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# 生物学# ゲノミクス

メキシコのアホロートルにおける老化と再生

この研究は、年齢がアホロートルの limb regeneration にどう影響するかを調べてるんだ。

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加齢がアホロートルの再生に加齢がアホロートルの再生に影響を与える齢に関連した変化を明らかにした。研究が、アホロートルの手足再生における年
目次

メキシコのアホロートルは、メキシコにいるユニークなサラマンダーの一種だよ。この生き物は、手足や心臓、さらには脳の一部まで失った体の部分を再生できる驚くべき能力で有名なんだ。科学者たちは、アホロートルが人間よりもずっと優れて再生できるから興味を持ってるんだ。でも、アホロートルが年を取るにつれて、その再生能力は減少するんだ。この減少は、体のサイズが大きくなること、皮膚の変化、細胞レベルでの体の機能の変化など、いくつかの要因によるかもしれないよ。

過去の研究では、主にタンパク質を作る特定の遺伝子に焦点が当てられていたけど、アホロートルのゲノムには詳細に研究されていない大量の繰り返しDNAがあるんだ。最近の研究では、これらの繰り返し要素がアホロートルの再生過程に重要な役割を果たしているかもしれないということが示唆されているよ。アホロートルのDNAの約65%は、怪我から回復するのに影響を与えるこうした繰り返し配列で構成されているんだ。

背景

最近の研究では、特にレトロトランスポゾンなどの一部の繰り返し要素が、他の動物における手足の再生に役立つ可能性があることがわかってきてる。ある研究では、研究者たちが海キュウリの再生過程で特定のレトロトランスポゾンが活性化していることを発見したんだ。彼らは、体の部分が再生する際に活動が変わる特定のレトロトランスポゾンを特定したんだ。興味深いことに、これらの変化は生物全体の遺伝的健康を害することはなかったので、これらのレトロトランスポゾンが再生過程に役立つかもしれないということを示唆しているよ。

アホロートルの場合、特定の繰り返し要素、LINE-1が再生が起こる組織でより活発になることが報告されているんだ。ただ、再生中のこれらの要素の正確な役割はまだ不確かなんだけど、細胞が変化し始めて再生の準備をする場所を示すかもしれないという兆候があるんだ。

いくつかの研究では、再生中にこれらの遺伝的要素の振る舞いに変化があると報告されているけど、それが動物の治癒や回復過程に何を意味するのかについての合意はまだ十分ではないんだ。一部の研究者は、これらの変化が怪我の副作用として起こると考えている一方で、他の人たちは、治癒プロセスの一部として動物が意図的にコントロールしている可能性があると考えているよ。

研究の焦点

この研究の主な目的は、年齢がアホロートルの手足の再生能力にどのように影響するかを詳しく見ることなんだ。異なる年齢のアホロートルで、繰り返し要素の発現がどう違うのかを観察したいんだ。これを行うために、若いアホロートルと年を取ったアホロートルの組織を、彼らの手足を切断した後に分析するつもりだよ。アホロートルが年を取るにつれて、彼らの繰り返し要素とタンパク質をコードする遺伝子に大きな変化が見られるだろうと仮定してるんだ。それが彼らの再生能力に影響を与えるかもしれないね。

方法

サンプル収集

この研究で使われるアホロートルは、メキシコの管理された環境から来ていて、遺伝的多様性を維持するために慎重に繁殖されているんだ。約8ヶ月齢の若いアホロートルと、約8歳の年を取ったアホロートルから組織サンプルを収集したよ。手足を切断した後、再生組織であるブラステマを収集するために10日待ったんだ。

RNA抽出とシーケンシング

サンプルを集めた後、RNAを抽出して、どの遺伝子や繰り返し要素が発現しているかを分析したんだ。RNAの質を注意深く評価して、その後シーケンシングを行い、遺伝子発現や繰り返し要素の活性に関するデータを集めたよ。

データ分析

専門のソフトウェアを使って、RNA配列をアホロートルのゲノムに整列させたんだ。これのおかげで、特定の遺伝子や繰り返し要素が各サンプルでどれだけ発現していたかを定量化できたよ。異なるサンプルを比較して、重要な変化を特定したんだ。

結果

全体的な発見

私たちの分析では、年を取ったアホロートルは、若いアホロートルとは異なる遺伝子発現や繰り返し要素の活性パターンを示していることがわかったよ。筋肉の発達に関与する多くの遺伝子が、若いアホロートルに比べて年を取ったアホロートルでは有意に下方調整されていたんだ。これは、年齢が筋肉の再生に悪影響を与えることを示唆しているね。

逆に、年を取ったアホロートルでは、いくつかの繰り返し要素が活性の増加を示していて、再生過程における遺伝子調節の年齢に関連した変化を示すかもしれないということもわかったよ。

違いのある遺伝子発現

若いアホロートルと年を取ったアホロートルを比較してみると、さまざまな組織で上方調整または下方調整された多くの遺伝子が観察されたんだ。若いアホロートルのブラステマでは、筋肉の発達に関係する遺伝子の発現レベルが高かったんだけど、年を取ったアホロートルでは、これらの筋肉発達に関連する遺伝子はしばしば抑制されていたよ。

