哺乳類の脳の発達におけるマイクロRNAの役割
マイクロRNAは脳細胞の発達や遺伝子発現を調節する重要な役割を果たしている。
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哺乳類の脳は、いろんなタイプの細胞が関わって複雑に発展するんだ。この中には神経前駆細胞って呼ばれる細胞があって、これが増えたり、さまざまな神経細胞や支持細胞に変わったりするんだ。このプロセスは、細胞がいつ成長するか、いつ他のタイプの細胞に変わるか、そしてどうやって適切な場所に移動するかを指示するいくつかの要因によって厳密に制御されているんだ。
脳の発達におけるマイクロRNAの役割
このプロセスの重要な役割を果たしているのが、マイクロRNA(miRNA)と呼ばれる小さな分子のグループだ。これらの小さなRNA分子は、体内でタンパク質を作る他のRNA分子のレベルを調整するのを手助けする。大抵の場合、miRNAはメッセンジャーRNA(mRNA)の特定の部分に結合して、それを分解させたり、タンパク質を作るのを防いだりする。このことが重要なのは、適切なタンパク質のレベルが正しい発達に必要だからだ。
miRNAの生成は細胞の核で始まり、そこで前駆体に作られる。その後、いくつかのステップを経て成熟したmiRNAになり、細胞質に輸送されて機能を果たす。研究によれば、miRNAを生成する特定の遺伝子が削除されると、脳内で細胞が減ったり、脳の層の形成に問題が起こったりすることがあるんだ。
脳におけるマイクロRNAの発現
興味深いことに、知られているmiRNAの約70%が脳に存在していて、これらの多くは特定のタイプの細胞や特定の発達段階で活発なんだ。人間の脳では、おそらく約1,600種類の異なるmiRNAが発現していると推定されている。研究者たちはmiRNAが脳の発達に重要であることを知っているけど、これらの分子の具体的な役割はまだ完全には理解されていない。
特定のmiRNAは細胞の成長、神経細胞の分化、そして適切な場所への移動などのプロセスと関連付けられている。詳しく研究されたmiRNAの多くは脳に高い量で見られ、これらのmiRNAが他のmiRNAと協力してターゲット遺伝子の調整を効果的に行っている可能性があるんだ。
脳発達中のマイクロRNA発現の変化
miRNAが脳の発達中にどう変わるかをよく理解するために、研究者たちはマウスの脳発達の異なる段階を調べたんだ。彼らは、miRNAのレベルの最も重要な変化が特定の発達の重要なポイントで起こることが多いと見つけた。例えば、特定のmiRNAはある段階でかなり活発になったり、他のものはあまり活発でなくなったりすることがあるんだ。
ある研究では、研究者たちは3つの主要な発達段階でmiRNAのレベルを見た:前駆細胞が支配的な時期、誕生前の時期、そして脳の主要な層が形成されたときの出産時。彼らは、特に発達の初期と後期の間で多くの異なるmiRNAが著しくレベルを変えているのを発見した。
さらに、特に神経前駆細胞とその神経細胞への変換を見ていると、研究者たちは多くのmiRNAが上昇または下降調整されているのを見つけた。これは、これらの小さな分子が発達の異なるポイントで特定の役割を果たすことを支持しているんだ。
マイクロRNAの共発現
研究者たちは、発達中に一緒に表現される方法に基づいてmiRNAをグループ化するためにさまざまな方法を使った。これらのグループを分析することで、発達と共に増加または減少するmiRNAの特定のモジュールを特定したんだ。
いくつかのモジュールでは、特定のmiRNAが共通のターゲット遺伝子を調整するために協力していることが示された。これは、miRNA同士が互いの機能に影響を与え合い、単独でなくネットワークとして機能していることを示唆している。一部の重要なmiRNAはこれらのネットワークの「ハブ」として機能していて、他のmiRNAを調整する上で大きな役割を果たしていることがわかった。
これらのmiRNAのターゲット遺伝子は、神経細胞の成長や互いの接続など、脳の発達にとって重要なプロセスに関与していることが多い。特定のmiRNAのモジュールが同定されていて、その一つのモジュールでは、miRNAが初期段階でより多く発現し、後期段階で減少するパターンが示されている。別のモジュールでは、発達に伴いmiRNAが増加しているのが見られた。
マイクロRNA調整の主要なドライバー
多くのmiRNAの中から、研究者たちは胚の脳発達中の遺伝子発現調整に重要な役割を果たす特定のmiRNAを特定した。彼らはこれらのネットワークの中で、ターゲット遺伝子を調整する上で最も影響力のある主要なドライバーmiRNAを探したんだ。これらの主要なドライバーの多くは、神経前駆細胞を維持し、それらが成熟した神経細胞に発展するのに必要なプロセスと関連していることがわかった。
これらのハブmiRNAの特定は、異なる段階で特定のmiRNAがどれほど重要かを示していて、前駆細胞のバランスを維持し、それらが専門の神経細胞に移行するのを助ける役割を果たしている。
ターゲット遺伝子の理解
miRNAを研究する上でのもう一つの重要な側面は、どの遺伝子を調整するかを理解することだ。研究者たちは、特定の時点で発達中の脳の遺伝子発現をプロファイリングするためにさまざまな技術を使った。彼らは、特定の段階でダウンレギュレーションされた多くの遺伝子が、研究で特定されたハブmiRNAによってターゲットにされていることを発見した。
これらの主要なハブmiRNAは、神経前駆細胞を維持し、それらを神経細胞に分化させるのを防ぐ遺伝子をターゲットにすることが多い。これは、miRNAの活動の適切なバランスが、前駆細胞が今のままでいるべきか、いつ他のタイプの脳細胞に発展し始めるべきかを決定するのに重要であることを示唆している。
マイクロRNA共ターゲティングネットワークの予測
miRNAとそのターゲットの相互作用を評価する中で、研究者たちはほとんどの遺伝子が複数のmiRNAに影響を受ける可能性が高いことを観察した。これらの相互作用を掘り下げるために、彼らは重要なターゲットを共有するmiRNAの共ターゲティングペアを特定するための統計モデルを構築した。この結果、miRNAがしばしばグループで機能し、遺伝子発現の調整において効果を高めていることが示された。
