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KRAS阻害剤の薬剤発見の進展

KRAS阻害剤に関する研究は、医薬品発見における革新的なアプローチを強調してるよ。

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新しいKRAS薬の候補新しいKRAS薬の候補ている。研究ががん治療に有望な阻害剤を明らかにし
目次

新しい薬の探索は、薬の発見と呼ばれるプロセスにそって進むことが多いんだ。このプロセスは、さまざまな病気に対する新しい治療法を見つけるために重要なんだよ。通常、すごく時間がかかって、場合によっては10年以上、さらには25億ドル以上かかることもあるんだ。

最初に、科学者たちはターゲットを特定する。これは通常、病気に関与するタンパク質や酵素なんだ。ターゲットが決まったら、研究者たちは新しい薬の候補を見つけるためのいろいろな方法を探るよ。最近の面白い方法の一つは、コンピューターモデルを使って新しい分子を作ることなんだ。

薬の発見とその課題

薬の発見プロセスは、いくつかの重要なステップで構成されているよ。ターゲットを見つけた後、研究者たちは薬の候補を発見しようとする。次に、それらの候補がターゲットとどのように相互作用して、期待される効果を生むかを評価する。このプロセスでは、どの分子がうまく機能するかを確認するために、多くの分子をテストすることがよくあるんだ。

従来、薬の発見は高いコスト、長いプロセス、そしてどの段階でも失敗のリスクがあるというさまざまな課題に直面してきたよ。薬が開発中に失敗すると、それまでに投資した全額を失うことになるかもしれない。だから、製薬業界は常に成功の確率を高めるための新しい技術を模索しているんだ。

計算技術の役割

最近では、進んだ計算技術が人気を集めているよ。これらの技術は、発見プロセスを加速し、研究者がより効率的に潜在的な薬の候補を見つけるのを助けるんだ。一つの注目すべきアプローチは、生成モデルを使って、以前に発見された分子のパターンを学ぶことなんだよ。これらのパターンを理解することで、科学者たちは既存の薬のように振る舞う可能性のある新しい分子を作り出せるんだ。

生成モデル技術は、膨大な数の化学構造を検索し、有効かもしれない新しいデザインを提案することができる。この方法によって、研究者たちは特定の病気ターゲットに合わせた薬を作成できるんだ。

薬の発見におけるハイブリッドモデル

薬の発見の最前線には、古典的な計算と量子計算を組み合わせたハイブリッドモデルがあるよ。これにより、従来のアルゴリズムと量子力学の両方の利点を活かせるんだ。量子計算は量子力学の原則を使って情報を処理するから、古典的なコンピュータではできない方法でデータを扱えるんだ。

例えば、量子アルゴリズムは複雑なデータを処理したり、従来の方法よりも早くプロセスを最適化したりできる。量子計算を古典的な生成モデルと組み合わせることで、研究者たちは新しい薬のデザインでの可能性を広げようとしているよ。

KRASタンパク質に焦点を当てる

癌治療において特に焦点を当てられているのがKRASタンパク質。KRASの変異は多数の癌に関連していて、薬の開発にとって重要なターゲットなんだ。でも、KRASに対する効果的な阻害剤を作るのは、その複雑な構造と機能のダイナミクスのために難しいんだ。

この課題に対処するために、研究者たちは量子と古典的方法を使って新しいKRAS阻害剤を生成しているよ。目的は、KRASと効果的に相互作用し、その活動を抑制できる分子をデザインすることなんだ。これは癌の成長にとって重要なことなんだよ。

薬の開発のワークフロー

薬の開発のワークフローは、いくつかのフェーズから成っているんだ:

1. データ生成

最初のステップは、KRASをターゲットにした既知の阻害剤に関するデータを集めることなんだ。研究者たちは、約650の確認済み阻害剤を含むデータセットを複数の信頼できるソースから収集したよ。このデータセットを広げるために、既存の分子のバリエーションを作る手助けをするアルゴリズムを使って、追加で850,000化合物を生成したんだ。

2. 候補のスクリーニング

データセットが確立されたら、研究者たちは合成のための潜在的な候補を特定するために、これらの膨大な数の化合物をスクリーニングする必要があったんだ。バーチャルスクリーニングプロセスを使って、各化合物がKRASに効果的に結合する可能性を評価したよ。このアプローチでは、異なる化合物がタンパク質とどのように相互作用するかを調べたんだ。

3. 新しい分子の生成

次のフェーズでは、ハイブリッドモデルを使って完全に新しい分子を生成することが行われたんだ。ハイブリッドモデルは、量子回路ボーンマシン(QCBM)と古典的な長短期記憶(LSTM)ネットワークを組み合わせているよ。QCBMの量子的な能力によって複雑な化学空間を探ることができて、LSTMが生成された分子を洗練させるんだ。