筋肉形成に必要な遺伝子の減少は、年を取ったアホロートルで見られる再生能力の低下を説明する懸念される傾向を示しているね。実際、年を取ったアホロートルのさまざまな組織で、一貫して下方調整された遺伝子が特定されていて、年齢の影響が再生能力に対する全体的な影響を示唆しているんだ。

繰り返し要素の発現

私たちの結果は、主にTy3レトロトランスポゾンファミリーに属する繰り返し要素が、若いアホロートルと年を取ったアホロートルで有意に異なるレベルで発現していることを示したよ。若いアホロートルでは、再生過程でこれらの繰り返し要素の多くが上方調整されていたんだけど、年を取ったアホロートルでは、同じ要素が手足の再生中に下方調整されるパターンが観察されたんだ。

これらの繰り返し要素と筋肉発達に関連する遺伝子との関係は、レトロトランスポゾンがアホロートルのブラステマの再生能力に影響を与える可能性がある調節ネットワークを示唆しているよ。

議論

加齢の再生に対する影響

私たちの発見は、アホロートルの再生能力に対する加齢の影響を強調しているよ。筋肉発達遺伝子の減少と繰り返し要素の活性の変化は、年を取った動物の再生過程を妨げる可能性があるんだ。これは、これらの変化を引き起こす分子メカニズムの研究が重要であることを示していて、他の種における加齢が再生に与える影響についての洞察を得ることにつながるかもしれないね。

繰り返し要素の役割

従来の見解では、レトロトランスポゾンの有害な影響が強調されることが多かったけど、私たちの結果はより微妙な役割を示唆しているよ。これらの要素は単に混乱を引き起こすのではなく、再生過程における遺伝子発現の調節因子として作用している可能性があるんだ。また、他の再生マーカーと相互作用することで新しい組織の形成を助けるかもしれないね。

将来の研究の方向性

この研究は、アホロートルにおける加齢、遺伝子発現、および再生能力の関係を明らかにしていて、今後の研究で関与する分子経路を探るための扉を開いているよ。将来の研究では、再生過程で重要な役割を果たす特定の繰り返し要素を特定したり、年を取ったアホロートルの再生を促進する可能性のある治療法をテストしたりすることができると思ってる。

結論

メキシコのアホロートルは、再生とそのプロセスに対する加齢の影響を理解するための興味深いモデルとして機能するんだ。私たちの研究は、加齢が筋肉発達に関連する遺伝子の発現や繰り返し要素の活性に有意な変化を伴うことを明らかにしたよ。これらの発見は、これらの遺伝的要素の役割についてのさらなる研究が必要だということを強調していて、最終的には再生医療の進展につながるかもしれないね。

オリジナルソース

タイトル: Retrotransposon expression is upregulated by aging and suppressed during regeneration of the limb in the axolotl (Ambystoma mexicanum)

概要: The axolotl (Ambystoma mexicanum) has a great capacity to regenerate its tissues and whole-body parts; however, the fidelity and success of its regenerative process diminish with age. Retrotransposons make up the largest portion of the axolotl genome, and their expression may be involved in this age-related decline. Through an integrative analysis of repetitive element expression using RNA-seq, we show that Ty3 retrotransposons are highly upregulated in the axolotl as an effect of chronological aging. Other non-LTR transposons, including LINE-1, function as hubs of gene coexpression networks involved in muscle development, N-methyltransferase activity, amyloid proteolysis, and regulation of apoptosis and connective tissue replacement, which are also suppressed by the increase in age. In contrast, we find that during regeneration of the limb these pathways and the expression of Ty3 retrotransposons are distinctly downregulated. Although the blastema is able to readjust most of the transposon dysregulation caused by aging, there are still several elements that remain affected and may have an impact in the metabolic and immune responses during the regenerative process. We also report that numerous C2H2-ZFPs, especially KRAB-ZPFs, are coexpressed with hub retrotransposons, which reveals their potential as important regulators of transposable element expression during aging and regeneration. This integrative analysis provides a comprehensive profile of retrotransposon expression through chronological aging and during limb regeneration in the axolotl and indicates that transposable elements are responsive to physiological changes in a tissue-specific way and participate in the gene co-regulatory networks underlying the regenerative process. Graphical abstract.Transcriptomic analyses of adult and sub-adult axolotls offer an insight into the potential role of retrotransposons during limb regeneration and how they are affected by chronological aging. Retrotransposons of the Ty3 superfamily are usually suppressed during regeneration, but after experiencing a significant upregulation through the aging of the axolotl, their regulation during tissue repair is limited. It has been reported that the success of the axolotls regenerative process diminishes with age. Our findings show that Ty3 and other transposon families, such as LINE-1, are involved in the gene regulatory networks that suppress muscle development, apoptosis control, and tissue replacement due to aging. These results suggest that repetitive element expression may indirectly constrain the regenerative capacities of older axolotls. O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=133 SRC="FIGDIR/small/588033v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (44K): [email protected]@[email protected]@b47b47_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG

著者: Rodrigo González-Barrios, S. Ruiz-Perez, K. Torres-Arciga, C. G. Samano-Salazar, J. A. Ocampo-Cervantes, A. Cervera, C. Castro-Hernandez, E. Soto-Reyes, N. Alcaraz, R. Gonzalez-Barrios

最終更新: 2024-04-08 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.04.588033

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.04.588033.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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