共有のターゲットのパターンを分析した結果、異なるモジュールからのハブmiRNAが頻繁に重要な共ターゲティング関係を持っていることがわかり、彼らが遺伝子調整に対してより強いコントロールを発揮できる可能性があることが示唆された。これは、脳の発達の文脈において、遺伝子発現の正確なタイミングと調整が重要であることを示している。
マイクロRNA機能の実験的検証
特定のmiRNAが共に働いてターゲット遺伝子に影響を与えることを確認するために、研究者たちはルシフェラーゼレポーターアッセイを用いた実験を行った。このテストでは、特定のmiRNAのターゲットをルシフェラーゼ遺伝子に結合させ、miRNAが遺伝子発現に及ぼす影響を測定できるようにした。
実験の結果、特定のmiRNAのペアが存在した時、個別のmiRNAを使った時よりも遺伝子発現の減少が大きくなることがわかった。これは、特定のmiRNAが確かに協力して、共通のターゲット遺伝子に対する調整効果を強化していることを確認したんだ。
結論
全体として、研究はmiRNAが遺伝子発現を調整することで脳の発達に重要な役割を果たしていることを強調した。神経前駆細胞のmiRNAレベルの変化や神経細胞への分化はさまざまな要因によって慎重に制御されている。miRNAの共ターゲティングネットワークが存在することは、複数のmiRNAが協力して正しい脳の形成を確保できることを示唆している。
miRNAのこの複雑な相互作用は、脳の発達だけでなく、さまざまな細胞タイプのバランスを維持する上でも重要であることを強調している。今後の研究では、これらのネットワークが異なるタイプの脳細胞やさまざまな発達の文脈でどのように機能するかをさらに深く探ることになるだろう。
タイトル: Stage-specific expression patterns and co-targeting relationships among miRNAs in the developing mouse cerebral cortex
概要: microRNAs are particularly important during brain development, however, the composition and temporal dynamics of miRNA regulatory networks are not sufficiently characterized. Here, we performed small RNA sequencing of mouse embryonic cortical samples at E14, E17, and P0 as well as in neural progenitor cells differentiated in vitro into neurons. Using co-expression network analysis, we detected clusters of miRNAs that were co-regulated at distinct developmental stages. miRNAs such as miR-92a/b acted as hubs during early, and miR-124 and miR-137 during late neurogenesis. Notably, validated targets of P0 hub miRNAs were enriched for down-regulated genes related to stem cell proliferation, negative regulation of neuronal differentiation and RNA splicing, among others, suggesting that miRNAs are particularly important for modulating transcriptional programs of crucial factors that guide the switch to neuronal differentiation. As most genes contain binding sites for more than one miRNA, we furthermore constructed a co-targeting network where numerous miRNAs shared more targets than expected by chance. Using luciferase reporter assays, we demonstrated that simultaneous binding of miRNA pairs to neurodevelopmentally relevant genes exerted an enhanced transcriptional silencing effect compared to single miRNAs. Taken together, our study provides a comprehensive resource of miRNA longitudinal expression changes during corticogenesis. Furthermore, we highlight several potential mechanisms through which miRNA regulatory networks can shape embryonic brain development.
著者: Jennifer Winter, H. Todorov, S. Weissbach, L. Schlichtholz, H. Mueller, D. Hartwich, S. Gerber
最終更新: 2024-03-28 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.12.16.571081
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.12.16.571081.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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