創傷治癒におけるマクロファージの役割を理解する
マクロファージが形や動きで治癒を助ける方法を調べてる。
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目次
マクロファージは体のあらゆる部分に存在する特別な細胞だよ。彼らは組織を健康に保つ手助けをして、感染に対して重要な防衛者として働くんだ。傷ができたとき、マクロファージは最初に到着する細胞の一つで、治癒を助ける役割を果たしている。彼らはバリアを作ってバイ菌から守り、炎症を管理し、死んだ細胞を取り除き、新しい組織の成長をサポートする。これらの細胞は、感染と戦うために炎症を促進する役割(炎症促進型)と、炎症を抑えて組織を修復する役割(抗炎症型)の2つの重要な役割を持ってるんだ。
傷の治癒におけるマクロファージの役割
治癒の過程で、マクロファージはその役割を変えることができるんだ。体が炎症を経験すると、バイ菌やタンパク質などの特定の物質がマクロファージに治癒を促す信号を送るんだ。炎症促進型マクロファージは、感染をコントロールするために物質を放出して病原体と戦うのに重要な役割を果たしてるよ。しかし、これらのマクロファージが長く活性のままだと、治癒中の組織に害を与えて、回復を遅らせることがあるんだ。
一方で、炎症を解消して組織の修復を助ける別の活性化されたマクロファージもいるんだ。抗炎症型マクロファージは特定の信号に応じて現れて、治癒プロセスをサポートする。でも、彼らも長く居すぎると、過剰な瘢痕組織の形成などの問題を引き起こすことがあるんだ。
マクロファージのタイプを測定する重要性
マクロファージは治癒において異なる役割を持っているから、彼らのタイプ(炎症促進型と抗炎症型)を特定することは、傷の治癒を診断するのに役立つかもしれない。でも、これらのタイプを特定するのは、彼らを区別する明確なマーカーが不足しているため、難しいんだ。伝統的なマクロファージのタイプを特定する方法は時間がかかり、多くの細胞が必要で、リソースもたくさん使うんだ。また、これらの方法は、生体内および制御された実験室環境でマクロファージを分析する際に課題があるんだ。
マクロファージを特定するために使われる特定のマーカーは混乱を招くことがあるよ。例えば、アルギナーゼ1というタンパク質は通常、抗炎症型マクロファージをマークするけど、炎症促進型マクロファージにも現れることがあるんだ。こうした複雑さは、マクロファージを治癒における役割に基づいてより良く分類する方法が必要であることを示しているよ。
マクロファージの行動を追跡する
マクロファージはその役割に応じて形を変えることができるんだ。研究によると、形を変えることで治癒を促進できることが示されているよ。形の測定は、マクロファージのタイプを決定するためによく使われているけど、彼らの動きの行動が形の特定にどう貢献しているかは十分に調査されていないんだ。マクロファージは異なる動作パターンを示すからね。
機械学習の技術は、画像から異なる細胞タイプを分類するのに成功裏に使われているんだ。これらの方法は、マクロファージを迅速にスクリーニングするのに期待が持てるよ。しかし、データサイズや画像品質に悩まされることがあり、特別な染色も必要なんだ。もし動作パターンに基づいてマクロファージを分析できれば、高品質な画像よりも効率的な分類が可能になるかもしれないよ。
画像処理技術を使って、リアルタイムでマクロファージの動きを追跡できるんだ。彼らの動き方を分析することで、治癒における役割についての洞察を得られるよ。動きと形のデータを組み合わせれば、これらの要素がマクロファージのタイプとどのように関連しているかが明確になるかもしれないね。
機械学習を使ったマクロファージのタイプ分類
この研究では、形や動きのパターンに基づいて異なるタイプのマクロファージを機械学習で分類することに焦点を当てているんだ。まず、調べたマクロファージがその役割に関連した異なる形を持っていることを確認したよ。主に三つの形を特定した:円形、突出型、伸長型。クラスタ分析を適用することで、形に基づいてマクロファージをこれらのグループに分類できたんだ。
さらに、マクロファージの動きの行動が形とどのように関連しているかを探ったよ。速さや持続性を測定して、この関係を調べたんだ。結果的に、異なる形がユニークな動きのパターンに対応していることが分かった。形と行動がリンクしているという考えを強化しているよ。
機械学習を使ってマクロファージのタイプを予測するために、形と動きの特徴に基づいたモデルを作ったんだ。私たちの発見では、動きだけでマクロファージを分類できることが示された。これにより、マクロファージのタイプを特定するプロセスが簡単になるかもしれないね。
マクロファージの生成方法
私たちの研究では、骨髄由来マクロファージ(BMDM)と呼ばれるタイプのマクロファージに焦点を当てているんだ。これは、骨髄細胞を使ってラボで育てるんだ。マウスからこれらの細胞を分離して、成長や活性化を促す特定の因子で処理するんだ。異なる処理を適用することで、研究しているさまざまなタイプにマクロファージを偏向させることができるよ。
特別な顕微鏡を使って、時間をかけてこれらのマクロファージの画像を収集したんだ。これにより、彼らがどのように形を変え、どのように動くかを観察できるようにしたよ。治癒過程の間に彼らの行動を分析できるよう、間隔を空けて画像をキャプチャするようにしたんだ。
マクロファージの形の分析
マクロファージの形を理解するために、さまざまな細胞の画像を撮って、その形を注意深く調べたよ。マクロファージは大きく三つの形に分類できることがわかったんだ。画像を分析することで、これらの形を特定し、治癒過程におけるマクロファージの異なる役割との関連を理解できたんだ。
私たちの分析は、マクロファージがその活性化状態に応じて独特の形を示すことを示したよ。例えば、非刺激マクロファージはより丸い外見を示し、炎症促進型マクロファージは刺激後により多くの突出部を発展させ、抗炎症型マクロファージは細長く見えるんだ。
動きのパターンの探求
次に、これらのマクロファージの動きのパターンに焦点を当てたよ。特定の動きの指標を計算し、彼らの動きがどれくらい速く、一貫性があるかを調べたんだ。動きのパターンがマクロファージのタイプを特定するのに役立つことがわかった。異なるタイプが異なる動作行動を示しているんだ。
統計的方法を使って、動きの違いとそれが細胞の形とどのように関連しているかを理解したよ。この分析から、マクロファージの速さと持続性がその形態と直接関連していることが確認され、動きの特徴に基づいて分類できるようになったんだ。
機械学習を使ったマクロファージのタイプ予測
私たちが確立した関係を使って、機械学習でマクロファージのタイプを予測できるかテストしたよ。形だけに焦点を当てたモデル、動きだけに焦点を当てたモデル、両方を組み合わせたモデルのいくつかを作ったんだ。
結果は、どのモデルも細胞を効果的に分類できたけど、組み合わせたモデルはすべてのマクロファージタイプで精度が大幅に向上し、より信頼性の高い区別ができるようになったんだ。
結論と今後の方向性
私たちの研究は、傷の治癒に重要な役割を果たすマクロファージが、その機能に基づいて形や動きのパターンを変え得ることを示しているよ。これらのダイナミクスを理解することで、マクロファージをどのように分類できるかの洞察が得られるんだ。形と動きを自動で評価する方法を使うことで、これらの細胞を特定する能力を向上させられる。
