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ポリジェニックスコア: 健康における遺伝的予測をナビゲートする

研究は、BMIのような特徴に対する多因子スコアに対する環境の影響を強調している。

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PGSと健康リスクの洞察PGSと健康リスクの洞察響するかを明らかにする。ライフスタイルが遺伝的リスク予測にどう影
目次

ポリジェニックスコア(PGS)は、遺伝情報を使って人々の特定の特徴や健康リスクを予測するツールだよ。このスコアは、たくさんの異なる遺伝子を調べて、特定の特徴とどんなふうに関係しているかを見ることで作られるんだ。例えば、PGSはその人の遺伝的構成に基づいて肥満になる可能性を示すことができる。科学者たちは、多くの人々の遺伝データを分析して特性に結びつける大規模な研究を使って、これらのスコアを構築してきたんだ。

ポリジェニックスコアの転送性の問題

PGSの進歩にもかかわらず、研究者たちはこれらのスコアが異なる人々のグループで同じようにうまく機能しないことを見つけたんだ。例えば、あるグループで肥満を予測するPGSが、別のグループでは同じように機能しないことがある。この問題は主に遺伝的背景、つまり祖先の違いによるもので、異なる集団は研究されている特性に影響を与える異なる遺伝的変異を持っていることがあるからなんだ。

環境と個人要因の役割

最近の研究では、祖先の他にも環境要因や個人の特徴もPGSの効果の違いに寄与していることを示唆しているんだ。年齢、性別、食事、運動などの要因を考慮すると、PGSが特性をどれだけうまく予測するかが変わることが分かる。たとえば、体重に関連する特性の中には、ボディマス指数(BMI)など、これらの要因によって強く影響されるものがあるんだ。つまり、同じ遺伝的スコアが高齢者と若者で体重を予測するのが違ったり、運動レベルが異なる人々でも違ったりすることがあるってことだよ。

環境効果に関するさらなる研究の必要性

PGSに対する異なる要因がどのように影響するかについてまだまだ学ぶべきことがたくさんあるんだ。これまでの多くの研究は少数の環境要因しか見ていないけど、探求できるものはもっとあるんだ。なぜ特定の特性がこれらの要因にもっと影響されるのかを理解することで、科学者たちはもっと良い、正確なPGSを開発できるかもしれない。また、現在の研究のほとんどはヨーロッパ系の人々に基づいて行われているため、他の集団に関する知識が不足してるんだ。

PGSにおける機械学習の利用

PGSの効果を向上させる一つの方法は機械学習を使うことだよ。これらの高度な統計手法は、遺伝とさまざまな特性との複雑な関係を把握できるんだ。従来のモデルは単一の関係しか見られないけど、機械学習は多くの変数間のパターンや相互作用を一度に特定できる。これにより、さまざまな環境要因を考慮したときに、BMIなどの特性をより良く予測できるようになるかもしれないね。

BMIを研究してPGSのパフォーマンスを分析する

最近の研究では、科学者たちは環境要因や個人の特徴がBMIのためのPGSのパフォーマンスにどのように影響するかを理解しようとしたんだ。彼らはさまざまな祖先を持つ大規模なグループからの遺伝データと健康記録を使ったんだ。そして、さまざまな要因がBMIのPGSの効果をどのように変えるかを具体的に調べたよ。

使用した方法論とデータ

研究者たちは、異なる健康と遺伝の研究からの4つの大規模なデータセットを分析したんだ。これらのデータセットには、ヨーロッパ系とアフリカ系の参加者が含まれていて、年齢や食事、運動などの健康や肥満に関連したさまざまな要因を考慮したよ。研究者たちは、さまざまな人々の遺伝データを使ってBMIのためのPGSを計算して、正確さを向上させるために多様な代表性を確保したんだ。

PGSのパフォーマンスに影響を与える共変量についての重要な発見

この研究では、BMI PGSの精度に大きく影響を与えるいくつかの重要な環境要因が特定されたんだ。年齢、性別、アルコール摂取量、運動レベル、血液健康に関連する測定値が、PGSがBMIをどれだけうまく予測できるかを決定する上で重要だったよ。一部のケースでは、これらの要因を考慮するとPGSのパフォーマンスが大きく改善されることがわかり、彼らの重要性が際立ったんだ。

身体活動による違いを観察する

例えば、身体活動が少ない人は肥満のリスクを示すPGSスコアが高い一方で、活動レベルが高い人はスコアが低いんだ。これは、その人がどれだけアクティブであるかが、遺伝的リスクを解釈するのに大きな影響を与えることを示唆してるよ。

アルコール摂取の影響

アルコール摂取量も影響を与えていて、高い摂取量はPGSがBMIを予測する方法に変化をもたらしたんだ。興味深いことに、研究では喫煙とBMIの関係があまり明確でないことがわかり、すべての要因が遺伝スコアと同じように相互作用するわけではないことが示されたよ。

異なるコホートにおける結果

さらに異なる人々のグループにおいても分析が行われ、研究者たちは多くの同じ環境要因がPGSパフォーマンスに一貫して影響を与えることを見つけたんだ。例えば、年齢や身体活動の影響は、ヨーロッパ系とアフリカ系の個人で似たように見られたことで、これらの要因がBMIを予測する上で世界的に関連性があることを示してるね。

