Melhorando Anotações de IA em Imagens Médicas
Novos métodos melhoram a qualidade das anotações geradas por IA em imagens médicas.
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Índice
- A Necessidade de Anotações
- IA na Anotação
- Métodos Propostos de Controle de Qualidade
- Visualização Interativa dos Resultados
- Página de Resumo
- Página de Gráficos
- Avaliando os Volumes das Costelas Esquerda e Direita
- Consistência de Volume Dentro do Paciente
- Comparação com Estudos Populacionais
- Limitações das Heurísticas
- Direções Futuras
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
A imagem médica é super importante pra diagnosticar e tratar doenças. Mas um grande desafio é criar anotações detalhadas pra grandes conjuntos de dados de imagem médica, que são necessárias pra uma análise melhor dos pacientes. Fazer essas anotações manualmente dá um trabalho danado e ainda tem a questão das inconsistências na hora de rotular as imagens, já que cada médico pode fazer de um jeito. Pra ajudar nisso, tão usando inteligência artificial (IA) pra gerar essas anotações de forma automática. Mesmo assim, muitas anotações geradas por IA não têm validação de especialistas, o que gera dúvidas sobre a precisão delas.
Como resposta a isso, foi liberado um novo conjunto de dados, que inclui anotações e características de vários órgãos estudados em um grande teste de triagem de câncer de pulmão. Embora o conjunto de dados seja valioso, ele não tem anotações verificadas por especialistas e avaliações da precisão das segmentações feitas pela IA. Isso limita seu uso prático. Pra resolver esse problema, a gente sugere métodos pra avaliar a qualidade das segmentações geradas pela IA, oferecendo ferramentas pra medir quão consistentes são as anotações e comparar os resultados com a literatura existente.
A Necessidade de Anotações
Os conjuntos de dados de imagem médica são essenciais pra pesquisa e cuidado dos pacientes. Quando esses conjuntos não têm anotações claras, fica difícil usar eles de forma eficaz. Conjuntos grandes, como os de triagens de pulmão, têm milhares de exames, tornando a Anotação manual impraticável. Modelos de IA mostraram potencial pra rotular automaticamente diferentes estruturas anatômicas e patológicas em imagens médicas, incluindo técnicas avançadas que conseguem lidar com múltiplos tipos de imagem como tomografia e ressonância magnética.
Apesar do avanço nos métodos de rotulação por IA, muitos conjuntos de dados disponíveis publicamente ainda estão sem anotações adequadas. Uma fonte importante de dados de imagem vem de um grande teste de triagem de câncer de pulmão, que contém tomografias extensas de milhares de pacientes. Até recentemente, esses exames não tinham rótulos, o que tornava desafiador usar essa riqueza de dados de forma eficaz.
IA na Anotação
Pra melhorar a utilidade desses grandes conjuntos de dados, modelos de IA como o TotalSegmentator foram desenvolvidos. Esse modelo consegue anotar uma variedade grande de estruturas anatômicas em tomografias, facilitando o processo de gerar anotações de forma mais rápida e fácil. Porém, mesmo com esses avanços, grandes partes dos conjuntos de dados disponíveis publicamente ainda carecem de anotações abrangentes. Essas lacunas significam que os pesquisadores ainda dependem de revisões manuais pra garantir a precisão.
A quantidade de segmentações geradas por IA traz desafios práticos na hora de confirmar a correção delas. A maioria das metodologias existentes pra analisar esses resultados foca em comparar as segmentações geradas com anotações de especialistas ou verdades de referência, que muitas vezes estão ausentes. Essa situação levanta a necessidade de maneiras mais simples de avaliar a qualidade das segmentações sem depender estritamente da validação de especialistas.
Métodos Propostos de Controle de Qualidade
Como resposta à necessidade de uma supervisão melhor das anotações geradas por IA, a gente propõe o uso de Heurísticas simples pra checar a qualidade delas. O objetivo é ajudar a identificar falhas e avaliar o desempenho das segmentações. Essas heurísticas não dependem de técnicas avançadas de aprendizado de máquina, tornando-as potencialmente aplicáveis a diversos conjuntos de dados além das instâncias específicas avaliadas.
As heurísticas se concentram em critérios específicos:
- Completação da Segmentação: Garantir que a segmentação cubra toda a anatomia relevante e não esteja cortada por conta dos limites do exame.