今後の研究では、マクロファージがその環境とどのように相互作用するか、そして治癒の過程でこれらの相互作用がどのように進化するかを探る方法を拡大できるかもしれないね。この研究の潜在的な応用は、傷の管理や回復の向上に向けた改善策につながる可能性があるよ。私たちが開発した方法は、他の細胞タイプにも適用できる可能性があり、さまざまな文脈での細胞行動の理解を広げることができるかもしれないね。
タイトル: A data-driven approach to establishing cell motility patterns as predictors of macrophage subtypes and their relation to cell morphology
概要: The motility of macrophages in response to microenvironment stimuli is a hallmark of innate immunity, where macrophages play pro-inflammatory or pro-reparatory roles depending on their activation status during wound healing. Cell size and shape have been informative in defining macrophage subtypes. Studies show pro and anti-inflammatory macrophages exhibit distinct migratory behaviors, in vitro, in 3D and in vivo but this link has not been rigorously studied. We apply both morphology and motility-based image processing approaches to analyze live cell images consisting of macrophage phenotypes. Macrophage subtypes are differentiated from primary murine bone marrow derived macrophages using a potent lipopolysaccharide (LPS) or cytokine interleukin-4 (IL-4). We show that morphology is tightly linked to motility, which leads to our hypothesis that motility analysis could be used alone or in conjunction with morphological features for improved prediction of macrophage subtypes. We train a support vector machine (SVM) classifier to predict macrophage subtypes based on morphology alone, motility alone, and both morphology and motility combined. We show that motility has comparable predictive capabilities as morphology. However, using both measures can enhance predictive capabilities. While motility and morphological features can be individually ambiguous identifiers, together they provide significantly improved prediction accuracies (75%) from a training dataset of 1000 cells tracked over time using only phase contrast time-lapse microscopy. Thus, the approach combining cell motility and cell morphology information can lead to methods that accurately assess functionally diverse macrophage phenotypes quickly and efficiently. This can support the development of cost efficient and high through-put methods for screening biochemicals targeting macrophage polarization. Author summaryPrevious work has shown that macrophage phenotypes can be distinguished by their morphological characteristics. We extend this work to show that distinct motility patterns are linked to macrophage morphology. Thus, motility patterns can be used to differentiate phenotypes. This can enable high-throughput classification of cell phenotypes without regard for the high-resolution images needed to quantify morphological characteristics. Furthermore, combining motility-based features with morphological information improves prediction of macrophage subtypes by a machine learning based classification model.
著者: Marcella Gomez, M. Kesapragada, Y.-H. Sun, K. Zhu, C. Recendez, D. Fregoso, H.-y. Yang, M. Rolandi, R. R. Isseroff, M. Zhao
最終更新: 2024-10-02 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.29.518400
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.29.518400.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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