4. 実験的検証

有望な候補のリストを生成した後、研究者たちは選ばれた化合物を合成して実験的なテストを行った。これらの化合物はKRASに対する効果を確認するために広範囲な評価を受けたよ。目的は、どの分子がKRASを成功裏に阻害できるか、そして生物活性を示すかを確認することなんだ。

研究の結果

研究の結果、15の新しい化合物が合成され、その中で特に有望とされたのがISM061-018-2とISM061-22なんだ。この2つの化合物はKRASに効果的に結合し、さまざまなKRAS変異に対して異なる選択性を示したよ。

ISM061-018-2

ISM061-018-2は広範囲の阻害能力を持つ化合物として際立っているんだ。KRAS G12D変異に対する強い結合親和性を示し、多くの癌にしばしば存在する。さらに、複数のKRAS変異を阻害する可能性もあるんだ。

ISM061-22

逆に、ISM061-22は特定のKRAS変異体、特にKRAS G12RとQ61Hに対する選択性を示した。この選択性は、これらの変異によって引き起こされる癌の治療にとって貴重な選択肢になるかもしれない。化合物は細胞の生存性に対して軽微な影響を示し、治療的価値が期待できるんだ。

ハイブリッドアプローチの重要性

この研究は、薬の発見プロセスに量子計算を統合することの利点を強調しているんだ。量子モデルは化学空間のより深い探索を可能にし、従来の方法では特定できない革新的な分子を生み出すことができたんだ。

結果は有望だけど、この段階では量子的方法に明確な利点があるとは完全には言えない。今後の研究が、ハイブリッドモデルとより確立された古典的アルゴリズムの効果をさらに評価するために重要なんだ。

結論

新しい薬の候補を探すのは複雑で挑戦的な試みだけど、特に量子計算と古典計算を組み合わせたハイブリッドモデルの進展が大きな期待を持たせているんだ。これらのモデルは発見プロセスを効率化し、研究者が効果的な分子をより迅速にデザインできるようにするんだ。

KRAS阻害剤に関するこの研究は、挑戦的なタンパク質をターゲットにした実行可能な新しいリガンドを生成することが可能であることを示しているよ。量子強化手法のさらなる探求が、薬の開発におけるブレークスルーにつながるかもしれないし、最終的には治療が難しい病気の患者に新たな希望を提供するかもしれないね。

今後の薬の発見は、革新的な技術や学際的なアプローチにますます依存するようになるだろうし、既存の課題を乗り越えて、効果的な治療法を市場に早く安全に提供することを目指すんだ。

オリジナルソース

タイトル: Quantum Computing-Enhanced Algorithm Unveils Novel Inhibitors for KRAS

概要: The discovery of small molecules with therapeutic potential is a long-standing challenge in chemistry and biology. Researchers have increasingly leveraged novel computational techniques to streamline the drug development process to increase hit rates and reduce the costs associated with bringing a drug to market. To this end, we introduce a quantum-classical generative model that seamlessly integrates the computational power of quantum algorithms trained on a 16-qubit IBM quantum computer with the established reliability of classical methods for designing small molecules. Our hybrid generative model was applied to designing new KRAS inhibitors, a crucial target in cancer therapy. We synthesized 15 promising molecules during our investigation and subjected them to experimental testing to assess their ability to engage with the target. Notably, among these candidates, two molecules, ISM061-018-2 and ISM061-22, each featuring unique scaffolds, stood out by demonstrating effective engagement with KRAS. ISM061-018-2 was identified as a broad-spectrum KRAS inhibitor, exhibiting a binding affinity to KRAS-G12D at $1.4 \mu M$. Concurrently, ISM061-22 exhibited specific mutant selectivity, displaying heightened activity against KRAS G12R and Q61H mutants. To our knowledge, this work shows for the first time the use of a quantum-generative model to yield experimentally confirmed biological hits, showcasing the practical potential of quantum-assisted drug discovery to produce viable therapeutics. Moreover, our findings reveal that the efficacy of distribution learning correlates with the number of qubits utilized, underlining the scalability potential of quantum computing resources. Overall, we anticipate our results to be a stepping stone towards developing more advanced quantum generative models in drug discovery.

著者: Mohammad Ghazi Vakili, Christoph Gorgulla, AkshatKumar Nigam, Dmitry Bezrukov, Daniel Varoli, Alex Aliper, Daniil Polykovsky, Krishna M. Padmanabha Das, Jamie Snider, Anna Lyakisheva, Ardalan Hosseini Mansob, Zhong Yao, Lela Bitar, Eugene Radchenko, Xiao Ding, Jinxin Liu, Fanye Meng, Feng Ren, Yudong Cao, Igor Stagljar, Alán Aspuru-Guzik, Alex Zhavoronkov

最終更新: 2024-02-12 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://arxiv.org/abs/2402.08210

ソースPDF: https://arxiv.org/pdf/2402.08210

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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