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# 計量生物学# 定量的手法# 機械学習

機械学習を活用した薬の発見の進展

新しい方法で、異なる領域からのデータを組み合わせて薬の開発における予測が向上したよ。

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AIを使った新しい薬の発見AIを使った新しい薬の発見方法予測を改善する。機械学習は革新的なデータ統合を通じて薬の
目次

最近、科学者たちは新しい薬の発見方法を効率的に探してる。ひとつの有望な方法は、何百万もの異なる化学化合物を探究・分析できるコンピュータモデルを使うこと。この方法は、病気の新しい治療法を開発する際に時間やリソースを節約できるんだ。

薬の発見における機械学習の役割

機械学習は、データからコンピュータが学ぶのを助ける人工知能の一種。薬の発見において、科学者は機械学習を使って異なる化合物がどう働くか予測できる。化学的特性を調べることで、研究者はどの化合物が薬として効果を持つかをよりよく理解できる。ただ、信頼できるモデルを作るには、既知の化合物とその効果に関する大きなデータセットが必要なんだ。すべての化合物が実験室でテストされているわけじゃないから、これは難題だね。

データの重要性

データはどんな科学研究においても重要、特に薬の発見ではね。研究者は、特定の化合物の性能に関する既存のデータセットに頼ることが多い。ただ、高品質なデータの可用性は、異なる分野で大きく異なることがある。例えば、化合物がバクテリアに与える影響に関してはデータを集めやすいけど、真菌や他の生物には難しいこともある。ここで、研究者がどうやって限られたデータの中で持っているデータを最大限に活用し、化合物の働きを予測できるかっていう重要な問題が浮かび上がる。

2つの領域を使った効果の予測

この課題に対処するために、科学者たちは転移学習と呼ばれる技術を使える。これは、データが豊富な1つの領域から知識を取り、その知識を情報が少ない別の領域に適用するというもの。例えば、研究者はある化合物がバクテリアに与える影響についての大きなデータセットを持っているかもしれない。それを使って、その化合物が真菌に対してもどう働くかの予測を立てることができるんだ。

従来の転移学習の方法

従来の転移学習アプローチは、1つの領域のデータを使ってモデルを訓練し、それを別の領域用に微調整することに焦点を当ててきた。ただ、こうした方法は制限があることが多く、成功は両領域の複雑さによって変わることがある。

新しいアプローチ:共生メッセージ伝達ニューラルネットワーク

これらの制限に応えるために、研究者たちは共生メッセージ伝達ニューラルネットワーク(SMPNN)という新しい方法を開発した。このアプローチでは、2つの異なる領域のデータで訓練された異なるモデルがコミュニケーションを取り、一緒に働くことができる。情報交換のための新しい経路を作ることで、SMPNNは異なるデータソースから生じる潜在的な対立を解決するのを助ける。

SMPNNはどう機能するの?

SMPNNは基本的に異なる領域のモデルを組み合わせて、お互いにインサイトを共有できるようにしてる。これによって、研究者は両方のモデルの強みを活かして、化合物が特定の状況でどう働くかのより良い予測を立てられる。

SMPNNを適用する際、研究者は両方の領域からデータを集めて追加の実験を行う。こうすることで、新しいモデルが抗真菌活性を抗バクテリア活性に基づいてどれだけ正確に予測できるかを示せるんだ。

性能比較

SMPNNアプローチの有効性を確認するために、研究者たちは従来の転移学習方法と比較した。その結果、SMPNNは標準的な方法よりも、より一貫性のある正確な予測を提供することが分かった。これは、異なる領域のモデルを統合することで、化合物の挙動の予測において全体的なパフォーマンスが向上することを示唆してる。

現実の応用

この研究は主に、バクテリアデータを基に抗真菌活性を予測することに焦点を当ててる。これは重要で、バクテリアと真菌はどちらも薬の開発において重要なターゲットだから。バクテリアからの知識を活用できることで、抗真菌治療の探索を加速できるかもしれない。

SMPNNの方法は多用途で、薬の発見を超えた他の科学分野にも適用できる。たとえば、特定の生物や条件に関するデータが限られている環境科学の分野でも役立つだろう。

課題と今後の方向性

SMPNNは薬の発見とデータ統合のための有望なアプローチを示しているが、研究者が対処しなければならない課題もある。そのひとつは、両方の領域から高品質なデータが必要だってこと。 robustなデータセットがなければ、SMPNNによって行われる予測は信頼できないかもしれない。

今後の研究では、データセットを充実させ、転移学習プロセスを改善することに焦点を当てることができる。これらのモデルを洗練させ、適用範囲を広げることで、研究者たちは薬の発見を進め、治療法の開発において突破口を開く可能性がある。

結論

SMPNNの方法は、薬の発見においてエキサイティングな進展を示してる。複数の領域からのデータを融合させることで、化合物についてより正確かつ効率的な予測ができるように助ける。分野が進化し続ける中で、SMPNNのようなアプローチは新しい治療法の発見や未解決の医療問題に取り組む上で重要な役割を果たすだろう。この機械学習とデータ統合の革新は、研究者が薬の発見にアプローチする方法を今後数年間にわたって形作るかもしれない。

オリジナルソース

タイトル: Symbiotic Message Passing Model for Transfer Learning between Anti-Fungal and Anti-Bacterial Domains

概要: Machine learning, and representation learning in particular, has the potential to facilitate drug discovery by screening billions of compounds. For example, a successful approach is representing the molecules as a graph and utilizing graph neural networks (GNN). Yet, these approaches still require experimental measurements of thousands of compounds to construct a proper training set. While in some domains it is easier to acquire experimental data, in others it might be more limited. For example, it is easier to test the compounds on bacteria than perform in-vivo experiments. Thus, a key question is how to utilize information from a large available dataset together with a small subset of compounds where both domains are measured to predict compounds' effect on the second, experimentally less available domain. Current transfer learning approaches for drug discovery, including training of pre-trained modules or meta-learning, have limited success. In this work, we develop a novel method, named Symbiotic Message Passing Neural Network (SMPNN), for merging graph-neural-network models from different domains. Using routing new message passing lanes between them, our approach resolves some of the potential conflicts between the different domains, and implicit constraints induced by the larger datasets. By collecting public data and performing additional high-throughput experiments, we demonstrate the advantage of our approach by predicting anti-fungal activity from anti-bacterial activity. We compare our method to the standard transfer learning approach and show that SMPNN provided better and less variable performances. Our approach is general and can be used to facilitate information transfer between any two domains such as different organisms, different organelles, or different environments.

著者: Ronen Taub, Tanya Wasserman, Yonatan Savir

最終更新: 2023-04-14 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://arxiv.org/abs/2304.07017

ソースPDF: https://arxiv.org/pdf/2304.07017

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた arxiv に感謝します。

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