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Melhorando a Segmentação de Imagens Médicas com DeepEdit

DeepEdit melhora a precisão da segmentação de imagens médicas 3D, juntando automação e input do usuário.

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Índice

No campo da imagem médica, o processo de identificar e contornar partes específicas das imagens, conhecido como segmentação, é super importante. Isso é ainda mais verdade para imagens 3D de exames como ressonâncias magnéticas ou tomografias. O problema é que criar essas segmentações dá um trabalho danado e leva muito tempo para os profissionais treinados. Muitas vezes, eles precisam passar por um monte de imagens pra rotulá-las direitinho. Esse processo pode ser chato e nem sempre é preciso.

A Necessidade de Uma Segmentação Melhor

Métodos de Segmentação Automática ajudam a acelerar o processo, mas ainda precisam de muitos exemplos rotulados corretamente pra funcionarem bem. Esses métodos usam algoritmos de computador avançados pra identificar diferentes partes de uma imagem. Mas, as variações entre pacientes, as diferenças na maneira como as imagens são feitas e as limitações nos dados de treinamento disponíveis podem levar a erros. Por isso, muita gente pesquisando formas de melhorar esses sistemas automáticos.

Apresentando o DeepEdit

O DeepEdit é um novo método feito pra facilitar e tornar a segmentação de Imagens Médicas 3D mais precisa. Esse método combina duas abordagens: segmentação automática e segmentação semi-automática que envolve a interação do usuário. Isso significa que os usuários podem refinar os resultados quando necessário, deixando tudo mais flexível e fácil de usar.

Como o DeepEdit Funciona

O DeepEdit funciona de três maneiras diferentes:

  1. Segmentação Automática: Pode rodar sem nenhum input do usuário, oferecendo uma segmentação totalmente automatizada. Isso dá um bom ponto de partida.

  2. Segmentação Semi-Automática: Os usuários podem clicar em partes da imagem pra guiar o computador, ajudando a tomar melhores decisões durante o processo de segmentação.

  3. Refinamento: Depois que uma segmentação inicial é feita, os usuários podem clicar pra editar e refinar os resultados, deixando a saída mais precisa.

Esse novo método usa uma mistura de estilos de treinamento, alguns que não dependem da interação do usuário e outros que simulam cliques pra dar uma ajudinha pro computador.

Benefícios do DeepEdit

Usar o DeepEdit pode economizar muito tempo pros clínicos e pesquisadores médicos. Como ele permite tanto a segmentação automática quanto a guiada pelo usuário, pode reduzir a carga de trabalho total de anotar imagens médicas. Essa eficiência pode levar a diagnósticos mais rápidos e melhor cuidado dos pacientes.

Integração de Aprendizado Ativo

O DeepEdit também pode se conectar com estratégias de aprendizado ativo. Isso significa que ao processar novas imagens, ele pode identificar as que estão mais incertas e focar nelas primeiro. Isso ajuda a melhorar seu aprendizado e eficiência ao longo do tempo.

Avaliação de Desempenho

Pra testar como o DeepEdit funciona, ele foi avaliado em dois conjuntos de dados diferentes. O primeiro conjunto focou em câncer de próstata, analisando tanto a próstata inteira quanto lesões específicas. O segundo conjunto envolveu segmentar diferentes órgãos abdominais.

Tarefas de Segmentação da Próstata

Nos experimentos de segmentação da próstata, os resultados mostraram que o DeepEdit conseguiu uma alta precisão em identificar tanto a próstata quanto as lesões dentro dela. Diferentes configurações foram testadas pra ver como usar menos interação do usuário (cliques) afetava o desempenho. Os achados indicaram que ter algum input do usuário melhorou significativamente os resultados da segmentação.

Segmentação de Órgãos Abdominais

Nos experimentos sobre órgãos abdominais, o DeepEdit mostrou que podia segmentar os órgãos com precisão usando uma configuração semelhante. Novamente, a combinação de processamento automático com cliques do usuário levou a melhores resultados comparados aos métodos tradicionais.

Interação do Usuário e Simulação de Cliques

Uma característica chave do DeepEdit é como ele incorpora a interação do usuário. Ele simula cliques pra treinar o sistema melhor, permitindo que aprenda com o input do usuário mesmo quando a interação real não tá disponível. Essa característica torna o DeepEdit capaz de lidar com tarefas de segmentação complexas que não são tão simples.

Flexibilidade do DeepEdit

O DeepEdit pode lidar com múltiplos tipos de tarefas de segmentação ao mesmo tempo. Essa flexibilidade é particularmente benéfica em cenários clínicos onde diferentes tipos de estruturas precisam ser identificadas em uma única imagem ou em uma série de imagens. Os clínicos podem usar esse método não só pra tarefas atuais, mas também pra futuras, economizando tempo e recursos.

Conclusão

O DeepEdit representa um avanço significativo na área de segmentação de imagens médicas. Ao combinar abordagens automáticas e guiadas pelo usuário, ele oferece uma solução robusta pros clínicos que buscam melhorar seu fluxo de trabalho. A capacidade de lidar com várias tarefas de segmentação ao mesmo tempo e incorporar aprendizado ativo ainda aumenta seu valor na imagem médica.

Com o DeepEdit, os profissionais de saúde podem esperar uma melhor precisão na análise de imagens, menos tempo gasto em segmentação manual e, no fim das contas, melhores resultados pros pacientes. O desenvolvimento contínuo e o refinamento de ferramentas assim são cruciais pra avançar a tecnologia médica e garantir que os provedores de saúde tenham os melhores recursos disponíveis.

Fonte original

Título: DeepEdit: Deep Editable Learning for Interactive Segmentation of 3D Medical Images

Resumo: Automatic segmentation of medical images is a key step for diagnostic and interventional tasks. However, achieving this requires large amounts of annotated volumes, which can be tedious and time-consuming task for expert annotators. In this paper, we introduce DeepEdit, a deep learning-based method for volumetric medical image annotation, that allows automatic and semi-automatic segmentation, and click-based refinement. DeepEdit combines the power of two methods: a non-interactive (i.e. automatic segmentation using nnU-Net, UNET or UNETR) and an interactive segmentation method (i.e. DeepGrow), into a single deep learning model. It allows easy integration of uncertainty-based ranking strategies (i.e. aleatoric and epistemic uncertainty computation) and active learning. We propose and implement a method for training DeepEdit by using standard training combined with user interaction simulation. Once trained, DeepEdit allows clinicians to quickly segment their datasets by using the algorithm in auto segmentation mode or by providing clicks via a user interface (i.e. 3D Slicer, OHIF). We show the value of DeepEdit through evaluation on the PROSTATEx dataset for prostate/prostatic lesions and the Multi-Atlas Labeling Beyond the Cranial Vault (BTCV) dataset for abdominal CT segmentation, using state-of-the-art network architectures as baseline for comparison. DeepEdit could reduce the time and effort annotating 3D medical images compared to DeepGrow alone. Source code is available at https://github.com/Project-MONAI/MONAILabel

Autores: Andres Diaz-Pinto, Pritesh Mehta, Sachidanand Alle, Muhammad Asad, Richard Brown, Vishwesh Nath, Alvin Ihsani, Michela Antonelli, Daniel Palkovics, Csaba Pinter, Ron Alkalay, Steve Pieper, Holger R. Roth, Daguang Xu, Prerna Dogra, Tom Vercauteren, Andrew Feng, Abood Quraini, Sebastien Ourselin, M. Jorge Cardoso

Última atualização: 2023-05-17 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2305.10655

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2305.10655

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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