共変量の相互作用効果

研究者たちはまた、PGSがこれらの環境要因や個人要因とどのように相互作用するかを探ったんだ。彼らは特定の要因がPGSによって示される遺伝的リスクを大きく増幅したり減少させたりすることができることを発見したよ。例えば、アルコール摂取は、BMIに対するPGS効果を大幅に減少させる強い影響を持っていたんだ。

主効果と相互作用効果の関係

影響を与える要因間の関係を調べたとき、研究者たちは強い相関関係を見つけたんだ。つまり、特定の要因が変わると、それがPGSがBMIをどれだけ予測するかにも影響を与えるということ。例えば、BMIに関連する特性のレベルが高い人は、PGSの効果が強く、環境の影響にも大きく反応することが多かったよ。

PGSパフォーマンスにおける年齢の役割

この研究では、年齢に関する特定の洞察も明らかになったんだ。若い人はPGSとBMIの関連が強いことが多く、遺伝的影響が若い人の方がより顕著であることを示してるかもしれないね。これは、時間とともに生活習慣要因が蓄積することで、遺伝がBMIに与える影響が弱まるからかもしれない。

より良い予測のための機械学習モデル

従来の統計手法の欠点を解消するために、研究者たちは機械学習モデルに目を向けたんだ。遺伝的要因と環境要因の間の複雑な相互作用や非線形関係を組み入れることで、これらのモデルは単純な線形モデルよりも予測性能が向上したんだ。

ニューラルネットワークによる精度向上

この研究で使われたニューラルネットワークは、BMIを予測するのに標準モデルを大きく上回っていたよ。このアプローチは、PGSとさまざまな共変量との関係をより深く理解することを可能にし、人間の健康の複雑さを考慮した改良された予測につながったんだ。

相互作用効果からのPGSの直接計算

研究チームは、相互作用の影響を直接組み込んだPGSを作成する新しい方法を開発したんだ。従来の方法に頼るのではなく、重要な情報を失うことないように、この技術を用いることで、相互作用をPGSモデルに含めることで遺伝的リスクのより正確な推定が可能になったよ。

今後の研究への影響

この研究から得られた知見は、PGSが研究や医療の場でどのように使われるかに大きな影響を与えるんだ。PGSのパフォーマンスが環境要因や個人要因によって変わることを理解することで、より良い予測ツールの研究が新たに開かれるんだ。

結論と今後の方向性

要するに、この研究はBMIのような特性のためのPGSが、遺伝的、環境的、および個人要因の組み合わせによって影響を受けることを確認したんだ。機械学習や革新的な計算方法の使用は、これらの予測の正確性を向上させる可能性を示しているよ。

今後の研究は、研究対象の特性を拡大し、より広範な集団を取り入れ、PGSの方法をさらに洗練させて、個々のリスク評価や健康管理を向上させることに焦点を当てるべきだね。文脈に特有の影響に焦点を当てることで、研究者たちは多様な集団により良いサービスを提供する、より公正で正確なPGSを開発できると思う。

遺伝子とさまざまな生活要因との相互作用を探求すれば、健康状態についての理解が深まり、将来的にはより良い予防と治療戦略が可能になるはずだよ。

オリジナルソース

タイトル: Risk factors affecting polygenic score performance across diverse cohorts

概要: Apart from ancestry, personal or environmental covariates may contribute to differences in polygenic score (PGS) performance. We analyzed effects of covariate stratification and interaction on body mass index (BMI) PGS (PGSBMI) across four cohorts of European (N=491,111) and African (N=21,612) ancestry. Stratifying on binary covariates and quintiles for continuous covariates, 18/62 covariates had significant and replicable R2 differences among strata. Covariates with the largest differences included age, sex, blood lipids, physical activity, and alcohol consumption, with R2 being nearly double between best and worst performing quintiles for certain covariates. 28 covariates had significant PGSBMI-covariate interaction effects, modifying PGSBMI effects by nearly 20% per standard deviation change. We observed overlap between covariates that had significant R2 differences among strata and interaction effects - across all covariates, their main effects on BMI were correlated with their maximum R2 differences and interaction effects (0.56 and 0.58, respectively), suggesting high-PGSBMI individuals have highest R2 and increase in PGS effect. Using quantile regression, we show the effect of PGSBMI increases as BMI itself increases, and that these differences in effects are directly related to differences in R2 when stratifying by different covariates. Given significant and replicable evidence for context-specific PGSBMI performance and effects, we investigated ways to increase model performance taking into account non-linear effects. Machine learning models (neural networks) increased relative model R2 (mean 23%) across datasets. Finally, creating PGSBMI directly from GxAge GWAS effects increased relative R2 by 7.8%. These results demonstrate that certain covariates, especially those most associated with BMI, significantly affect both PGSBMI performance and effects across diverse cohorts and ancestries, and we provide avenues to improve model performance that consider these effects.

著者: Marylyn D Ritchie, D. Hui, S. Dudek, K. Kiryluk, T. L. Walunas, I. J. Kullo, W.-Q. Wei, H. Tiwari, J. F. Peterson, W. K. Chung, B. H. Davis, A. Khan, L. C. Kottyan, N. A. Limdi, Q. Feng, M. J. Puckelwartz, C. Weng, J. L. Smith, E. W. Karlson, G. Jarvik

最終更新: 2024-04-10 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.10.23289777

ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.10.23289777.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた medrxiv に感謝します。

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