COVID-19検査の新しい媒体を評価する
研究は、迅速なウイルス検査のためのDRDPメディウムの効果を評価している。
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2019年の終わりに、中国の武漢から新しいウイルス、SARS-CoV-2が広がり始めて、COVID-19として知られる世界的なパンデミックを引き起こした。この出来事は、感染を迅速に特定するための信頼できる検査がどれだけ重要かを強調した。検査はウイルスの拡散を抑え、公衆衛生を守るのに役立つ。迅速検査方法が登場し、迅速抗原検査やウイルスの遺伝物質を検出する検査が含まれる。
検査が重要になる中、患者から採取したサンプルを安全に運ぶ方法が必要だった。ウイルスを無活性化するための特別なバッファーが開発され、遺伝物質を保存しながら安全に取り扱えるようになった。こうした製品の一つがInActiv Blueで、いくつかの病院で検査に使われている。
ベルギーや他の国では、パンデミックの様々な波の中で病院が2段階の検査プロトコルを採用している。ベルギーのゲントにあるある病院では、緊急治療室で迅速抗原検査が行われており、この検査はわずか15分で結果が出る。もし陽性が出たら、感染を確認するためにより感度の高い方法を使ったフォローアップ検査が行われる。しかし、この方法は2回のスワブが必要で、あまり理想的ではない。
このプロセスを改善するために、ウイルスのタンパク質と遺伝物質の両方を1つのサンプルで安定させる新しいメディアが開発された。これにより、1つのサンプルでさまざまな検査を行うことができる。そうした製品の一つがDNA/RNA Defend Proメディウム(DRDP)で、抗原検査と遺伝子検査の両方に対応している。
2020年に開発された別の類似商品、VirusPHIXもある。これもウイルスの遺伝物質を安定させながらサンプルを安全に運ぶことを目指している。しかし、このメディウムがどれほど効果的かを示す研究はまだ発表されていない。
研究の目的
この研究の主な目標は、SARS-CoV-2の迅速検査におけるDRDPメディウムの性能を評価し、現在使用されているプロトコルと比較してどれだけ適しているかを調べることだった。また、DRDPがインフルエンザA、Bや呼吸器RSウイルス(RSV)などの他の呼吸器ウイルスに対する検査でどれだけ効果的かも調べた。
サンプル収集と分析
この研究では、ベルギーのゲントにある病院でのSARS-CoV-2用の迅速抗原検査から残ったバッファーを収集した。目標は50人の患者からサンプルを集めることで、病院の倫理委員会からの承認も受けた。
ルーチンケアの一環として、患者から2回の鼻咽頭スワブが取られた。最初のスワブは迅速抗原検査に使われ、2回目のスワブは遺伝子分析用のウイルス無活性化メディウムに収集された。
スワブは処理され、特定の検査機器を使用して迅速抗原検査が行われた。結果が記録され、2回目のスワブは遺伝子検査のためにラボに送られ、リアルタイムPCRという方法で検査された。これにより、SARS-CoV-2や他の呼吸器ウイルスの同時検出が可能となった。
迅速抗原検査からの残りのサンプルは、さらなる分析のためにバイオハザードバッグでラボに運ばれた。到着後、サンプルは患者情報を保護するために擬似匿名化された。残りのサンプルはDRDPで希釈され、2回目の抗原検査が行われた。
結果の比較
抗原検査の結果は、製品のガイドラインに基づいて陽性、陰性、または無効と分類された。DRDPで希釈する前後の迅速検査の結果を比較して、一致度を見た。
遺伝子検査の結果も、ウイルスの量に基づいて分類された。サンプルは、検出なしから非常に高レベルのウイルスまでさまざまなカテゴリーにランク付けされた。これらの結果を比較して、DRDPメディウムがウイルスの遺伝物質を安定させる効果的なものであるかを理解した。
各サンプルについて、2つの検査方法の結果の差を計算した。これにより、以前使用されていたメディウムと比較した場合のDRDPの効果を評価することができた。
SARS-CoV-2の抗原検査結果
合計で36の残りサンプルが収集され、そのうち23の結果が得られた。23のサンプルの中で、7つがウイルス陽性と報告された。これらの陽性結果は、DRDPで希釈した後に再検査された際にすべて確認された。陰性のサンプルも希釈後に陰性であった。
いくつかのサンプルには診断結果が報告されなかったが、全体としてDRDPで希釈する前後の結果は一致していた。抗原結果の強度は希釈後に大きくは変わらず、DRDPメディウムが迅速抗原検査の性能に影響を与えていないことを示唆している。
SARS-CoV-2の遺伝子検査結果
いくつかのサンプルでは遺伝子検査結果が得られなかった。しかし、検査されたものの中で陽性結果はウイルスの量を示す様々な値が見られた。DRDPで希釈した後、ほとんどのサンプルに対して陽性結果が確認され、一つのサンプルは最初陽性だったが希釈後に陰性になった。
遺伝子検査の結果の比較では、2つの方法の結果を考慮した際に最小限の違いしか見られなかった。ほとんどの結果は密接に一致しており、DRDPが遺伝子検査でも優れた性能を示していることを示唆している。
数日間室温で保存されたサンプルの分析でも、結果は安定していた。長期間保存された一つのサンプルも陽性結果を示し、遺伝物質が完全に残っていることを示していた。DRDPメディウムで保存された唾液サンプルでも似たような結果が見られた。
抗原と遺伝子検査結果の関係
この研究では、DRDPで希釈した後の抗原と遺伝子検査のペア結果を分析した。ほとんどの陽性抗原検査は、陽性の遺伝子検査結果も出ており、高い一致度を示している。
一方で、抗原検査で陰性だったいくつかのサンプルは、遺伝子検査で陽性結果を示した。これは遺伝子検査法の感度が高いためかもしれない。
他の呼吸器ウイルスの結果
遺伝子検査法ではインフルエンザAおよびBウイルスも調べた。しかし、これらのウイルスに対する迅速抗原検査は行われなかった。結果は、DRDPメディウムがこれらのウイルスを検出するのにも適していることを示したが、陽性サンプルの数は限られていた。
結論
