar a forma como modelamos a reatividade química.
Ao utilizar tabelas de escopo de substrato, podemos criar modelos que prevêem o comportamento de forma mais precisa, especialmente em ambientes com poucos dados. Esse método oferece uma maneira prática de aprimorar nossa compreensão das interações químicas por meio do aprendizado de máquina, levando, em última análise, a previsões melhores e avanços na área.
À medida que continuamos a refinar essa abordagem e superar desafios, esperamos que ela contribua significativamente para o crescimento do aprendizado de representação molecular na química e melhore nossa capacidade de desenvolver novos processos e produtos químicos.
Título: Substrate Scope Contrastive Learning: Repurposing Human Bias to Learn Atomic Representations
Resumo: Learning molecular representation is a critical step in molecular machine learning that significantly influences modeling success, particularly in data-scarce situations. The concept of broadly pre-training neural networks has advanced fields such as computer vision, natural language processing, and protein engineering. However, similar approaches for small organic molecules have not achieved comparable success. In this work, we introduce a novel pre-training strategy, substrate scope contrastive learning, which learns atomic representations tailored to chemical reactivity. This method considers the grouping of substrates and their yields in published substrate scope tables as a measure of their similarity or dissimilarity in terms of chemical reactivity. We focus on 20,798 aryl halides in the CAS Content Collection spanning thousands of publications to learn a representation of aryl halide reactivity. We validate our pre-training approach through both intuitive visualizations and comparisons to traditional reactivity descriptors and physical organic chemistry principles. The versatility of these embeddings is further evidenced in their application to yield prediction, regioselectivity prediction, and the diverse selection of new substrates. This work not only presents a chemistry-tailored neural network pre-training strategy to learn reactivity-aligned atomic representations, but also marks a first-of-its-kind approach to benefit from the human bias in substrate scope design.
Autores: Wenhao Gao, Priyanka Raghavan, Ron Shprints, Connor W. Coley
Última atualização: 2024-02-18 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2402.16882
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2402.16882
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao arxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://github.com/wenhao-gao/substrate_scope_contrastive_learning/tree/main
- https://pubs.acs.org/page/jcisd8/submission/authors.html
- https://pubs.acs.org/paragonplus/submission/jcisd8/jcisd8_authguide.pdf
- https://pubs.acs.org/paragonplus/submission/jcisd8/jcisd8_checklist.pdf
- https://pubs.acs.org/pb-assets/acspubs/Migrated/jcisd8_tocgraphic.pdf
- https://pubs.acs.org/paragonplus/submission/acs_step-by-step_guide_to_manuscript_submission.pdf
- https://github.com/asdf