- Componentes Conectados: Cada estrutura anatômica deve idealmente ser representada como uma peça contínua na segmentação.
- Lateralidade Correta: O modelo deve identificar corretamente de qual lado (esquerdo ou direito) do corpo uma determinada estrutura pertence.
- Volume Mínimo: O volume da área segmentada deve atender a um limite pra evitar rotular artefatos menores como verdadeiras estruturas anatômicas.
Essas heurísticas ajudam a filtrar segmentos que podem ser não confiáveis ou incorretos, melhorando a qualidade geral do conjunto de dados.
Visualização Interativa dos Resultados
Pra tornar a análise dos resultados das segmentações geradas pela IA mais acessível, a gente desenvolveu um painel de controle amigável. Esse painel oferece ferramentas pros pesquisadores explorarem os dados e avaliarem os resultados das heurísticas de forma eficaz. O painel tem duas seções principais: uma página de resumo e uma página de gráficos.
Página de Resumo
A página de resumo do painel oferece uma visão geral de quantos segmentos passaram por cada heurística. Os usuários podem facilmente identificar quais segmentações podem ser problemáticas. Ao organizar a tabela, os pesquisadores podem focar em áreas específicas de interesse.
Página de Gráficos
A página de gráficos apresenta visualizações dinâmicas que permitem aos usuários filtrar resultados com base em vários parâmetros. Dois tipos de gráficos são apresentados: gráficos de violino, que mostram quão consistentes são as medições de volume antes e depois de aplicar as heurísticas, e gráficos upset, que ilustram o número de segmentos que passaram ou não nos checagens heurísticas. Essas ferramentas visuais fornecem insights sobre a eficácia das heurísticas aplicadas.
Volumes das Costelas Esquerda e Direita
Avaliando osAs costelas estão entre as áreas que podem ter imprecisões na segmentação por conta de seu tamanho e da complexidade de sua posição. Nesse estudo, focamos nas segmentações das costelas esquerda e direita, comparando seus volumes pra avaliar a consistência. Ao calcular uma diferença normalizada entre os volumes das costelas esquerda e direita, conseguimos detectar discrepâncias significativas.
Ao aplicar as heurísticas, percebemos que filtrar segmentos melhorou a consistência das medições de volume das costelas. Cada heurística ajudou a refinar os dados, levando a uma redução na variabilidade das medições. Isso ilustra como empregar medidas de controle de qualidade pode aumentar a confiabilidade das anotações geradas por IA.
Consistência de Volume Dentro do Paciente
Pra analisar ainda mais a eficácia das heurísticas, avaliamos a consistência das medições de volume dentro de pacientes individuais. Cada paciente passou por múltiplos exames ao longo de vários anos, e esperávamos alguma variabilidade nos volumes extraídos. Ao calcular o desvio padrão dos volumes de cada paciente, comparamos a consistência antes e depois de aplicar as heurísticas.
Após a aplicação das heurísticas, houve uma redução notável na variabilidade dos volumes, sugerindo que os filtros ajudaram a remover séries problemáticas. Enquanto as heurísticas melhoraram a consistência, alguns outliers permaneceram, indicando que as medidas não são perfeitas, mas ainda assim valiosas.
Comparação com Estudos Populacionais
As medições de volume das vértebras foram comparadas com a literatura existente pra verificar a precisão e confiabilidade das segmentações geradas pela IA. Focando nas vértebras torácicas, observamos distribuições de volumes que estavam bem alinhadas com os achados estabelecidos. Essa comparação foi crucial pra avaliar se o modelo de IA capturou com precisão as características anatômicas de interesse.
Ao analisar os resultados, notamos que nossas medições diferiam das de estudos anteriores devido às especificidades de como os volumes foram definidos. Enquanto nossa abordagem considerou o volume de toda a vértebra, estudos passados muitas vezes focaram apenas no corpo vertebral, criando discrepâncias nos achados. Essa compreensão destaca a importância de definir parâmetros de medição claramente ao interpretar os resultados.
Limitações das Heurísticas
Embora as heurísticas propostas ofereçam uma maneira valiosa de avaliar a qualidade da segmentação, elas têm limitações. Por exemplo, a heurística de completude da segmentação pode classificar incorretamente segmentações de um único voxel como completas. Além disso, as medidas podem não ser adequadas pra todas as estruturas anatômicas, especialmente aquelas que ocupam áreas grandes.