この研究は、DNA/RNA Defend ProメディウムがSARS-CoV-2の検査を安全に行うための信頼できる解決策としての可能性を示している。抗原と遺伝子検査の両方に対応しており、感染診断の効率を改善するかもしれない。結果は、DRDPを使用しても検査性能が悪影響を受けないことを示唆している。
ただし、陽性サンプルの数が少ないなどの制限もある。これらの結果を確認し、DRDPメディウムが広く臨床使用に適しているかどうかを確かめるためには、現在のメディウムとDRDPで並行してスワブを収集したさらなる研究が必要だ。
要するに、信頼できる検査方法の開発は、COVID-19や他の呼吸器ウイルスの拡散を抑えるために不可欠だ。DRDPのようなツールは、検査プロセスを強化しながら、安全性と効果を維持するのに重要な役割を果たすことができる。
タイトル: Evaluation of a novel respiratory virus inactivating buffer for parallel RT-qPCR and quick antigen testing
概要: Since the COVID-19 pandemic, many hospitals implemented a dual testing procedure for SARS-CoV-2 to assess the infection risk of an admitted patient. To allow for a short turn-around time, rapid antigen (Ag) testing via lateral flow tests (LFT) is combined with nucleic acid amplification testing (NAAT), requiring two nasopharyngeal swab collections. In this study, a novel, universal pathogen inactivation buffer (DNA/RNA Defend Pro (DRDP)) was evaluated for SARS-CoV-2 inactivation and simultaneous Ag and DNA/RNA stabilization. In an emergency department setting of a General Hospital in Ghent (Belgium), patients were tested for SARS-CoV-2, whereby a LFT for Ag detection (Abbott Panbio COVID-19 Ag Rapid Test) was performed in combination with sample collection for NAAT (Abbott Alinity m). Left-over buffers from LFT were diluted in DRDP to evaluate LFT and NAAT results after dilution. Thirty-six patients were included in the data analysis. Twenty-three diagnostic LFT results were available in the laboratory information system of which all corresponded with results after dilution with DRDP. When correlating NAAT results, seven out of eight positive test results were in agreement, compared to twenty-three out of twenty-five negative results. For thirty-four out of thirty-six samples, LFT and NAAT after dilution with DRDP yielded the same conclusion. Additionally, RNA stability in DRDP was demonstrated when stored for three days at room temperature. At the extreme, a sample stored in the DRDP buffer for 53 days at room temperature was still very positive (Cq 21.95). We demonstrated that, for the first time, a novel collection buffer could inactivate a pathogen (SARS-CoV-2) while also preserving antigen (for rapid antigen testing) and RNA (for molecular testing). This novel buffer holds promise for a single specimen to be used for both antigen and molecular testing in a safe working environment.
著者: Sigrid Deprez, S. Steyaert, M. Claeys, L. Verhasselt, J. Vandesompele
最終更新: 2024-03-08 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.03.06.24303861
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.03.06.24303861.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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