希少疾患に対する遺伝子検査の進展
新しいガイドラインは、原因不明の病状を持つ患者の遺伝診断を改善することを目指してるよ。
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目次
過去10年で、遺伝子検査は希少な遺伝性疾患の診断を試みる医者にとって重要なツールになった。医者は、エクソームまたはゲノムシーケンシングと呼ばれる方法を使って、患者の遺伝子を調べる。このプロセスは、多くの遺伝性疾患の原因を特定するのに役立つ。ただ、検査後に症状の明確な説明を受けられない患者がかなりの数（30%から80%の間）いるのが現状だ。
解答を見つける挑戦
遺伝子検査の進歩にもかかわらず、多くの患者が診断を受けていない。これらの個人の中には、まだ既知の病気にリンクされていない遺伝子の変化を持っている可能性があると考えられている。研究者たちは、これらの遺伝子と疾患の関係に関する新しい発見を次々と発表していて、年に約100から200件の研究がある。これからも新しい遺伝的原因が発見される可能性があるってことだ。
新しい遺伝子の発見の重要性
既存の遺伝子データを再分析すると、診断結果が良くなることが多い。これは、すでに収集された遺伝子情報を再度見直して、新しく見つけられなかった関連を探すということ。新しい遺伝子の発見を現在の検査に統合すれば、患者が正しい診断を受けるチャンスが大きく改善される。
シーケンシングの仕組み
単一遺伝子を検査するのとは違って、エクソームとゲノムシーケンシングは一度に多くの遺伝子の変化を特定できる。つまり、医者が既知の遺伝子を調べても回答が見つからなければ、まだ探されていない新しい候補遺伝子を探ることができるんだ。これらの新しい候補遺伝子の変化を特定することが、患者の診断に役立つかもしれない。
ガイドラインの必要性
既知の遺伝子の変化を評価するための明確なガイドラインはあるけど、新しく特定された遺伝子にはあまりガイダンスがない。どの新しい候補遺伝子がさらに調査する価値があるかを特定する基準を作ることが重要だ。そうすることで、医療従事者は臨床の現場でのアプローチを改善できる。
ワーキンググループの形成
効果的な推奨事項を作成するために、専門家のグループが形成された。彼らには、遺伝子発見や遺伝子検査に熟練した医者や科学者が含まれていた。数ヶ月にわたって議論を重ね、新しい候補遺伝子やそれに関連する変異を扱うためのガイドラインを開発した。また、これらの新しい遺伝子を評価するための既存の慣行も検討した。
重要な用語の定義
遺伝子検査に関する議論を明確にするための重要な用語がいくつかある：
臨床遺伝子-疾患の妥当性: 特定の遺伝子が特定の遺伝性疾患にどれだけ関連しているかを示す。これを支持する証拠の強さはさまざまだ。
既知遺伝子: 遺伝性疾患との関連を示す確立された証拠がある遺伝子。
新しい候補遺伝子: 遺伝性疾患との関連が新たに提案されている遺伝子。以前に疾患に関連付けられているかどうかは不明。
候補変異: 遺伝性疾患の原因として研究されている遺伝的変化。
候補遺伝子を特定するための基準
検査や報告でより体系的なアプローチを促進するために、新しい候補遺伝子を選択するための具体的な基準が示されている。これにより、どの遺伝子をさらに調査すべきかの優先順位をつけるのに役立つ：
- 機能を妨げる可能性のある変化があり、影響を受けた個人にのみ見られる遺伝子。
- 特定の遺伝パターンに従っているように見える状態を持つ家族に2つの変化がある遺伝子。
- 強い証拠に支えられた優性遺伝の家族に見られる変化がある遺伝子。
- 他のケースでも見つかっているが、まだ発表されていない変化がある遺伝子。
情報共有の重要性
個別診断を超えて、新しい候補遺伝子に関する情報を公的データベースに提出することは非常に重要だ。これにより、同じようなケースを持つ家族とつながり、研究活動を支援することができる。こうしたデータの共有は、新しい遺伝子-疾患の関係をより早く確認するチャンスを高める。
様々なプラットフォームの利用
新しい候補遺伝子に関連する発見を共有するためのプラットフォームはいくつかある：
Matchmaker Exchange: 研究者や医者が共有された遺伝的発見に基づいてケースをつなげるプラットフォーム。遺伝子発見の協力を促進する。
ClinVar: 遺伝的変異に関する情報が集められ、共有される公的データベース。医療コミュニティで広く使われており、遺伝的変化の影響を理解するのに役立つ。
ラボへの推奨事項
ラボは、新しい候補遺伝子を報告する際に段階的アプローチを採用することが推奨されている。これには、遺伝子-疾患の関係の信頼性が確立される前でも、積極的に発見を共有することが含まれる。そうすることで、遺伝性疾患に関する知識を築く大きな努力に参加する。
ClinVarへの報告
ラボは、新しい候補遺伝子の変化を不確定な重要性として分類すべきだ。また、これらの発見の文脈を説明する要約を提供し、他の研究者や医者がその関連性を理解できるようにする。
臨床報告の役割
新しい候補遺伝子に関する情報を患者の臨床報告に含めることは重要だ。これにより、患者やその家族がすべての関連する遺伝情報にアクセスでき、健康に関する情報に基づいた決定を下す手助けができる。
結論
遺伝学の分野は進化を続けていて、希少疾患の診断プロセスを改善するための努力が行われている。新しい候補遺伝子に焦点を当て、情報を共有することで、診断率の向上を目指している。新しいツールや方法が開発されるたびに、これらの遺伝子を評価する基準も拡大していくかもしれない。最終的には、より多くの患者が正確な遺伝診断を受けられるようになり、生活の質が向上することを期待している。
タイトル: Considerations for reporting variants in novel candidate genes identified during clinical genomic testing
