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# 計量生物学# ソフト物性# 組織と臓器

新しいモデルが組織層のダイナミクスを説明する

研究は、簡略化されたモデルを通じて組織層における細胞の挙動に関する洞察を提供します。

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目次

私たちの体の組織は、細胞からできていて、それが一緒に動いて働いているんだ。この動きは、傷を癒したり腫瘍が成長したりするような多くの生物学的プロセスにとって重要なんだ。科学者たちは、これらの細胞がどのように振る舞うかをシミュレーションするモデルを作っていて、その中でも人気なのがアクティブバーテックスモデル(AVM)なんだ。このモデルは、組織がどのように流動的になったり特定の形を形成したりするかを理解するのに役立つ。でも、組織全体を明確でしっかりと表現する方法はまだ必要なんだ。

この研究では、研究者たちが細胞のフラットな層、モノレイヤーを、ポアソンブラケットという数学的アプローチを使ってバーテックスモデルを簡略化することで、広い説明を開発したんだ。彼らは細胞の密度、細胞の移動速度、細胞の形を説明する方程式を作った。そして、細胞のさまざまな安定状態や、ストレスがかかったときの振る舞いについて調査したんだ。この研究の成果は、組織内の流体の動きが細胞の形とどのように相互作用するかを明確にするのに役立つんだ。

物理的な観点から見ると、組織はかなり複雑なんだ。それを構成する細胞はアクティブで、エネルギーを使ってお互いに力をかけ合っているんだ。細胞は、接続を作るタンパク質を通じてくっついていて、コミュニケーションや力の共有をし合っている。形状の変化や細胞分裂、再配置などのさまざまなプロセスが、組織の構造に大きな変化をもたらす。多くの研究者が、これらの個々の細胞の活動が、特に傷の治癒や癌の成長において、全体的な動きや変形にどのように関係するかを理解しようと取り組んできた。でも、組織がどのように振る舞うかをしっかりと把握するのは、物理学と生物学の間の大きな挑戦でもあるんだ。

この研究の目的は、皮膚層を形成する細胞のようなフラットな組織層の明確な説明を作ることだったんだ。細胞が隙間なくはまるネットワークとして組織を説明するモデルはすでに存在していて、バーテックスモデルやボロノイモデルがあるんだけど、これらは泡の振る舞いを説明するのに役立ってきたんだ。興味深いことに、これらのモデルは、組織が堅固な状態からより流体的な状態に変化するポイントがあることを示していて、これは実際の実験でも観察されているんだ。研究者たちは、バーテックスモデルのダイナミクスを、持っているエネルギーに基づいて簡略化するためにポアソンブラケット法を使ったんだ。

研究者たちは、細胞の平均的な形状にリンクさせることで、細胞の流れを説明する方程式を導き出したんだ。彼らは、以前の遷移を反映する組織内の安定した構造や、組織層に剪断が加えられたときの影響も研究したんだ。

一つのセクションでは、アクティブバーテックスモデル(AVM)について話していて、これは特定の方法で配置された多角形の細胞のネットワークとして組織を説明するんだ。研究者たちは、このモデルが細胞同士のつながりを反映していることを指摘していて、これは蛍光マーカーを使って可視化されたハエの羽の細胞に似ているんだ。この可視化が、細胞をこのようにモデル化する選択をサポートしてるんだ。細胞間の相互作用は、さまざまな要素を含むエネルギー関数によって説明されるんだ。各細胞は特定の面積と周囲を持っていて、それが細胞の動きを左右するんだ。

AVMの典型的なアプリケーションでは、細胞は自己推進や隣接細胞との相互作用を含むさまざまな力に基づいて特定の動きをするんだ。でも研究者たちは、形や組織の流れに基づいてエネルギーの変化を考慮しながら、変形可能な粒子のモデルに焦点を当てて、動きの効果を直接含めないように簡略化することを目指したんだ。

この研究の目標は、AVMからのエネルギーバランスに基づいて、変形可能な粒子によって形成された流体の流れの方程式を導出することだったんだ。元のモデルとは違って、アクティブな力は含まれていなくて、代わりに流体の流れが細胞の形に与える影響に焦点を当てたんだ。この簡略化は、結果的な方程式のより広い理解を可能にするんだ。