A verificação de componentes conectados pode gerar falsos positivos se uma segmentação tiver alguns voxels isolados, mesmo que ainda seja precisa em geral. Da mesma forma, a heurística de lateralidade mostra bom desempenho, mas pode não pegar erros em algoritmos de IA menos robustos. Além disso, nenhuma das heurísticas avalia quão bem a segmentação se alinha às reais bordas das estruturas anatômicas, indicando uma necessidade de métodos de validação mais completos.
Direções Futuras
Apesar das limitações, as heurísticas propostas representam um avanço significativo no controle de qualidade das segmentações geradas por IA. Existem muitas oportunidades de melhoria tanto nos métodos quanto nas ferramentas interativas. Por exemplo, integrar limites definidos pelo usuário com base nas especificidades anatômicas poderia melhorar as verificações de completude. Incluir características radiômicas mais avançadas poderia ampliar o escopo da análise.
Além disso, o painel poderia se beneficiar de um sistema de filtragem mais flexível pra permitir análises comparativas entre várias estruturas e características ao mesmo tempo. Ao melhorar a experiência do usuário e expandir funcionalidades, o painel pode servir como uma plataforma robusta pra pesquisadores que exploram conjuntos de dados complexos.
Conclusão
O desenvolvimento de heurísticas simples oferece uma abordagem prática pra avaliar a qualidade das segmentações geradas por IA em imagens médicas. Ao focar na completude, conectividade, lateralidade e limites de volume, os pesquisadores podem identificar e resolver imprecisões em grandes conjuntos de dados. Isso não só apoia a análise automatizada, mas também reduz a carga dos processos de revisão manual.
Por meio do painel interativo, os usuários podem visualizar e avaliar facilmente o impacto das heurísticas nos resultados de segmentação. Embora desafios permaneçam, esses métodos abrem caminho pra uma qualidade de dados melhor em imagem médica, promovendo análises mais confiáveis e melhores resultados pra os pacientes. O desenvolvimento contínuo dessas ferramentas pode levar a avanços significativos no campo, incentivando mais pesquisas e explorações nas aplicações de aprendizado profundo em contextos médicos.
Título: Rule-based outlier detection of AI-generated anatomy segmentations
Resumo: There is a dire need for medical imaging datasets with accompanying annotations to perform downstream patient analysis. However, it is difficult to manually generate these annotations, due to the time-consuming nature, and the variability in clinical conventions. Artificial intelligence has been adopted in the field as a potential method to annotate these large datasets, however, a lack of expert annotations or ground truth can inhibit the adoption of these annotations. We recently made a dataset publicly available including annotations and extracted features of up to 104 organs for the National Lung Screening Trial using the TotalSegmentator method. However, the released dataset does not include expert-derived annotations or an assessment of the accuracy of the segmentations, limiting its usefulness. We propose the development of heuristics to assess the quality of the segmentations, providing methods to measure the consistency of the annotations and a comparison of results to the literature. We make our code and related materials publicly available at https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults and interactive tools at https://huggingface.co/spaces/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults.
Autores: Deepa Krishnaswamy, Vamsi Krishna Thiriveedhi, Cosmin Ciausu, David Clunie, Steve Pieper, Ron Kikinis, Andrey Fedorov
Última atualização: 2024-06-20 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2406.14486
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2406.14486
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao arxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults
- https://huggingface.co/spaces/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults
- https://github.com/streamlit/streamlit
- https://ribfrac.grand-challenge.org/dataset
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/blob/main/part2_exploratoryAnalysis.ipynb
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/blob/main/part1_derivedDataGenerator.ipynb
- https://console.cloud.google.com/marketplace/product/bigquery-public-data/nci-idc-data
- https://cloud.google.com/healthcare-api/docs/how-tos/dicom-bigquery-streaming
- https://dockstore.org/myworkflows/github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentator/perFrameFunctionalGroupSequenceExtractionOnTerra
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/nlst_totalseg_perframe.parquet
- https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/radiomics.html#module-radiomics.generalinfo
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/json_radiomics.parquet.parquet
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/bodyPartAndLaterality.parquet
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/segmentation_completeness_table.parquet
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/laterality_check_table.parquet
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/qual_checks_table.parquet
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/flat_quantitative_measurements.parquet
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/download/0.0.1/qual_checks_and_quantitative_measurements.parquet
- https://github.com/ImagingDataCommons/CloudSegmentatorResults/releases/tag/0.0.1