概要: Since the first novel gene discovery for a Mendelian condition was made via exome sequencing (ES), the rapid increase in the number of genes known to underlie Mendelian conditions coupled with the adoption of exome (and more recently, genome) sequencing by diagnostic testing labs has changed the landscape of genomic testing for rare disease. Specifically, many individuals suspected to have a Mendelian condition are now routinely offered clinical ES. This commonly results in a precise genetic diagnosis but frequently overlooks the identification of novel candidate genes. Such candidates are also less likely to be identified in the absence of large-scale gene discovery research programs. Accordingly, clinical laboratories have both the opportunity, and some might argue a responsibility, to contribute to novel gene discovery which should in turn increase the diagnostic yield for many conditions. However, clinical diagnostic laboratories must necessarily balance priorities for throughput, turnaround time, cost efficiency, clinician preferences, and regulatory constraints, and often do not have the infrastructure or resources to effectively participate in either clinical translational or basic genome science research efforts. For these and other reasons, many laboratories have historically refrained from broadly sharing potentially pathogenic variants in novel genes via networks like Matchmaker Exchange, much less reporting such results to ordering providers. Efforts to report such results are further complicated by a lack of guidelines for clinical reporting and interpretation of variants in novel candidate genes. Nevertheless, there are myriad benefits for many stakeholders, including patients/families, clinicians, researchers, if clinical laboratories systematically and routinely identify, share, and report novel candidate genes. To facilitate this change in practice, we developed criteria for triaging, sharing, and reporting novel candidate genes that are most likely to be promptly validated as underlying a Mendelian condition and translated to use in clinical settings.
著者: Jessica Xiao-Ling Chong, S. Berger, S. Baxter, E. Smith, C. Xiao, D. Calame, M. Hawley, E. A. Rivera-Munoz, S. DiTroia, Genomics Research to Elucidate the Genetics of Rare Diseases (GREGoR) Consortium, M. Bamshad, H. Rehm
最終更新: 2024-06-21 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.05.579012
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.05.579012.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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