より大きなスケールで見ると、この組織の挙動は、質量密度、運動量密度、形状密度などの平均量で表されるんだ。形状密度は細胞の形や伸びを定量化し、他の密度は細胞の位置や運動量を反映するんだ。流れの方程式を得るために、研究者たちは、モリ-ツワンジグ投影という別の数学的方法を使うか、流体力学の方程式を導出するために広く受け入れられているポアソンブラケットアプローチを使うことができるんだ。

研究者たちは、細胞の自由エネルギーを簡略化した方法で分析して、さまざまな成分に分解したんだ。彼らは、細胞の形状、サイズ、お互いの相互作用に基づいて細胞の平均自由エネルギーを見ているんだ。主要な発見は、安定した構造が最も低い自由エネルギー測定を生み出すということで、これらの状態が安定する条件も研究したんだ。

研究者たちは、周囲の要因が変わると細胞の形がどのように不安定になるかも調べたんだ。細胞の周囲が固定されているとき、これがエネルギーの安定性にどのように影響するかを観察するんだ。細胞の周辺と面積のバランスを表現する特定の形状指数があって、この指数が臨界値を超えると、細胞は安定した規則的な形を失って不規則になることが分かっているんだ。

組織内の均質な相の安定性を見たとき、研究者たちは自由エネルギーの方程式が、細胞が同じ形の均質相が不安定になる2つの方法につながることを発見したんだ。1つ目の方法は負の線張力で、これが細胞をより複雑な形に導くんだ。2つ目の方法は、特定の条件が満たされると均質相が不安定になり、不規則な形になるというものなんだ。

研究者たちはまた、運動の寄与が方程式にどのように加えられるかを見直したんだ。運動係数の変化は、組織の力学やダイナミクスに関連する特性を保持したまま新しい方程式の形をもたらすんだ。この方程式は、モノレイヤーがさまざまな安定した構造を維持できる方法や、これらの構造が圧力や流れのような異なる物理的パラメータにどのように関連しているかを反映しているんだ。

彼らはまた、組織が剪断流の下でどのように応答するかを研究したんだ。これは、組織が横方向の力を受ける状態なんだ。一定の剪断流は、組織の振る舞いを定義する方程式を調整することで説明できるんだ。彼らは、剪断が組織層で以前に観察された安定性の遷移にどのように影響するかを理解しようとしたんだ。

最後に、この研究の結論は、導出された方程式が細胞のモノレイヤーを説明するのに役立ち、単一細胞の力学を大きな組織の振る舞いに結びつけることを強調しているんだ。この研究は、さまざまな生物学的シナリオで組織がどのように機能するかを調査するための基盤を築いていて、異なるパラメータが空間を跨いでどのように変化するかや、異なる種類の組織間の境界がどのように相互作用するかを探求しているんだ。

さらに、この研究は将来的には、実際の細胞活動をよりよく反映するために細胞のアクティブな動きを方程式に含めることに焦点を当てるべきだとも示唆しているんだ。この発見は、組織の力学に関する重要な洞察を提供していて、組織内の細胞がどのようにダイナミックに一緒に働くかを理解する手助けをしているんだ。

オリジナルソース

タイトル: Coarse-graining the vertex model and its response to shear

概要: Tissue dynamics and collective cell motion are crucial biological processes. Their biological machinery is mostly known, and simulation models such as the "active vertex model" (AVM) exist and yield reasonable agreement with experimental observations like tissue fluidization or fingering. However, a good and well-founded continuum description for tissues remains to be developed. In this work we derive a macroscopic description for a two-dimensional cell monolayer by coarse-graining the vertex model through the Poisson bracket approach. We obtain equations for cell density, velocity and the cellular shape tensor. We then study the homogeneous steady states, their stability (which coincides with thermodynamic stability), and especially their behavior under an externally applied shear. Our results contribute to elucidate the interplay between flow and cellular shape. The obtained macroscopic equations present a good starting point for adding cell motion, morphogenetic and other biologically relevant processes.

著者: Gloria Triguero-Platero, Falko Ziebert, Luis L. Bonilla

最終更新: 2023-02-08 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://arxiv.org/abs/2302.04111

ソースPDF: https://arxiv.org/pdf/2302.04111

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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